2015.11.30.「종합부동산세법 시행령」개정을 통해 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 계산하기 위하여 이 건 산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’을 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 명확히 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 적용하여야 한다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2016년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2016.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세대상물건(종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지)에 대하여 「종합부동산세법」 제16조 제3항에 따라 종합부동산세를 신고하면서, 같은 법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 일부개정된 것) 제4조의2 제1항 및 제5조의3 제1항 및 제2항 규정(이하 “이 건 시행령 조항”이라 한다)에서 규정하는 산식(이하 “이 건 산식”이라 한다)에 따라 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 각각 계산하였다. 나. 청구법인은 이후 이 건 시행령 조항이 종합부동산세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 한 「종합부동산세법」(2015.8.28. 법률 제13449호로 일부개정된 것) 제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항에 위배된다는 이유로 2016년 귀속 종합부동산세 OOO을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2019.8.20. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.8.26. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 종합부동산세 등을 신고·납부할 때에 이 건 시행령 조항 및 산식에 따라 ‘종합부동산세액에서 공제하는 과세표준 금액에 대한 재산세로 부과된 세액’을 계산하였으나, 이 건 시행령 조항 및 산식은 「종합부동산세법」(2015.8.28. 법률 제13499호로 일부개정된 것) 제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항(이하 “이 건 법률 조항”이라 한다)에 위배되는 것이다. 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005.1.5. 법률 제7328호로 제정된 「종합부동산세법」은 이 건 법률 조항을 두어 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였고, 종전 「종합부동산세법 시행령」(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 일부개정되기 전의 것) 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항 및 제2항에서는 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법을 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식으로 규정하였으며, 종전 「종합부동산세법 시행규칙」(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것, 이하 “종전 시행규칙”이라 한다) 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성방법 7.항에서는 ‘⑨ 과세표준 표준세율 재산세액’을 ‘[(감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]’의 산식(이하 “종전 시행규칙 산식”이라 한다)으로 규정하였다. 그런데 종전 시행규칙 산식을 적용한 2009년 귀속 종합부동산세부터 공제할 재산세액이 감소하였고, 이에 대하여 OOO 판결은 2009년 개정으로 연도별 적용비율이 폐지되고 공정시장가액비율이 도입되었지만, 양자는 동일한 기능을 하는 것이고 과세기준 초과분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본 취지에는 변화가 없는데도 종전 시행규칙 산식 중 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분의 공제를 배제하여 결과적으로 재산세가 중복부과되도록 한 것은 상위 법령의 취지에 위배되고 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 것이므로 위법하다는 취지로 판단하였다. 위 대법원 판결 선고 후 2015.11.30. 「종합부동산세법 시행령」이 개정되어 종전 시행규칙 산식을 그대로 이 건 시행령 조항에 규정하였으나, 종전 시행규칙 산식과 마찬가지로 이 건 산식에서도 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율’보다 적거나 같은 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율’ 부분의 공제를 배제하고 있으므로, 위 대법원 판결이 지적한 종합부동산세와 재산세의 이중과세문제가 2016년 이후 귀속분에도 여전히 존재하고 있고, 이 건 법률 조항에서 공제할 재산세액을 규정하고 있음에도 그 취지에 반하여 이 건 시행령 조항에서 공제할 재산세액을 축소한 것은 위법하다(최근 서울고등법원은 이 건 시행령 조항 및 산식에 의하면 이중과세된 부분이 여전히 남아 있게 되는데, 이 건 법률 조항은 재산세액의 공제범위를 정할 수 있는 권한까지 시행령에 위임한 것은 아니고 ‘해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액 전부’를 공제하도록 규정한 것으로 보아야 하는바, 이 건 시행령 조항에 의하여 종전보다 공제액을 축소하는 것은 입법자의 의사에 반하여 위임의 범위를 넘는 것으로서 위법하여 효력이 없다고 판단하였음). 따라서 ① 이 건 산식에 의하여 신고·납부된 종합부동산세 등과 ② 「종합부동산세법」이 예정한 공제할 재산세액인 ‘(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’의 산식에 의하여 계산된 금액으로 계산한 종합부동산세 등 간의 차액(①-②)은 감액경정되어야 한다. 나. 처분청 의견 「종합부동산세법」은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합소득세의 과세표준으로, 「지방세법」은 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세의 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 이 건 산식에서 분자에 해당하는 ‘주택(토지)분 과세표준에 대하여 주택(토지)분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 규정하고 있는바, 처분청에서 이 건 산식에 따라 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 계산하여야 한다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 이 건 시행령 조항 및 산식에 따라 산정한 처분의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2016년 귀속 종합부동산세를 신고함에 있어, 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 이 건 시행령 조항 및 산식[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율 × 재산세 공정가액비율 × 재산세율의 방법]으로 계산하여 신고.납부하였다. (나) 청구법인은 이 건 시행령 조항의 법률 위반을 이유로 대법원 판결OOO의 취지에 따라 종합부동산세에서 공제하는 재산세액을 [(감면 후 공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율]의 산식을 적용하여 계산하여야 한다며 2016년 귀속 종합부동산세의 경정을 청구하였으나, 처분청은 이를 거부하였다. (2) 기획재정부 발간 ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면, 기획재정부는 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 「종합부동산세 시행령」제4조의2 및 제5조의3에 의한 계산식을 다음 ＜표＞와 같이 개정하였다. ＜표＞ 종합부동산세에 대한 재산세 공제액 산식 개정내용

종 전	개 정
□ 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 전체 재산세 표준세액	□ 공제액 산식 명확화 재산세로 부과된 세액의 합계액 × {(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율] × 재산세 표준세율 전체 재산세 표준세액

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정하는 것이 부당하다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인바, 종합부동산세와 재산세의 과세표준과 관련하여 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, 2015.11.30. 「종합부동산세법 시행령」개정을 통해 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 계산하기 위하여 이 건 산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’을 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 명확히 규정하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 적용하여야 한다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다OOO. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제8조[과세표준] ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액]에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제9조[세율 및 세액] ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다. 제13조[과세표준] ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 제14조[세율 및 세액] ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감 조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다. ⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」 제111조 제3항에 따라 가감 조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제2조의4[공정시장가액비율] ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. ② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. 제4조의2[주택분 종합부동산에의 재산세 공제] ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액	×	[(법 제8조에 따른 주택의 공시가격을 합산한 금액 - 6억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제2호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제3호에 따른 표준세율
		주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

제5조의3[토지분 종합부동산에의 재산세 공제] ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액	×	[(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율
		종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액	×	[(법 제13조 제1항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율
		별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(3) 지방세법 제110조[과세표준] ① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장 가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다. (4) 지방세법 시행령 제109조[공정시장가액비율] 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다. 1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 70 2. 주택 : 시가표준액의 100분의 60