「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 2015.11.30.「종합부동산세법 시행령」개정으로, 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 쟁점시행령조항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’을 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 개정하였으며, 이는 2015.11.30.부터 시행되고 있는 점 등을 고려하면 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2015.11.30. 개정된「종합부동산세법 시행령」제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항 및 제2항(이하 “쟁점시행령조항”이라 한다)에 따라 공제할 재산세액을 산정하여 종합부동산세 2016년 귀속분을 2016.12.12., 2017년 귀속분을 2017.12.8., 2018년 귀속분을 2018.12.10. 각 신고.납부하였으나, 2019.4.17. 쟁점시행령조항이 상위 법률인「종합부동산세법」제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항(이하 “쟁점법률조항”이라 한다)에서 예정하고 있는 공제할 재산세액의 범위를 축소한 위법이 있다고 보아 그 차액(농어촌특별세를 포함)에 따른 종합부동산세 등 2016년 귀속분 OOO2017년 귀속분 OOO2018년 귀속분 OOO(합계 OOO)의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다. 나. 처분청은 2019.6.10. 쟁점시행령조항 중 공제할 재산세액을 산정하는 산식은 이중과세금지에 위배되지 않는다는 이유로 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.7.18. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 「종합부동산세법」에서 재산세액 공제를 규정한 취지, 그간 관련 법령의 개정 연혁 및 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결에 비추어 볼 때 2015.11.30. 개정된 쟁점시행령조항은 대법원이 이미 위법하다고 판단한 종전 시행규칙 산식과 같이 공제할 재산세액을 “(감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율”의 산식으로 계산하도록 규정하여 이를 축소하고 있으므로 상위 법률인 쟁점법률조항의 취지에 반하여 위법하다(서울고등법원 2019.4.3. 선고 2018누47310 판결, 같은 뜻). 따라서 위법한 방식으로 계산한 종합부동산세액과「종합부동산세법」이 예정한 공제할 재산세액으로 올바르게 계산한 종합부동산세액과의 차액에 대하여 감액경정을 요구한 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다. 나. 처분청 의견 「종합부동산세법」제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항에 의하면 과세기준금액을 초과한 공시가격(공시가격 - 종합부동산세 과세기준금액)에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 산정하고 있고, 종합부동산세액에서 공제할 재산세액은 종합부동산세 과세표준에 부과된 재산세액이며,「지방세법」제110조 제1항에 의하면 같은 법 시행령 제109조의 재산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액을 재산세 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 2015.11.30. 개정된 쟁점시행령조항에 의하여 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산을 명확히 하였는바, 청구주장은 이유 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 종합부동산세 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 산정한 처분의 당부 나. 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제8조【과세표준】① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액(괄호 생략)에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제9조【세율 및 세액】③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(괄호 생략)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다. ④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제13조【과세표준】① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조【세율 및 세액】③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다. ⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」제188조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다. ⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제16조【부과.징수 등】① 관할세무서장은 납부하여야 할 종합부동산세의 세액을 결정하여 당해연도 12월 1일부터 12월 15일(이하 "납부기간"이라 한다)까지 부과ㆍ징수한다. ② 관할세무서장은 종합부동산세를 징수하고자 하는 때에는 납세고지서에 주택 및 토지로 구분한 과세표준과 세액을 기재하여 납부기간 개시 5일 전까지 발부하여야 한다. ③ 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 종합부동산세를 신고납부방식으로 납부하고자 하는 납세의무자는 종합부동산세의 과세표준과 세액을 당해연도 12월 1일부터 12월 15일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제1항의 규정에 따른 결정은 없었던 것으로 본다. (2) 종합부동산세법 시행령 제2조의4【공정시장가액비율】① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. ② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다. 제4조의2【주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산】법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.(2015.11.30. 개정)

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액	×	[(법 제8조에 따른 주택의 공시가격을 합산한 금액 - 6억원) × 제2조의 4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제2호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제3호에 따른 표준세율
		주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

제5조의3【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.(2015.11.30. 개정)

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액	×	[(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 5억원) × 제2조의 4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율
		종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.(2015.11.30. 개정)

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액	×	[(법 제13조 제1항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 80억원) × 제2조의 4 제2항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율
		별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(3) 지방세법 제187조【과세표준】① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제111조 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다. 1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지 2. 주택 : 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지 (4) 지방세법 시행령 제138조【공정시장가액비율】법 제187조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 다음 각 호의 비율을 말한다. 1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70 2. 주택 : 시가표준액의 100분의 60 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청은 청구법인에게 이 사건 3개 연도 종합부동산세를 매년 12월 초에 고지하였다가 청구법인이 매년 납부기한내에 종합부동산세를 신고.납부함에 따라 그 고지분들은 취소하였다. (2)「종합부동산세법」제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항에 의하면, 과세기준금액을 초과한 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」제187조 제1항에 의하면, 시가표준액에 재산세 공장시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있다. (3) 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 쟁점시행령조항의 개정이유를 보면, 종합부동산세에서 공제되는 재산세 공제액 산식을 명확히 하여 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제를 방지하고자 아래와 같이 개정한 것으로 확인된다.

종전	개정
▣종부세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종부세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 전체 재산세 표준세액	▣공제액 산식 명확화 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(주택 또는 토지의 공시 가격합산액 - 과세기준금액)×종부세공정시장가액비율] × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세액 전체 재산세 표준세액

(4) 최근 2심 법원 판례(서울고등법원 2019.4.3. 선고 2018누47310 판결)에 따르면 서울고등법원은 쟁점시행령조항은 법률에 의한 위임의 범위를 넘어 규정된 것으로서 위법하여 효력이 없다고 판결하였고, 현재 대법원에 계류중이다(사건번호 : 대법원 2019두39796). (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액 산정시 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하는 것은 상위 법률인 쟁점법률조항에 위배되어 부당하다고 주장하나,「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제하여 줌으로써 이중과세문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인바,「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 2015.11.30.「종합부동산세법 시행령」의 개정으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 쟁점시행령조항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’을 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 개정하였으며, 이는 2015.11.30.부터 시행되고 있는 점,청구법인이 관련 규정에 부합하게 ‘공제되는 재산세액’을 계산하여 종합부동산세를 당초 신고.납부하였고, 현재까지 쟁점시행령조항이 법률의 위임 범위를 벗어나 위법한 것으로 확정되지 아니한 점 등을 고려하면 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2017서3484, 2017.10.30., 조심 2018서2366, 2018.7.18., 조심 2019구851, 2019.4.17. 외 다수, 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.