이유
1. 처분개요 가. OOO도지사는 2007.12.4.「산업단지 인·허가 절차 간소화를 위한 특례법」(2017.7.26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것, 이하 “산업단지특례법”이라 한다) 제15조에 따라 OOO 일원을 OOO 일반산업단지(이하 “이 건 산업단지”라 한다)로 지정하고, AAA 주식회사(이하 “이 건 사업시행자”라 한다)를 사업시행자로 지정하는 내용의 산업단지계획을 승인·고시OOO하였고, 이후 2015.4.16. 조성공사가 완료(준공인가)되었다. 나. 청구법인은 2015.6.15. 이 건 사업시행자와 OOO 외 3필지 토지에 대하여 부동산담보신탁을 체결하고, 같은 날 쟁점토지에 대하여 신탁을 등기원인으로 하여 소유권이전등기를 하였다. 다. 처분청은 청구법인이 2020년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 소유한 위 산업단지용 토지 중 일부인 OOO 외 2필지 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 종합합산과세대상으로 구분하여 2020.9.22. 청구법인에게 2020년도 재산세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 부과ㆍ고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여, 2020.12.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 이 건 사업시행자(위탁자)는 산업입지법 제21조 제1항 제1호(이하 “쟁점의제규정”이라 한다)에 따라 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업 시행자로 의제되므로 쟁점토지는 「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제4호에서 규정한 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지로서 분리과세대상에 해당한다. (가) 「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제4호는 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지(주택건설용 토지와 산업단지용 토지로 한정한다)를 분리과세대상으로 규정하고 있고, 산업입지법 제21조 제1항에서는 산업단지지정권자(이하 “실시계획승인권자”라 한다)가 제17조 내지 제19조에 따른 실시계획의 승인을 함에 있어서 다음 각 호의 허가ㆍ결정ㆍ인가ㆍ면허ㆍ협의ㆍ동의ㆍ승인ㆍ해제 또는 처분등(이하 “인ㆍ허가등”이라 한다)에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 얻은 사항에 대하여는 해당 인ㆍ허가등을 받은 것으로 보며, 제19조의2의 규정에 의하여 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 의한 인ㆍ허가등의 고시 또는 공고가 있는 것으로 본다고 규정하면서 그 제1호에서 「도시개발법」 제11조에 따른 사업시행자의 지정, 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 인가를 규정하고 있다. (나) 산업단지개발사업은 대단위 토지의 형질을 변경(예 : 임야 → 공장부지)하는 국토개발 사업이므로 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(이하 “국토계획법”이라 한다) 제56조의 개발행위허가대상이고, 개발행위허가 절차를 이행하는 방식은 쟁점의제규정 내에서 ① 첫째 국토계획법 제56조의 개발행위허가 절차를 관계행정기관의 장과 협의하는 방법이 있고, ② 다른 방법은 산업단지개발 사업시행자에게 도시개발법상 사업시행자의 지위와 도시개발사업인가의 법적 지위를 인정해 주어 그 효력을 통해 국토교통부 훈령 개발행위운영지침 1-5-1에 따라 개발행위허가절차를 면제하는 방법이 있다(국토교통부 도시정책과-11859, 2015.11.30. 등). (다) 처분청은 이 건 산업단지 조성사업 구역이 도시개발구역으로 지정된 사실이 없으므로 이 건 사업시행자(위탁자)를 도시개발사업 시행자로 의제할 수 없다는 의견이나, 쟁점의제규정은 「도시개발법」의 의제대상으로 ‘도시개발법에 따른 사업시행자의 지정 및 실시계획인가’만을 규정하고 있으므로, 도시개발구역 지정이 수반되지 않더라도 의제가 성립되는 것이고, 국토교통부도 “실시계획승인시점에 「도시개발법」제11조의 규정에 의한 사업시행자의 지정, 동법 제17조의 규정에 의한 실시계획의 인가를 처리(의제)하였다면 개발행위허가대상에서 제외되는 것”이라고 설명하여 도시개발구역의 지정은 불필요하다는 입장이다(국토부 개발행위허가운영지침 법령해설, 2021, 10면, 국토교통부 도시정책과-5998, 2009.10.29. 등, 같은 뜻임). (라) 또한, 처분청은 이 건 사업시행자(위탁자)가 도시개발사업 시행자 지정 의제 신청이 없었으므로 도시개발사업 시행자로 의제될 수 없다는 의견이나, 산단절차간소화법 제10조 제1항에서는 지정권자는 산업단지계획을 수립 또는 승인하기 위하여 관계 행정기관의 장과 협의하는 경우 산업단지계획 승인에 필요한 관련 분야의 협의절차를 동시에 착수하도록 규정하여, 산업단지 지정권자에게 산업단지개발 승인에 필수적인 인·허가를 협의할 의무를 지우고 있고, 대법원도 인·허가 의제제도는 사업시행자의 이익을 위한 것으로, 사업시행자에게 반드시 의제처리를 신청하여야 할 의무가 부여된 것은 아니라고 판시하였으며, 조세심판원도 합동회의를 통해 의제사항에 대한 관계 행정기관과의 협의절차는 외부에 공시되지 않는 행정기관 내부절차에 불과한 것으로 이 건 산업단지 조성사업은 산업단지계획 승인ㆍ고시 당시 관계 행정기관과 협의가 이루어진 것으로 보는 것이 타당하다고 결정한 바 있다(조심 2016지550, 2016.6.30., 조세심판관 합동회의 결정). (마) 한편, 최근 조세심판원의 재산세 결정사례(조심 2021지2585, 2022.4.22.)는 쟁점의제규정을 적용하는 대신 국토계획법 제56조 개발행위허가 절차를 관계행정기관의 장과 협의하는 방법을 통하여 개발행위허가절차를 직접 이행하였기 때문에 쟁점의제규정의 효력은 인정되지 않은 것으로 결정한 사례로서 개발행위허가를 면제한 이 건에는 적용되기 어렵다. (바) 따라서, 쟁점토지는 「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제4호에 따른 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지로서 분리과세대상으로 구분하는 것이 타당하다. (2) 쟁점의제규정에 따라 의제 받은 ‘「도시개발법」에 따른 사업시행자 지정 및 실시계획 인가’의 효력과 ‘「도시개발법」상 사업시행자 지정 및 실시계획 인가’의 법적 효력은 동일하므로, 쟁점의제규정이 충족되는 경우 그 효력에 따라 쟁점토지도 분리과세대상으로 구분되어야 한다. (가) 인·허가의제 조항은 사업시행자가 신속하게 개발사업을 시행할 수 있도록 창구를 단일화하여 의제되는 인·허가를 일괄 처리하기 위한 규정으로 의제된 인·허가도 통상적인 인·허가와 동일한 효력을 가지므로(대법원 2018.11.29. 선고 2016두38792 판결 등, 같은 뜻임), 「지방세법」에서 의제의 효력을 부인하는 별도의 규정을 두지 않은 이상 ‘의제된 인허가’와 ‘통상적인 인허가’의 법적 효력은 동일하게 적용된다고 할 것이다. (나) 대법원(2020.8.27. 선고 2020두39044 판결), 조세심판원(조심 2017지712, 2018.6.4., 조심 2014지608, 2014.11.11. 등 다수) 및 행정안전부(지방세운영과-796, 2014.3.10., 지방세운영과-2288, 2009.6.9.) 등에서도 의제된 인허가의 효력에 따라 지방세법상 분리과세규정 등이 적용될 수 있다고 일관된 입장을 견지하고 있다. (다) 처분청이 의제된 인허가를 전제로 세법이 적용되지 않는다고 제시한 대법원 판례(2018.2.8. 선고 2018두38499 판결), 서울고등법원 판결(2016.12.9. 선고 2016누40049 판결) 및 조세심판원 사례(조심 2015전3311, 2017.6.5.) 등은 모두 감면요건이 불충족하거나, 재산세 경정이 선행되지 않아 종합부동산세가 기각된 것으로 의제된 인허가를 전제로 세법의 적용을 부인한 사례는 아니라 할 것이다. (라) 따라서, 이 건 사업시행자(위탁자)가 시행하는 이 건 산업단지 조성사업은 쟁점의제규정에 따라 「도시개발법」에 따른 사업시행자 지정 및 실시계획인가 등 도시개발사업으로 의제되었으므로 의제된 인허가의 효력에 따라 쟁점토지는 「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제4호에 따른 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지로서 분리과세대상으로 구분하는 것이 타당하다 할 것임에도 처분청이 이를 종합합산과세대상으로 구분하는 것은 부당하다. (3) 「지방세법」제107조의 규정은 「신탁법」상 수탁자 명의로 등기.등록된 신탁재산의 경우 위탁자가 납세의무자로 규정되어 있다가 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되면서 수탁자로 변경되었으나, 그 개정 부칙 제17조 제2항에서 “이 법 시행전에 「지방세특례제한법」에 따라 감면하였거나 감면하여야 할 재산세에 대해서는 그 감면기한이 종료될 때까지 법 제107조 제1항 제3호의 개정규정에 따른 수탁자에게 해당 감면규정을 적용한다”고 규정하고 있다. 위 개정규정의 「지방세특례제한법」제78조 제1항은 일몰이 종료되어 특례적용이 끝난 것이 아니라 산업단지에 대한 감면정비 차원에서 2022년까지 연장된 것이므로 개정규정 시행 이전부터 감면요건을 충족한 쟁점토지에 대한 재산세의 경우 비록 담보신탁계약에 의해 수탁자에게 등기부상 소유권이전이 되었다 하더라도 위탁자로서 사실상 사업시행자인 청구법인이 감면요건을 충족하고 있으므로 쟁점토지에 대하여 「지방세특례제한법」제78조 제1항을 적용하여 재산세를 감면하여야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 산업입지법 제21조 제1항에서 산업단지지정권자가 실시계획의 승인을 할 때 다음 각 호의 인·허가 등에 관하여 제2항에 따라 미리 관계 행정기관의 장과 협의하거나 승인을 받은 사항에 대하여는 해당 인·허가 등을 받은 것으로 보고, 제19조의2에 따라 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 인ㆍ허가 등의 고시 또는 공고가 된 것으로 본다고 규정하고 있다. 또한, 국토교통부의 「산업입지의 개발에 관한 통합지침」 제28조에 의하면, 산업입지법 제21조 등에 따라 관계 법률에 따른 인·허가 등을 의제 받고자 하는 경우에는 해당 인·허가의 내역서와 관계서류를 첨부하여 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 이 건 사업시행자(위탁자)는 이 건 산업단지 조성사업 실시계획의 승인을 받을 때「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업 시행자의 지정 및 같은 법 제17조에 따른 실시계획의 인가의 의제를 요청하지 아니하였고, 이 건 산업단지 조성사업 지정권자도 실시계획의 승인 당시 도시개발사업 시행 지정(의제) 등에 관한 협의 및 승인을 하지 아니하였다. 따라서, 이 건 사업시행자(위탁자)가 이 건 산업단지 조성사업 지정권자(처분청)로부터 산업단지개발사업의 실시계획 승인을 받았다 하더라도 산업입지법 제21조에 의해 「도시개발법」 제11조에 따라 도시개발사업의 시행자로 의제되거나 같은 법 제17조에 따른 실시계획 인가가 의제되는 것으로 볼 수 없다. (2) 대법원은 재산세 과세대상구분은 납세의무자를 기준으로 판단하여야 하고, 이 사건 사업토지의 재산세 납세의무자인 원고가 산업입지법상 산업단지조성사업의 시행자가 아니어서 이 사건 사업토지는 이 사건 분리과세조항이 정하는 분리과세대상에 해당하지 아니하고, 이 사건 감면조항도 적용되지 아니한다고 판결(대법원 2019.12.31. 선고 2016두50754)한 바 있다. 따라서, 쟁점토지는 재산세 분리과세대상이 되는 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업의 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지로 볼 수는 없으므로 처분청이 이를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과·고지한 처분은 적법하다. (3) 「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 재산세의 감면이 되는 주체는 산업단지 등 사업시행자이고, 감면대상은 조성공사가 시행되고 있는 토지라 할 것이므로 2020년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 사업시행자 지위를 유지하면서 조성공사를 시행하고 있어야 비로소 감면대상이 되는 것이나, 청구법인은 이 건 산업단지 개발사업의 사업시행자가 아니므로 감면대상이 될 수 없다. 「지방세법」(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것)」 제107조 제1항 제3호에서 「신탁법」에 따라 수탁자 명의로 등기·등록된 신탁재산의 재산세 납세의무자는 ‘위탁자별로 구분된 재산에 대해서는 그 수탁자’라고 규정하고 있다. 이 건 산업단지개발 사업시행자 지정을 받은 주체는 청구법인이 아니라 위탁법인이고, 이후 위탁법인과 청구법인 간 담보신탁을 체결하여 쟁점토지의 소유권이 수탁자인 청구법인으로 변경된 이상 재산세 납세의무자는 위탁법인이 아니라 청구법인이므로 「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따른 감면을 적용받기 위해서는 산업단지개발사업 시행자의 지위도 청구법인으로 변경되어야 하나, 이 건의 경우 이 건 산업단지 조성공사가 진행 중에 담보신탁으로 토지 소유권이 청구법인으로 변경되었으나 사업시행자의 변경은 이루어지지 아니하여 여전히 사업시행자는 위탁법인이라 할 것이므로, 비록 쟁점토지에 산업단지 조성공사가 시행되고 있다고 하더라도 재산세 납세의무자인 청구법인(수탁자)은 과세기준일(6.1.) 현재 사업시행자라는 감면요건을 충족하지 못하여 재산세 감면대상자에 해당하지 않는다(행정안전부 지방세특례제도과-2844, 2020.11.30. 참조). 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 산업단지개발사업의 이 건 사업시행자가 도시개발사업 시행자로 의제되므로 쟁점토지는 재산세 분리과세대상이라는 청구주장의 당부 ② 쟁점토지의 소유자가 일반산업단지 지정승인을 받은 후 담보신탁을 체결하여 이 건 토지를 신탁회사인 청구법인에게 위탁한 경우「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따라 재산세를 경감할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 서류를 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 이 건 사업시행자(위탁자)는 2008.1.3. OOO도지사로부터 이 건 산업단지 조성사업의 실시계획을 승인OOO받은 산업단지특례법 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자이다. OOO (나) 이 건 사업시행자(위탁자)는 OOO도지사로부터 이 건 산업단지 조성사업의 실시계획 인가를 받은 후 착공하였고 이후 2015.4.6. 조성을 완료(준공인가)하였다. (다) 청구법인(수탁자)은 이 건 산업단지 준공인가일(2015.4.16.) 이후인 2015.6.15. 이 건 사업시행자(위탁자)와 부동산담보신탁 계약을 체결하였고, 동 계약에 따라 쟁점토지의 소유권은 청구법인 명의로 이전등기가 되었으며, 2020년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지에 대한 재산세 납세의무자이다. (라) 청구법인은 신탁회사로서 산업단지개발사업의 시행자 또는 도시개발사업 시행자에 해당하지 아니한다. (마) 처분청은 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 2020.9.22. 청구법인에게 2020년도 재산세 등 합계 OOO원을 부과ㆍ고지하였다. (바) 청구법인은 쟁점토지가 산업단지개발사업 시행자가 소유하는 토지가 아니므로 분리과세대상으로 볼 수 없다 하더라도 도시개발사업 시행자가 도시개발사업에 제공하는 토지로서 재산세 분리과세대상 등이라는 이유로 2020.12.3. 심판청구를 제기하였다. (2) 쟁점의제규정 등과 관련하여 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 조세심판원장은 산업입지법의 소관부처인 국토교통부장관에게 쟁점의제규정과 관련하여, ‘미리 관계 기관의 장과 협의되지 않은 사항에 대해서도 인허가의제의 효력이 미치는지 여부’에 대한 법령해석 요청을 의뢰하였고, 이에 국토교통부장관은 OOO. “산업단지 지정권자가 도시개발 사업시행자 지정권자와 도시개발사업시행자 지정에 대하여 협의한 사실이 없는 경우 해당 인·허가를 받은 것으로 볼 수 없다.”고 회신OOO하였다. (나) 법제처는 다수의 유권해석을 통해 ‘미리 관계 기관의 장과 협의되지 않은 사항에 대해서도 인허가의제의 효력이 미치는지 여부’에 대하여 의제되는 인허가에 대하여 관계 행정기관의 장과 합의에 이르지 못했다면 해당 사항에 대해서는 인허가등이 의제되지 않는 것(법제처 법령해석 18-348, 2018.10.11. 같은 뜻임)이라고 밝히고 있다. < 법제처 법령해석(18-348, 2018.10.11.) >| 인ㆍ허가등 의제 제도의 취지는 행정 창구를 단일화하고 절차를 간소화하며 비용과 시간을 절감함으로써 국민의 권익을 보호하려는 것이지 관련 법률에 따른 각각의 인ㆍ허가등 요건에 관한 일체의 심사를 배제하려는 것은 아니므로(대법원 2015.7.9. 선고 2015두39590 판결례 참조), 「공공주택 특별법」 제35조 제6항에 따른 “협의”는 단순히 자문을 구하여 의견을 듣는 것을 넘어 “합의” 또는 “동의”를 의미한다고 보아야 하고(법제처 2016.6.27. 회신 16-0120 해석례, 법제처 2007.2.16. 회신 06-0390 해석례 등 참조), 국토교통부장관이 같은 조 제1항에 따라 사업계획을 승인하기 전에 같은 조 제4항 각 호의 인ㆍ허가등에 관하여 관계 행정기관의 장과 합의에 이르지 못했다면 해당 사항에 대해서는 인ㆍ허가등이 의제되지 않는바(대법원 2015.4. 6. 선고 2011두5551 판결례 참조), 국토계획법 제59조 에 따른 도시계획위원회의 심의 사항에 대하여 관계 행정기관의 장과 의사의 합치를 이루지 못한 경우에는 사업계획을 승인하더라도 도시계획위원회의 심의를 받은 것으로 볼 수 없습니다. |
| 2020.12.31. 개정 전 | 2020.12.31. 개정 후 |
| 5. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 소유하고 있는 토지로서 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사를 시행하고 있는 토지 | 5. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 같은 법에 따른 산업단지개발실시계획의 승인을 받아 산업단지조성공사에 제공하는 토지
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