이유
1. 원처분 개요 청구법인은 89.5.16 경기도 광주군 도척면 OO리 OOOOO 소재 골프장(이하 “골프장”이라 한다)의 사업승인(경기도 관광 33460-499)을 받은 후 골프장건설 공사와 관련된 토목공사비 및 조경공사비에 대한 93년 제2기 확정신고분 매입세액 37,057,440원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 그 부가가치세 신고시에 매입세액 불공제하는 것으로 신고한 후에 94.3.23 쟁점매입세액을 공제하는 것으로 수정신고를 하여 환급신청한 데 대하여 처분청은 쟁점매입세액을 골프장의 건설공사와 관련된 토목공사비 및 조경공사비에 대한 매입세액으로서 “토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액”으로 보아 환급하지 아니하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.6.18 심사청구를 거쳐 94.8.23 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 1) 골프장용 토지조성 등과 관련된 쟁점매입세액은 과세사업과 관련된 매입세액이므로 부가가치세액 계산시 공제대상에 해당된다. 가) 현행 부가가치세법상 사업과 관련된 매입세액은 면세사업일 경우에만 매입세액이 공제되지 아니하고( 부가가치세법 제17조 제2항 제4호), 과세사업일 경우에는 면세재화를 공급받더라도 매입세액을 의제하여 공제하도록 되어 있는 바( 부가가치세법 제17조 제3항), 골프장업은 과세사업이고 골프장건설과 관련된 토목공사비 및 조경공사비에 대한 매입세액은 과세사업과 관련된 매입세액이므로 공제대상 매입세액이며, 나) 부가가치세법시행령 제60조 제6항에서 규정하는 “토지의 조성을 위한 자본적지출”이란 택지나 간척지 등 토지만을 조성하는 경우에 적용되는 것으로 해석하여야 하고, 골프장 설치공사는 토지의 조성만을 목적으로한 공사가 아니며 골프코스라는 특수한 체육설비를 설치하기 위한 공사로서 이에 관한 토목공사 및 조경공사는 택지나 간척지 등의 일반적인 토지조성공사와는 근본적으로 다르므로 골프장 건설을 위한 토목공사비 및 조경공사비를 토지의 조성과 관련된 자본적지출로 확대해석하는 것은 납세자의 재산권을 침해하는 잘못된 세법해석이라는 주장이다. 2) 진행중인 공사에 있어서 부가가치세 매입세액을 공제해 오다가 중도에 불공제하는 것은 법의 관행을 무시한 것이다. 90.10.25에 계약이 체결되어 공사가 진행중인데 91.12.31까지 지급된 공사비에 대한 매입세액은 공제하고 92.1.1 이후 지급된 공사비에 대한 매입세액을 공제하지 않는 것은 이미 체결된 공사계약에 대하여 소급적용하는 법의 해석( 국세기본법 제18조 제2항)일 뿐만 아니라, 과세사업과 관련하여 매입세액을 공제해주던 법의 관행을 무시한 법해석( 국세기본법 제18조 제3항)이라는 주장이다. 나. 국세청장 의견 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액을 같은법 제12조 (면세)의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)이라고 규정하고 있고, 같은법시행령 제60조 제6항에서는 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하고 있는바, 부가가치세법시행령 제60조 제6항은 91.12.31 신설된 규정으로서 그 신설이유를 보면 토지는 부가가치세 면세재화이므로 토지에 관련하여 지출한 매입세액은 공제되지 아니하며 그 취득원가로 계상하여야 한다는 것을 명확히 하려는 것이 이 규정의 취지이고, 이 건의 경우 청구법인은 골프장공사를 특수한 체육설비를 설치하기 위한 공사로서 토지의 원가를 구성하는 자본적지출이 될 수 없다고 하나, 토지를 조성하기 위하여 지출된 비용은 그 토지의 가액을 증식시키는 행위에 해당되므로 자본적지출로 봄이 가장 합리적이라 할 수 있고 또한 이러한 취지에서 재무부의 질의·회신(부가46015-21, 93.1.29)에서도 토지에 관련하여 지출한 매입세액은 그 용도에 관계없이 불공제 한다고 해석하고 있으므로 청구법인이 93년도에 골프장의 토지조성을 위한 공사비로 지출하고 수취한 세금계산서의 매입세액을 불공제하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 1) 골프장설치공사중 토목공사 및 조경공사에 관련된 쟁점매입세액이 공제대상인지 여부 2) 91.12.31 이전의 토목공사 및 조경공사에 관련된 부가가치세 매입세액은 공제하고 92.1.1 이후의 매입세액은 공제하지 않는 것이 타당한지 여부 나. 골프장설치공사 중 토목공사 및 조경공사와 관련된 쟁점매입세액이 공제대상인지 여부 1) 청구법인은 부가가치세 과세사업자일 경우 면세재화를 공급받아도 매입세액을 공제하여야 한다는 주장을 하고 있으나 부가가치세 과세사업자가 공급받은 면세재화에 대해 의제매입세액공제를 하여 주는 것은 제조업을 영위하는 사업자가 면세로 제공받은 원재료로 제조가공한 재화에 과세되는 경우 적용되는 것( 부가가치세법 제17조 제3항)이므로, 이 건의 경우와 같이 토지의 조성과 관련하여 용역을 공급받는 경우와는 다른 것이고, 2) 토지는 부가가치세 면세재화이므로 토지에 관련된 지출에 대한 부가가치세 매입세액은 불공제하여 취득원가로 계상해야 된다는 것을 명확히 하기 위해 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 부가가치세 매입세액은 당해토지의 용도에 관계없이 매입세액을 불공제하도록 91.12.31 부가가치세법 시행령 제60조 제6항을 개정한 바 있고(’91 간추린 개정세법 참고) 3) 골프장용토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 토목공사 등에 대한 부가가치세 매입세액은 부가가치세법시행령 제60조 제6항의 규정에 의하여 토지에 대한 자본적지출에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이므로(국심93중1861, 93.10.11 및 재무부 부가 46015-21, 93.1.29 같은 뜻임) 처분청이 골프장 설치공사 중 토지조성 및 조경공사와 관련된 쟁점매입세액을 공제하지 않는 것으로 하여 청구법인의 환급신청세액을 환급하지 아니한 것은 타당한 것으로 판단된다. 다. 공사가 계속 진행중인데 92.1.1 이후 토목공사 등에 대한 부가가치세 매입세액만 불공제하는 것이 타당한지 여부 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없도록 규정한 부가가치세법시행령 제60조 제6항의 규정이 91.12.31 신설되어, 92.1.1 이후 공급분부터 적용하도록 되어 있으므로 처분청이 92.1.1 이후의 토목공사 및 조경공사에 관련된 부가가치세 매입세액을 공제대상이 아닌 것으로 결정한 것에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(국심 93경633, 93.5.25 같은 뜻임). 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.