이유
1. 처분개요

가. OOO은 ㈜OOO[변경전: ㈜OOO로 청구인이 50.18%의 지분을 가지고 있는 OOO(주)가 (주)OOO 발행주식의 29.91%를 소유하고 있는 법인으로, 이하 OOO”라 한다]에 대한 법인제세통합조사(2010.10.26～2011.3.31)를 실시하여 OOO가 청구인으로부터 OOO[몽골국 소재 광물탐광업을 영위하는 법인(이하 OOO”이라 한다)]가 발행한 주식 100% 중 51%를 고가매입하는 것으로 가장하여 동 법인의 자금 OOO원(이하 “쟁점①금액”이라 한다)을 유출하였는바, 이를 횡령에 의한 사외유출로 보고 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 2011.5.6. OOO에게 소득금액변동통지를 하였고, OOO세무서장은 위 소득금액변동통지를 받은 OOO가 근로소득세를 원천징수납부하지 않음에 따라 2012.1.9. OOO에게 근로소득세 OOO원을 결정·고지하였다가 무납부하자 2012.3.23. 처분청에 인정상여소득자료를 통보하였다.

나. OOO은 2011.2.14.부터 2011.6.3.의 기간동안에 (주)OOO(이하 OOO”라 하며, OOO와 OOO를 이하 “청구외법인들”이라 한다)에 대한 법인제세통합조사를 실시하여, OOO의 실질적 지배자인 청구인이 OOO의 장부에 계상된 OOO원(이하 “쟁점②금액”이라 하며, 쟁점①금액과 쟁점②금액을 합하여 “쟁점금액”이라 한다)을 ㈜OOO에 대한 대여금이라는 가장행위를 통하여 횡령에 의한 사외유출한 것으로 보아 쟁점②금액을 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 2011.8.1. 청구인에게 소득금액변동통지 및 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 처분청은 청구인이 쟁점금액의 소득금액변동통지에 대하여 종합소득세를 신고·납부하지 않자 쟁점금액에 상당하는 산출세액OOO원에 부당무신고가산세 OOO원을 가산하여 2012.12.7. 청구인에게 2009년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2013.2.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구외법인들은 청구인의 횡령사실을 인지한 시점에 횡령 등의 불법행위로 인한 횡령금 등의 회수 또는 손해배상채권 확보를 위해 각종 법적 조치 등을 통해 청구인과 청구외법인들 간의 불법행위를 묵인하는 등의 경제적 이해관계가 전혀 없으며, 2009.12.31. 당시 법인의 총 지분 중 소액주주들의 지분비율이 65%～70%에 이르고 있고, 청구인이 부당 유출한 자금에 대하여 채무변제에 합의하고 채권확보를 위해 청구인이 보유 중인 유가증권 등 청구인의 재산매각을 통하여 상환하기로 합의서를 작성하는 등 채권확보조치를 취한 점, 청구외법인들에 대한 횡령금 등에 대하여 ‘횡령 당시부터 회수를 전제하지 않은 것으로 볼 수 없는 특별한 사정이 있는 경우’에 해당되는 점 등으로 볼 때, 청구인의 의사와 청구외법인들의 의사가 일치하는 것으로 보기 어려운 경우에 해당하므로, 청구인이 쟁점금액을 횡령에 의한 사외유출한 것으로 보아 청구인에게 상여로 소득처분하여 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 처분청이 OOO의 자금을 청구인이 부당 유출한 것으로 본 쟁점①금액 중 법원판결에 따라 횡령한 금액으로 확정된 OOO원(이하 “쟁점①-㉮금액”이라 한다)은 2011.4.8.부터 2011.6.8.의 기간에 반환하였고, 쟁점①금액 중 OOO원(이하 “쟁점①-㉯금액”이라 하며, 쟁점①-㉮금액과 쟁점①-㉯금액을 “쟁점①-1금액”이라 한다)은 OOO의 운영자금으로 사용한 사실이 확인되므로 쟁점①-1금액을 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 종합소득세를 과세한 처분은 부당하며,

또한, OOO는 수차례에 걸친 신주인수권부사채 발행, 제3자 배정방식에 의한 유상증자 등을 통하여 사업운영자금을 확보하였는바, 이 과정에서 유상증자에 의하여 청약하는 사람이 없어 사채업자인 최OOO로부터 필요한 자금을 융통하여 유상증자 등에 납입한 후 인출한 쟁점②금액 중 OOO원(이하 “쟁점②-㉮금액”이라 한다)은 최OOO에 대한 채무를 변제하기 위하여 사용한 사실이 청구인을 피고인으로 한 형사사건의 판결서(서울고등법원 2011.7.15. 선고 2011노421 판결)상 확인되며, 나머지 OOO원(이하 “쟁점②-㉯금액”이라 한다)은 2010.6.10.부터 2011.2.7.까지 4회에 걸쳐 OOO에 반환하였으므로, 쟁점②-2금액을 청구인에게 상여로 소득처분한 대상금액에서 제외함이 타당하다.

(3)청구인은 근로소득만 있어「소득세법」상 종합소득세 신고의무가 없으므로 근로소득인 쟁점금액에 대한 상여에 대하여 무신고가산세를 부과한 처분은 부당하고, 설령,인정상여 소득이 종합소득세 신고대상이 된다고 하더라도 청구인은 기존 근로소득에 대해 세법상 신고의무를 이행한 후 부도 및 구속 등의 사유로 불가피하게 쟁점금액과 관련된 소득세 신고의무를 이행하지 못한 정당한 사유가 있는 것이므로 일반과소신고가산세 10%를 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1)청구인은 OOO의 지분 중 29.91% 보유하고 있는 OOO(주)의 실사주로, 청구인이 최대주주인 OOO(주)를 통하여 OOO의 경영 및 자금조달·집행 등 업무 전반을 실질적으로 지배하고 있는바, 그의 지위를 이용하여 동 법인의 증자자금을 사외에 유출시켜 자신의 이해관계를 위하여 유용하고, 이를 OOO의 지분 51%를 OOO원에 양수하는 것으로 가장(지분법적용투자주식)하는 등 당초부터 사외유출된 자금의 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 지출 자체로서 사외유출에 해당하고(대법원 2001.9.14. 선고 99두3324 판결, 같은 뜻임),

OOO는 청구인의 횡령사건에 대한 검찰수사가 개시되기 전까지는 횡령액에 대한 별도의 채권회수절차를 진행한 바 없고, OOO의 지분 양수·도계약서상 “2010년 3월 31까지 신뢰할 수 있는 기관에서 발행한 생산성 있는 확정매장량보고서가 나오는 조건이며 그렇지 않을 경우 양수도 금액 전액을 반환하기로 한다”는 특약사항 및 OOO이 보유하고 있는 광권이 생산광권으로 전환되지 못하였을 경우 양수한 지분 51% 중 10%를 OOO원에 매도할 수 있는 풋옵션을 행사할 수 있다”라는 특약사항이 명시되어 있음에도 이를 행사한 사실이 없고, 횡령액 회수를 위한 내용증명 발송 및 주권인도청구권 가압류 절차도 법원의 1심 판결일인 2011.1.21. 직후에 이루어진 것이 아니라 지배주주가 변경된 이후인 2011년 4월에서야 이루어졌으며, 서울남부지방검찰청(검사 임OOO)의 공소장 및 수사사건기록과 서울고등법원의 판결에 의하면, 청구인이 청구외법인들의 실제 사주임이 확인되었는바, 이에 따르면 원심판단 부분에 청구인이 청구외법인들을 인수한 후 정상적인 자금조달이 어려운 상황에서 청구외법인들의 운영자금 마련을 위하여 사채업자인 최OOO와 원금 및 이자 10% 보장 및 조달원금의 50%를 담보로 제공하고 청구인 개인이 연대보증하는 내용의 이면약정을 체결하였음이 확인되었고, 서울고등법원 판결(서울고등법원 2011.7.15 선고 2011노421 판결)에서는 청구인에 대한 처벌을 원하지 않는다는 등 청구인과 OOO의 경제적 이해관계가 다르다고 볼 수 없다.

(2)「법인세법 시행령」제106조 제4항은 “부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하고 있는바, 청구인이 OOO에서 부당 유출한 쟁점①금액은 회수를 전제로 이루어진 것이 아니어서 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당하고, 사외유출이 일어난 그 시점에 납세의무가 성립된 조세는 사후에 그 소득금액을 법인에 환원시켰다 하더라도 이미 성립된 납세의무에 영향을 줄 수 없을 뿐만 아니라(대법원 2001.9.14. 선고 99두3324 판결, 같은 뜻임), 청구인이 OOO에 반환하였다고 주장하는 반환일은 세무조사를 착수한 2010.10.26 이후로 이는 경정이 있을 것을 미리 알 수 있는 사유가 있었고, 횡령금액의 반환은 서울남부지방법원의 판결(서울남부지방법원 2011.1.21. 선고 2010고합353 판결) 이후로 항소법원에서 형을 감경받기 위한 것에 불과하며, OOO의 운영자금으로 사용하였다는 쟁점①-㉯금액(OOO원)도 OOO를 지배하고 있는 청구인 개인의 이익을 위하여 OOO의 자금을 부당하게 유출한 것이므로 당초 처분은 정당하며,

서울고등법원의 판결을 보면, 쟁점②금액 중 쟁점②-㉮금액을 청구인이 OOO의 운영자금 조달 목적으로 사채업자로부터 조달한 개인적 연대보증 채무에 사용하였음을 판시하고 있어 이는 횡령으로 보기 어렵다고 판시하고 있으나, 서울고등법원 판결은 형사판결로 세법적 관점에서의 상여처분과 그 판단의 주요 관점이 다른 것으로, 세법적 관점에서 살펴보면 청구외법인들의 실사주인 청구인이 개인적인 경제적 이익을 위하여 사채업자로부터 자금을 개인적으로 차입한 것을 법인의 유상증자대금 등으로 납입한 후 법인의 자금을 상법에 의한 배당 등의 절차 없이 임의로 자금을 사외유출한 후 실사주의 개인채무 변제를 위하여 사용된 것이고,

청구인은 쟁점②금액 중 쟁점②-㉮금액에 대하여 청구인은 동 금액을 2010.6.10.부터 2011.2.7.까지 4차례에 걸쳐 반환되었음을 주장하며 금융증빙자료를 제출하고 있으나, 서울고등법원은 이를 횡령으로 판단한 것으로 확인되며, OOO에 입금된 금액은 OOO 또는 OOO에서 입금된 금액으로 동 입금된 금액의 자금원천이 청구인이 횡령한 쟁점②금액인지를 알 수 없고, 청구인과 OOO 및 OOO와의 채권·채무 관계, 또는 OOO, OOO와 OOO와의 채권·채무 관계가 확인되지 아니한 상황에서 단지 위 법인들로부터 OOO에 입금된 금액이 청구인이 반환한 금액이라는 주장만으로는 쟁점②금액을 상여처분금액에서 제외할 수 없다.

(3)「소득세법」제70조는 “해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자”는 모두 신고의무자로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제134조는 소득금액변동통지에 따라 과세표준확정신고 의무가 없었던 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우에도 추가신고·납부를 규정하고 있는바, 청구인은 2009년 귀속 종합소득세를 신고한 사실이 없고, 소득금액변동통지된 인정상여 소득에 대하여 추가신고납부하지 않았으므로 청구인의 2009년 귀속 종합소득세 결정시 무신고가산세를 부과한 처분은 정당하며, 법인이 사기나 그 밖의 부정한 행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아 사외유출된 금액을 그 귀속자에게 상여로 소득처분하고 종합소득세를 결정하는 경우 부당무신고가산세를 적용하는 것으로, 이 경우 부도나 구속 등의 사유는「국세기본법」제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 신고·납부 불이행에 대한 정당한 사유라고 할 수 없으므로(대법원 2012.6.28. 선고 2012두6988 판결), 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점금액을 청구인이 횡령한 것으로 보아 상여로 소득처분한 후 종합소득세를 과세한 처분의 당부

② 부당무신고가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)법인세법

제67조【소득처분】제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)·배당·기타사외유출(其他社外流出)·사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령

제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는「소득세법」제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.
라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득
2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

(3) 소득세법

제70조【종합소득과세표준 확정신고】① 해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자(종합소득과세표준이 없거나 결손금이 있는 거주자를 포함한다)는 그 종합소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

제80조【결정과 경정】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해년도의 과세표준과 세액을 결정한다.
② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제1호의2 및 제1호의3의 경우에는 제73조의 규정에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해년도의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때
1의2. 제137조·제138조·제143조의4·제144조의2 또는 제146조의 규정에 따른 연말정산 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업·행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수이행이 어렵다고 인정되는 때

제73조【과세표준확정신고의 예외】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조의 규정에 불구하고 당해 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다.
1. 근로소득만 있는 자
④ 근로소득(일용근로소득을 제외한다)·연김소득·퇴직소득 또는 제1항제5호의 규정에 의한 소득이 있는 자에 대하여 제127조의 규정에 의한 원천징수의무를 부담하는 자가 제137조·제138조·제143조의4·제144조의2 또는 제146조의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하지 아니한 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

(4) 소득세법 시행령

제134조【추가신고납부】① 종합소득 과세표준확정신고기한 경과후에 「법인세법」에 의하여 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 배당ㆍ상여 또는 기타 소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생하여 종합소득 과세표준확정신고의무가 없었던 자, 세법에 의하여 과세표준확정신고를 아니하여도 되는 자 및 과세표준확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우에 있어서 당해 법인(제192조제1항 단서의 규정에 의하여 거주자가 통지를 받은 경우에는 당해 거주자)이 제192조 제1항의 규정에 의한 소득금액변동통지서를 받은 날(「법인세법」에 의하여 법인이 신고함으로써 소득금액에 변동이 있는 경우에는 당해 법인의 법인세 신고기일)이 속하는 달의 "다음다음 달 말일까지 추가신고자진납부한 때에는 법 제70조 또는 법 제74조의 기한내에 신고납부한 것으로 본다.

(5) 국세기본법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 것)

제26조의2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.

부칙 제2조(국세 부과의 제척기간에 관한 적용례) 제26조의2 제1항제1호 후단의 개정규정은2012년 1월 1일 이후 최초로 「법인세법」제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용한다.

제47조의2【무신고가산세】① 납세자(「부가가치세법」제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 세법에 따른 산출세액(법인세의 경우에는 「법인세법」제55조의2의 규정에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세를, 상속세 및 증여세의 경우에는 「상속세 및 증여세법」제27조 또는 제57조의 규정에 따라 가산하는 금액을 각각 포함하고, 부가가치세의 경우에는「부가가치세법」제17조 및 제26조 제2항의 규정에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 "산출세액"이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "일반무신고가산세액"이라 한다)을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 대통령령이 정하는 복식부기의무자(이하 이 절에서 "복식부기의무자"라 한다) 또는 법인이 소득세과세표준신고서 또는 법인세과세표준신고서를 제출하지 아니한 때에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 납부할 소득세액 또는 법인세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.
② 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법(납세자가 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 것에 기초하여 국세의 과세표준 또는 세액의 신고의무를 위반하는 것으로서 대통령령이 정하는 방법을 말한다. 이하 이 절에서 같다)으로 무신고한 과세표준(부가가치세의 경우에는 「부가가치세법」 제17조 및 제26조 제2항의 규정에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 "과세표준"이라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.
1. 부당한 방법으로 무신고한 과세표준에 대한 가산세액 : 과세표준 중 부당한 방법으로 무신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당무신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당무신고가산세액"이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 소득세 과세표준신고서 또는 법인세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 때에는 부당무신고가산세액과 부당한 방법으로 무신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 이 항에서 "부당무신고수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.
2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액 : 과세표준 중 부당무신고과세표준을 차감한 과세표준에 상당하는 금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액. 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 소득세과세표준신고서 또는 법인세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 때에는 과세표준에서 부당무신고과세표준을 차감한 금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액과 부당무신고수입금액 외의 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다

(6) 국세기본법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22038호로 개정되기 전의 것) 제27조【무신고가산세】① 법 제47조의2 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 복식부기의무자"라 함은 부동산임대소득 또는 사업소득이 있는 거주자로서 「소득세법」제160조 제3항에 따른 복식부기의무자를 말한다.
② 법 제47조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 방법"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 허위기장
2. 허위증빙 또는 허위문서(이하 이 조에서 "허위증빙등"이라 한다)의 작성
3. 허위증빙등의 수취(허위임을 알고 수취한 경우에 한한다)
4. 장부와 기록의 파기
5. 재산을 은닉하거나 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐
6. 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받기 위한 사기 그 밖에 부정한 행위

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, OOO를 통한 쟁점①금액의 흐름을 살펴본다.

(가) 청구인은 2009.3.19. 구 주주들로부터 OOO의 지분 50.18%를 김OOO 및 신OOO 명의로 취득(대표이사 김OOO 선임)하여 최대주주로서 실질적으로 소유 및 지배하였고, 2009.4.16. 청구인은 사채업자인 최OOO로부터 OOO원을 차입(원금 및 이자 10%)하는 등의 방법으로 OOO원을 마련하여 2009.4.20. 코스닥 상장사인 OOO 지분 29.1%(7,180,000주)를 당시 최대주주였던 안OOO으로부터 OOO원에 청구인이 실질적으로 소유 및 지배하고 있던 OOO(주) 명의로 인수(인수 후 대표이사 윤OOO 선임)하여 OOO(1999.11.23. 코스닥 상장법인)를 실질적으로 소유 및 지배하게 되었으며, 또한 청구인은 윤OOO과 공모하여 OOO[2009년 7월 청구인이 OOO원(100%)을 투자하여 설립한 법인으로, 몽골국내 OOO 탐사광권만을 취득한 상태이나 그 가치는 없고, 동 지분 100%를 이OOO의 사촌 이OOO에게 이전하였는바, 대법원은 동 지분을 청구인이 이OOO에게 명의신탁한 것으로 판단]의 지분을 취득하는 방식으로 OOO 유상증자대금 등 법인자금을 횡령하기로 공모하고, 2009.6.11. 청구인은 사채업자 최OOO의 자금을 동원하는 방식(유상증자 후 동 자금을 이용하여 손실보전금 OOO원 및 2009.4.16. 차입한 원금 OOO원과 이자 OOO원에 대한 담보물 제공 조건)을 이용하여 OOO에 대하여 제3자 배정방식의 1차 유상증자를 실시(참여자 장OOO 외 20명)하여 OOO원을 조달하였고, 동 유상증자대금을 예치한 후 OOO원 상당의 양도성예금증서를 교부받아 최OOO에게 인도하였으나, 그 후 주가가 하락되자 청구인이 최OOO에게 지급할 손실보전금이 OOO원에 이름에 따라 양도성예금증서를 회수 및 해지하여, 동 자금으로 OOO의 지분을 취득하는 방식(2009.7.17. 지분 10%를 OOO원에, 2009.8.18. 지분 30%를 OOO원에 취득)으로 인출하여 이OOO의 개인예금계좌로 입금한 후, 동 금액을 각각 인출하여 최OOO에게 차입 원금과 이자 총 OOO원 및 손실보전금 OOO원을 지급하였고,

또한, 최OOO로부터 OOO원을 추가적으로 차입하여 2009.12.17. OOO의 제3자 배정방식의 유상증자(OOO 명의로 단독참여하여 신주 9,090,909주를 추가인수)를 실시한 후, 동 유상증자납입액 중 OOO원을 2009.12.21. 인출하여 OOO의 지분 11%를 취득하는 방식으로 이OOO의 개인예금계좌로 입금한 후 이 중 OOO원을 인출하여 청구인이 실질적으로 지배·관리하고 있는 OOO의 운영자금으로 사용하였다.

〈표1〉OOO의 자금조달 및 OOO의 OOO 발행 주식취득 내역
(단위: 백만원)

(나) OOO의 OOO의 지분 51%의 취득대금인 쟁점①금액과 관련하여 서울남부지방검찰청장은 2010.7.2. OOO의 실질사주를 청구인으로 보아「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」위반혐의(횡령)로 서울남부지방법원에 공소를 제기하였고, 1심과 2심을 거쳐 최종적으로 대법원이 2011.11.24. 확정판결을 하였는바, 법원의 판단(대법원 2011.11.24. 선고 2011도10139 판결, 서울고등법원 2011.7.15. 선고 2011노421 판결, 서울남부지방법원 2011.1.21. 선고 2010고합353 판결)내용을 보면, OOO의 지분의 가치는 OOO가 그 대가로 지급한 금액에 비하여 극히 미미할 것으로 보이는 데다가 OOO의 회사자금을 전용하기 위한 방편으로 동 주식을 취득하는 형식을 가장한 것에 불과하므로 횡령액 산정시 OOO의 지분의 가치는 고려하지 않는 것을 전제로 하여, 2009.6.11. 유상증자시 인출한 OOO원(2009.7.17. 및 2009.8.18. OOO원, 2009.12.21. OOO원)은 유상증자납일일 이전에 이미 즉시 인출이 예정된 돈으로서 실질적으로 가장된 방법에 의한 증자에 불과하여 OOO의 자본금으로서의 실체를 형성한 바가 없어 불법영득의 의사가 있었다고 보기 어려우므로 무죄(횡령이 아님)이고, 나머지 OOO원은 청구인이 OOO를 이용하여 개인적 이익을 목적으로 사용한 것(최OOO에 대한 원금 및 이자 OOO원 변제 및 OOO의 운영자금 OOO원)으로 보아 횡령으로 판단한 것으로 나타난다.

〈표2〉쟁점①금액의 횡령혐의에 대한 법원의 판결 및 처분청 처분 요약
(단위: 백만원)

(2) 다음으로, OOO를 통한 쟁점②금액의 흐름을 살펴본다.

(가) 청구인은 본인이 실질적인 사주로 있는 OOO를 이용하여 OOO의 경영권을 인수하기 위하여 2007.6.14. 코스닥 상장법인이었던 OOO 발행 주식을 추가로 취득하여(지분율 21%) 최대주주의 지위를 확보함으로써 최종적으로 청구인은 최대주주인 OOO와 자회사인 OOO 및 OOO의 대표이사인 이OOO, OOO의 대표이사이며 OOO의 이사인 박OOO 등을 통하여 관련 회사들을 실질적으로 지배하게 되었고, 청구인이 OOO를 인수하기 전인 2006.7.10. OOO는 OOO원 규모와 2007.7.27. OOO원 규모의 무기명 사모 분리형 무보증 신주인수권부사채(만기 2009.7.10., 2010.7.27.로 1년 경과 후 조기상환 가능)를 하나은행 등에 발행하였는바, 청구인이 OOO만으로는 정상적인 운영자금조달이 어려운 상황에서 해외 신주인수권부사채의 변제와 운영자금 마련을 위하여 사채업자인 최OOO와 원금 및 이자 10% 보장과 조달원금의 50%를 담보로 제공하고 청구인 개인이 연대보증하는 내용의 이면계약을 체결한 후, 2007.12.14. OOO원 규모의 제3자배정 유상증자를 실시 및 2008.5.6. OOO원과 2008.6.20. OOO원 규모의 신주인수권사채를 각 발행하는 등 총 OOO원을 조달하였고,

OOO는 위와 같은 이면약정에 따라 그에 대한 담보로 최OOO에게 OOO원 상당의 양도성예금증서를 제공하여 준 후, 이를 회수 및 해지(2009.3.23. OOO원, 2009.3.24. OOO원, 2009.3.25. OOO원, 2009.4.1. OOO원으로 총 OOO원 양도성예금증서 해지)하여 OOO의 자회사인 OOO에게 단기대여형식[이후 감사보고서 작성시 단기대여금 계상사실이 부당함을 지적함에 따라 사후적으로 OOO가 OOO의 지분을 취득한 것으로 회계처리함]으로 총 OOO원(2009.3.23. OOO원을, 2009.3.24. OOO원을, 2009.3.25. OOO원을, 2009.4.1. OOO원)을 OOO의 법인계좌에서 OOO의 법인계좌로 송금하고, 같은 날에 동 금액을 인출하여 그 중 OOO원을 청구인과 최OOO 간에 이면약정한 손실보전금으로 지급하고, 나머지 OOO원은 OOO 운영자금으로 사용한 것으로 나타난다.

또한, 2009.10.10.부터 2009.10.30.까지 OOO원(2009.10.10. OOO원, 2009.10.23. OOO원, 2009.10.29. OOO원, 2009.10.30. OOO원)을 OOO의 자회사인 OOO에게 단기대여형식[이후 감사보고서 작성시 단기대여금 계상사실이 부당함을 지적함에 따라 사후적으로 OOO가 OOO의 지분을 취득한 것으로 회계처리함]으로 OOO의 법인계좌에서 (주)OOO의 법인계좌로 송금하고, 같은 날에 동 금액을 인출하여 OOO가 OOO의 지분을 취득한 것으로 하여 OOO의 예금계좌에 입금시킨 후, 동 금액을 자기앞수표로 인출하여 그 중 OOO원은 최OOO에 대한 청구인 개인채무변제 명목으로, 나머지 OOO원은 OOO, OOO, OOO(주)의 운영자금으로 사용한 것으로 나타나며, 그 이후 청구인은 2010.6.10.부터 2011.2.7.까지 OOO에 OOO원을 반환한 것으로 확인된다.

〈표3〉OOO 제4기 감사보고서상 확인 내역
(단위: 백만원)

〈표4〉청구인의 쟁점②-㉯금액 반환 주장 내역
(단위 : 천원)

(나)OOO 자금의 횡령액인 쟁점②금액과 관련하여 서울남부지방검찰청장은 2010.7.2. OOO의 실질사주를 청구인으로 보아「특정경제범죄가중처벌 등에 관한 법률」위반혐의(횡령)로 서울남부지방법원에 공소를 제기하였고, 1심과 2심을 거쳐 최종적으로 대법원이 2011.11.24. 확정판결한바, 법원의 판단(대법원 2011.11.24. 선고 2011도10139 판결, 서울고등법원 2011.7.15. 선고 2011노421 판결, 서울남부지방법원 2011.1.21. 선고 2010고합353 판결)을 보면, OOO의 지분의 가치는 OOO가 그 대가로 지급한 금액에 비하여 극히 미미할 것으로 보이는 데다가 OOO의 회사자금을 전용하기 위한 방편으로 동 주식을 취득하는 형식을 가장한 것에 불과하므로 횡령액 산정시 OOO의 지분의 가치는 고려하지 않았으며, 2009.3.23.부터 2009.4.1.까지 인출한 OOO 자금 OOO원은 사채업자인 최OOO에게 채무를 변제한 것으로 나타나고 있는바, 동 채무는 OOO의 부채를 변제하기 위하여 OOO로 자금을 유출한 청구인에게 불법영득의 의사가 있었다고 보기 어려우므로 무죄(횡령이 아님)이며, 또한 OOO원은 청구인의 최OOO에 대한 개인적인 채무변제에 사용하고, 나머지 OOO원은 OOO 등 관계회사의 운영자금으로 사용한 사실이 있는바, 이는 청구인 개인적인 이익을 위하여 OOO의 자금을 유용한 것이라 할 것이므로 횡령에 해당한다고 판단한 것으로 나타난다.

〈표5〉쟁점②금액의 횡령혐의 금액에 대한 판결문 요약
(단위: 백만원)

(3) 먼저, 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 원천징수세액만 있어 종합소득세 신고의무가 없으며, 청구인이 부당유출한 자금에 대하여 채무변제에 합의하고 채권확보를 위해 청구인이 보유 중인 유가증권 등 청구인 재산의 매각을 통해 상환하기로 합의서를 작성하는 등 채권확보조치를 취한 점 등으로 볼 때 청구인의 의사와 청구외법인들의 의사가 일치하는 것으로 보기 어려운 경우에 해당하므로 청구인이 쟁점금액을 횡령에 의하여 사외유출한 것으로 보아 청구인에게 상여로 소득처분 후 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 원천징수의무자의 갑종근로소득세에 대한 원천징수가 누락되었다면 그 소득자에 대하여 종합소득세로 이를 부과할 수 있는 것(대법원 2001.12.27. 선고 2000두10649 판결, 같은 뜻임)이고, 또한 청구인은 OOO(주), OOO, OOO, OOO, OOO를 지배·관리하고 있는 회장으로 직원들{김OOO[OOO(주) 대표이사], 윤OOO(OOO 대표이사), 이OOO(OOO 대표이사), 박OOO[OOO의 이사 겸 OOO의 대표이사]}을 위 법인들의 대표이사 등으로 세워 실질적으로 OOO(주)를 통하여 OOO를, OOO와 OOO의 자회사인 OOO를 통하여 OOO의 각 주요사업의 경영 및 자금조달과 집행 등 업무전반을 실질적으로 지배·관리한 것으로 나타나며,

OOO는 청구인의 횡령사건에 대한 검찰수사가 개시되기 전까지는 횡령액에 대한 별도의 채권 회수절차를 진행한 바 없고(고소장 제출 사실도 없음), OOO의 지분 양수·도계약서상 “2010년 3월 31일까지 신뢰할 수 있는 기관에서 발행한 생산성 있는 확정 매장량 보고서가 나오는 조건이며 그렇지 않을 경우 양수도 금액 전액을 반환하기로 한다”는 특약사항 및 OOO 유한책임회사가 보유하고 있는 광권이 생산광권으로 전환되지 못하였을 경우 양수한 지분 51% 중 10%를 OOO원에 매도할 수 있는 풋옵션을 행사할 수 있다”는 특약사항이 명시되어 있음에도 이를 행사한 사실이 없으며, 횡령액 회수를 위한 내용증명 발송 및 주권인도청구권 가압류 절차도 법원의 1심 판결일인 2011.1.21. 직후에 이루어진 것이 아니라 지배주주가 변경된 이후인 2011년 4월에야 이루어진 것으로 나타나고 있어 청구인의 의사와 청구외법인들의 의사가 일치하지 않는 것으로 보기 어렵다 할 것이다.

또한, 청구인은 쟁점①금액 중 법원의 판결에 따라 횡령한 금액으로 확정된 쟁점①-㉮금액을 OOO에 반환(2011.4.8～2011.6.8.)하였고, 쟁점①금액 중 쟁점①-㉯금액(OOO원)은 OOO의 운영자금으로 사용한 사실이 확인되므로 쟁점①-1금액을 청구인에 대한 상여로 소득처분하여 종합소득세를 과세한 처분은 부당하며, 쟁점②금액 중 쟁점②-㉮금액은 최OOO에 대한 채무를 변제하기 위하여 사용한 것이고, 나머지 쟁점②-㉯금액도 2010.6.10.부터 2011.2.7.까지 4회에 걸쳐 OOO에 반환하였으므로 쟁점②금액도 청구인에게 상여로 소득처분한 대상금액에서 제외하여야 한다고 주장하나,「법인세법 시행령」제106조 제4항은 “부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정하고 있고, 이 경우 “다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우”에 대하여 세무조사의 통지를 받은 경우 등과 수사기관의 수사 또는 재판과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우 등 이와 유사한 경우를 들고 있는바, 검찰기록에 의하면, 수사기관이 이 건에 대하여 2010년 7월에 수사에 착수하여 2010.7.23. 청구인 등을 기소하였고, 이에 따른 세무조사는 2010.10.26.에 착수한 것으로 나타나 있으며, 청구인이 OOO 등에 반환하였다고 주장하는 반환일은 세무조사 또는 수사기관이 수사 등을 착수한 2010.10.26. 이후로 나타나고 있어 경정이 있을 것을 미리 알고 쟁점금액을 반환한 것으로 횡령금액의 반환은 서울남부지방법원(2011.1.21. 선고 2010고합353, 378)의 판결 이후로 항소법원에서 형을 감경받기 위한 것에 불과하며, 또한 이를 익금산입하여 수정신고한 사실도 없어 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당하고, 사외유출이 일어난 그 시점에 납세의무가 성립된 조세는 사후에 그 소득금액을 법인에 환원시켰다 하더라도 이미 성립된 납세의무에 영향을 줄 수 없으며, 또한 법원의 판결에 의하면 쟁점①-㉯금액은 청구인 개인의 용도인 OOO의 운영자금으로 사용하기 위하여 횡령한 것이라고 판결한 사실이 있어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(4) 다음으로, 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점②에 대하여 살피건대,「소득세법」제24조 제1항에서 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제49조 제1항 본문 및 제4호에서 근로소득의 수입시기는 근로를 제공한 날로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제164조 제1항은 소득세 납세의무가 있는 개인에게 소득금액을 국내에서 지급하는 자는 지급조서를 그 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있고,「국세기본법」제47조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제27조에는 ‘부당한 방법으로 무신고한 과세표준이 있는 경우’에서 ‘부당한 방법’을 ‘납세자가 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 것에 기초하여 국세의 과세표준 또는 세액의 신고의무를 위반하는 것으로서 재산을 은닉하거나 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐하는 것을 말한다’고 규정하고 있으며, 2011.12.31. 법률 제11124호로 개정된 같은 법 제26조의2 제1항 제1호 후단에서 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 부과제척기간을 규정하고 있고, 부칙 제2조에서 2012.1.1 이후 최초로「법인세법」제67조에 따라 처분하는 금액부터 적용하는 것으로 규정하고 있는바, 이는 법인세와 같이 상여로 처분된 소득세에 대하여도 동일한 부과제척기간을 적용하기 위하여 개정된 것으로 보이고, 소득세 과세처분에 있어 부정행위 여부에 따른 가산세 부과의 기준으로 삼기는 어려운 점, 이 사건과 같이 회사에서 자금을 빼내기 위해 다른 법인을 이용한 경우에 대한 소득세 부과처분시 부당무신고가산세 부과대상인 사기·기타 부정한 행위의 하나로 보기는 어렵다고 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점금액을 청구인에게 상여로 소득처분하고 부당무신고가산세를 적용하여 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.