이유
1.처분개요

가.청구인은 1985.1.1. 서OOO(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 재건축사업을 통해 같은 곳 OOO호(면적은 84.69㎡이며, 이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득한 후 2006.5.10. OOO에게 양도하면서「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)를 적용, 쟁점종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택의 양도일까지의 양도소득금액을 감면하여 양도소득세를 신고하였다.

나.처분청은 서울지방국세청장의 특정감사지시에 따라「조세특례제한법」제99조의3의 감면규정을 적용함에 있어 쟁점종전주택의 취득일(1985.1.1.)부터 쟁점신축주택 취득일(2003.5.20., 사용승인일) 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아 2012.5.2. 청구인에게 당초 감면소득금액에서 이를 차감하여 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.6.26. 이의신청을 거쳐 2012.10.17. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

대법원 판례(대법원 2008.5.29. 선고 2007두146 판결)에서, 구「조세특례제한법」제99조의3 제1항의 양도소득세 감면대상으로서 조합원공급분 신축주택의 취득일은 사용검사필증교부일 또는 사용승인일이며, 재개발조합의 조합원이 조합으로부터 취득하는 조합원공급분 주택은 자기가 건설하는 건축물과 실질적으로 동일한 점(대법원 1992. 6. 12. 선고 91누11087 판결 참조) 등을 종합하여 보면, 구「조세특례제한법」제99조의3 제1항 소정의 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 조합원공급분 신축주택의 취득일은 그 사용승인 등을 받은 날로 봄이 상당하다고 판시하고 있다. 결국 쟁점종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지에 대해 양도소득세를 부과하는 것은 양도사실이 없음에도 양도를 가정하여 세금을 부과한 것으로 헌법상 보장되는 국민의 재산권에 대한 침해이고, 위헌의 소지가 있는 공권력의 행사이다.

처분청은 이 건 과세처분의 근거로「조세특례제한법 시행령」제40조를 제시하고 있으나 이는「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 근거하여 신축주택을 취득일부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우에 해당하는 사항이므로 이 건과 같이 신축주택을 취득일부터 5년 내에 양도한 경우에는 적용될 수 없는 규정이다.

또한, 청구인은 쟁점종전주택을 보유하다가 재건축사업을 통해 쟁점신축주택을 취득한 후 이를 2006.5.10. 양도하고,「조세특례제한법」제99조의3에 따라 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 5년 이상이 경과한 2012.5.2. 청구인에게 가산세를 포함하여 양도소득세를 부과하였는바, 이러한 처분을 부당하다.

나.처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화하는 것에 그 입법취지가 있는 점, 같은 조 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전부동산의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전부동산의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다(재산세과-227, 2009.1.20., 부동산거래관리과-123, 2011.2.10., 조심 2010서2935, 2011.6.30., 심사2011-0307, 2012.3.30.).

또한, 서울행정법원은 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면에 있어 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정되는 것으로 보아야 할 것이지 구주택 취득시부터 신축주택 양도시까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없다고 판단한 바 있어(서울행정법원 2012.3.9. 선고 2011구단27363 판결) 신축주택 감면규정 적용시 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면대상이 아니므로 당초 처분은 정당하다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

재건축사업에 의하여 종전주택을 멸실하여 신축주택을 취득하고 그 취득일로부터 5년 이내 양도한 경우, 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여「조세특례제한법」제99조의3의 세액감면대상으로 볼 수 있는지 여부

나.사실관계 및 판단

(1)서울특별시 OOO이 발급한 집합건축물대장(2006.5.11.)에서 쟁점신축주택의 사용승인일은 2003.5.20.로 나타난다.

(2)쟁점신축주택의 등기부등본, 매매계약서(2006.3.11.) 등에 따르면, 청구인은 2006.5.10.(소유권이전등기일 및 잔금지급일이며, 매매계약일은 2006.3.11.임) 쟁점신축주택을 OOO원에 양도한 것으로 나타난다.

(3)「조세특례제한법」(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항에서 신축주택취득기간(2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간) 내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 자기가 건설한 신축주택으로서 그 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정되어 있다.

(4)살피건대, 청구인은 쟁점종전주택과 쟁점신축주택은 하나의 주택이므로 쟁점신축주택의 취득일을 쟁점종전주택의 취득일로 보아 쟁점신축주택의 양도에 대해 청구인에게 부과된 양도소득세 과세처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있으나,

「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 같은 조 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이란 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이므로(조심 2012서4392, 2012.11.30., 조심 2012서83, 2012.3.13. 외 다수 같은 뜻임), 쟁점신축주택의 양도에 따른 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니하는 기간(쟁점종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 기간)을 감면배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

한편, 청구인은 쟁점신축주택을 2006.5.10. 양도하고, 양도소득세를 기한내 신고하였으나, 처분청이 5년 이상 경과한 2012.5.2. 청구인에게 가산세를 포함하여 양도소득세를 부과하였는바, 이러한 가산세 부과는 부당하다고 주장하나,

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이나(대법원 2005.11.25 선고 2004두930 판결 등 참조), 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2007.4.26. 선고 2005두10545 판결 참조), 납부불성실가산세는 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 가산하는 지연이자 성격을 갖고 있으므로 미납부한 기간 동안 실질적으로 받게 되는 금융혜택 상당액을 국가에 납부하도록 하는 의미도 있는 것인바, 과세관청은 양도소득세의 부과제척기간이 만료되기 전까지 과세가 가능한 반면, 처분청이 청구인의 양도소득세 경정을 지연하였다는 사실이 청구인의 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 보기는 어려우므로 위 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.