이유
1. 처분개요 가. 청구인은 2020.6.1. OOO공공주택지구 대토보상계획 공고에 따라 경기도 성남시 OOO외 2필지 토지 1,666.6㎡를 한국토지주택공사에 OOO원에 양도하면서, 양도대금 중 OOO은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제63조 제1항 단서에 따라 대토로 보상받기로 하고, 2020.6.2. 대토보상권을 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다)에 현물출자하는 계약을 체결하는 한편, 대토보상신청액에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) 제1항에 따라 과세이연을 신청하고, 나머지 현금보상분에 대하여 2020.8.31. 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다. 나. 이후 청구인은 대토보상이 지연됨에 따라 쟁점법인과 체결한 현물출자 계약을 철회하고, 2023.6.5. 대토보상신청액을 현금보상 받은 후, 2023.8.30. 양도소득세 OOO원 중 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 다. 국세청 감사관실은 2022.2.7.부터 2022.2.25.까지 이월과세 및 과세특례 등에 대하여 사후관리 실태점검을 실시한 결과, 청구인이 2020.6.2. 쟁점법인과 현물출자 계약을 체결하고, 2020.6.15. 쟁점법인 주식 2,229,043주를 취득하였으므로 조특법 제77조의2 제3항 제2호에 따라 2020.8.31.까지 과세이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다는 과세자료를 처분청에 통보하였다. 라. 이에 따라 처분청은 2023.10.18. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다. 마. 청구인은 위 양도소득세 중 납부지연가산세 OOO원에 불복하여 2023.11.27. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 청구인은 2023.6.5. 현물출자 계약을 철회하고 대토보상 대신 현금보상을 받았으므로 조특법 제77조의2 제3항 제1호 및 같은 법 시행령 제73조 제5항 제2호에 따라 현금보상으로 전환된 2023.6.5.에 과세이연 상당의 양도소득세를 납부할 의무가 발생하였다. (1) 청구인은 2020.6.2. 대토보상권을 쟁점법인에 현물출자하는 계약을 체결하였으나, 계약 당시에는 대토보상이 확정되지 않았고, 이후 LH의 대토보상이 지연됨에 따라 대토보상을 철회할 수밖에 없었으므로, 대토보상을 전제로 한 사후관리 규정인 조특법 제77조의2 제3항 제2호를 적용하여 과세한 이 건 처분은 부당하다. (가) 국세청은 ‘공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도하고, 그 양도대금 중 일부는 현금으로 나머지는 공익사업의 시행자가 조성하는 토지로 보상받은 경우, 대토보상에 대한 과세특례는 「조세특례제한법」 제77조의2를, 현금보상에 대한 과세특례는 같은 법 제77조를 적용한다’고 해석(사전 2022법규재산 354, 2022.4.29.)하고 있는바, 이는 청구인의 경우처럼 대토보상을 신청하였다가 조특법 제77의2 제3항 제1호와 같이 토지보상권리가 결정되기 이전에 현금보상으로 전환한 경우에는 같은 법 시행령 제73조 제5항 제2호의 규정에 의해 조특법 제77조의2의 규정 대신 제77조가 적용되는 것이다. (나) 조세심판원은 위와 같은 취지로 공익사업의 시행에 따라 수용된 토지에 대하여 대토보상을 받기로 하고 조특법 제77의2에 따른 과세이연을 신청하였으나 대토예정지의 위치나 면적이 구체적으로 확정되지 아니하고 그에 대한 공급계약도 체결되지 아니하여 실질적으로 대토보상을 받았다고 볼 수 없는 상황에서, 대토보상을 현금보상으로 전환하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하는 경우 조특법 제77의2는 소멸하고, 같은 법 제77조 제1항에 따른 양도소득세 감면의 혜택을 선택하게 되므로, 이를 특례조항의 중복적용으로 볼 수 없다고 결정(조심 2014중4488, 2015.2.13., 조심2014중4670, 2014.12.30.)한 바 있다. (다) 따라서 당초 대토보상에 대한 납세의무가 소멸되고, 현금보상에 대한 납세의무를 부담하는 것이라면, 대토보상에 관한 가산세 역시 부과할 수 없다. (라) 이 건 처분청의 의견에 따를 경우, 청구인은 동일한 양도물건에 대해 대토보상을 받고 다시 현금보상을 받는 중복보상 상태에 놓이게 될 뿐만 아니라, 현금보상에 대해 조특법 제77조를 적용하여 신고·납부를 하였음에도 대토보상을 전제로 한 같은 법 제77조의2를 적용 받는 중첩된 납세의무를 지게 되는 것이다. (마) 조특법 제77조의2 제3항 제2호는 “대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우”에 과세이연받은 세액을 양도소득세로 납부하도록 되어 있는데, 앞서 설시한바와 같이 청구인은 당초 대토보상을 신청하였지만 실제로 대토보상 신청에 따른 토지를 확정적으로 취득하지 못한 상태에서 대토보상을 철회하고 현금보상을 신청하여 보상금을 수령한바, 대토보상으로 취득한 토지가 없고 소유권이전등기가 이루어지지 않았으므로 현금보상 전환시점에 대토보상 사후관리 규정을 적용하여 과세한 이 건 처분은 부당하다. (2) 청구인이 부동산투자회사와 현물출자계약을 체결하였다고 할지라도, 현물출자계약 및 대토보상을 철회한 후 현금보상으로 전환한 이상 조세심판원의 사실상 동일한 선결정례(조심 2015중81, 2015.4.2.)와 같이 대토보상 사후관리 규정을 적용하여 부과한 가산세는 취소되어야 한다. (가) 만일, 청구인이 쟁점법인과 현물출자 계약을 체결하였다는 이유로 청구인과 한국토지주택공사 간의 대토보상이 철회되지 않는다면, 청구인의 현물출자 계약으로 대토보상이 확정되었다는 의미가 되고, 이는 현물출자 계약 이후 대토보상을 현금보상으로 전환하는 것이 불가하거나 현금보상 권리가 부동산투자회사에 귀속되어야 함을 의미하지만, 실제로는 대토보상권이 현금보상으로 전환되어 청구인에게 귀속되었으므로 이는 처분청의 의견이 잘못되었음을 의미한다. (나) 조세심판원은 이와 유사한 사례에서 ‘공동사업에 현물출자한 것으로 볼 수 있을지언정 그 이후에 이미 공동사업계약을 철회하고, 이를 다시 현금보상으로 전환한 것이라면, 철회시점에 대토보상권은 소멸되었으므로, 대토보상권을 공동개발사업을 위해 현물출자한 것으로, 대토보상 특례적용이 취소되거나 원복 될 수 없다는 처분청의 논리는 받아들이기 어렵다’고 결정(조심 2015중81, 2015.5.2.)한바 있다. (3) 처분청이 제시한 결정례(조심 2023중677, 2023.5.3.)는 부동산투자회사가 영업인가를 받기 전에 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자할 수 있는 지 여부에 관한 것으로, 부동산투자회사가 청산되거나 현물출자가 철회되지 않았을 뿐만 아니라 납세자들이 대토보상을 현금보상으로 전환하지 않은 반면, 이 건은 부동산투자회사가 청산된 후 청구인이 대토보상권의 현물출자를 철회하고, 현금보상으로 전환한 것이므로 그 사실관계가 아래 <표1>과 같이 차이가 있어 이 건에 적용할 수 없다. <표1> 처분청 제시 심판례와 청구인의 심판청구 사건 비교| 조심2023중677(처분청 제시) | 심판청구 사건 |
| 대토보상, 현물출자 | 동일 |
| 국토부 인허가 사실 없음 | 동일 |
| 부동산투자회사법 적용 | 동일 |
| 대토보상 전(토지공급계약 전) | 동일 |
| 법인 청산 전 | 2023.5.31. 법인 청산 완료 |
| 현물출자 철회 사실 없음 | 2023.5.1. 현물출자 철회 |
| 현금보상 사실 없음 | 2023.6.5. 현금보상 전환완료 |
| 제2조(목적) 회사는 「부동산투자회사법」(이하 “부투법”이라 한다)에 따라 그 자산을 다음 각 호의 어느 하나에 취득, 개발 및 처분, 관리(시설운영을 포함한다), 임대차 및 전대차, 부동산개발사업을 목적으로 하는 법인 등 부투법 시행령으로 정하는 자에 대하여 부동산에 대한 담보권 설정 등 부투법 시행령으로 정한 방법에 따른 대출, 예치에 해당하는 방법으로 투자·운용하여 그 수익을 주주에게 배당하는 것을 목적으로 하며, 그 자산의 투자·운용과 직접 관련된 업무 기타 부투법 또는 다른 관련 법령에 의하여 허용된 업무 이외의 다른 업무를 영위할 수 없다. 1. 부동산 2. 부동산개발업 3. 지상권, 임차권 등 부동산 사용에 관한 권리 4. 신탁이 종료된 때에 신탁재산 전부가 수익자에게 귀속하는 부동산 신탁수익권 5. 증권, 채권 6. 현금(금융기관의 예금을 포함한다)
제12조(신주인수권) ① 회사는 회사가 발행할 주식의 총수 범위 내에서 이사회의 결의로 신주를 발행 할 수 있다. ②회사의 주주는 그가 가진 주식의 수에 비례하여 그가 가진 주식의 종류와 같은 종류의 신주를 배정받을 권리를 가진다. 그러나 주주가 신주인수권을 포기 또는 상실하거나 신주배정에서 단주가 발생하는 경우에 그 처리방법은 이사회의 결의에 의한다. ③제2항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나의 경우에는 이사회는 주주 이외의 자에게 신주를 배정할 수 있다. 1. 발행주식총수의 100분의 30을 초과하지 않는 범위 내에서 신주를 모집하거나 모집을 위하여 인수인에게 인수하게 하는 경우 2. 제2조에 정한 업무를 수행하기 위하여 필요한 자금의 조달, 재무구조 개선 등 회사의 경영상 목적을 달성하기 위하여 필요한 경우 3. 자본시장법 제165조 6 규정에 의하여 일반공모증자 방식으로 신주를 발행하는 경우 4. 신주 발행당시에 모든 주주가 동의하는 경우 5. 부투법상 회사의 최저자본금준비기간이 경과하지 아니한 경우 6. 대토보상권의 현물출자자에게 신주를 발행하는 경우 7. 대토보상에 따른 용지공급가액과 대토보상권 현물출자가액 사이에 부족분이 발생한 경우
제55조(해산) 회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 해당한다. 1. 존립기간을 정한 경우 그 존립기간의 만료 2. 주주총회의 해산결의 3. 합병 4. 파산 5. 법원의 해산명령 도는 해산판결 6. 국토교통부장관의 영업인가 도는 등록의 취소 7. 부투법 제3조 부터 제7조까지의 규정을 위반하여 영업인가 도는 등록이 거부된 경우 8. 설립 후 1년 6개월 이내에 영업인가를 받지 못하거나 등록을 하지 못한 경우 |
| ○ 대토보상 부동산투자회사가 영업인가를 받기 전에 현물출자를 받을 수 있는지 여부( 「부동산투자회사법」 제26조의3 등 관련)
○ 질의요지 - 「부동산투자회사법」(각주:2021.4.13. 법률 제18048호로 일부 개정되어 같은 날 시행되기 전의 것을 말하며, 이하 같음.) 제26조의3에서는 대토보상권을 현물출자받아 해당 토지의 개발사업에 투자할 목적으로 설립되는 부동산투자회사(이하 “대토보상 부동산투자회사”라 함)는 같은 법 제19조 제1항을 적용하지 않는다고 규정하고 있는바, 대토보상 부동산투자회사는 같은 법 제9조에 다른 영업인가를 받기 전에 현물출자를 받는 방식으로 신주를 발행할 수 있는지?
○ 회답 - 「부동산투자회사법」 제26조의3 에 따르면 대토보상 부동산투자회사는 영업인가를 받기 전에 현물출자를 받는 방식으로 신주를 발행할 수 있습니다. |