이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 2012.8.17. 서울특별시 OOO를 취득한 후, 이 건 부동산의 취득가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 합계 OOO을 처분청에 신고납부하였다.

나. 이후, 청구법인은 2012.9.20. 이 건 부동산에 대한 감정평가서를 근거로 위 취득세 등에 대한 경정청구를 하였으나, 2012.11.20. 처분청은 경정청구를 거부하였다.

다. 처분청은 이에 불복하여 2012.12.5. 이의신청을 거쳐 2013.3.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 「법인세법」상의 특수관계자인 OOO와 이 건 부동산 매매계약을 체결하면서 당시 글로벌 경제위기 및 국내 부동산경기 침체 등의 영향으로 분양이 원활하지 않아 2012.2.12.부터 15% 할인분양 중이어서 할인분양가액OOO이 있었지만, 매도인인 OOO와 청구법인은 「법인세법 시행령」 제87조 제1항에 의한 특수관계자여서 할인분양가액을 적용하는 것보다 감정평가법인에 감정평가하여 정하는 것이 합당하다고 판단되어, 최초 분양승인(처분청 승인) 받은 가액인 OOO을 잠정적인 매매금액으로 하고 특약사항으로 2개의 감정평가법인의 감정평가를 받아 그 평균액으로 매매가액을 확정.정산하기로 하면서 잔금지급일을 2012.8.17.로 하는 분양계약을 체결한 후, OOO의 신용등급하락으로 기존 대출금에 대한 연장이 어려워 대출금 OOO을 승계하기 위하여 잔금지급전 소유권이전등기를 하고자 2012.8.21 처분청에 OOO을 이 건 부동산의 취득가액으로 하여 취득세 등을 신고납부하고 소유권이전등기를 경료하였고,

당초 계약시 특약사항에 따라 매매당사자는 2012.9.5 2개 감정평가법인에 이 건 부동산의 감정을 의뢰하여 그 평균금액인 OOO을 매매가격 으로 확정하고, OOO 장부에 OOO으로 기재하였으며 청구법인의 재고자산OOO 장부에도 이 건 부동산의 취득가액을 당초 기재하였던 최초 분양승인가액 OOO에서 OOO으로 수정기록 하고, 세금계산서를 발급하고 부가가치세 환급을 받았으며 2012.9.14 처분청에 부동산거래 변동신고를 한 후, 처분청에 수정된 취득가액으로 경정청구를 하였는 바,

이 건 부동산 거래당시 최초 승인 분양가액OOO과 할인분양가액OOO 모두 시가로 적용하기에는 어려움이 있었던 점, 일반적으로 감정평가법인이 평가한 감정가액이 건전한 사회통념 및 상관행과 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 가격의 범위에서 벗어난다고 보기 어려운 점, OOO가 이 건 부동산을 시가보다 낮은 가액으로 양도하거나, 청구법인이 시가보다 높은 가액으로 매입하는 경우 「법인세법」상 부당행위계산부인에 해당되어 불이익을 받는다는 점, 두 법인의 법인장부에 이 건 부동산을 감정평가법인이 감정한 평균가액으로 거래한 사실이 최종적으로 기재되어 있어 OOO가 시가보다 낮은 가액으로 양도하였거나, 청구법인이 시가보다 높은 가액으로 매입했다고 볼 수 없는 점, 당초 취득세 신고 후 계약특약사항에 따라 감정평가를 의뢰하고 이에 따라 확정된 최종매매가액으로 곧바로 부동산거래변동신고를 통해 매매가액을 수정한 것은 최종매매가격을 확정하기위한 정상적인 절차였을 뿐만 아니라 실질과세원칙에도 부합된다는 점, 두 법인 모두 기업회계기준을 준수하여 정상적으로 회계처리를 하는 법인으로서 감정가액에 의한 최종매매가액이 두 법인의 장부가액으로 입증되고 있다는 점 등을 종합하여 볼 때 이 건 부동산 거래가 특수관계자와의 경제적 합리성이 없는 거래이거나 그로 인하여 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정된다고 하기는 어려우므로 이 건 부동산의 감정가액을 이 건 부동산의 취득가액으로 보아 세액을 경정하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구법인의 경우와 같이 법인장부(납부확인서)로 취득신고를 한 후, 소유권이전등기절차를 마친 것은 이미 확정된 납세의무를 적법하게 이행한 것으로 볼 수 있으며 이 후 감정평가에 의한 취득가액의 변경은 사인간의 계약변경으로 확정된 취득세를 경정할 만큼의 중대하고 명백한 하자로 볼 수 없을 것이고,

분양가액은 일반적으로 사전에 감정평가 등을 거쳐 결정되므로 그 금액에 합리성이 있으며, 또한 불특정 다수인에 대한 광고 또는 분양 상담 등을 통해 이미 일반인에게 널리 알려져 있으므로 이를 「법인세법」 제52조에 의한 시가로 인정하기에 충분하다 할 것인 바, 이 건 부동산의 경우 이미 분양가액이라는 시가가 존재하기 때문에 청구법인이 주장하는 감정평가액을 시가로 인정할 수 없으며,

OOO의 OOO 신용대출 만기일인 2012.8.10. 50여일 전인 2012.6.20. 청구법인이 설립등기를 하였고 또한 이전부터 OOO으로부터 대환을 통한 차입금 해결방식을 제안 받은 바 있으므로 일정이 급박하여 사전에 감정평가를 진행할 수 없었다는 주장은 신빙성이 없어 보이고, 설사 감정평가를 진행할 수 있는 일자를 분양계약일인 2012.8.10.부터라고 가정하더라도, 이 건 부동산의 감정평가서 작성일은 2012.9.6.로서 한 달여 정도의 여유가 있는데, 이 기간 동안 감정평가와 관련하여 청구인이 아무런 조치를 취하지 아니한 것도 납득하기 어려우며,

청구법인이 2012.8.10. 분양계약시 작성하였다고 주장하는 특약사항의 내용을 보면 “최초분양대금을 기준으로 대출을 추진하여 대출금 전액을 분양대금으로 지급하며 즉시 소유권을 매수인에게 이전하기로 하고, 향후 2개 이상의 감정평가법인의 감정평가를 받아 그 평균액을 실제 지불할 금액을 수기로 작성하기로 하고 분양대금을 추후 정산하기로 하였음”이라고 되어 있고, 분양대금을 추후에 감정평가액으로 정산하기로 한다는 특약사항도 일반적인 상관행에 비추어 이례적일 뿐만 아니라, OOO와 청구법인간의 특약사항의 경우 감정가액이 분양가액보다 낮은 경우만 청구법인에게 유리하고 반면에 감정가액이 분양가액보다도 더 높은 경우에는 청구법인에게 불리함에도 불구하고 이에 대한 어떠한 언급이 없는 것도 쉽게 납득하기 어려우며,

특약사항의 형식을 보면 본 계약서에 기재하거나, 그렇게 하지 않고 별도의 특약계약서를 작성하는 경우에도 본 계약서와 특약계약서가 동일한 효력을 갖는 문서임을 증명하기 위하여 본 계약서와 특약계약서 사이에 간인을 하는 것이 일반적인 계약서 작성 실무이며 이는 양 계약서를 동시에 작성하는 경우에는 더욱더 그러함에도 OOO와 청구법인 간의 본 계약서인 분양계약서에는 특약사항이 기재되지 아니하였고, 별도로 특약사항을 기재한 계약서를 작성하였는데 청구법인이 제출한 특약사항 사본에는 간인이 되어 있지 아니하는 바, 동시에 양 계약서를 작성하면서 간인이 없다는 것은 청구법인의 주장을 신뢰하기 어렵게 하고, OOO이 넘는 계약을 체결하면서도 특약계약서에 간인이 없다는 것은 청구법인의 주장을 신뢰하기 어렵게 한다.

위와 같은 내용을 종합해 보면 청구법인은 「법인세법」상 특수관계자인 이 건 부동산 매도인 OOO와 작성한 분양계약서에 특약사항이 전혀 언급되지 않았고, 분양계약서와 특약 간에 간인이 없는 등 청구법인이 이 건 부동산 분양계약 체결시 특약사항이 존재하였다는 객관적인 증빙을 제시하지 못 함을 알 수 있으며, 법인의 장부가액은 원칙적으로 실제의 취득가액에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이고OOO 법령에서 규정한 취득가격의 범위인 취득시기를 기준으로 해당물건을 취득하기 위하여 발생한 직.간접비용 등을 준수한 때 그 장부가액을 사실상의 취득가격으로 본다는 의미라 할 것이므로 청구법인의 취득시점에 존재여부가 객관적으로 확인되지 않은 특약사항을 근거로 과세표준을 경정하여 취득세 등의 환급을 요구하는 당해 심판청구는 기각되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

당초 신고납부한 부동산 취득가액을 부동산 취득 후에 변경하여 신고한 경우 변경신고한 취득가액을 취득세 과세표준으로 인정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 지방세기본법
제51조(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 지방세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 따라 다른 것으로 확정되었을 때
2. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
3. 제1호 및 제2호와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 지방세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 지방세기본법 시행령
제30조(후발적 사유) 법 제51조 제2항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정(更定)을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증명서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

(3) 지방세법
제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.
② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(4) 지방세법 시행령
제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받는 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.(이하 생략)
③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서
제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.
1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일
⑪ 제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.

(5) 법인세법
제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(6) 법인세법 시행령
제87조(특수관계인의 범위) ① 법 제52조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도 「국세기본법」 제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.
1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족
2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
3. 법인의 임원·사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족
4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
3. 자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우
제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 2012.8.10. OOO와 분양대금을 OOO으로 하여 이 건 부동산의 분양계약을 체결하였고, 2012.8.21. 처분청에 이 건 부동산의 취득가액을 OOO으로 하여 취득세 등을 신고납부한 후, 소유권이전등기를 경료하였다.

(나) 이후, 청구법인은 2012.9.7. 주식회사 OOO 주식회사 OOO으로부터 이 건 부동산에 대하여 OOO 및 OOO의 감정평가액을 받아, 2012.9.14. 동 감정가액의 평균 감정평가액인 OOO을 이 건 부동산의 매매가로 변경하여 처분청에 부동산거래계약 변경신고를 하였다.

(다) 한편, 당초 이 건 부동산 매매계약 체결 당시 작성하였다는 특약사항에는 분양계약에 따른 분양금액에도 불구하고 청구법인이 실제 지불할 분양금액은 향후 2개 이상의 감정평가법인의 감정평가를 받아 그 평균액으로 하며, 2항의 선 지급된 금액과 실제지불금액이 차이가 있을 경우 이를 추후정산 하기로 한다는 내용이 기재되어 있고, 동 특약서는 처분청 의견과 같이 분양계약서와 간인이 되어 있지 않다.

(라) 그 외 청구법인은 이 건 부동산의 취득가액 및 분양매출액이 OOO으로 기재되어 있는 청구법인과 OOO의 법인장부, 부가가치세 환급신고서OOO, 이 건 부동산 취득당시 분양가보다 낮은 금액으로 작성된 다른 호수의 매매계약서, 청구법인과 OOO의 2012.12.31. 현재 미지급금 및 분양미수금 법인장부,이 건 부동산 미분양 물건 할인분양시행통보서(2012.2.12.) 및 청구법인과 OOO가 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제4호에서 규정하고 있는 특수관계인 임을 입증하는 주주명부 등을 제출하고 있다.

(2) 살피건대, 「지방세법 시행령」 제20조 제2항 및 제11항에서 법인장부 등에 의하여 취득가격이 입증되는 유상승계 취득의 경우에는 사실상의 잔금지급일 또는 등기일을 취득의 시기로 규정하고 있고, 부동산의 취득세는 부동산의 취득행위를 과세객체로 하여 부과하는 행위세이므로, 그에 대한 조세채권은 그 취득행위라는 과세요건 사실이 존재함으로써 당연히 발생하며, 일단 적법하게 취득한 다음에는 부동산을 취득하는 데에 중대하고 명백한 흠결이 있어 취득행위가 당연 무효에 해당하지 아니하는 이상, 그 후 합의에 의하여 계약내용을 변경하더라도 이미 성립한 조세채권의 행사에 영향을 줄 수 없다할 것이고,

법인의 장부가액을 사실상의 취득가액으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 법인장부에 의하여 취득가액이 입증되는 경우에는 그 장부상 가액을 사실상의 취득가액으로 보아 이에 의하도록 하고 있는데, 이와 같이 법인의 경우에 개인과는 달리 장부상 가액에 의하도록 규정한 것은 법인은 객관화된 조직체로서 일반적으로 거래가액을 조작할 염려가 없어 그 장부상 가액의 신빙성이 인정된다는 이유에 있으므로 특별히 그 취득가액을 조작하였다고 인정되거나, 명백한 착오로 인하여 오기되었다고 인정되지 아니한 이상 그 장부상의 가액은 실제의 취득가액을 나타내는 것이라 할 것인 바,

청구법인의 경우, 2012.8.21. 이 건 부동산의 취득가액을 법인장부 상의 취득가액인 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 처분청에 신고납부 한 후, 소유권이전등기를 경료하여 이 건 부동산을 취득하였고, 동 취득가액은 이 건 부동산의 분양가액에 일부 취득비용을 합한 가액으로 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격인 시가로서 동 취득가액으로 인한 거래가 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당한다고 볼 수 없으며, 동 취득가액이 조작되었거나, 명백한 착오로 인하여 오기되었다고도 볼 수 없으므로 적법하게 취득세 납세의무가 성립하였다 할 것이고, 적법하게 취득세 납세의무가 성립한 이후에 거래당사자 간의 약정에 따라 취득가액을 변경하였다하여 이미 성립한 조세채권에 영향을 줄 수는 없다 할 것이며,

청구법인이 경정청구를 한 것이 「지방세기본법」 제51조 제2항 및 같은 법 시행령 제30조에서 규정하고 있는 후발적 사유에 해당하지도 아니하는 것으로 보이므로 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세 기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.