쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분의 당부

예규·판례

쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 토지...

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심판청구

조심 2024부2355

생산일자 2024-06-26

AI 요약

요지

청구법인은 쟁점토지가 2014년부터 2016년까지는 공공용지 사용(공용주차장, 공원조성)계약에 따라 공공용으로 사용되었고, 그 후 양도일까지는 계약이 연장체결되지는 않았으나 사실상 동일한 용도로 사용되었기에 2014∼2019년의 기간 동안은 「지방세법」제109조 제2항에 따라 재산세가 비과세되는 토지에 해당한다고 주장하나 2007년(일부토지) 및 2014∼2016년 외에 쟁점토지에 대한 재산세가 비과세된 바 없는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다

상세내용

이유
1.처분개요

가.청구법인은 2002.8.20. 개업하여 토목공사 건설업을 영위하고 있는 법인으로, 2006.12.11. 부산광역시 영도구 OOO 전 664㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 임의경매를 원인으로 OOO원에 취득한 후 2019.12.20. OOO지역주택조합에게 OOO원에 양도하였으나, 쟁점토지가 사업용 토지에 해당한다고 보아 2019사업연도 법인세 신고 시 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 납부하지 않았다.

나.처분청은 청구법인의 비사업용 토지 양도소득 과세자료를 검토한 결과, 청구법인이 해명자료로 제출한 자료(토지이용계획 확인원, 재산세 과세증명서, 쟁점토지 사진 등)만으로는 사업용 토지로 보기 어렵다고 보아 2023.10.10. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2024.1.2. 이의신청을 거쳐 2024.3.15. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1)청구법인은 2006년 쟁점토지를 구입한 후 청구법인의 자재창고로 사용하다가, 창고건물을 멸실한 뒤 부산광역시 영도구청의 요청에 따라 2014년부터 2016년까지 공공용지(공용주차장, 공원조성) 사용계약을 체결하였다.

공공용지 사용계약 체결 후 영도구청은 쟁점토지에 야외운동기구를 설치하였고 그 외 부지는 공공주차장으로 사용하였으며, 3년 계약하였으나 이후 재계약은 하지 아니하였는데, 해당 계약을 연장하기 위해서는 연장신청을 하여야 하나 단순 착오로 신청을 누락하여 계약이 해지되었고 감면되는 재산세 금액이 크지 않아 별다른 조치는 취하지 아니하였다.

(2)계약기간 종료 후에도 쟁점토지의 매각일(2019.12.20.)까지 쟁점토지의 야외운동기구는 철거되지 아니하여 공적으로 사용되었고, 그 외 부지 역시 공공주차장으로 이용되었다. 즉 쟁점토지에 대한 영도구청의 이용 상황은 2014년부터 매각일인 2019년까지 공용주차장 및 공원으로 변동 없이 사용되었던 것이다.

이의신청 당시 처분청 의견에도 ‘항공사진에 의해 승용차가 여러 대 주차되어 있고 사유지임에도 불구하고 출입을 통제하는 시설물 흔적이 없다’고 확인하여 공공주차장으로 쓰였음을 확인하고 있다.

(3)「법인세법」제55조의2 제2항 제4호에서는 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지는 사업용 토지로 판단하도록 규정하였고, 「지방세기본법」제17조에서는 과세는 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용하도록 하고 있으며, ‘지방세법 기본통칙’ 109-1에서는 “「지방세법」제109조 제2항의 ‘1년 이상 공용 또는 공공용에 사용하는 재산’이란 과세기준일 현재 1년 이상 계속하여 공용 또는 공공용으로 실제 사용 하였거나 사용할 것이 계약서 등에 의하여 입증되는 때에는 지상권 설정유무 등에 관계없이 비과세 된다”고 하였다.

(가)쟁점토지는 계약기간이 종료된 이후에도 매각 전까지 공공용으로 사용되고 있음이 야외운동기구 관리대장에 의해 확인되고, 공공주차장으로 이용되고 있음이 항공사진으로 확인되므로 재산세가 비과세되는 토지로 보아야 한다.

처분청 역시 이의신청 과정에서 공공용지 계약기간(2014∼2016년) 동안은 사업용으로 보았으므로, 그 후부터 쟁점토지를 매각하기 전 기간(2017∼2019년) 역시 실질적으로 공공용지로 보아 사업용으로 분류하여 매각 직전 6년 동안 사업용으로 사용된 것으로 보는 것이 타당하다.

(나)「법인세법 시행령」제92조의4에 의하면 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의하도록 하고 있고, 조세심판원(조심 OOO, 2019.12.23.) 역시 ‘사업용 여부의 판단은 실질에 의하도록 하였고, 재산세가 별도합산 또는 분리과세된 사실만으로 비사업용에 해당하지 아니한다고 할 수 없다’고 하였다.

그럼에도 처분청은 사실상 공공용지로 사용되었음을 인정하면서도 법의 엄격해석을 하여야 한다면서 청구법인의 이의신청을 기각하였으나, 쟁점토지는 양도 직전 6년간 사업용(공공용)으로 쓰였기 때문에 「법인세법 시행령」제92조의3의 ‘비사업용 토지 기간기준’에 해당하지 아니하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

나.처분청 의견

(1)쟁점토지는 토지 본래의 용도로 사용되지 않았다.

(가)토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상 토지는 법인이 소유기간 중 「법인세법 시행령」제92조의3에서 정하는 기간 동안 지목 본래의 용도로 사용하지 않고 양도하는 「법인세법」제55조의2 제2항 각 호에 해당하는 토지이다.

쟁점토지의 지목은 공부상 “전”이나 양도 당시 실제 나대지로 「법인세법」제55조의2 제2항 제4호에 따른 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지로 본래의 용도로 사용되지 않은 비사업용 토지에 해당한다.

(나)토지 본래의 용도로 사용하지 않은 쟁점토지는 취득일인 2006년부터 양도일인 2019년까지의 보유기간 중 재산세가 감면된 3년을 제외하더라도 10년간 종합합산대상토지로 재산세가 부과되었던바 비사업용 토지에 해당한다.

1)쟁점토지는 아래 ＜표1＞과 같이 보유기간 총 13년 중 재산세가 종합합산대상으로 부과된 기간이 양도일 직전 3년을 포함하여 총 10년으로 소유기간 중 약 77%가 비사업용 기간으로, 비사업용 토지에 해당하는 기간이 양도일 직전 5년 중 2년 초과, 양도일 직전 3년 중 1년 초과, 토지 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하여 비사업용 토지의 기간기준을 모두 충족하는바 비사업용 토지에 해당한다.

＜표1＞ 쟁점토지 재산세 과세 내역

재 산 세

과세연도

종합합산대상

비과세·감면

구 분

공부

지목

현황

지목

면적

(㎡)

공부

지목

현황

지목

면적

(㎡)

2007

전

370

전

도로

294

비사업용(1년)

2008∼2013

전

664

전

비사업용(6년)

2014∼2016

전

664

2017∼2019

전

664

전

비사업용(3년)

2)항공사진상 2013년 5월∼2014년 4월 사이에 무허가건물이 멸실된 것으로 확인되고, 영도구청의 공공용지 사용 계약에 따라 2014년부터 2016년까지 3년간은 재산세를 감면 받았다.

(2)쟁점토지는 「지방세법」제109조에서 정한 비과세 대상에도 해당하지 않는다.

(가)「지방세법」제109조 제2항에서는 “지방자치단체가 1년 이상 공용 또는 공공용으로 사용하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 단, 유료로 사용하는 경우에는 재산세를 부과한다”고 규정하고 있고, 청구법인의 공공용지 제공에 따른 재산세 감면 또한 지방자치단체에서 우범지대 등 치안이 우려되는 빈집, 폐건물에 대하여 철거비용을 부담하는 대신 철거 후 토지를 공공용지로 3년간 무상사용 동의 시 조례에 따라 재산세를 감면받은 것으로, 지방자치단체가 철거 비용을 부담하는 유료 사용에 해당하는 등 비과세 대상으로 보지 않음이 타당하다.

(나)또한 청구법인은 영도구청과 맺은 3년 계약 경과 후 단순 착오로 재계약 신청을 누락하여 계약이 해지되었다고 주장하나, 「지방세특례제한법」제4조에 의하면 지방자치단체 조례에 따른 지방세 감면시 3년의 기간 이내에서 지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제(이하 “지방세 감면”이라 한다)를 할 수 있다.

(3)이상과 같이 청구법인은 쟁점토지 취득 후 지역주택조합에 양도하기 전까지 토지의 본래 용도로 사용하거나 법인 업무와 관련하여 사용한 사실이 확인되지 않고, 오랜 기간 방치된 무허가 폐건물을 지방자치단체의 비용부담으로 철거 후 3년간 공공용지로 사용함에 동의하여 재산세를 감면받았을 뿐이며, 재산세가 감면된 3년간을 비사업용 기간에서 제외하더라도 「법인세법 시행령」제92조의3에서 규정하고 있는 비사업용 토지의 기간기준을 모두 충족하는바 비사업용 토지에 해당한다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분의 당부

나.관련 법령

(1) 법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중에 다음 각 목을 제외한 토지
가. 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
나. 「지방세법」제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것
5. 「지방세법」제106조 제2항에 따른 주택 부수토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지
③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제92조의4【토지지목의 판정】법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

제92조의8【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 운동장·경기장 등 체육시설용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
가. 선수전용 체육시설용 토지
(1) 「국민체육진흥법」에 따라 직장운동경기부를 설치한 법인이 선수전용으로 계속하여 제공하고 있는 체육시설용 토지로서 기획재정부령이 정하는 선수전용체육시설의 기준면적 이내의 토지. 다만, 직장운동경기부가 기획재정부령이 정하는 선수·지도자 등에 관한 요건에 해당하지 아니하는 경우에는 그러하지 아니하다.
(2) 운동경기업을 영위하는 법인이 선수훈련에 직접 사용하는 체육시설로서 기획재정부령이 정하는 기준면적 이내의 토지
나. 종업원 체육시설용 토지
종업원의 복지후생을 위하여 설치한 체육시설용 토지 중 기획재정부령이 정하는 종업원 체육시설의 기준면적 이내의 토지. 다만, 기획재정부령이 정하는 종업원 체육시설의 기준에 적합하지 아니하는 경우에는 그러하지 아니하다.
다. 「체육시설의 설치·이용에 관한 법률」에 따른 체육시설업을 영위하는 법인이 동법의 규정에 따른 적합한 시설 및 설비를 갖추고 당해 사업에 직접 사용하는 토지
라. 경기장운영업을 영위하는 법인이 당해 사업에 직접 사용하는 토지
7. 하치장용 등의 토지
물품의 보관·관리를 위하여 별도로 설치·사용되는 하치장·야적장·적치장 등(「건축법」에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지를 포함한다)으로서 당해 사업연도중 물품의 보관·관리에 사용된 최대면적의 100분의 120이내의 토지

(3) 지방세기본법 제17조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래가 서류상 귀속되는 자는 명의(名義)만 있을 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 이 법 또는 지방세관계법을 적용한다.
② 이 법 또는 지방세관계법 중 과세표준 또는 세액의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용한다.

(4) 지방세법 제109조【비과세】① 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 외국정부 및 주한국제기구의 소유에 속하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산에 대하여는 재산세를 부과한다.
1. 대한민국 정부기관의 재산에 대하여 과세하는 외국정부의 재산
2. 제107조 제2항 제4호에 따라 매수계약자에게 납세의무가 있는 재산
② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 1년 이상 공용 또는 공공용으로 사용(1년 이상 사용할 것이 계약서 등에 의하여 입증되는 경우를 포함한다)하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재산세를 부과한다.
1. 유료로 사용하는 경우
2. 소유권의 유상이전을 약정한 경우로서 그 재산을 취득하기 전에 미리 사용하는 경우

다.사실관계 및 판단

(1)청구법인과 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.

(가)청구법인은 2023.12.26. 부산광역시 영도구청장에게 ‘쟁점토지에 있었던 운동기구의 설치부터 철거까지의 내역이 기재된 운동기구관리대장’에 대하여 정보공개를 청구하였고, 영도구청장(행정지원과-984)은 2024.1.8. 위 청구에 대하여 ‘정보공개 결정’하고 청구법인에게 다음과 같이 회신하였다.
ㅇㅇㅇ

(나)청구법인은 쟁점토지의 공공용지 사용계약이 종료된 2016년 이후에도 야외운동장소 및 공공주차장으로 이용되고 있다고 주장하며 쟁점토지의 항공사진을 제출하였다.
ㅇㅇㅇ

(다)처분청은 쟁점토지에 대한 2007∼2019년 재산세 부과내역을 아래 ＜표2＞와 같이 제출하였는바, 2007년에는 쟁점토지 중 294㎡가 현황지목을 도로로 하여 비과세 대상으로 분류되었다가, 2008∼2013년까지는 664㎡ 모두 종합합산과세대상으로 분류되었으며, 2014∼2016년까지는 ‘부산광역시 빈집 정비 지원 조례’에 따라 감면되었고, 2017∼2019년까지는 다시 종합합산과세대상으로 분류된 것으로 나타난다.

＜표2＞쟁점토지 재산세 부과 내역
(단위:㎡, 원)

과세

연도

취득일자

공부

면적

해당

면적

표준

재산세액

분류

비고

2007

2006.10.26.

664

370

OOO

종합합산

294

OOO

비과세

현황지목 도로

2008

2006.10.26.

664

OOO

종합합산

2009

2006.10.26.

664

OOO

종합합산

2010

2006.10.26.

664

OOO

종합합산

2011

2006.10.26.

664

OOO

종합합산

2012

2006.10.26.

664

OOO

종합합산

2013

2006.10.26.

664

OOO

종합합산

2014

2006.10.26.

664

OOO

감면

특별조례에 의한 감면

2015

2006.10.26.

664

OOO

감면

2016

2006.10.26.

664

OOO

감면

2017

2006.10.26.

664

OOO

종합합산

2018

2006.10.26.

664

OOO

종합합산

2019

2006.10.26.

664

OOO

종합합산

(2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 2014년부터 2016년까지 공공용지 사용계약에 따라 공공체육시설 및 공공주차장으로 사용되었고, 그 후에도 매각일까지 계속 같은 용도로 사용되었던바 2014년부터 2019년 12월까지는 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아서는 아니된다고 주장하나, 「법인세법」제55조의2 제1항에서는 비사업용 토지를 양도하는 경우 토지 등의 양도소득에 대한 법인세를 납부하여야 하는 것으로 규정하였고, 같은 조 제2항 제4호에서는 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 ‘ⅰ) 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지, ⅱ) 「지방세법」제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지, ⅲ) 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것’을 제외한 토지를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 규정하였으며, 같은 법 시행령 제92조의4에서는 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 사실상의 현황에 의한다고 규정하고 있는바, 이 건 쟁점토지의 지목은 공부상 ‘전’이나 양도 당시 사실상 현황은 나대지인 것으로 나타나므로 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부는 「법인세법」제55조의2 제2항 제4호에 따라 판단하여야 할 것으로, 쟁점토지는 「지방세법」에 따른 재산세 종합합산과세대상이 되는 토지에 해당하고, 청구법인이 쟁점토지를 보유하였던 13년의 기간 중 공공용으로 사용한 2014부터 2016년까지의 3년을 제외한 10년 동안 재산세 종합합산과세대상으로 과세되었기에 비사업용 토지에 해당하는 기간이 양도일 직전 5년 중 2년 초과, 양도일 직전 3년 중 1년 초과, 토지 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하여 비사업용 토지의 기간기준을 모두 충족하는 것으로 나타나는 점, 청구법인은 쟁점토지가 2014년부터 2016년까지는 부산광역시 영도구청과 체결한 공공용지 사용(공용주차장, 공원조성)계약에 따라 공공용으로 사용되었고, 그 후 양도일까지는 계약이 연장체결되지는 않았으나 사실상 동일한 용도로 사용되었기에 2014∼2019년의 기간 동안은 「지방세법」제109조 제2항에 따라 재산세가 비과세되는 토지에 해당한다고 주장하나 2007년(일부토지) 및 2014∼2016년 외에 쟁점토지에 대한 재산세가 비과세된 바 없는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.