이유
1. 처분개요 청구인은 88.3.11. 취득한 서울특별시 서초구 OO동 OOOO OO OOOOO OO OOOO 건물 130.19㎡, 대지권 69.62㎡(이하 “종전주택”라 한다)를 92.12.2. 양도하였으며, 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO OOO OOOO OO OO 건물 97.6㎡, 대지 98.5㎡(이하 “다른주택”라 한다)를 91.4.1. 매매를 원인으로 93.12.8. 소유권이전등기를 경료하였다. 처분청은 청구인이 종전주택을 92.12.2. 양도하기 전에 91.4.1. 다른주택을 취득하여 종전주택을 양도할 당시에는 1세대 2주택에 해당하는 것으로 보아 96.1.3 청구인에게 92년 과세기간분 양도소득세 42,044,540원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.2.29. 심사청구를 거쳐 96.6.13. 이 건 심판청구를 하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인주장 전소유자 OOO이 91.2.19. 다른 주택을 전전소유자 OOO로부터 취득할 때 매수자 OOO이 기한내에 잔금을 지불하지 못하여 청구인이 청구외 OOO로 하여금 근저당설정을 하게 하고 OOO에게 돈을 빌려주게하였으나, 채무자 OOO은 첫달부터 이자를 연체하므로 청구인이 OOO을 대신하여 이자를 대신 물어준 것이 인연이 되어 청구인은 OOO에게 기천만원을 빌려주게 되었고, 청구인은 채권 보장을 위하여 91.4.1. 매매예약에 의한 소유권이전청구권 가등기를 해 두었으나 채무자 OOO이 채무상환을 하지 아니 하므로 채무변제를 받기 위하여 91.4.1. 매매를 원인으로 93.12.8. 을 접수일로하여 소유권이전을 받았다. 따라서 다른주택을 취득한 날은 93.12.8. 이고 종전주택을 양도한 날은 92.12.2. 이므로 종전주택의 양도는 1세대 1주택에 해당되므로 양도소득세를 부과함은 부당하다. 나. 국세청장 의견 청구인이 다른주택을 채무변제로 93.12.2. 취득하였다고 주장하고 있으나 차용계약서 및 임대계약서등 구체적인 입증서류를 제시하지 못하고 있는 사실등으로 보아 사실상 91.4.1. 다른주택을 취득하고서도 본등기를 하지 아니하고 가등기만 하고 있다가 93.12.2. 에 본등기를 한 것으로 종전주택 양도당시는 1세대2주택에 해당되며, 청구외 OOO은 다른주택을 91.2.19. 청구외 OOO로부터 취득하고 같은 날 청구외 OOO에게 채권최고액 9천만원에 근저당권설정을 하였다가 93.3.27. 근저당말소를 한 사실이 등기부등본에 의하여 확인된다. 또 청구인은 다른주택을 93.12.8. 본등기 이행할 때, 검인계약서 작성일자를 91.4.1. 매매대금을 1억6천만원으로 정하고 당일 계약금으로 5천4백만원을 잔금 1억6백만원은 93.12.2. 지급한 것으로하여 작성하였다. 한편 다른주택의 취득에 관하여 실질적으로 권한을 행사한 청구인의 처 OOO에게 전화문의 한 바, 다른주택은 금전대차 관계로 하는 수 없이 잡은 것이고 93.12.8. 본등기 할 때 잔금 106,000,000원에 대한 증빙은 쉽게 제출할 수 없는 상황이며, 다른주택에 근저당되어 있는 채권자 청구외 OOO에 대한 채무 약 4천만원은 청구인이 상환하고 93.3.27. 근저당말소한 것이라고 진술하고 있다. 이상의 사실관계와 청구인의 처 OOO의 전화진술내용을 종합해 보면, 다른주택은 소유권, 근저당권, 전세권 등 복잡한 이해관계가 얽힌 상태에서 거래된 것이어서 잔금지급에 관한 증빙을 철저히 보관하는 것이 일반적인데도 이에 관한 증빙을 제시못하고 있고, 등기부등본상 93.3.27. 당시는 그 소유권이 청구외 OOO의 소유인데도 청구인이 다른주택의 근저당권자인 청구외 OOO에게 채무를 상환하고 근저당권말소를 한 사실 등에 미루어, 청구인은 다른주택의 소유권을 가등기한 시점부터 행사한 것으로 보인다. 따라서 종전주택의 양도일인 92.12.2. 당시는 1세대2주택에 해당된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이건 다른주택의 실제 취득일이 등기부상 소유권이전청구권가등기설정일인 91.4.1.인지 아니면 매매계약서상 잔금지급일인 93.12.2. 이나 등기부상 소유권이전일인 93.12.8. 인지 여부를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 소득세법 제5조 제6호(자)목에서 대통령령이 정하는 1세대1주택의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 비과세하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제15조 제1항에서 「1세대1주택」이라 함은 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하거나 당해 주택의 보유기간이 5년이상이어야 한다”고 규정하고 있다. 소득세법 제27조 · 같은법 시행령 제53조 에서는 “자산의 취득시기 및 양도시기를 당해자산의 대금을 청산한 날로 하고 있으며 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일로 한다”고 규정하고 있다. 다. 사실관계 (1) 등기부등본에 의하면 청구인은 종전주택을 88.3.11. 취득하여 92.12.2. 청구외 OOO에게 양도하였고, 다른주택은 93.12.8. OOO으로 부터 소유권이전된 사실이 확인된다. (2) 청구인은 주민등록상 양도한 종전주택에 88.5.11. 전입하여 91.7.1. 까지 3년 2월여 거주한 사실이 확인되며 이건 다른주택에는 거주한 사실이 없다. (3) 청구인은 계약금 지급일이 91.4.1. 이고 잔금지급일이 93.12.2. 인 다른주택의 매매계약서와 93.12.8.이 등기일인 이건 다른주택의 등기권리증을 제출하고 있다. 라. 판단 다른주택의 잔금청산일이 분명하지 않다면 매매계약서상 잔금지급약정일인 93.12.2.을 다른주택의 취득시기로 보아야 하고, 설령 잔금지급약정일이 분명하지 않다고 하더라도 다른주택의 등기접수일인 93.12.8.이 다른주택의 취득시기이지 처분청에서 주장하는 다른주택의 소유권이전청구권 가등기일인 91.4.1.이 다른주택의 취득시기가 될 수 없다. 따라서 청구인은 종전주택을 92.12.2. 양도하고 이 건 다른주택을 매매계약서상 잔금지급약정일인 93.12.2.에 취득하였으므로 종전주택의 양도는 「1세대1주택」에 해당된다. 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.