미환류소득과 관련한 기업소득 산정시 이월결손금 재차 공제가 가능하다는 규정이 없고, 재차 공제할 경우 미환류소득에서 이월결손금이 과다공제되어 불합리한 측면이 있어 경정청구를 거부한 처분에 잘못이 없음

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO에서 개인고객 및 법인고객을 대상으로 「자본시장법」에 의한 투자매매업, 투자중개업, 투자자문업, 투자일임업 등을 주된 사업으로 영위하는 법인이다. 나. 청구법인이 2017사업연도부터 2021사업연도까지 미환류소득을 계산하면서 누적된 이월결손금의 재차 차감이 이루어지지 않아 「조세특례제한법」 제100조의32 제1항에 따른 미환류소득에 대한 법인세를 과다하게 산정하여 납부하였다는 이유로 2022.10.20. 기 납부한 법인세 합계 OOO원(2017사업연도분 OOO원, 2018사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원, 이하 “쟁점청구세액”이라 한다)의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2023.1.31. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.25. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 미환류세 계산 시 차감하는 이월결손금은 구 「법인세법」 제56조 및 「조세특례제한법」 제100조의32 에 따라 계산하여야 하나, 처분청은 「법인세법」 제13조 등에서 규정한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준 계산 시 이월결손금 공제 규정을 합리적인 이유 없이 확장하여 적용하였으므로 이는 조세법률주의에 반한다. 헌법 제38조 및 제59조 등에 근거한 조세법률주의의 원칙에 따르면, 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 하여야 하며, 법문의 범위를 넘어 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 것으로 법률의 위임 없이 명령, 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등을 추가하거나, 법해석을 통해 법령상 규정된 과세 및 비과세 범위를 넓히거나 좁히는 것은 조세법률주의에 반하여 허용될 수 없다(대법원 2002.7.26. 선고 2001두5521 판결, 대법원 2000.3.16 선고 98두11731 전원합의체 판결). 처분청은 ‘미환류소득 계산 시 이월결손금 공제를 도입한 것은 이월결손금의 발생으로 환류 여력이 없는 기업에게 미환류 소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 것’이라고 하면서 ‘같은 취지인 법인세 과세표준의 이월결손금 공제 시에도 재차 공제를 허용하고 있지 않고, 미환류 소득 세제에서도 이와 달리 볼 이유가 없으므로 이월결손금 공제 시 누적된 결손금의 재차 차감이 가능하다고 볼 수 없다’는 의견이다. 그러나, 이는 아래와 같은 이유에서 타당하지 않다. 먼저, 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준을 계산하는 방식과 미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득을 계산하는 방식의 유사점을 이유로 법인세 과세표준 계산시 이월결손금 공제 방식을 미환류소득에 대한 법인세 계산 시까지 확장하여 적용할 수 없다. 대법원은 ‘설립등기를 마친 후 폐업을 하여 사업실적이 없는 상태에 있는 법인의 주식 전부를 제3자가 매수한 다음 법인의 임원, 자본, 상호, 목적사업 등을 변경한’ 것을 실질적인 법인의 설립에 해당한다고 보아 등록세 등을 중과하여 과세한 사례에 대하여 ‘그러한 행위가 등록세 등의 중과를 회피하기 위한 것으로서 이를 규제할 필요가 있다 하더라도 그와 같은 행위의 효력을 부인하는 개별적이고 구체적인 법률 규정을 두고 있지 않은 조세법 하에서 그 행위가 위 조항의 법인의 설립에 해당한다고 보아 등록세를 중과하는 것은 조세 법규를 합리적 이유 없이 확장 또는 유추 해석하는 것으로서 허용될 수 없다’는 취지로 판결하였다(대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결). 즉, 「상법」상 설립과 ‘실질이 유사하다’는 이유로 또는 ‘규제의 필요성이 있다’는 이유로 ‘주식 매수’를 ‘법인 설립’으로 볼 수 없는 것처럼, 법인세 과세표준을 계산하는 방식과 미환류 소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득을 계산하는 방식의 유사점 등을 이유로 법인세 과세표준 계산 시의 이월결손금 공제방식을 미환류소득에 대한 법인세 계산 시까지 확장하여 적용할 수 없다. 법인세와는 별개로 미환류소득에 대한 법인세와 관련해서는 ‘기업의 소득을 투자, 임금 증가 등으로 활용하도록 하여 기업소득과 가계소득 간의 선순환을 유도한다’는 독립적인 취지를 가지고 있다. 이를 위해 미환류소득에 대한 법인세 계산에 있어 법인세 계산 규정을 일부 인용하고 있기는 하나, 법인의 환류 여력을 산출하기 위한 구체적인 계산 방식을 「법인세법」 제56조 및 「조세특례제한법」 제100조의32 에 따라 독립적으로 규정하고 있다. 미환류소득에 대한 법인세 산정 시 기업소득은 법인세 과세표준 계산 시와는 별도의 방식으로 계산된다.

법인세 과세표준 계산 시의 이월결손금 공제 각 사업연도의 소득의 범위에서 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 발생한 결손금으로서, 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액을 공제함 [단, 각 사업연도소득의 100분의 60(또는 100분의 80)을 한도로 함]

미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 계산 시 차감하는 이월결손금도 아래와 같이 법인세 과세표준 계산 시 공제하는 이월결손금과는 다르게 규정하고 있다.

미환류세 기업소득 계산 시의 이월결손금 차감 「법인세법」 제14조 에 따른 각사업연도의 소득에서, 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 발생한 결손금으로서, 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액을 차감함, 기업소득이 음수로 계산되는 경우에는 기업소득을 영으로 봄

즉, 법인세 과세표준 계산시 공제하는 이월결손금은 각 사업연도소득의 100분의 60(또는 100분의 80) 등 한도 적용을 논외로 하더라도 원칙적으로 각 사업연도 소득의 범위 내에서 차감하는 것인데 반해, 미환류소득에 대한 법인세 관련 기업소득 계산 시 차감하는 이월결손금은 공제할 수 있는 이월결손금 전액을 한도나 범위에 대한 제한 없이 강제 차감해야 하는 것이고, 결과적으로 기업소득이 음수로 계산될 수도 있다(음수로 계산된 경우에는 영으로 의제). 이월결손금 공제 또는 차감이 법인세 계산 시와 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 각각 전혀 다른 방식으로 계산되므로, 법인세 계산 시 재차 공제가 허용되지 않는다는 이유로 미환류소득에 대한 법인세 계산 시에도 이를 동일하게 적용해야 한다는 처분청의 의견은 타당하지 않다. 즉, 전액 강제 차감 방식이기 때문에 이후 연도에 재차 차감 되어야 하는 것이고, 처분청의 의견대로 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 이월결손금 재차 차감을 허용하지 않는 경우에는 미환류소득에 대한 법인세 입법 취지를 달성할 수 없다. 한편, 처분청은 대법원 판례(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결)를 인용하여 이 건에 대하여 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 불가피하다는 의견이다. 그러나, 위의 대법원 판례의 경우 취득.등록세 감면과 관련한 특혜 규정에 대하여 납세자가 조세법률주의에 의거 감경을 주장(즉, 개인간 매매가 감경의 대상인데, ‘경매’의 경우도 형식적으로 개인간 매매에 해당하므로 명시적인 배제 조항이 없는 이상 감경의 대상에 포함되어야 한다는 주장)한 건에 대하여 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 판단한 사례이다. 즉, 명백한 특혜 조항의 해석에 있어 취지 등 실질을 고려하여 특혜 부여의 대상을 좁게 보겠다는 취지이다. 그러나, 이 건은 특혜 조항의 해석에 대한 문제가 아니고, 동일한 과세대상에 대하여 중복 과세하는 즉, 이중과세의 성격이 존재하는 미환류소득에 대한 법인세에 대한 해석의 문제이다. 그러므로, 이중과세를 강화하는 방향으로 합목적적 해석을 하여야 한다는 처분청의 의견은 대법원의 의도와 상반된 측면이 있다 기획재정부는 ‘합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금으로서 각 사업연도 과세표준 계산 시 공제되지 않은 금액을 매년 미환류소득 계산 시 계속하여 차감할 수 있는지 여부’에 대한 질의에 대하여 ‘매년 이월결손금 공제불가능하다’고 회신한 바 있다(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.). 처분청은 이러한 기획재정부 유권해석의 핵심이 미환류소득 계산시 이월결손금을 재차 공제받을 수 있는지에 관한 것이라는 의견이나, 이러한 유권해석은 합병 이후 피합병법인의 사업에서 소득이 발생하지 않는 특수한 상황을 배경으로 한 납세자의 질의에 대한 것이고, 기획재정부 또한 판단의 근거를 명확히 밝히고 있지 않다. 위에서 기술한 바와 같이 대법원은 ‘법 해석을 통해 법령상 규정된 과세 및 비과세 범위를 넓히거나 좁히는 것은 조세법률주의에 반하여 허용될 수 없다’고 판시한 바 있다(대법원 2002.7.26. 선고 2001두5521 판결, 대법원 2000.3.16. 선고 98두11731 전원합의체 판결). 또한, 기획재정부가 관계 법령 등 그 판단의 근거를 명확히 밝히지 않고 회신한 것이므로 해당 해석은 질의자의 특수한 사실관계(합병법인이 피합병법인의 이월결손금을 차감 가능한지 여부)에만 한정하여 참고하는 것이 타당하다. 처분청의 의견에 따를 경우 이월결손금 공제 요건을 규정한 「법인세법」 규정 일부가 사문화되므로 타당하지 않다. 「법인세법 시행령」 제93조 제4항 제2호 및 「조세특례제한법 시행령」 제100조의32 제4항 제2호에 따르면 미환류소득에 대한 법인세 관련 기업소득 계산시 ‘ 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금’을 차감해야 하는데 이는 기획재정부 유권해석(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30.) 등을 통해 확인된 바에 따르면 아래와 같이 그 적용 요건을 나누어 볼 수 있다.

[요건1] 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서, [요건2] 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액

[처분청 부여 요건] 그 후의 각 사업연도의 미환류세(미환류소득에 대한 법인세)를 계산할 때 공제되지 아니한 금액

처분청은 여기에 세법에서 정한 바 없는 추가적인 요건을 부여하고 있다. 그러나, 처분청에서 임의로 부여한 [처분청 부여 요건]은 「법인세법」 및 「조세특례제한법」에서 정한 상기 [요건2]와 양립할 수 없기 때문에 타당하지 않다. 납세자가 미환류소득에 대한 법인세를 처음 적용하는 사업연도에는 [요건1]과 [요건2]가 적용되어 미환류소득에 대한 법인세 관련 기업소득이 계산되나, 2차 연도부터는 [처분청 부여 요건]을 적용 시 [요건1]과 [요건2]만을 적용하여 계산한 결과와 차이가 발생할 뿐만 아니라, [요건1]과 [처분청 부여 요건]만으로 기업소득 계산 시 차감하는 이월결손금이 확정되므로 [요건2]를 정한 「법인세법」 규정은 사문화고, 이렇게 법률 문언을 사문화하는 처분은 조세법률주의에 위배되어 타당하지 않다. 처분청의 의견과 같이 적용할 경우에는 환류 여력이 없는 상황에서도 미환류소득에 대한 법인세를 과다하게 부담하게 되고, 이는 입법권자가 예정한 것과는 전혀 다른 결과를 초래하는 것이므로 미환류소득에 대한 법인세 입법 취지에 반하게 된다. 청구법인은 법에서 정한 바에 따라 ‘각 사업연도에서 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’을 매 연도 말 기준으로 산출하여 해당 금액을 각 연도의 미환류소득에 대한 법인세 관련 기업소득 계산 시 차감하여 계산하였다. 각 사업연도에 차감된 금액의 합은 실제 발생한 결손금의 합계액과는 다른 것이고, 특정 시점의 이월결손금 잔액을 의미하는 것도 아니다. 처분청은 ‘이월결손금을 계속하여 재차 공제하게 되면 실제 누적된 이월결손금보다 더 많은 액수를 공제하게 되고, 기업으로서는 환류 여력이 있음에도 계산된 기업소득이 음수가 나오게 되어 미환류소득 법인세를 납부하지 않게 된다’는 의견이나 이 또한 사실과 다르다. 법인세 과세표준 계산 시 차감되는 이월결손금은 각 사업연도 소득의 범위 내에서만 차감되므로 이월결손금 공제 금액은 전액 납부세액의 감소로 이어진다. 따라서, 법인세 과세표준 계산 시 특정연도에 공제한 이월결손금을이후 사업연도에 재차 공제하게 되면 납부세액을 중복해서 감소시키는 결과를 필연적으로 발생시키게 된다. 그러나, 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 차감하는 이월결손금은 각 사업연도의 소득 범위 내에서 차감되는 것이 아니고 위 [요건1]과 [요건2]가 만족되는 모든 이월결손금 잔액이 전액 강제 차감되나, 기업소득이 영 이하로 계산되는 경우에는 기업소득을 영으로 보기 때문에 이월결손금의 차감이 납부세액의 감소를 유발할 수도, 유발하지 않을 수도 있다. 따라서, 처분청이 지속적으로 강조하는 ‘재차 차감’의 부적합성은 ‘이월결손금 공제는 곧, 납부세액 감소’를 의미하는 법인세 과세표준 계산 시에 유효한 설명일 수 있으나 ‘이월결손금 차감은 곧 납부세액 감소’의 관계가 성립하지 않는 미환류소득에 대한 법인세 계산 시에는 타당하지 않다. 또한, [요건1]과 [요건2]를 만족하는 이월결손금은 미환류소득에 대한 법인세를 계산할 목적으로 ‘강제 차감’되는 것이므로 미환류소득에 대한 법인세 계산 시 한번 차감된 결손금이 이후 사업연도에 다시 차감될 수 없다는 처분청의 의견은 직전 사업연도에 발생한 결손금이 그 다음 사업연도에 전액 강제 차감되어 소멸하고 이러한 ‘결손금의 발생과 다음 사업연도 소멸’이 반복되는 형태가 되어 ‘과거에 누적된 결손금을 차감하는 것’이라는 기획재정부의 해석과도 모순되는 결과를 가져오게 된다. 처분청은 ‘미환류소득 계산 시 이월결손금 공제를 도입한 것은 이월결손금의 발생으로 환류 여력이 없는 기업에게 환류 소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주기 위한 것’이라고 설명하고 있다. 그러나, 처분청 의견과 같이 이월결손금 차감 방식을 적용하면, 연속하는 사업연도에 누적적으로 결손이 발생한 경우 직후 사업연도에 당기 소득이 발생했다 하더라도(공제되지 않은 이월결손금이 남아 있다면) 환류 여력이 있다고 보기 어려움에도, 결손 해소 직후 또는 그 다음 연도에 (누적 이월결손금 잔액과 관계 없이) 즉각적으로 과다한 미환류소득에 대한 법인세를 부담하게 되는 결과를 초래하게 된다. 즉, 결손금이 지속적으로 발생하는 법인도 매년 발생한 결손금을 차년도에 강제적으로 차감 및 소멸시키게 되고, 정작 회복이 시작되어 소득이 발생한 연도에는 과거 지속적인 결손 발생으로 환류 여력이 충분하지 않은데다가 법인세 계산 시에는 이월결손금이 공제되어 실제 부담세율이 낮음에도 불구하고, 미환류소득에 대한 법인세는 정상 연도(이월결손금 잔액이 없는 사업연도) 수준으로 과다 부담하게 되어 미환류소득에 대한 법인세 도입 취지에 부합하지 않은 결과를 가져오게 된다. 기획재정부 또한 ‘당기 소득이 있다 하더라도 과거에 누적된 이월결손금이 더 큰 경우는 기업소득환류세제 적용이 되지 않는 것’이라고 명확히 밝힌 바 있는데 처분청의 처분은 기획재정부의 이러한 해석에도 정면으로 반하는 결과를 가져오게 된다. 아래는 X2년도부터 3년간 결손이 발생하였다가 X5년도부터 3년간 소득 발생하며 회복되는 상황을 가정하여 법인세 및 미환류소득에 대한 법인세의 부담율을 단순화하여 살펴본 것이다. 법인세는 회복기인 X5년부터 X7년까지 이월결손금이 공제되면서 법정 세율을 하회하는 8% 수준의 부담세율을 보이는 반면, 미환류소득에 대한 법인세는 처분청 의견과 같이 적용할 경우 발생 결손금이 차년도에 전액 소멸되므로 회복 2차 연도부터 이월결손금 잔액과 무관하게 정상 법인(이월결손금 잔액이 없는 법인)과 동일한 미환류세 부담율을 가지게 된다. 이는 환류 여력이 부족한 기업에게 과도한 세부담을 지우게 되어 ‘기업소득과 가계소득 간 선순환 유도’라는 미환류소득에 대한 법인세 입법 취지에 반하는 결과를 가져오게 되므로 처분청의 의견은 받아들이기 어렵다. ㅇㅇㅇ 나. 처분청 의견 미환류소득을 규정한 법령에 따르면 각 사업연도 소득에서 이월결손금을 계속해서 재차 차감할 수 없다. 청구법인은 법인세 과세표준 계산 시 이월결손금 공제 방식을 미환류소득 계산 시까지 확장하여 적용할 수 없으므로 미환류소득 세제에서는 이월결손금 재차 차감이 가능하다고 주장한다. 그러나, 헌법 제59조 에 규정된 조세법률주의는 조세법의 출발점이자 대명제이고 이에 따르면 미환류소득 계산 시 차감 가능한 이월결손금에 대한 판단은 관련 법령에 근거해야 한다. 미환류소득세제가 도입될 당시 각 사업연도 소득에서 차감하는 이월결손금은 “ 「법인세법」 제13조 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금”으로 규정되어 있다(이 사건 귀속연도에 적용되는 법령도 동일한 내용임). 위 법령에 따르면 해당 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 공제한 결손금을 미환류소득을 계산할 당시 차감할 수 있는 것이므로 법인세 과세표준 계산 시 공제하는 이월결손금과 미환류소득을 계산할 당시 차감하는 이월결손금은 동일하고, 법인세 과세표준 계산 시 이월결손금 재차 공제가 허용되지 않으므로 미환류소득을 계산할 경우에도 이월결손금 재차 차감이 허용되지 않는다. 기획재정부의 유권해석(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.)에서도 이월결손금 재차 차감은 불가능하다고 회신함으로써 위 규정의 의미가 재차 차감을 허용하는 것이 아님을 확인하고 있다(청구법인은 해당 유권해석은 합병에 관한 것이므로 이 사건에 적용할 수 없다고 주장하나 위 유권해석의 핵심은 미환류소득 계산 시 이월결손금을 재차 차감할 수 있는지에 관한 것으로서 청구주장과는 달리 위 유권해석은 이 사건에 적용 가능한 것이다). 미환류소득 세제는 기업소득과 가계소득 간 선순환을 유도하기 위해 도입되었고, 환류여력이 없는 기업에게는 환류소득에 대한 법인세 부담을 완화해 주고자 각 사업연도 소득에서 이월결손금을 차감하여 지출 가능한 금액(기업소득)을 산정하고 있다. 그런데, 이러한 과정에서 이월결손금을 재차 차감하게 되면 기업소득이 과소하게 계산되고 실제 기업 내에 유보한 소득보다 과소한 미환류소득 법인세가 계산되어 미환류소득 세제의 도입취지에 반하는 결과가 초래되게 된다. 기획재정부의 유권해석은 신설된 이월결손금 공제한도 규정이 미환류소득을 계산할 시에는 적용되지 않는다는 취지이지 재차 차감을 허용한다는 의미가 아니다. 2014.12.23. 법률 제12850호로 「법인세법」이 개정되어 미환류소득세제가 신설되었고, 당시 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금은 “ 「법인세법」 제13조 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금”으로 규정되어 있다(구 「법인세법 시행령」 제93조 제4항 제2호 라목). 약 1년 뒤인 2015.12.15. 법률 제13555호로 「법인세법」이 개정되어 「법인세법」 제13조 단서에 이월결손금 공제한도 규정이 신설되면서, 과세표준 계산 시 각 사업연도 소득의 80%까지만 이월결손금 공제가 가능하게 되었고, 위 법령에 따르면 해당 공제한도는 미환류소득 계산 시에도 적용되게 되었다. 미환류소득 세제는 대기업 등이 해당 사업연도의 소득 중 일정액 이상을 투자나 임금증가 등으로 사용하지 않는 경우 그 미환류소득에 대하여 법인세를 추가로 과세하는 제도이므로, 공제 가능한 이월결손금이 남아 있음에도 공제한도 규정으로 인해 미환류소득 법인세를 추가로 납부하는 것은 기업에게 지나친 부담을 줄 수 있다는 문제점이 대두되었다. 이러한 문제를 해결하기 위해 기획재정부는 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금의 의미에 대하여 신설된 공제한도 규정 문구는 제외하고, 「법인세법」 제13조 제1호의 내용만을 그대로 기재한 유권해석을 한 것이다(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30.). 기획재정부는 보도자료를 통해 미환류소득 계산 시 공제되는 이월결손금의 의미에 대한 위 유권해석의 취지가 ‘당시 소득이 있다 하더라도 누적된 이월결손금이 더 큰 경우는 기업소득환류세제를 적용하지 않는다’라고 밝혔다. 즉, 공제한도 규정을 미환류소득 세제에도 적용하게 되면 누적된 이월결손금이 당기소득보다 크더라도 공제한도로 인해 공제되지 않는 각 사업연도 소득에 대해서는 미환류소득 세제가 적용되므로 이를 방지하기 위한 취지이다. 이는 미환류소득 세제가 기업에게 부담이 될 수 있으므로 이월결손금 공제한도규정을 적용하지 않겠다는 취지인 것이지 이월결손금의 재차 차감을 허용하겠다는 의미로 보기는 어렵다. 앞서 언급한 바와 같이 기획재정부의 유권해석(기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.)에서도 이월결손금은 재차 차감 불가능하다고 회신함으로써 기존 유권해석의 입장을 다시 한 번 명확히 하고 있다. 청구법인이 유권해석을 재차 차감이 가능한 것으로 해석한 신뢰는 보호받을 수 없는 것이므로 신뢰보호의 원칙이 적용될 수 없다. 청구법인은 유권해석(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30.)에 의하면 미환류소득 계산 시 차감하는 이월결손금의 요건이 “ 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따른 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”이고, 이에 따르면 재차 차감이 가능하므로 재차 차감이 가능하지 않다는 해석은 조세법률주의에 반하는 것이라고 주장한다. 그러나, 헌법은 제38조 에서 ‘모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다고’고 규정하면서 같은 법 제59조에서 ‘조세의 종목과 세율은 법률로 정한다’고 규정하고 있다. 여기서 조세의 종목과 세율은 결국 과세요건의 핵심이므로 과세요건은 법률로 정하여야 한다는 ‘과세요건 법정주의’가 도출된다. 과세요건 법정주의란 조세의 종목과 세율은 물론 그 밖의 과세요건(납세의무자.과세물건.과세표준.과세기간 등)과 조세의 부과. 징수절차는 반드시 국민의 대표기관인 의회가 제정하는 법률로 규정해야 한다는 원칙이다. 그러나, 유권해석은 법률에 대한 해석일 뿐이고 과세요건을 규정한 법률이라 볼 수 없으므로 조세법률주의 적용을 받는 것은 아니며, 유권해석을 신뢰한 납세자의 행위가 보호할 만한 것이면 신뢰보호의 원칙이 적용된다. 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위한 요건은 ① 과세관청이 납세자에게 감면이나 비과세에 관한 공적인 견해 표명을 하였을 것, ② 납세자가 그 견해 표명이 정당하다고 신뢰함에 있어 귀책사유가 없을 것, ③ 납세자가 신뢰에 기한 어떤 행위를 하였을 것, ④ 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 하여 납세자의 이익이 침해되었을 것 등이고(대법원 1985.4.23. 선고 84누593 판결), 이러한 요건의 충족에 관한 주장·입증책임은 납세자에게 있다 할 것이다(대법원 1992.3.31. 선고 91누9824 판결). 청구법인이 이월결손금 재차 차감이 가능하다고 주장하며 제시하는 유권해석은 「법인세법」 제13조 제1호의 문구를 그대로 다시 기재한 일반적 견해표명이므로 신뢰보호의 원칙의 대상이 되는 공적인 견해표명이라 볼 수 없고, 재차 차감에 관하여는 기재하고 있지 않다. 또한, 앞서 살펴본 대로 미환류소득 세제를 규정한 법령에 따르면 재차 차감이 허용된다고 기재되지 않았음에도, 유권해석을 통해 재차 차감이 허용되는 것으로 해석하기 위해서는 그 의미가 재차 차감이 허용되는 것임이 명확해야 하나, 청구법인이 제시한 유권해석은 「법인세법」 제13조 제1호의 이월결손금 규정을 그대로 인용하고 있을 뿐이므로 해당 유권해석을 이월결손금의 재차 차감이 가능한 것으로 해석할 수는 없다. 따라서, 유권해석의 내용을 재차 차감이 가능한 것으로 해석한 청구법인의 신뢰는 보호받을 수 없는 것이고 이를 입증할 책임은 청구법인에게 있다. 미환류소득 세제의 입법취지, 법률 규정 등을 고려해 이월결손금 차감 규정을 해석하여야 한다. 미환류소득 세제의 입법취지, 도입 시 법률 규정, 유권해석이 나오게 된 배경, 유권해석의 의미를 종합하여 고려해 보았을 때, 미환류소득 세제 계산 시 각 사업연도 소득에서 차감하는 이월결손금은 이월결손금 공제한도 규정이 적용되지 않고, 재차 차감은 허용되지 않는 것으로 해석하여야 한다. 대법원은 구 「지방세법」(2006.9.1. 법률 제7972호로 개정되기 전의 것) 제273조의2가 “개인 간에 유상거래를 원인으로 취득ㆍ등기하는 주택에 대한 취득세는... 100분의 25를 경감하고, 등록세는... 100분의 50을 경감한다”라고 규정되어 있고, 해당 규정의 ‘유상거래를 원인으로 하는 취득’에는 공매방법에 의한 취득이 포함됨이 명백함에도, 규정의 입법취지를 고려하여 공매방법에 의한 취득의 경우 유상거래에 의한 취득에 해당하지 않는다고 판단하였다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결). 이러한 규정은 2006.1.1.부터 부동산 취득세의 과세표준을 시가표준액이 아닌 사실상의 취득가격에 따라 산정하면서 취득세 등의 거래세 부담이 크게 늘어나게 되자, 그러한 부담을 완화하고 부동산 실거래가 신고제도의 정착을 위하여 등록세와 취득세를 경감하고자 입법된 것이다. 그런데, 공매방법에 의한 취득의 경우에는 이미 취득세의 과세표준을 사실상의 취득가액에 의하여 정하고 있었기 때문에 취득세 등의 거래세에 대한 부담이 변동되지 않으므로, 위의 개정규정을 적용할 이유가 없었기 때문에 입법취지를 고려하여 공매방법에 의한 취득의 경우는 ‘유상거래에 의한 취득’에 해당되지 않는다고 해석하였다. 위 대법원의 판시에 따라 미환류소득 세제의 이월결손금 차감에 대한 규정을 해석할 때에도 입법취지를 고려한 해석이 필요하다는 것을 알 수 있다. 그런데, 청구법인은 미환류소득 세제 계산 시 이월결손금 재차 공제가 되지 않는 것으로 해석하는 것은 ‘이중과세를 강화하는 방향으로 합목적적 해석을 이용하는 것이므로 부당하다고’ 주장하나, 미환류소득 세제의 도입 취지를 고려하여 이월결손금 차감 규정을 해석하자는 것을 이중과세를 강화하는 방향으로 해석하자는 것으로 표현하는 것은 지나친 논리의 비약이다. 청구법인은 미환류소득 계산 시 이미 차감한 이월결손금임에도 법인세 과세표준 계산 시 공제되지 않았다면 이후 사업연도 미환류소득 계산 시 다시 차감이 가능하다는 논리로 이 건 경정청구를 구하고 있는 것이고 그에 따른 재계산 방법을 기재하였다. 청구주장의 부당함을 확인하기 위해 청구주장의 논리를 간략화한 예를 들어 본다. ×01년부터 ×02년까지 매년 각 100의 소득이 발생해 총 200의 소득을 가지고 있으면서, ×00년에 발생한 누적된 이월결손금 100이 있는 기업은 ×01년 미환류소득 계산 시 이미 100의 이월결손금을 모두 차감한 경우, ×02년 미환류소득 계산 시 차감 가능한 이월결손금은 0(=100-100)이 된다. 그런데, 청구주장대로라면 ×01년 초 누적된 이월결손금 100에서 ×01년 중 차감한 이월결손금 100을 공제하지 않고, 같은 해 법인세 과세표준 계산 시 공제한 60을 공제하여, 다음 연도인 ×02년 미환류소득 계산 시 차감 가능한 이월결손금을 0이 아닌 40(=100-60)으로 보게 되고, ×02년 미환류소득 계산 시 40을 재차 공제하게 된다. 이에 따라 결과적으로 아래 ＜표＞과 같이 ×01년부터 ×02년까지 미환류소득 계산 시 각 사업연도 소득에서 공제한 이월결손금은 100이 아닌 140(=100+40)이 되는 문제가 발생하고, 2년간 기업소득 100(=200-100)이 발생했음에도 60(=200-100-40)에 대해서만 미환류소득 법인세를 납부하게 되는 불합리한 결과가 발생하게 된다. ＜표＞ 미환류소득에 대한 법인세 비교내역

구분	내용	×01년	×02년	합계
각 사업연도 소득		100	100
법인세 과세표준	이월결손금(100) 공제	60 (공제한도 60%적용)	40	100
미환류 소득 법인세	이월결손금(100) 공제	100 (공제한도 적용X)	40	140
	기업소득	0	60	60

3. 심리 및 판단 가. 쟁점 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정 시 이월결손금 의 재차 차감(공제)이 가능한지 여부 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제100조의32【투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항제1호가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다. 가. 대통령령으로 정하는 중소기업 나. 대통령령으로 정하는 비영리법인 다. 제104조의31 제1항 및 「법인세법」 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 2. 각 사업연도 종료일 현재 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 법인 ② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월( 「법인세법」 제76조의17 에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 1. 해당 사업연도(2022년 12월 31일이 속하는 사업연도까지를 말한다)의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 이 조에서 "기업소득"이라 한다)에 100분의 60부터 100분의 80까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액을 공제하는 방법 가. 기계장치 등 대통령령으로 정하는 자산에 대한 투자 합계액 나. 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 해당 사업연도 임금증가금액으로서 다음 구분에 따른 금액이 있는 경우 그 금액을 합한 금액 1) 상시근로자의 해당 사업연도 임금이 증가한 경우 가) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가하지 아니한 경우 : 상시근로자 임금증가금액 나) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우 : 기존 상시근로자 임금증가금액에 100분의 150을 곱한 금액과 신규 상시근로자 임금증가금액에 100분의 200을 곱한 금액을 합한 금액 2) 해당 사업연도에 대통령령으로 정하는 청년정규직근로자(이하 이 조에서 "청년정규직근로자"라 한다) 수가 직전 사업연도의 청년정규직근로자 수보다 증가한 경우 : 해당 사업연도의 청년정규직근로자에 대한 임금증가금액 3) 해당 사업연도에 근로기간 및 근로형태 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 정규직 전환 근로자(이하 이 조에서 "정규직 전환 근로자"라 한다)가 있는 경우 : 정규직 전환 근로자(청년정규직근로자는 제외한다)에 대한 임금증가금액 다. 「대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제2조 제3호에 따른 상생협력을 위하여 지출하는 금액 등 대통령령으로 정하는 금액에 100분의 300을 곱한 금액 2. 기업소득에 100분의 10부터 100분의 20까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 산출한 금액에서 제1호 각 목(가목에 따른 자산에 대한 투자 합계액은 제외한다)의 합계액을 공제하는 방법 ③ 제1항 각 호에 따른 내국법인이 제2항 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 신고한 경우 해당 사업연도의 개시일부터 대통령령으로 정하는 기간까지는 그 선택한 방법을 계속 적용하여야 한다. ④ 제1항 각 호에 따른 내국법인이 제2항에 따라 신고를 하지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제2항 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 신고한 것으로 보고 제3항을 적용한다. ⑤ 제1항 각 호에 따른 내국법인(제4항이 적용되는 법인은 제외한다)은 제2항에 따른 해당 사업연도 미환류소득의 전부 또는 일부를 다음 사업연도의 투자, 임금 등으로 환류하기 위한 금액(이하 이 조에서 "차기환류적립금"이라 한다)으로 적립하여 해당 사업연도의 미환류소득에서 차기환류적립금을 공제할 수 있다. ⑥ 직전 사업연도에 제5항에 따라 차기환류적립금을 적립한 경우 다음 계산식에 따라 계산한 금액(음수인 경우 영으로 본다)을 해당 사업연도의 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. (차기환류적립금 - 제2항에 따라 계산한 해당 사업연도의 초과환류액) × 100분의 20 ⑦ 해당 사업연도에 초과환류액(제6항에 따라 초과환류액으로 차기환류적립금을 공제한 경우에는 그 공제 후 남은 초과환류액을 말한다)이 있는 경우에는 그 초과환류액을 그 다음 2개 사업연도까지 이월하여 그 다음 2개 사업연도 동안 미환류소득에서 공제할 수 있다. ⑧ 제1항에 따른 내국법인이 제2항 제1호 가목에 따른 자산을 처분한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제2항 제1호에 따라 그 자산에 대한 투자금액의 공제로 인하여 납부하지 아니한 세액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자 상당액을 가산하여 납부하여야 한다. ⑨ 직전 사업연도에 종전의 「법인세법」(법률 제15222호로 개정된 것을 말한다) 제56조 제7항에 따라 발생한 초과환류액이 있는 경우에는 제2항에 따른 미환류소득에서 공제할 수 있다. ⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 투자 합계액, 임금증가금액, 상시근로자 수 또는 청년정규직근로자 수의 계산방법 등과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것) 제100조의32【투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례】① 법 제100조의32제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 자기자본"이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. ② 법 제100조의32 제1항 제1호 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 제2조에 따른 중소기업을 말하고, 법 제100조의32 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 비영리법인"이란 「법인세법」 제2조 제2호에 따른 비영리내국법인을 말한다. ③ 법 제100조의32 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 「법인세법」 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다. (중략) 1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 「법인세법」 제18조 제4호에 따른 환급금에 대한 이자 나. 「법인세법」 제18조의2 에 따른 수입배당금액 중 익금에 산입하지 아니한 금액 다. 「법인세법」 제24조 제5항에 따라 이월되어 해당 사업연도의 손금에 산입한 금액 라. 해당 사업연도에 법 제100조의32 제2항 제1호 가목을 적용받은 자산에 대한 감가상각비로서 해당 사업연도에 손금으로 산입한 금액 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 해당 사업연도의 법인세액( 「법인세법」 제57조 에 따라 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액으로서 손금에 산입하지 아니한 세액과 같은 법 제15조 제2항 제2호에 따른 외국법인세액을 포함한다), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 법인지방소득세액 나. 「상법」 제458조 에 따라 해당 사업연도에 의무적으로 적립하는 이익준비금 다. 법령에 따라 의무적으로 적립하는 적립금으로서 기획재정부령으로 정하는 금액 라. 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다) (3) 조세특례제한법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것) 제100조의32【투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례】① 법 제100조의32제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 자기자본"이란 재무상태표상의 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. ② 법 제100조의32 제1항 제1호 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 제2조에 따른 중소기업을 말하고, 법 제100조의32 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 비영리법인"이란 「법인세법」 제2조 제2호에 따른 비영리내국법인을 말한다. ③ 법 제100조의32 제2항에 따라 신고를 하려는 내국법인은 「법인세법」 제60조 또는 제76조의17에 따른 과세표준 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 미환류소득에 대한 법인세 신고서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 법 제100조의32 제2항 제1호 각 목 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란 「법인세법」 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액(그 수가 음수인 경우 영으로 본다. 이하 이 항에서 "기업소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 「법인세법」 제2장의3에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인으로서 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 하고, 그 밖의 법인의 경우로서 기업소득이 3천억원을 초과하는 경우에는 3천억원으로 한다. 1. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 「법인세법」 제18조 제4호에 따른 환급금에 대한 이자 나. 「법인세법」 제18조의2 에 따른 수입배당금액 중 익금에 산입하지 아니한 금액 다. 「법인세법」 제24조 제5항에 따라 이월되어 해당 사업연도의 손금에 산입한 금액 라. 해당 사업연도에 법 제100조의32 제2항 제1호 가목을 적용받은 자산에 대한 감가상각비로서 해당 사업연도에 손금으로 산입한 금액 2. 다음 각 목에 따른 금액의 합계액 가. 해당 사업연도의 기획재정부령으로 정하는 법인세액( 「법인세법」 제57조 에 따라 내국법인이 직접 납부한 외국법인세액으로서 손금에 산입하지 아니한 세액과 같은 법 제15조 제2항 제2호에 따른 외국법인세액을 포함한다), 법인세 감면액에 대한 농어촌특별세액 및 기획재정부령으로 정하는 법인지방소득세액 나. 「상법」 제458조 에 따라 해당 사업연도에 의무적으로 적립하는 이익준비금 다. 법령에 따라 의무적으로 적립하는 적립금으로서 기획재정부령으로 정하는 금액 라. 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다. (4) 법인세법 제13조【과세표준】① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다. 1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 「국세기본법」 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 제14조【각 사업연도의 소득】③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 이 건과 관련한 기획재정부 유권해석의 주요 내용은 아래와 같다. 1) 기획재정부 법인세제과-333, 2022.8.24.

「조세특례제한법」 제100조의32 미환류소득에서 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 이월결손금을 이후 사업연도에도 계속하여 재차 차감할 수 있는지 여부 (2안) 매 사업연도마다 이월결손금 차감 불가능 질의의 경우 2안이 타당합니다.

2) 기획재정부 법인세제과-374, 2021.8.19.

(질의내용) 「조세특례제한법」 제100조의32 의 미환류소득 계산 시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금의 의미 제1안 : 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 해당 사업연도에 공제한 결손금 제2안 : 피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액 ○귀 질의의 경우 제2안이 타당합니다. 끝.

기업의 미환류소득 계산 시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 「법인세법 시행령」 제93조 제4항 제2호 라목의 “해당 사업연도에 공제한 결손금”은 「법인세법」 제13조 제1호의 “각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액임

3) 기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30.

법인세액 관련 2기업의 미환류소득 계산시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 “해당 사업연도에 공제한 결손금”의 의미는? ㅇ각 사업연도의 소득에서 과거에 누적된 결손금을 차감한 금액을 기준으로 기업소득환류세제를 적용하는 것임 - 당기 소득이 있다 하더라도 과거에 누적된 이월결손금이 더 큰 경우는 기업소득환류세제 적용이 되지 아니함

(나) 청구법인이 제시한 기획재정부의 보도자료(2016.4.1.)의 주요 내용은 아래와 같다. (다) 청구법인은 이 건과 관련하여 법무법인(OOO)의 의견서를 제출하였는데 그 주요 내용은 아래와 같다.

(중략) 결과적으로 기업소득환류세제의 경우 각 사업연도에 발생한 결손금은 매 사업연도의 유량(flow)인 ‘기업소득’을 그때 그때 산정하기 위한 용도로 사용될 뿐, 법인세제와 같이 이를 저량(stock) 개념으로 보아 잔액을 관리하면서 차기 이후에도 공제되도록 하지 않습니다. 즉, 기업소득환류세제에서 이월결손금은 유량(flow)인 당기 기업소득 산정시 차감되면서 매 사업연도의 기업소득이 0보다 큰지 아닌지를 판단하도록 하는 기능을 하고 있다고 판단됩니다. 이처럼 법인세제에서의 이월결손금 성격[저량(stock)으로 관리되면서 각사업연도소득에서 차감되어 각사업연도의 과세표준을 확정하는 기능]과 기업환류세제에서의 ‘이월결손금’의 성격[유량(flow)인 당기 기업소득 산정시 차감되면서 매 사업연도의 기업소득이 0보다 큰지 아닌지를 판단하도록 하는 기능]은 서로 다르다고 판단됩니다. 견해에 따라서는 기업환류세제에서 ‘이월결손금’이 매 사업연도에 중복하여 차감되는 이른바 ‘재차 차감’ 문제가 있다는 생각을 가질 수도 있는데 이는 위와 같은 법인세제에서의 ‘이월결손금’의 성격과 기업소득환류세제에서의 ‘이월결손금’의 성격을 오해한 것으로서 합리적이지 않다고 사료됩니다. 5. 쟁점결손금 규정의 개정사항 쟁점결손금 규정은 구 「조세특례제한법 시행령」이 2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되면서 ‘ 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부문 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다’고 개정되었는데, 이러한 개정은 쟁점결손금 규정이 기업소득환류세제의 입법취지와 달리 ‘실제로 공제한’ 결손금에 한정될 수 있다는 해석상 여지를 제거하기 위한 것으로 이해됩니다. (중략)

(라) 청구법인이 제시한 미환류소득에 대한 법인세 관련 기업소득 산정에 대한 설명자료는 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (마) 처분청 심리자료 등에 따르면 미환류소득에 대한 법인세 신고서 내역은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (바) 「조세특례제한법 시행령」(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것) 제100조의32 제4항의 개정취지 및 개정내용은 아래와 같다.

가. 개정취지 ○ 기업소득 환류여력 반영 및 납세편의 제고 나. 개정내용 종전 개정 □ 투자ㆍ상생협력촉진세제 ○ 투자ㆍ임금증가ㆍ상생 금액이 기업소득*의 일정액에 미달 시 20% 세율로 추가과세 * 기업소득 : 각 사업연도 소득+국세환급금 이자 등-법인세액, 법인지방소득세 상당액, 이월결손금 등 ○ 기업소득 차감항목 - (이월결손금) 해당 사업연도에 공제한 결손금* * 60% 한도적용(「법인세법」 제13 조 제1항) - (법인세액) 해당 사업연도의 법인세액 - (법인지방소득세 상당액) □ 기업소득 차감항목 명확화 (좌 동) ○ 기업소득 차감항목 - (이월결손금) 해당 사업연도에 공제가능한 결손금* * 60% 한도 미적용 - (법인세액) 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 세액에서 공제감면세액을 차감하고 가산세를 가산한 금액 - (법인지방소득세 상당액) 과세표준에 세율을 적용하여 계산한 세액의 10%

(2) 미환류소득 산정 시 이월결손금 재차 차감과 관련한 감사원 심사청구 결정례(2024.1.9.)의 주요 내용은 아래와 같다.

위 관계 법령과 법리, 인정사실 등에 비추어 미환류소득 산정 시 공제한 이월결손금을 다음 사업연도 이후에도 계속하여 공제할 수 있는지 여부를 살펴보면, ① 특정 사업연도의 기업소득을 산정하면서 이미 공제한 이월결손금을 이후 사업연도에도 재차 공제할 수 있다고 본 명시적인 규정이 없는 점, ② 이월결손금은 기간 과세의 한계를 극복하기 위해 각 사업연도 소득에서 순차적으로 공제하는 것인데, 기업소득 계산 시 각 사업연도 소득에서 이월결손금을 매년 공제하도록 하는 것은 이월결손금 공제 제도의 취지와 맞지 않는 점, ③ 청구인은 기획재정부장관이 미환류소득 산정 시 이월결손금을 재차 공제할 수 없다고 한 유권해석(2022.8.24.)이 기존 유권해석과 배치되므로 청구인의 신뢰를 침해하였다고 주장하나, 기획재정부장관의 기존 유권해석에 미환류소득 산정 시 이월결손금을 재차 공제할 수 있다는 내용이 없는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 미환류소득을 산정하면서 공제한 이월결손금을 이후 사업연도에 재차 공제할 수 없다고 보아 한 처분청의 이 사건 부과처분은 적정하다고 판단된다. 5. 결론 그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정 시 이월결손금은 재차 차감(공제)이 가능하다고 주장하나, 「조세특례제한법 시행령」 제100조의32 제4항 제2호 라목에 따르면 「법인세법」 제13조 제1항 제1호에 따라 ‘해당 사업연도에 공제한 결손금’을 기업소득 산정 시 공제하도록 규정하고 있는 가운데 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정에 있어 이월결손금 재차 차감(공제)이 가능하다는 명시적인 규정은 존재하지 아니하는 점, 비록 2022년 해당 법령의 개정으로 미환류소득에 대한 법인세 관련 기업소득 산정 시 이월결손금 공제한도를 적용하지 아니하고 공제대상이 되는 결손금은 ‘해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금’으로 변경되었으나, 이러한 내용의 법령의 개정만으로 2021사업연도 이전에 미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정 시 이월결손금 재차 차감(공제)이 가능하다고 보기는 어려운 점, 앞서 언급된 미환류소득에 대한 법인세 비교내역 ＜표＞에서의 그 비교내역을 보면 이월결손금이 100임에도 ×01년부터 ×02년까지 미환류소득 계산과 관련된 기업소득 산정 시 공제한 결손금은 100이 아닌 140(재차 공제 40)이 발생하게 되고, 이월결손금을 공제할 경우 2년간의 기업내부에 실제 유보한 소득이 100(=200-100)임에도 60(=200-100-재차 공제 40)에 대해서만 미환류소득에 대한 법인세를 산정하게 되어 그 실제 유보한 소득(100)보다 과소한 미환류소득(60)에 대한 법인세가 계산되게 되어 불합리해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.