이유
1. 처분개요
가. 청구인은 1980.5.24. OOO 외 1필지 소재 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2000.9.4. 멸실하고 재건축사업을 통해 2002.10.30. OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하였고, 2006.10.19. 신축주택을 OOO에게 OOO원에 양도하고 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
나. 처분청은 2009.7.1. 신축주택의 양도에 따른 양도소득을
「조세특례제한법」 제99조의3
의 양도소득세 과세특례 적용대상으로 보아 양도소득세를 감면하고 감면세액에 대한 농어촌특별세 OOO원을 결정 고지하였으나, 이후 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은
「조세특례제한법」 제99조의3
에 의한 양도소득세 과세특례 대상이 아니라고 보아 감면을 배제하고 2013.7.4. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정 고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.30. 이의신청을 거쳐 2014.2.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 납부불성실가산세는 확정신고한 자진납부세액을 납부기한내에 납부하지 아니하였거나, 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때 그 납부하지 아니하였거나 미달한 금액에 대하여 납부기한 다음 날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간에 대하여 대통령령이 정하는 이자율을 적용하여 계산한 금액을 결정세액에 가산하는 것으로서, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있다 할 것인바(대법원 2005.4.15. 선고 2003두4089 판결 등), 처분청은 청구인이 감면대상으로 판단하여 신고 납부하지 아니한 쟁점주택의 양도소득세를 전액 감면하면서 감면분에 대한 농어촌특별세를 부과하였으며, 이를 신뢰한 청구인은 농어촌특별세를 납부하여 새로이 양도소득세가 부과될 것이라고 전혀 예상할 수 없었음에도, 처분청이 종전 과세처분이 잘못 되었음을 이유로 경정처분하면서 당초 부과처분일 이후에 대하여도 납부불성실가산세를 부과하는 것은 과세관청의 귀책사유를 납세자에게 전가하는 결과가 되어 부당하므로 당초 부과처분일 이후의 납부불성실가산세는 청구인에게 그 의무를 이행하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정하여 취소함이 타당하다.
(2)
「조세특례제한법」 제99조의3
에서 규정하고 있는 신축주택의 취득일, 양도소득의 개념은 감면대상 범위를 정하기 위한 규정으로서 「소득세법」상의 개념과 다르므로 신축주택에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용할 때에는 「조세특례제한법」상의 규정을 따라야 할 것인바,
「조세특례제한법 시행령」 제99조의3
은 감면대상 양도소득을 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하여 계산하도록 하고 있으며, 동 규정의 산식에서 ‘양도소득금액’은 취득일부터 양도일까지 발생한 전체의 양도소득이고, ‘취득당시의 기준시가’는 분모 분자 모두 신축주택 취득당시의 기준시가를 의미하므로, 이 산식에 따라 계산한 감면금액에는 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 포함된다. 따라서 「조세특례제한법」상 감면대상인 ‘신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’ 또는 ‘신축주택의 취득일로부터 5년간 발생하는 소득’은, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득이 포함되는 개념이므로 처분청이 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득을 감면대상에서 제외하고 과세한 이 건 처분은 취소하여야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 납부불성실가산세는 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 가산하는 지연이자 성격을 갖고 있으므로 사후에 세법에 따라 납부하여야 할 세액을 다시 계산한 결과 납부하지 아니한 세액이 확인되었다면 이에 대하여 납부불성실가산세를 부과하는 것은 세법에 따른 정당한 과세권의 행사이므로 납부불성실가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.
(2) 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,
「조세특례제한법」 제99조의3
의 규정에 의한 양도소득세 감면대상은 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득이 아니며, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 양도소득세 감면대상 소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는바, 같은 법 시행령 제40조 제1항의 계산식에서 분자의 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모의 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것이므로(조심 2013서3361, 2013.12.4. 같은 뜻임), 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득을 감면대상에서 제외하고 과세한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 처분청이 감면을 결정하여 통보하였다가 오류를 이유로 다시 과세하면서 납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부
② 재건축사업으로 신축주택을 취득한 경우 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득을 감면대상에서 제외하고 과세한 처분의 당부
나. 관련법령
(1) 국세기본법
제47조의4(납부불성실·환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만,
「인지세법」 제8조
제1항에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율
제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
(2) 조세특례제한법
제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이
「소득세법」 제89조
제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택
(3) 조세특례제한법 시행령
제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ② 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.
제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은
「소득세법」 제95조
제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는
「법인세법」 제99조
제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.
양도소득금액
×
취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가
───────────────────────────
양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가
다. 사실관계 및 판단
(1) 이 건 과세경위 등은 다음과 같다.
(가) 청구인은 1980.5.24. 취득한 종전주택을 1999.7.30. OOO에 신탁한 후 종전주택은 2000.9.4. 멸실되었고, 신축주택은 2002.10.30. 사용승인을 받은 후 2006.10.19. 양도되었으나, 청구인이 양도소득세를 신고하지 아니함에 따라, 처분청은
「조세특례제한법」 제99조의3
의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 신축주택에 대한 양도소득세를 OOO 감면하고 감면세액에 대한 농어촌특별세 OOO원만 2009.7.1. 청구인에게 고지한 사실이 확인된다.
(나) 처분청은 국세청장의 신축주택 취득자에 대한 과세특례 적정여부 점검계획(2013년 2월)에 따라, 재개발 재건축 등으로 과세특례 대상 신축주택을 취득한 경우 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은
「조세특례제한법」 제99조의3
의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 대상이 아니라고 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세하였다.
(2) 쟁점①에 대하여 살펴본다.
청구인은 처분청이 결정 고지한 세액을 성실하게 납부하였음에도 처분청의 결정에 오류가 있었다는 이유로 과세하면서 당초 결정일 이후의 기간에 대한 납부불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결, 같은 뜻임), 과세관청이 납세자에 부과된 양도소득세를 면제한 사실이 있다 하더라도 그러한 사정만으로는 상당한 기간에 걸쳐 과세관청이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대하여 양도소득세를 전액 감면해 오면서 과세관청이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 그에 대하여 과세하지 않겠다는 공적 견해나 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 보기 어렵고, 달리 비과세 관행이 있었다고 보기 어려우며, 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로, 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 납부할 세액에 가산하여 부과한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012서3244, 2012.9.28. 외 다수 같은 뜻임).
(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다.
(가) 처분청은
「조세특례제한법」 제99조의3
제1항, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항의 규정에 따라 신축주택 취득후 5년간 발생한 양도소득금액을 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하여 계산하였던바, 위 산식 중 분모의 ‘취득 당시의 기준시가’에는 종전주택 취득 당시의 기준시가를 적용하고, 분자의 ‘취득 당시의 기준시가’에는 신축주택 취득 당시의 기준시가를 적용한 것으로 나타난다.
양도소득금액
×
취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가
───────────────────────────
양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가
(나) 청구인은
「조세특례제한법 시행령」 제99조의3
제2항은 신축주택 취득후 5년간 발생한 양도소득금액을 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 하도록 규정하고 있으나, 신축주택 취득후 5년 이내 양도에 대한 준용규정은 없으므로, 신축주택 취득후 5년 이내 양도에 대하여 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하여 과세하는 것은 법적 근거가 없는 위법한 처분이며(서울고등법원 2013.5.31. 선고 2012누8931 판결), 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식은 전체 양도소득금액을 취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분 중 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분이 차지하는 비율로 안분하여 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 추산하는 규정인바(대법원 2013.1.31. 선고 2012두8588 판결), 5년 이내 양도의 경우에 대하여 위 산식을 적용하면, 분모와 분자의 ‘취득 당시의 기준시가’에는 모두 ‘신축주택 취득 당시의 기준시가가’가 동일하게 적용되어야 한다고 주장하고 있다.
(다) 위 내용을 종합하면, 청구인은 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면하지 않는 것은 부당하다고 주장하나,
「조세특례제한법」 제99조의3
의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,
「조세특례제한법」 제99조의3
제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례 대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이므로(조심 2010부415, 2010.9.17., 같은 뜻임), 신축주택 취득 전일까지의 양도소득금액을 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로
「국세기본법」 제81조
및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.