청구법인은 2016.12.5. 쟁점토지를 취득한 후 약 2년 4개월을 경과한 2019.4.15.에서야 쟁점연구소를 기업부설연구소로 인정받았으므로 쟁점토지에 대해서는 감면요건을 충족하지 못한 것으로 판단됨.

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2016.12.5. OOO토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 별도의 감면신청 없이 쟁점토지에 대한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. 나. 청구법인은 2018.12.21. 쟁점토지 지상에 기업부설연구소 건축물 OOO㎡(이하 “쟁점연구소”라 한다)를 신축하여 사용승인을 받은 후, 2019.1.15. 쟁점연구소에 대한 취득세 등을 신고하면서 「지방세특례제한법」(2017.12.26. 법률 제15295호로 일부 개정된 것) 제46조 제1항에 따라 취득세의 100분의 35를 경감받았다. 다. 청구법인은 2019.4.15. OOO으로부터 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2에 따라 쟁점연구소를 기업부설연구소로 인정받은 후, 2019.9.26. 쟁점토지가 「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것) 제46조 제1항에 따른 감면대상에 해당하므로 취득세의 100분의 50을 경감하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청은 이에 2019.9.30. 쟁점토지에 대한 취득세 등 OOO원(이하 “쟁점환급액”이라 한다)을 환급하였다. 라. OOO시장은 처분청에 대한 지도점검 과정에서 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 쟁점연구소를 기업부설연구소로 인정받지 못하였으므로, 쟁점토지가 「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것) 제46조 제1항에 따른 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 처분청에 쟁점환급액을 환수하도록 통지하였고, 처분청은 이에 2021.8.24. 청구법인에게 당초 환급했던 취득세 등 OOO원을 부과ㆍ고지하는 한편, 쟁점토지가 2017년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산이 아니라고 보아 2017년분 재산세 등 OOO원을 부과ㆍ고지하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.8. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 쟁점토지를 2016.12.5. 기업부설연구소 건축 목적으로 취득하고, 2017.9.5. 건축공사에 착공하여 공사를 진행하던 중, 2018.1.26. 공사현장의 토양오염이 발견됨에 따라 2018.5.14. 「토양환경보전법」제14조 등에서 정하는 바에 따라 그 토양을 정화한 후 2018.12.21.에서야 쟁점연구소를 신축한 것이다. (2) 따라서, 쟁점토지는 그 취득일부터 2년 이내에 기업부설연구소의 부속토지로 사용된 토지로서 「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것) 제46조 제1항의 감면요건을 충족했다고 할 수 있으며, 청구법인이 2019.9.26. 처분청에 한 경정청구에 대하여 처분청은 그 경정청구를 인용하여 쟁점환급액을 환급하였던바, 그 이후에 판단을 달리하여 쟁점환급금을 환수하는 처분은 불가변력으로 다툴 수 없는 것으로서 명백히 위법ㆍ부당한 처분이라 할 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것) 제46조 제1항 및 같은 법 시행령 제23조 제1항에서 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(신축의 경우 2년) 이내에 기업부설연구소로 인정받은 경우를 감면요건으로 정하고 있는바, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 날(2016.12.5.)부터 2년 4개월을 경과한 2019.4.15. 쟁점연구소를 기업부설연구소로 인정받았으므로 이는 쟁점토지에 대한 감면요건을 충족하지 못한 것이며, 상기 규정상 감면요건을 충족하지 못한데 대하여 별도로 ‘정당한 사유’를 두고 있지도 아니하다. (2) 또한, 청구법인은 처분청이 당초 경정청구를 받아들여 쟁점환급액을 환급했던 사정에 따라 그 경정청구 환급의 불가변력을 주장하고 있으나, 이의신청 등의 결정은 행정청을 기속한다고 할 수 있지만 「지방세기본법」제50조 에 따른 경정청구의 결정은 행정청을 기속한다고 할 수는 없으므로, 단지 처분청이 경정청구를 인용했던 사정만으로 이 건 처분이 명백하게 위법ㆍ부당하다고 할 수 없다. (3) 한편, 청구법인은 2016.12.5. 쟁점토지를 취득하고 2017.9.5. 쟁점연구소를 착공하여 2017년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지가 기업부설연구소를 건축 중인 상태라고 볼 수 없으므로 2017년 재산세 기 감면분도 추징하는 것이 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 기업부설연구소로 인정받지 않아 당초부터 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아 쟁점토지에 대한 취득세 등을 추징한 처분의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 2016.12.5. 쟁점토지를 취득한 후, 쟁점토지에 대한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (나) 쟁점연구소의 건축물대장을 보면, 쟁점연구소는 지상 6층, 지하 2층 규모의 교육연구시설로서 연면적이 OOO㎡이며, 2017.6.27. 건축허가를 득한 후 2017.9.5. 착공하여 2018.12.21. 사용승인을 득한 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 제출한 쟁점연구소 건설공사 도급계약서를 보면, AAA 주식회사와 2017.8.16. 체결한 것으로서, 착공예정일은 2017.8.16.로, 준공예정일은 2018.10.15.로 나타난다. (라) 청구법인은 다음과 같이 OOO이 발행한 기업부설연구소 인정서 2매를 제출하였다. [기업부설연구소 인정서] OOO (마) 청구법인은 쟁점연구소의 신축이 늦어진 것에는 건축 과정에서 오염토양이 발견되었기 때문이라고 주장하며, 다음과 같이 처분청이 청구법인에게 발송한 공문 2매를 제출하였다. [오염토양 정화 명령 - 2018.1.26.] OOO [오염토양 정화 명령 이행보고서 처리 알림 - 2018.5.14.] OOO (바) 2017.12.26. 「지방세특례제한법」제46조 제4항 개정시 기존에 「지방세특례제한법 시행령」제23조 에서 규정하고 있던 ‘기업부설연구소 인정요건(토지 또는 건축물 취득 후 2년 이내)’을 추징규정에 포함하여 규정하였던바, 이에 대한 개정내용 및 적용요령(출처 : 행정안전부)의 내용은 다음과 같다. [개정내용 및 적용요령]

기업부설연구소 감면 추징규정 개선 등(법 제46조) [개정이유] ① 현재 시행령으로 위임하여 규정한 ‘기업부설연구소’의 정의 규정은 기업부설연구소 감면 규정에 적용되어야 하나, - 해당 조문에서 동일하게 적용되도록 하는 명확한 규정이 없어 제1항에만 적용되는 것으로 해석될 여지 ② 현재 ‘기업부설연구소’ 정의를 시행령에 위임하고, 시행령에서는 - ‘부동산 취득일부터 1년(신축ㆍ증축 또는 대수선은 2년) 이내에 기업부설연구소로 인정받은 것’으로 규정 - 취득일부터 기간 이내에 기업부설연구소로 인정받지 못하는 경우 감면 대상인 기업부설연구소에 해당되지 않게 되어 - 1년(또는 2년) 이후 기업부설연구소로 인정을 받고 해당 목적으로 직접 사용하는 경우에도 재산세 감면에서 제외되는 문제 [개정내용] ① 기업부설연구소 정의 규정을 「지방세특례제한법」제46조 에서 모두 적용할 수 있도록 명확히 규정 ② 시행령에 규정된 기업부설연구소 정의에서 1년 이내(신축ㆍ증축 또는 대수선은 2년)에 인정받도록 하는 내용을 삭제하여 - 감면대상 기업부설연구소를 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의2 제1항에 따라 인정받은 것으로 규정 ※ 부동산 취득일부터 1년(또는 2년) 경과 후 기업부설연구소로 인정받고 → 기업부설연구소로 직접 사용시, 인정 이후 발생하는 재산세는 감면 - 다만, 1년(신축ㆍ증축 또는 대수선 2년) 이내에 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우, 해당 부분에 대해 경감된 취득세ㆍ재산세 추징하도록 함 [적용요령] ○ 이 법 시행(2018.1.1.) 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것, 이하 같다) 제46조 제1항에서 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2016.5.3. 대통령령 제27118호로 일부 개정된 것, 이하 같다) 제23조 제1항에서 법 제46조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 2016.12.5. 쟁점토지를 취득한 후 곧바로 기업부설연구소 사용승인을 위한 착공에 들어갔으므로 착공 당시부터 쟁점토지가 쟁점연구소의 부속토지로 사용되고 있다고 보아야 하고, 토양오염이 발견되어 다소 공사가 지연되면서 부득이하게 쟁점토지 취득 후 약 2년 4개월을 경과하여 기업부설연구소로 인정받은 것이며, 당초 처분청이 쟁점토지에 대하여 감면요건을 충족했다고 보아 쟁점환급액을 환급해주었던 점 등을 종합해 볼 때 쟁점토지가 취득 당시부터 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장한다. 그러나, 「지방세특례제한법」제46조 제1항 및 같은 법 시행령 제23조 제1항의 감면요건을 종합해보면, 건축물 신축의 경우에는 각 부동산의 취득일부터 2년 이내에 기업부설연구소로 인정받은 경우에 한하여 감면이 적용되는 것으로 해석하는 것이 타당하고, 그 부동산이 토지라 하여 연구소 인정까지 소요되는 기간을 달리 해석하기도 어려우며, 그 규정상 정당한 사유를 별도의 예외사유로 두고 있지도 아니한 점, 청구법인은 2016.12.5. 쟁점토지를 취득한 후 약 2년 4개월을 경과한 2019.4.15.에서야 쟁점연구소를 기업부설연구소로 인정받았으므로 쟁점토지에 대해서는 상기 법령상 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보이는 점, 청구법인은 2017.9.5.에서야 쟁점연구소 신축공사를 착공하였으므로 적어도 2017년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재에는 쟁점토지가 건축물을 건축 중인 경우로서 재산세 감면대상에 해당한다고 보기 어려운 점, 청구법인이 경정청구를 제기하여 처분청이 쟁점환급액을 환급한 바 있으나 그것만으로 부족세액을 추징할 수 없다할 수 없고, 그 이후에 신고내용상 부족세액이 확인된 경우라면 부과제척기간 내에서 이를 바로잡을 수 있다고 보는 것이 과세형평상 타당하다고 할 것인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지가 「지방세특례제한법」제46조 등에 따른 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아 청구법인에게 취득세 및 재산세 등을 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등 (1) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 8. "직접 사용"이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. (2) 지방세특례제한법 시행령(2016.5.3. 대통령령 제27118호로 일부 개정된 것) 제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조제1항에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조제1항제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다. 제123조(직접 사용의 범위) 법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다. (3) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 일부 개정된 것) 제46조(연구개발 지원을 위한 감면) ① 대통령령으로 정하는 기업부설연구소(이하 이 조에서 "기업부설연구소"라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. 1. 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2에 따른 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우 2. 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 부 칙 ＜제15295호, 2017.12.26.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2018년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제47조의2제1항 및 제66조제1항의 개정규정은 2019년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다. 제8조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. (4) 지방세특례제한법 시행령(2017.12.29. 대통령령 제28525호로 일부 개정된 것) 제23조(기업부설연구소) ① 법 제46조제1항에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소를 말한다. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항에 따른 상호출자제한기업집단등이 「수도권정비계획법」 제6조 제1항제1호에 따른 과밀억제권역 내에 설치하는 기업부설연구소는 제외한다. (5) 지방세기본법 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정이 있음을 안 날(결정 또는 경정의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)를 말한다]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액 등을 말한다)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다. 1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(「지방세법」에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 환급세액을 말한다)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때 (6) 지방세법 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」 제53조 부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다. 1. 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 경우 (7) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(2016.3.22. 법률 제14079호로 일부 개정된 것) 제14조(특정연구개발사업의 추진) ① 미래창조과학부장관은 기초연구의 성과 등을 바탕으로 하여 국가 미래 유망기술과 융합기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 대하여 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다. 2. 제14조의2 제1항에 따라 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 제14조의2(기업부설연구소 또는 연구개발전담부서의 인정 등) ① 미래창조과학부장관은 기업의 연구개발활동을 효율적으로 지원하고 관리하기 위하여 연구 인력 및 시설 등 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 기업부설 연구기관 또는 기업의 연구개발부서를 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 인정할 수 있다. (8) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2015.3.11. 대통령령 제26137호로 일부 개정된 것) 제16조(특정연구개발사업 참여기관 등의 기준) ① 법 제14조제1항제2호에서 “연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 미래창조과학부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 미래창조과학부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 미래창조과학부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정할 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다. 1. 「중소기업기본법」 제2조 에 따른 중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5명 이상. 다만, 「중소기업기본법 시행령」 제8조 에 따른 소기업자가 설립한 기업부설연구소는 3명 이상으로 하되, 해당 기업의 창업일부터 3년까지는 2명 이상으로 한다. 2. 국외에 있는 기업부설연구소: 5명 이상 3. 제1호에도 불구하고 미래창조과학부령으로 정하는 과학기술 분야연구기관의 연구원 및 대학의 교원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 에 따른 벤처기업이 설립한 기업부설연구소: 2명 이상 4. 「중견기업 성장촉진 및 경쟁력 강화에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 중견기업으로서 직전 3개 사업연도의 평균매출액(사업연도가 1개인 경우에는 해당 사업연도의 매출액으로, 2개인 경우에는 2개 사업연도의 평균매출액으로 하며, 사업기간이 1년 미만인 사업연도의 매출액은 1년으로 환산하여 계산한다)이 5천억원 미만인 중견기업이 설립한 기업부설연구소: 7명 이상 5. 그 밖의 기업부설연구소: 10명 이상