이유
1. 처분개요

가. 청구법인은 전력용 반도체칩 설계·개발 등의 사업을 영위하는 비상장법인인 벤처기업으로, 임직원이 청구법인의 주식에 대하여 2012.5.15. 267,000주(이하 “쟁점①주식”이라 한다) 및 2012.11.15. 81,875주(이하 “쟁점②주식”이라 하며 쟁점①주식과 합하여 “쟁점주식”이라 한다)의 주식매수선택권을 각 행사하여 취득하자,「상속세 및 증여세법」(이하 “상증법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 따라 쟁점①주식의 시가를 주당 OOO원으로, 쟁점②주식의 시가를 주당 OOO원으로 보아 주식매수청구권 행사이익을 산정하여 근로소득세를 각 원천징수하였다.

나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 쟁점①주식의 시가를 2012.5.15. 매매사례가액인 주당 OOO원으로, 쟁점②주식의 시가를 2013.5.15. 매매사례가액인 주당 OOO원으로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2016.3.21. 청구법인에게 2012년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원 및 2012사업연도 법인세 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.6.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법

인

주장 및 처분청 의견

가. 청구법

인

주장

(1) 처분청은 쟁점주식의 시가에 대하여 부당행위계산부인 규정인

「소득세법 시행령」제98조

제3항에 따라

「법인세법 시행령」제89조

제1항의 매매사례가액이 적용되는 것이라는 의견이나, 주식매수선택권 행사시 근로소득세 과세 규정인

「소득세법 시행령」제38조

제1항 제17호에서 시가의 범위에 대한 규정이 없으므로, 청구법인이 적용되는「벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령」(이하 “벤처기업법령”이라 한다)상의 시가를 규정을 적용해야 하는 점, 벤처기업법령에는 주식매수선택권 행사에 따른 주식의 시가를

「상속세 및 증여세법 시행령」제54조

를 준용한 방법으로 평가(이하 “상증법 평가액”이라 한다)하도록 규정하고 있고 신주발행형도 이와 다르지 아니한 점, 국세청 홈페이지에 게재된 ‘주식매수선택권 행사로 인한 이익계산시 주식 시가 산정방법 안내’에도 비상장법인인 경우 상증법 평가액으로 평가하도록 기재된 점 등에 비추어 쟁점주식의 시가는 벤처기업법령에 따라 상증법 평가액을 적용하여야 한다.

(2) 설령, 주식매수선택권 행사시 주식의 시가를 산정함에 있어

「법인세법 시행령」제89조

제1항의 매매사례가액이 적용된다고 하더라도, 위 규정상 시가는 해당 거래와 ‘유사한 상황’에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격으로 규정하고 있는바, 주식매수선택권 행사로 취득한 쟁점주식은 상장일 전까지 양도 등의 권리행사에 제약이 존재하여 행사일 전후 자유롭게 거래된 일반주식과는 본질적으로 그 고유특성이 달라 처분청이 주장하는 매매사례가액은 쟁점주식의 객관적인 교환가치를 반영하지 못할 뿐만 아니라, ‘유사한 상황’에서 거래한 가격에 해당하지 아니한 점, 상증법상 전환사채·신주인수권사채의 평가에 있어 전환 등이 불가능한 기간과 가능한 기간을 나누어 그 평가방법을 구분하고 있는 점, 미국의 소득세법에서 양도가능하거나 향후 몰수가능성이 없는 주식에 대해서만 근로소득으로 과세하도록 규정하고 있는 것도 제약조건의 존재 여부에 따라 과세처분을 달리하고자 하는 경제적 합리성이 반영된 것인 점, 쟁점①주식의 시가로 본 2012.5.15. 주식거래의 경우, 기존 주주의 퇴사와 관련하여 발생한 일시적·우발적 거래로서 불특정다수인과 계속적으로 또는 일반적으로 거래된 가격에 해당되지 아니하는 점, 쟁점②주식의 시가로 본 2013.5.15. 주식거래의 경우, 청구법인이 임직원으로부터의 자사주로 매입한 것으로서 특수관계인과의 거래에 해당하는 바, 시가에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점주식의 매매사례가액은 존재하지 아니하므로 상증법 평가액을 적용해야 하므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점주식의 시가는

「소득세법 시행령」제98조

제3항에 따라

「법인세법 시행령」제89조

제1항을 준용하여 산정하도록 규정되어 있는 점,

벤처기업법령 제11조의3

제2항은 주식매수선택권의 부여방법과 관련하여 해당 벤처기업이 부여 당시 행사가격의 산정에 대하여 규정한 것에 불과하여「소득세법」상 과세표준의 산정과는 무관할뿐만 아니라 차액보상형의 경우에만 상증법 평가액을 적용하여 현금 등을 지급하도록 규정하여 신주발행형인 쟁점주식은 적용대상이 아닌 점, 국세청 홈페이지상 안내는 매매사례가액이 존재하지 않을 경우 상증법 평가액을 적용한다는 일반원칙을 적시한 것에 불과한 점 등에 비추어 쟁점주식의 시가에 대하여 벤처기업법령에 따라 상증법 평가액을 적용해야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(2) 청구법인은 일반적인 주식과 주식매수선택권 행사로 인한 주식과는 거래유형, 거래조건 등이 다르다고 주장하나,

「법인세법 시행령」제89조

제1항에서 양도제한 등 일반거래와 다른 조건이 결부된 거래에 관하여 제3자간 일반거래가격 외에 다른 시가를 적용하도록 정한 사실이 없으므로 주식매수선택권 행사시 시가에도 동일하게 적용되는 점, 선결정례(조심 2014서1262, 2014.6.30.)에서 동일한 주식매수선택권의 행사시 주식의 특이성을 고려하지 아니하고 일반 매매사례가액을 시가로 인정한 점, 청구법인의 주식에 대한 비특수관계인간 거래는 2012∼2013년까지 수차례에 걸쳐 매매사례가액이 주당 OOO원 사이로 형성되어 있어 평가기준일 전후 가장 가까운 매매사례가액을 시가로 산정함이 타당한 점, 쟁점①주식의 시가는 동일자 2012.5.15. 매매사례가액인 주당 OOO원을 적용해야 하는 점, 쟁점②주식의 시가로 본 2013.5.15. 매매사례가액인 주당 OOO원은 청구법인이 2013.1.31. 기준으로 독립된 외부평가기관들의 평가와 과거 제3자간 발생한 거래가격, 장외주식거래시장의 매수·매도 호가를 종합적으로 고려하여 결정한 것인 점 등에 비추어 쟁점①주식의 시가를 주당 OOO원으로, 쟁점②주식의 시가를 주당 OOO원으로 하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

주식매수선택권 행사로 취득한 쟁점주식의 시가를

「상속세 및 증여세법 시행령」제54조

에 따른 가액으로 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 시행령

제38조【근로소득의 범위】① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

17. 법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인 또는 당해 법인과

「법인세법 시행령」제87조

의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 “당해 법인등”이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 당해 법인등에서 근무하는 기간중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)

제98조【부당행위계산의 부인】③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는

「법인세법 시행령」제89조

제1항 및 제2항의 규정을 준용한다.

(2)

법인세법 시행령 제89조

【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1.「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2.

「상속세 및 증여세법」 제38조

·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제64조까지의 규정 및

「조세특례제한법」제101조

를 준용하여 평가한 가액. 이 경우

「상속세 및 증여세법」제63조

제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

(3)

벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령 제11조의3

【주식매수선택권의 부여방법 등】① 법 제16조의3 제1항에 따른 주식매수선택권의 부여는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법에 따른다.

1. 주식매수선택권의 행사가격으로 새로 신주를 발행해서 주거나 자기주식을 주는 방법

2. 주식매수선택권의 행사가격과 시가(時價)와의 차액(행사가격이 시가보다 낮은 경우의 차액을 말한다)을 현금이나 자기주식으로 주는 방법

② 제1항 각 호에 따른

주식매수선택권의 행사가격

(주식매수선택권을 부여한 후 그 행사가격을 조정하는 경우에도 또한 같다)

은 다음 각 호의 가액(價額) 이상이어야 하며

, 제1항 제2호에 따른 시가는 주식매수선택권을 행사한 날을 기준으로 제1호 가목에 따라 평가한 해당 주식의 시가로 한다.

1.

새로 주식을 발행하여 주는 경우에는 다음 각 목의 가액 중 높은 금액

가.

주식매수선택권을 부여한 날을 기준

으로

「상속세 및 증여세법 시행령」제54조

를 준용하여 평가한 해당 주식의 시가

나. 해당 주식의 권면액(券面額)

2. 현금이나 자기주식으로 주는 경우에는 제1호 가목에 따라 평가한 해당 주식의 시가

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 따르면, 청구법인은 2007.2.5. 설립되었고

「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조

에 따른 벤처기업에 해당하는 비상장인 중소기업으로, 2008년 3월부터 2015년 8월까지 16회에 걸쳐 임직원들에게 청구법인 보통주 3,860,100주에 대한 주식매수선택권을 부여하였고, 임직원들은 2011년 6월부터 2015년 11월까지 10회에 걸쳐 1,512,085주에 대하여 주식매선택권을 행사한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인과 임직원 간의 스톡옵션계약서를 보면, 청구법인의 주식매수선택권은 신주발행형으로, 청구법인이 상장하기 전에 주식매수선택권의 행사로 인하여 취득한 주식의 전부 또는 일부를 제3자에게 양도, 증여하거나 담보를 설정할 수 없고(단, 부득이한 사항이 있는 경우 이사회의 승인을 받아 가능함), 임의로 사직하거나 기타 본인의 귀책사유로 퇴임 또는 퇴직한 경우에는 청구법인이 행사가격으로 매수할 수 있는 것으로 기재되어 있다.

(3) 처분청은 쟁점주식에 대한 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 이익을 아래 <표1>과 같이 산정하여 청구법인에게 원천징수분 근로소득세를 과세하였고, 접대비를 손금불산입하며 지급조서불성실가산세

OOO원을 적용하여

법인세를 과세한 사실이 결의서에 의해 확인된다.

<표1>

(4) 청구법인의 발행주식에 대한 거래 내역은 아래 <표2>와 같고, 처분청이 쟁점①주식의 매매사례가액으로 본 2012.5.15. 거래는 2012.4.15. 퇴직한 임원이 OOO에게 양도한 것이며, 처분청이 쟁점②주식의 매매사례가액으로 본 2013.5.15. 거래는 청구법인이 주식보상제도로 신청을 받아 임직원들로부터 1,000,000주(주식매수선택권으로 취득한 주식이 아님)를 매입하여 자기주식을 취득한 것으로, OOO회계법인과 미국 소재 OOO가 2013.1.31. 기준으로 평가한 가액 및 과거 제3자간 발생한 거래가격, 장외주식거래시장의 매수·매도 호가를 종합적으로 고려하여 2013.4.3. 이사회에서 매입가격을 결정한 사실이 답변서 등의 심리자료에서 나타난다.

<표2>

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 벤처기업법령에 따라 상증법상 보충적 평가방법을 적용한 가액으로 쟁점주식의 시가를 산정하여야 한다고 주장하나,

벤처기업법령 제11조의3

은 벤처기업의 경우 주식매수선택권의 부여당시의 행사가격 및 차액보상형에 있어 지급할 금액 등을 규정한 것으로 「소득세법」상 주식매수선태권의 행사에 따른 소득금액의 산정과는 무관한 규정일뿐만 아니라, 벤처기업에만 적용되는 벤처기업법령을 일반적인 규정으로 삼을 수 없고,

「소득세법 시행령」제38조

제1항 제17호의 시가는

「소득세법 시행령」제98조

제3항에 따라

「법인세법 시행령」제89조

가 적용되는 것으로 판단되므로

벤처기업법령 제11조의3

에 따라 상증법 평가액을 적용해야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다. 또한 청구법인은 쟁점주식은 양도제한이 있으므로 일반주식과 동일하지 아니하여 일반주식의 매매사례가액을 시가로 적용할 수 없다고 주장하나, 쟁점주식에 대한 양도제한은 취득자의 의무에 불과하여 쟁점주식 자체의 본질적인 성격 및 평가에 영향을 미친다고 볼 수 없고 청구법인의 주식에 대하여 다수의 시가가 동시에 존재한다고 볼 수 없으며 청구법인의 주식은 2012.5.15. 주당 OOO원, 2012.7.6. 주당 OOO원, 2013.7.23. 주당 OOO원 및 2013.8.14. 주당 OOO원에 거래되었는바, 쟁점주식에 대한 주식매수선택권 행사일 전후하여 계속적으로 제3자와의 일반적인 매매사례가액이 형성되어 있는 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 쟁점①주식의 시가를 주당 OOO원 및 쟁점②주식의 시가를 주당 OOO원으로 하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.