이유
1. 원처분 개요

청구인은 청구외 OOO, OOO와 공동으로 87.3.16 OOOOOO공사로부터 부산광역시 남구 OO동 OOOOOO 답 526㎡, 동소 OOOOOO 답 650㎡, 동소 OOOOOO 대지 4,888㎡, 동소 OOOOO 답 194㎡(청구인의 지분은 3분의 1이며 이하“쟁점토지”라 한다)를 취득하여 91.6.7 해운항만청에 협의수용한 후 91.6.30 실지거래가액(취득가액 106,851,178원, 양도가액 1,637,510,000원)으로 자산양도차익 예정신고를 하고, 91.10.19 토지수용재결보상금을 추가로 수령함에 따라 92.1.31 양도가액 102,850,230원을 추가신고(91.6.30 신고한 실지양도가액과 합하면 1,740,360,230원임)하였다가 92.6.29 기준시가(양도가액 1,207,700,000원, 취득가액 769,318,737원)로 양도차익을 산정하여 양도소득금액을 수정신고하였다.

처분청은 청구인이 당초 신고한 실지거래가액으로 양도차익을 결정하여 감면한도액 3억원을 공제하고 96.1.16 청구인에게 91년도분 양도소득세 783,447,530원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 96.4.4 이의신청, 96.7.19 심사청구를 거쳐 96.10.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

쟁점토지의 양도는

조세감면규제법 제57조

제1항 제2호의 규정에 의하여 양도소득세가 전액 감면되는 경우인데 청구인은

같은법 제88조

의 규정에 의한 감면의 종합한도가 3억원인 것을 모르고 실지거래가액에 의한 법소정의 예정신고 및 추가신고를 하였으나 추후 이 사실을 알고 당초신고의 오류를 정정하여 기준시가에 의하여 수정신고를 하였으므로 수정신고 내용대로 양도소득세를 결정하는 것이 타당하고, 또한

소득세법 시행령 제170조

제4항 제3호의 규정은 정부가 일방적으로 실지거래가액에 의한 과세를 하도록 한 같은 항 제2호의 경우와는 달리 기준시가를 적용한 양도차익이 실지거래가액에 의한 것 보다 양도자에게 불리한 경우를 배려하여 당해 납세자에게 선택권을 부여하는데 그 취지가 있으므로 양도자가 착오로 불리한 실지거래가액으로 신고하였다 하더라도 정부는 납세자에게 유리한 기준시가로 결정하는 것이 당해 조항의 취지에 부합된다.

나. 국세청장 의견

자산양도차익예정신고기한 도과후 확정신고기간 도래전에 제출한 신고서는 예정신고로서의 효력은 없으나, 동 신고서를 반려하지 아니하고 접수한 상태에서 확정신고기간이 도래하면 확정신고로서의 효력이 발생하는 것이므로 92.1.31 실지거래가액으로 신고한 것이 확정신고의 효력은 있고(재산 1264-2494, 1984.7.27), 양도소득세의 과세표준을 지방세법의 규정에 의한 과세시가 표준액으로 확정신고한 후 이를 다시 실지거래가액으로 변경하는 것은 수정신고의 대상이 되지 아니하며(징세 46101-2865, 1993.7.9) 기준시가로 양도소득세를 신고한 경우 다시 실지거래가액으로 양도소득세 수정신고를 할 수 없는 점(재무부 총괄1231-438, 1977.2.24)등에 비추어 쟁점토지의 양도에 대하여 92.1.31 실지거래가액으로 신고한 것은 확정신고의 효력이 있으나, 92.6.29 수정신고는 수정신고의 효력이 없으므로 당초 신고한 실지거래가액으로 양도차익을 결정하여 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였다가 기준시가로 수정신고한 경우에 실지거래가액으로 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

(1) 쟁점토지 양도당시(91.6.7) 시행된

소득세법 제23조

제4항 제1호에서 양도가액은 그 자산의 양도당시의 기준시가에 의하되, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있고,

같은법 제45조

제1항 제1호 가목에서 거주자의 양도차익 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비중 취득가액은 당해 자산의 취득당시의 기준시가에 의한 금액에 의하되, 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있으며,

같은법 시행령 제170조

제4항에서「법 제23조 제4항 제1호 단서 및 법 제45조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1.～2. (생 략)

3. 양도자가 법 제95조 또는 법 제100조의 규정에 의한 신고시 제출한 증빙서류에 의거 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우」라고 규정하고 있다.

(2) 한편, 쟁점토지 양도당시 시행된

국세기본법 제45조

제1항에서는 「과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락·오류가 있는 때에는 다음 각호에 게기하는 기한내에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 법인세 및 부가가치세의 경우에는 법정신고기간 경과후 6월(예정신고의 경우에는 예정시고기한 경과후 3월)내

2. 제1호 이외의 국세의 경우에는 법정신고기간경과후 1월내」라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 91.6.7 쟁점토지를 양도하고 예정신고기한내인 91.6.30 실지거래가액으로 자산양도차익예정신고를 한 후 과세표준확정신고기한내인 92.1.31 추가수용보상금을 포함한 실지거래가액에 의하여 추가신고를 하고 별도의 과세표준 확정신고를 이행한 바는 없으나 92.1.31 추가신고는 과세표준 확정신고기한(92.5.31)내의 신고로서 이는 소득세법상의 과세표준 확정신고로 볼 수 있는 점, 청구인이 위 국세기본법에서 규정한 수정신고기한(법정신고기간 경과후 1개월)내인 92.6.29 기준시가에 의하여 수정신고한 점등에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 전시

국세기본법 제45조

에서 신고서상의 기재사항에 누락·오류가 있을 때 수정신고 할 수 있도록 규정하고 있을 뿐 기재사항의 누락·오류에 대한 정의나 누락·오류의 범위에 대한 명문규정이 없어 이 건과 같은 양도소득세 결정방법의 변경이 수정신고대상에 포함되는지 여부에 대하여 논란이 있을 수 있으나 수정신고제도의 취지, 소득세법상의 양도소득세 과세원칙 및 과세의 형평등을 고려하여 이를 살펴보면,

첫째, 소득세와 같은 정부 부과세목은 납세자의 신고내용에 따라 조세채권이 확정되는 것이 아니므로 양도소득세에 있어서 자산양도차익예정신고, 과세표준확정신고 또는 과세표준수정신고는 모두 법적으로는 납세자의 의사표시에 불과한 것으로 볼 수 있는 점, 국세기본법상 소득세도 수정신고가 가능하도록 명문규정을 두고 있고 이 경우 수정신고는 납세자의 신고당시의 의사표시를 정정할 수 있는 기회를 부여하는데 그 취지가 있다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 이 건과 같이 과세표준 수정신고를 하면서 당초 신고시의 의사표시를 정정하여 기준시가에 의하여 양도차익을 결정받겠다는 의사표시를 명백히 표명한 납세자에게 수정신고대상이 아니라고 제한적으로 해석하는 것은 수정신고 제도의 취지에 반하는 불합리한 점이 있다 할 것이고,

둘째, 소득세법상 양도소득세는 기준시가에 의한 양도차익 결정을 과세원칙으로 규정하면서 기준시가에 의한 과세방법과 실지거래가액에 의한 과세방법을 납세자가 선택할 수 있도록 규정하고 있는데 납세자가 과세표준 확정신고시 실지거래가액으로 신고하였다는 이유만으로 수정신고시 표명된 납세자의 의사에 반하여 실지거래가액으로 과세하는 것은 과세형평상 타당치 아니하고, 어느 방법이 유리한지 모르고 신고한 납세자에 있어서 신고내용이 사실과 다른 경우에는 결과적으로 유리한 기준시가 과세가 가능하나 신고내용이 사실인 경우에는 기준시가에 의한 과세가 불가능 하다면 성실한 자가 오히려 불이익을 받는 결과를 초래하여 불합리한 점이 있으므로 양도소득세의 경우 납세자의 선택사항으로 되어 있는 과세방법의 변경은 수정신고대상으로 보는 것이 합당하며, 위 국세기본법상의 관련규정에 비추어 볼 때에도 양도소득세 과세방법을 변경하여 신고하는 경우 신고서상의 기재내용인 양도가액 및 취득가액이 달라지게 되므로 이를 당초 신고서상의 기재내용의 오류에 포함된다고 볼 수 있다 할 것이며,

셋째, 이 건 양도당시 시행된 국세기본법에서는 납부세액을 증가·감소시키는 사유를 모두 수정신고에 의하여 처리하였으나 95.1.1부터 적용되는 국세기본법에서는 납부세액을 감소시키는 사유를 경정청구제도에 의하여 구제하도록 하면서 94.12.22 신설된

국세기본법 제45조의 2

에서 과세표준 및 세액을 감소시키는 것을 경정청구대상으로 한다고 명문규정을 두고 있어 일반국민들은 이 건과 같이 양도차익 결정방법을 달리하여 납부세액을 감소시키는 경우도 국세기본법상의 수정신고 대상이 된다고 충분히 해석할 수 있었다고 보며 특히, 국세행정의 집행에 있어서도 양도차익예정신고시 실지거래가액으로 신고한 후 과세표준 확정신고시 기준시가로 신고한 경우 적법한 신고로 인정(국세청 재일45014-110, 1996.1.13)하여 기준시가로 과세하여 오고 있는 점에 비추어 볼 때 이 건과 같이 과세표준 확정신고시 실지거래가액으로 신고하였다가 과세표준 수정신고시 청구인에게 유리한 기준시가로 신고한 경우 기준시가로 과세하는 것이 타당하다고 할 것이다.

(3) 위와 같은 점들을 종합하여 보건대, 이 건의 경우와 같이 당초 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였다가 기준시가로 수정신고한 경우 수정신고의 대상이 되며, 따라서 기준시가에 의하여 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세를 부과하는 것이 정당하다고 판단된다.(국심96부2077, 96.12.20 합동회의, 같은 뜻임)

라. 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.