이유
1. 처분개요

청구법인은 2005.4.18. 대표이사가 보유한 주식회사 OOOOOOOO(이하 “청구외법인”이라 한다) 발행의 비상장 OOOOOO 39,200주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 14,310,940천원에 취득하였다.

OOOO국세청장은 청구법인이 특수관계자로부터 쟁점주식을 저가 양수하였다 하여 쟁점주식의 1주당 가액 365,075원과 15% 할증평가한 444,568원의 차액을 익금산입한 과세자료를 처분청에 통보함에 따라 처분청은 2007.12.12. 청구법인에게 2005사업연도 법인세 999,478,210원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2008.2.4.이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2005.4.18. 취득한 쟁점주식이 중소기업 최대주주 등에 대한 할증평가가 면제된다는 2005.3.30. 국세청 예규(OOOOOOOO)에 따라 2005.8.31. 할증평가없이 상속세및증여세법에따라 1주당 가액을 365,075원으로 평가하였으나, 처분청이정당하게 받아들여진 해석을 무시하고 2005.7.27. 새로운 국세청 예규(OOOOOOOOO)에 따라 할증평가하여 과세하는 것은 신의성실 및 소급과세금지의 원칙에 위배되고, 2006.2.9. 소득세법 시행령 제167조 제5항이 개정되면서 부당행위계산부인시 조세특례제한법 제100조의 2(2006.12.30. 개정시 101조로 변경) 중 “상속받거나 증여받는 경우”는 “양도하는 경우”로 보도록 명문화한 것은 입법미비를 보완한 것이므로, 쟁점주식의 평가시 할증평가특례규정을 적용하는 것이 타당하다.

(2) 법인세 경정결정시 계산한 가산세는 의무불이행에 정당한 사유가 있으므로 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점주식을 양수하기 직전의 2005.3.30. 국세청 예규에서는 중소기업기본법 제2조에서 규정한 중소기업의 비상장주식을 2005.1.1.부터 2006.12.31.까지 양도하는 경우로서 상속세및증여세법 제60조 제3항에 따라 비상장주식의 시가를 산정하기 어려워 동법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정을 적용하여 비상장주식을 평가하는 경우에는 조세특례제한법 제100조의 2 규정에 의거 중소기업 최대주주 등에 대한 할증평가가 면제되는 것으로 회신하였으나, 2005.7.27. 국세청 예규에서는 당초의 회신을 정정하여 회신한 사실이 있고, 2006.2.9. 소득세법 시행령 제167조 제5항이 개정되면서 양도소득의 부당행위계산부인시 조세특례제한법 제100조의 2 중 상속받거나 증여받은 경우로 보도록 명문화되었으며, 부칙에서 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는 바, 쟁점주식은 할증평가특례적용대상이 아니므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 법인세 경정결정시 가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 청구법인이 취득한 쟁점주식에 대해 법인세법 제15조 제2항의 규정을 적용함에 있어 취득주식의 시가 산정시 중소기업의 최대주주로서 할증평가규정을 적용하는 것이 타당한지 여부

(2) 가산세 부과처분의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제15조【익금의 범위】② 다음 각호의 금액은 이를 익금으로 본다.
1. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자인 개인으로부터 유가증권을 동조 제2항의 규정에 의한 시가에 미달하는 가액으로 매입하는 경우 시가와 당해 매입가액의 차액에 상당하는 금액

같은법 시행령 제89조【시가의 범위 등】② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
2.「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

(2) 소득세법 제101조【양도소득의 부당행위계산】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
④ 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자의 범위 기타 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

같은법 시행령 제167조【양도소득의 부당행위 계산】④ 제98조 제1항 각호의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.
⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는「상속세 및 증여세법」제60조 내지 제64조와 동법 시행령 제49조 내지 제59조의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우「상속세 및 증여세법 시행령」제49조 제1항 본문 중 “평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간”은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간" 으로 본다.

같은법 시행령 제167조(2006.2.9. 대통령령 제19327호로 개정된 것)【양도소득의 부당행위 계산】⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는「상속세 및 증여세법」제60조 내지 제64조와 동법 시행령 제49조 내지 제59조 및「조세특례제한법」제100조의 2의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우「상속세 및 증여세법 시행령」 제49조 제1항 본문 중 “평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간”은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간" 으로 보며,「조세특례제한법」제100조의 2 중 “상속받거나 증여받는 경우”는 “양도하는 경우”로 본다.
부칙 제3조(양도소득세에 관한 일반적인 적용례) 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

(3) 상속세및증여세법 제63조【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.
1. 주식 및 출자지분의 평가
다. 나목외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.
③ 제1항 제1호 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 “최대주주 등”이라 한다)의 주식 등(평가기준일이 속하는 사업연도전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 법인세법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 있는 법인의 주식 등 대통령령이 정하는 주식 등을 제외한다)에 대하여는 제1항 제1호 및 제2항의 규정에 의하여 평가한 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령이 정하는중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주 등이 당해 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령이 정하는중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주 등이 보유하는 주식 등의 계산은 대통령령으로 정한다.

(4) 구 조세특례제한법 제100조의 2【중소기업 최대주주 등의 주식 할증평가 적용특례】상속세및증여세법 제63조의 규정을 적용함에 있어서 동법 제63조 제3항의 규정에 의한 중소기업의 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자의 주식 또는 출자지분을 2006년 12월 31일 이전에 상속받거나 증여받는 경우에는 동법 제63조 제3항의 규정에 불구하고 동법 제63조 제1항 제1호 및 제2항의 규정에 의하여 평가한 가액에 의한다.

(5) 국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

같은법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

같은법 제48조【가산세의 감면】① 정부는 세법에 의하여 부과하였거나 부과할 가산세에 있어서 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 의한 기한연장사유에 해당하는 때에는 이를 감면한다.

같은법 제48조(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정된 것)【가산세의 감면】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 조사관련자료 및 법인세 결정결의서 등에 의하면, 청구법인은 2005.4.18. 대표이사가 보유한 청구외법인의 발행주식 중 39,200주(쟁점주식)를 할증평가없이 상속세및증여세법상 보충적 평가방법으로 1주당 365,075원으로 평가하여 총 취득가액 을 14,311백만원으로 하였고,

OOOO국세청장은 청구법인의 대표이사에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 특수관계자인 대표이사로부터 쟁점주식을 저가 양수한 것으로 보아 쟁점주식의 취득에 대해 할증평가특례적용을 배제하여 상속세및증여세법상 보충적 평가방법으로 다시 평가한 1주당 386,581원에 15%의 할증율을 적용한 444,568원으로 산정한 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 이 건 법인세를 과세한 사실이 확인된다.

(2) 쟁점1에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 쟁점주식을 양수(2005.4.18.)하기 앞서 중소기업 최대주주 등에 대한 할증평가가 면제된다는 2005.3.30.자국세청 예규(OOOOOOOO)를확인하고, 상속세및증여세법의 규정에따라 보충적 방법에 의하여 쟁점주식의 1주당 가액을 365,075원을 평가하여 취득하였는데 처분청이 이를 무시하고 2005.7.27.자 새로운 국세청 예규(OOOOOOOOO)에 따라 할증평가하여 과세한 처분은 신의성실 및 소급과세금지의 원칙에 반한다는 주장이다.

(나) 살피건대, 청구법인의 대표이사가 쟁점주식을 특수관계에 있는 청구법인에게 양도(2005.4.18)한 후 신고할 당시(2005.8.31.)에는 국세청 종전예규(2005.3.30.)와 달리 새로운 해석으로서 변경된 국세청 예규(2005.7.27.)가 있었을 뿐만 아니라 종전예규를 대외적인 구속력을 갖는 행정규칙으로서 당연히 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다고 하기 어려우며, 설령 청구법인의 대표이사가 종전예규에 의한 할증평가특례 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없으므로(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O), 처분청이 쟁점주식의 취득에 대해 할증평가특례적용을 배제하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점2에 대하여 본다.

청구법인은 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있으므로 이 건 가산세 부과처분은 부당하다고 주장하나, 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인의 대표이사가 양도소득세를 신고할 당시에는 새로 예규가 있었으므로 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있었다고 할 수 없고, 또한 신고·납부의무를 해태한 것이 종전예규에 따른 것이라 하더라도 그것이 관계법령에 어긋나는 것임이 명백한 경우에는 가산세 면책사유인 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다.

따라서 처분청이 쟁점주식의 취득에 대해 할증평가특례를 배제하여 평가한 후 이 건 가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.