이유
1. 사 실

청구법인은 부산직할시 서구 OO동 OO OOOO에서 무역업 및 원양어업을 영위하는 사업자로 88.7.30. 청구외 서울특별시 마포구 OO동 OOOO번지 소재 OOOO주식회사(대표이사 OOO, 이하 “OOOO주식회사”라 한다)가 일본으로부터 수입한 참치잡이 중고어선 1척(OOO호, 299.48톤급 기선)을 88.8.18. 양도받고 세금계산서(공급가액 395,280,933원, 매입세액 39,528,090원 계 434,809,223원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한데 대하여, 처분청은 쟁점세금계산서는 OOOO주식회사의 사업자등록이 직권폐업(직권폐업일 88.7.14.)된 이후 88.8.18. 교부된 것이므로 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고, 91.1.16.자 청구법인에게 88.제2기분 부가가치세 47,433,700원을 결정고지하자,

청구법인은 이에 불복하여 91.3.19 심사청구를 거쳐 91.6.19. 이 건 심판청구에 이르렀다.

2. 청구주장

처분청은 쟁점세금계산서가 공급자인 OOOO주식회사의 직권폐업일 이후 교부된 세금계산서이고 실지 대금지급사실도 없으므로 사실과 다른 세금 계산서로 보아 이 건 부가가치세를 경정고지하였으나, OOOO주식회사는 자금압박으로 수입대행자인 청구법인이 수입대금결제 등을 대납하고 양도받은 것으로 실지 대금지급하였음이 관련 은행의 지급사실확인서 등의 서류로 확인되고, 또한 청구법인은 쟁점세금계산서 수취시 공급자의 사업자등록증이 관할세무서에 의해 직권말소된 사실은 전혀 모른 채 동 세무서장이 88.7.31.자 사업자등록 검열이 확인된 사업자등록증 사본을 보고 쟁점세금계산서를 수취한 것이므로 선의의 피해자인 청구법인의 이 건 매입세액은 공제되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

청구법인은 공급자인 OOOO주식회사가 폐업한 사실을 모른 채 선박을 인수하면서 세금계산서를 교부받았다고 주장하나 청구법인의 대표이사인 OOO이 87.12.2. OOOO주식회사에 300,000,000원을 대여한 사실이 있는 점과 청구법인이 이 건 중고선 도입에 따른 매매대금을 88.5.1～88.8.8에 걸쳐 청구법인이 직접 지급하면서도 쟁점세금계산서 수취일까지 폐업사실을 몰랐다는 청구주장은 신빙성이 없으며, OOOO주식회사의 관할세무서에 확인한 바 OOOO주식회사가 부도로 무단폐업하여 88.7.14. 사업자등록을 직권말소하고 이를 관보(공고 제88-6호)에 게재한 사실이 확인되고 있어 이 건의 거래는 폐업후의 거래라 하겠다.

따라서 폐업한 사업자가 폐업일 이후에 사업상 독립적으로 공급하는 경우에는 미등록사업자에 해당하므로, 당해 미등록사업자로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것(부가 22601-1882, 86.9.13)이 타당하다는 의견이다.

4. 쟁 점

이 건의 다툼은 쟁점세금계산서의 수취가

부가가치세법 제17조

제2항의 규정에 의한 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지의 여부를 가리는데 있다고 하겠다.

5. 심리 및 판단

먼저 이 건 관련 법규정을 살펴보면,

부가가치세법 제17조

제2항은 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 제1호, 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액”으로 규정하고 있다.

다음으로 이 건 과세경위 및 청구법인의 주장을 보면, OOOO주식회사는 87.4.18. 수산청장으로부터 일본에서 참치잡이용 중고어선 1척(OOO호 299.48톤급 기선)의 수입추천을 받고, 88.4.1. 청구법인에게 동 어선을 수입대행 해줄 것을 계약하고, 88.4.25. 상공부장관의 수입승인을 받고 88.8.8. 울산세관장으로부터 수입면허를 받았으며, 88.8.1. 청구법인의 자금으로 수입대금을 결제하게 하고, 88.8.17. 동 어선을 청구법인에게 양도하기로 하여 매매계약을 체결하고 88.8.18. 쟁점세금계산서를 청구법인에게 발급하고 동일자로 쟁점어선의 소유권을 청구법인 앞으로 등기이전하였다.

처분청은 공급자 OOOO주식회사가 88.7.14. 마포세무서장의 직권폐업을 받은 후 쟁점세금계산서를 교부한 것은 폐업일 이후 공급으로서 이는 미등록사업자로서 발급한 세금계산서이므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하지 않고 이 건 과세하였음이 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하여 확인되고 있다.

이에 대하여 청구법인은 쟁점세금계산서 수취시 공급자의 폐업사실을 모른 채 88.7.31.자 관할세무서장의 검열확인이 된 사업자등록증 사본을 교부받고 이 건 어선을 공급받은 것이므로, 직권폐업일 이후 수취한 세금계산서일지라도 청구법인은 선의의 피해자이므로 쟁점세금계산서의 매입세액은 공제되어야 한다는 주장이다.

따라서 이 건의 다툼은 청구법인이 공급자 OOOO주식회사로부터 교부받은 쟁점세금계산서가 관할세무서인 마포세무서의 직권폐업사실을 모르고 선의의 거래로 수취한 세금계산서인지의 여부에 있다고 할 것인 바 이에 대하여 살펴보면,

첫째, OOOO주식회사는 이 건 어선도입의 실수요자로서 수산청장의 추천을 받은 후 결격사유 없이 세무서장의 검열을 받은 사업자등록증으로 상공부장관의 수입승인(88.4.25.) 및 수입통관(88.8.8.)과 선박의 소유권보존등기(88.8.16.) 등을 마치고 수산청장의 원양어업허가(88.9.24.)를 받은 사실이 확인되고 있으며, 특히 수입면허당시 통관지 세관인 울산세관에 조회한 결과에 따르면 관할세무서장의 검열을 확인하고 세금계산서를 교부하였음을 회신(수입 22740-4665호, 91.9.26)하고 있으며,

둘째, 청구법인이 마포세무서에 OOOO주식회사의 폐업사실 여부를 조회한 바, 마포세무서는 90.6.2. OOOO주식회사는 88.3월중 임의로 사업장을 이전하여 그 행방을 알 수 없으며 폐업신고를 한 사실이 없음을 회신(법인 22631-3087호)하면서 문제의 직권폐업사실은 전혀 언급하고 있지 않고 있으며, 처분청 역시 90.9. 청구법인에 대한 법인세 조사시 OOOO주식회사의 직권폐업사실을 마포세무서에 조회하여 알게 된 점등이 청구법인과 처분청이 당심에 제출한 심리자료 등 관련서류로 확인되고 있고,

셋째, 청구법인은 이 건 어선의 수입대행을 하면서 88.8.1. 일본 OOO 엔지니어링주식회사에 지급할 선박대금 330,860,000원을 OOOO주식회사를 대신하여 OO은행 OO동지점에 지급하였으며, 동 선박대금 이외에 관세 등 제세, 비용, 이윤 등을 합친 395,280,933원(부가가치세 39,528,090원 별도)을 공급가액으로 한 세금계산서를 수취하였음이 금융관련 증빙 등에 의하여 확인되고 있다.

위와 같은 내용들을 종합하여 볼 때, 청구법인은 OOOO주식회사가 88.7.14. 마포세무서장의 직권으로 폐업된 사실을 모른 채 이 건 어선의 매매계약을 OOOO주식회사와 체결하고 선박 취득대금을 정산하면서 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 인정되므로, 비록 청구인이 폐업자와 거래하였더라도 청구인은 선의의 거래상대방으로 보아야 할 것이고 이 경우 청구인에게 불이익한 처분을 할 수 없다 할 것이므로(부가가치세법 기본통칙 6-2-1...21), 처분청이 청구인의 이 건 거래를 폐업자와의 거래라는 이유만을 들어 매입세액을 불공제한 것은 사실조사를 소홀히 한 부당한 처분이라 할 것이다.

6. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.