이유
1. 원처분 개요

청구법인(합병전 OOOOOO 주식회사)은 90.2.15 경기도 시흥시 소재 OO공단 OO OOOO의 공장용지 26,900㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OO공업공단(이하 “공단”이라 한다)으로부터 분양 받기 위하여 청구법인과 위 공단간에 공단 입주계약(총 계약금액 1,906,376,100원, 계약금 571,912,830원)을 체결하고 90.8.14 잔금을 완납하였으나 청구법인의 자금 사정 및 동종 업종을 영위하는 타 법인과의 합병계획으로 인하여 공장신축 계획을 취소하고 91.5.3 공단에 쟁점토지 환매를 요청하여 91.5.9 동 공단으로부터 환매대금 1,970,691,484원을 수령하고 쟁점토지를 공단에 환매한데 대하여 처분청은 쟁점토지가 비업무용 부동산에 해당되는 것으로 보아 청구법인의 ’90사업년도(90.1.1-12.31) 및 ’91사업년도(91.1.1-12.31)에 손금으로 계상한 지급이자 중 99,110,704원 및 75,888,854원을 각각 손금 부인하고, 청구법인이 ’91사업년도에 손금으로 계상한 공장신축 설계비 45,000,000원 (이하 “쟁점설계비”라 한다)을 손금으로 인정하지 아니하였으며, 또한 쟁점토지 환매시에 공단으로부터 지급 받은 도매물가 상승율에 의하여 계산한 이자 상당액(64,315,384원)을 ’91사업년도의 특별부가세 과세표준에 산입하여 93.5.16 청구법인에게 ’90사업년도 법인세 41,801,920원 및 동 방위세 7,135,970원과 ’91사업년도 법인세 48,394,040원을 경정 고지하였다.
청구법인은 이에 불복하여 93.7.5 심사청구를 거쳐 93.10.7 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 쟁점토지는 청구법인의 업무와 직접 관련이 없거나 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유한 부동산이 아니고, 청구법인은 쟁점토지에 공장을 신축하려고 동 토지를 취득하였으나 자금사정 및 합병계획으로 인하여 공장신축 계획이 취소되어 부득이 관계법령에 의하여 공단에 환매한 것이며, 또한, 청구법인은 쟁점토지를 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제1호에 규정한 기한(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우는 1년)내에 양도하였으므로 비업무용 부동산에 해당되지 아니하며
(2) 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 볼 경우에도 법인세법 시행규칙 제18조 제7항의 규정에 의하면 쟁점토지가 비업무용 부동산으로 판정되는 사업년 도(’91사업년도)의 이전 사업년도(’90사업년도)의 법인세는 비업무용 부동산으로 판정되는 사업년도의 법인세에 가산하여 납부하도록 규정하고 있는데에도 불구하고 처분청은 법인세 과세표준 및 세액을 사업년도별로 각각 경정하여 고지한 것은 부당하며, 따라서 ’90사업년도 종료일인 90.12.31에는 방위세의 납세의무가 성립되었다고 볼 수 없기 때문에 ’90사업년도에 대한 방위세를 부과한 것은 취소되어야 할 것이며(90.12.31 방위세법 폐지)
(3) 쟁점토지를 공단에 환매하고 지급받은 이자 상당액은 공장배치 및 공장설립에 관한 법률 제39조 제5항의 규정에 의하여 도매물가 상승율을 감안하여 지급받은 금액이며, 동 이자 상당액은 위 공단에서 이자소득으로 원천 징수한 것이므로 특별부가세 과세표준에 산입할 금액이 아닌 것이며
(4) 청구법인이 ’91사업년도에 손금으로 계상한 공장신축 설계비는 그 공장신축 계획이 취소된 사업년도의 손금으로 계상하는 것이 정당한 것임에도 처분청이 이를 부인하고 손금으로 인정하지 아니한 것은 부당하다고 주장한다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인은 쟁점토지 취득 후 단순히 자금부족을 이유로 공단에 환매한 것은 그 취득 목적이 공장신축이었는지 납득하기 어렵고, 쟁점토지를 취득한 후에 업무에 사용하지 아니하고 양도한 것은 관계법령과 국세청 예규(법인 22601-1338, 90.6.26)등의 내용으로 보아 그 취득일로부터 비업무용으로 보는 것이 타당하며
(2) 쟁점토지 환매대금 속에 이자상당액이 포함되어 있다고 하더라도 이를 특별부가세 과세표준 계산 시 양도가액에서 제외하여 별도의 금융이자 수익으로 볼 수는 없는 것이며
(3) 공장신축 설계비에 대한 계약서, 설계비 조정 지급에 대한 합의 약정서 등의 증빙제시가 없고, 또한 동 건축설계도를 추후 입주할 업체에 양도하거나 청구법인이 장래에 공장을 신축할 경우에 사용할 수도 있을 것이므로 청구법인이 ’91사업년도에 손금으로 계상한 설계비는 그 연도의 손금으로 인정하기는 어렵다는 의견을 제시하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이건의 다툼은
첫째, 쟁점토지가 비업무용 부동산에 해당되는지 여부
둘째, 쟁점토지가 비업무용 부동산에 해당되는 경우에 손금으로 인정되지 아니하는 지급이자 상당액에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 ’90사업년도와 ’91사업년도에 각각 경정한 처분의 당부
셋째, 비업무용 부동산에 대한 손금으로 인정되지 아니하는 지급이자 상당액에 대하여 ’90사업년도의 방위세의 납세의무가 있는지 여부
넷째, 쟁점토지를 공단에 환매하고 지급받은 지급이자 상당액이 특별부가세 과세표준에 포함되는지 여부와
다섯째, 쟁점설계비를 ’91사업년도의 손금으로 인정하지 아니한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관계법령

법인세법 제18조의3 제1항 본문 및 동항 제1호에서는 당해법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 부동산을 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업년도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제43조의 2 제1항 본문에서는 「법 제18조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다」고 규정하고 있고 동항 제1호에서는 「부동산 취득후 일정한 기간이 경과할 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산」이라고 규정하고 있다.
또한 같은 법 시행규칙 제18조 제3항 본문에서는 「영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용 부동산”등이라 함은 다음 각호에 1에 해당하는 부동산을 말한다고 규정하고 있으며, 제1호에서는 부동산(매매용 부동산 제외)을 취득한 후 6월(기타 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년)이 경과된 부동산으로서 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산이라고 규정하고 있고, 제12호에서는 매매용 부동산은 비업무용 부동산에 해당되는 것으로 규정하면서 같은호 단서에서 부동산 매매업을 주업으로 하거나 주택신축판매업을 하는 법인이 취득한 매매용 부동산으로서 취득후 2년이 경과되지 아니한 것은 비업무용 부동산에서 제외한다고 규정하고 있다.
또한, 같은 법 시행규칙 제18조 제7항에서는 「제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한내에 당해부동산을 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 당해 부동산을 취득한 날로부터 비업무용 부동산으로 본다. 이 경우 제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업년도 이전 사업년도의 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 때에는 다음 각호의 방법에 의하여 계산하여 증가하는 세액 중 하나를 선택하여 동 세액을 제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업년도의 법인세에 가산하여 납부한다」(각호 생략)라고 규정하고 있다.

다. 쟁점토지가 비업무용 부동산에 해당하는지 여부

(1) 먼저 사실관계를 보면 청구법인은 90.2.15 공단 입주계약을 체결하여 90.8.14 입주계약에 따른 잔금을 완납하였고, 90.11.29 시흥시로부터 공장건축 심의결과를 통보받았으며, 90.12.11 인천직할시 북구 OO동 소재 청구법인의 구 공장을 쟁점토지로 이전하겠다는 내용의 공장이전 신고서를 제출하였으나 청구법인의 자금사정 등으로 인하여 신축공장 착공기일의 지연이 예상된다는 사유로 90.12.18 인천직할시에 공장이전 취하서를 제출하였으며 그 이후 청구법인의 자금사정으로 인하여 91.5.3 공단에 쟁점토지를 환매하여 줄 것을 요청하여 91.5.9 공단으로부터 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제39조 제1항의 규정에 의하여 환매결정을 통보받고 환매금액 1,970,691,484원(당초 분양대금 1,906,376,100원 + 이자 64,315,384원)을 수령하였음이 관계증빙서류 등에 의하여 확인된다.
(2) 위의 사실내용과 관계법령을 종합하여 쟁점토지가 비업무용에 해당되는지 여부를 보면 청구법인은 쟁점토지를 공장을 신축할 목적으로 취득하였다고 하나 실질적으로 업무에 직접 사용한 사실은 없으며 그 간의 업무추진내용으로 보아 공장이전 신고서를 제출한 후 7일 만에 취하원을 제출하는 등 공장신축계획이 취소된 사유를 납득하기 어려운 점등으로 미루어보아 비록 법인세법 시행규칙 제3항 제1호에 규정한 유예기간(이건의 경우 1년)이내에 쟁점토지를 양도하였다고 하더라도 같은 조 제7항의 규정에 의하여 쟁점토지는 그 취득일로부터 비업무용 토지로 보는 것이 정당하다고 판단된다.

라. 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 보아 손금불산입하는 지급이자 상당액에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 ’90사업년도 및 ’91사업년도에 각각 경정한 처분의 당부

법인세법 시행규칙 제18조 제7항의 규정에 의하면 유예기간이 경과하여 비업무용 부동산으로 판정되는 경우에 유예기간이 경과된 날이 속하는 사업년도 이전사업년도의 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 때에는 그 이전 사업년도의 세액을 유예기간이 경과한 사업년도의 법인세에 가산하여 납부하도록 규정되어 있으므로, 이를 경정하는 경우에도 법인세 과세표준 및 세액은 각 사업년도별로 경정하는것은 부당하다고 판단되며(국심 98서 0898, 93.7.29 같은 뜻임) 이건의 경우 쟁점토지가 비업무용 부동산으로 판정되는 날(쟁점토지의 양도일 91.5.9)이 속하는 사업년도(’91사업년도) 이전사업년도(’90사업년도)의 법인세는 판정되는 날이 속하는 사업년도 (’91사업년도)의 법인세에 가산하여 경정하는것이 타당하다고 할 것이므로 처분청이 이를 사업년도별로 각각 경정한 것은 부당하다고 판단된다.

마. 쟁점토지에 대한 손금으로 인정되지 아니하는 지급이자 상당액에 대한 ’90사업년도의 방위세를 과세한 처분의 당부

이건은 쟁점토지가 그 취득일(90.8.14)로부터 비업무용 부동산에 해당되지만 당해 법인세의 경우 ’90사업년도 분을 ’91사업년도에 가산하여 납부한 경우로서 방위세법이 90.12.31폐지되었으므로 ’91사업년도에 가산되는 ’90사업년도분 법인세액 상당액에 대한 방위세의 납세의무가 있는지에 대하여 살펴보면, ’90사업년도의 법인세를 ’91사업년도에 가산하여 납부한다고 하더라도 그 실질적인 내용을 보면 ’90사업년도의 과세표준과 세액을 재계산하여 그 세액을 ’91사업년도에 가산하여 납부하는 것이지 ’90사업년도의 법인세가 과세되지 아니하고 ’90사업년도의 법인세 과세표준이 91사업년도 과세표준에 합산되어 91사업년도 법인세로 계산되는 것은 아니므로 ’90사업년도 해당분 법인세에 대한 방위세의 납세의무가 있다고 판단된다.

바. 쟁점토지를 공단에 환매하고 받은 지급이자 상당액이 특별부가세 과세 표준에 포함되는지 여부

청구법인은 쟁점토지를 공단에 환매하고 지급받은 이자는 도매물가 상승율을 감안하여 계산한 이자 상당액이고, 또한 공단에서 동 금액에 대하여 이자소득으로 원천징수 한 것이므로 특별부가세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하고 있으나 비록 그 금액이 이자 상당액이라고 하더라도 쟁점토지의 환매대금에 포함된 금액이라고 보는 것이 타당하다고 할 것이므로 처분청이 이자 상당액을 특별 부가세 과세표준에 포함시켜 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

사. 쟁점설계비를 ’91사업년도의 손금으로 인정하지 아니한 처분의 당부

(1) 청구법인은 공장신축을 위하여 청구외 종합건축사무소 OO에 설계용역을 의뢰하고 총 계약금액 70,000,000원의 계약을 체결하였고 설계 가도면을 첨부하여 시흥시에 공장건축 심의를 요청하여 90.11.29 심의결과를 통보받았으며 90.12.11 설계비 선급금 21,000,000원을 위 건축사무소에 지급하고 91.5.11 잔금 49,000,000원 중 설계도면이 일부 미완성 된 것과 건축허가 대행 및 감리업무를 하지 아니한것을 감안하여 설계비를 조정하여 21,000,000원을 지급한 사실이 설계용역 계약서, (세금)계산서, 설계도면, 설계비 조정 품의서, 위 건축사무소의 확인서 등에 의하여 확인된다.
(2) 위의 내용으로 보아 쟁점설계비의 지급사실이 확인되고, 공장신축 계획이 취소되어 쟁점토지가 공단에 환매된 것이므로 쟁점설계비는 공장신축 계획이 취소된 사업년도인 ’91사업년도의 손금으로 인정되어야 할 것으로 판단되므로 (국세청 법인 22601-654, 92.3.19 참조) 처분청이 쟁점설계비를 ’91사업년도의 손금으로 인정하지 아니한 것은 부당하다고 판단된다.
따라서 이건 심판청구는 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.