이유
1. 원처분 개요 청구법인이 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO외 2필지 대지 1,681.30㎡ 지상에 지하1층, 지상4층 건물(업무시설, 연면적 3,661.77㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 완공되면 청구외 OOOO프라스틱주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)가 동 건물을 임차하기로 88.6.17 건축에 관한 기본계약서를 체결하고, 88.6.22 임대차계약을 체결하였으며, 그 계약내용에 따라 청구외법인이 쟁점건물 신축공사비 상당액 1,787,816,000원을 O급임차료 명목으로 청구법인에게 지급하고, 청구법인은 위 자금으로 쟁점건물을 신축하여 청구외법인에게 5년간 임대하기로 하였다. 청구법인은 위 신축공사비 상당액을 89년 5월부터 기간계산하여 5년간 임대수입금액으로 계상하였으며, 위 신축공사비를 지급하고 교부받은 세금계산서상의 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제받았다. 이에 대하여 처분청은 청구외법인이 청구법인에게 실질적으로 쟁점건물을 신축하여 주고, 그 대가로 5년간의 임차권을 취득한 것으로 간주하여 청구법인이 쟁점건물 신축공사대금을 지급하고 교부받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 부가가치세 매출세액에서 공제하지 아니하고, 또한 청구외법인이 부담한 쟁점건물에 대한 내부시설공사비 666,010,000원(이하 “내부시설공사비”라 한다) 및 동 건물의 안전진단기술료 114,623,000원(정확한 금액은 114,296,000원임, 이하 “안전진단기술료”라 한다)와 4층 공사비 93,400,000원(이하 “4층 공사비”라 한다)을 쟁점건물의 자본적지출로 보아 동 금액에 해당하는 자산을 청구외법인이 청구법인에게 임차조건부로 공급하였다 하여 위 내부시설공사비 등을 청구법인의 임대수입금액으로 보고 기간별로 안분계산하여 94.7.16 청구법인에게 별첨 고지세액 명세서와 같이 89년 제1기～94년 제1기 부가가치세287,694,650원 및 89사업년도 (89.1.1～12.31)～93사업년도(93.1.1～12.31) 법인세 329,848,250원 및 89사업년도～90사업년도 방위세 16,153,760원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 94.9.9 심사청구를 거쳐 94.12.20 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 청구외법인은 자본금의 100%를 외국법인이 출자한 외국인투자기업으로서 프라스틱제품을 제조·판매하고 있는 법인인 바, 제품의 품질향상 및 신제품개발을 위한 응용기술연구소 설치를 위하여 특수용도의 건물이 필요하여 쟁점건물을 청구법인이 신축하여 이를 청구외법인에게 임대하기로 하고 임대차계약을 체결하였는 바, 임대차계약내용을 보면, 쟁점건물을 청구법인이 신축하여 완공되면 그때부터 청구외법인이 임차하기로 하고 청구외법인은 5년간의 임차료를 O급하기로 되어 있고, 동 계약내용에 따라 1,787,816,000원을 청구법인에게 지급한 후 임대개시일인 89.5월부터 5년간 안분하여 임차료로 비용계상하고 있고, 청구법인은 같은금액을 89.5월부터 5년간 안분하여 임대수입금액으로 계상하고 있다. (2) 처분청은 위 지급금액 1,787,816,000원을 임차료로 지급한 것으로 보지 아니하고, 청구외법인이 임차권의 취득대가로 쟁점건물을 신축하여 청구법인에게 공급한 것으로 보고, 이에 대한 매입세액을 청구법인의 매출세액에서 공제하지 아니하고, 또한 내부시설공사비 666,010,000원 및 안전진단기술료 114,296,000원과 4층 공사비 93,400,000원을 동 건물의 자본적지출로 보아, 위 금액을 청구법인의 임대수입금액 누락으로 보았으나, ㉮ O급임차료 1,787,816,000원에 대하여 첫째, 쟁점건물은 청구법인이 직접 설계와 감리에 대한 계약을 체결하였고, 또한 시공자를 O정하여 신축공사 계약을 체결하였으며, 둘째, 건축자가 청구법인이라는 사실은 건축허가신청서 및 가사용승인신청서 등에 의하여 확인되며, 셋째, 쟁점건물 신축공사 수급자인 청구외 OO기공 주식회사에 지급한 공사비 1,787,816,000원은 청구법인의 예금통장에서 인출하여 지급한 사실이 확인되며, 넷째, 청구외법인은 청구법인이 건물을 신축·완공한 후 청구법인에게 임대한다는 계약내용을 담보하기 위하여 동 건물의 부속토지에 건물신축공사 착공직후인 88.12.21에 10억원의 근저당을 설정하였고, 다섯째, 청구외법인은 임대차계약의 이행여부를 확실히 하기 위하여 O급임차료를 일시에 지급하지 아니하고, 완성정도에 따라 7회에 걸쳐 분할하여 지급한 것이므로 쟁점건물은 청구법인이 자기의 책임과 계산하에 직접신축한 건물이 분명함에도 불구하고 청구법인이 동 건물을 신축하여 청구법인에게 임차권의 대가로 소유권을 이전하였다고 하여 그 매입세액을 청구법인의 매출세액에서 공제하지 아니한 것은 부당하다. ㉯ 내부시설공사비 666,010,000원, 안전진단기술료 114,296,000원 및 4층 공사비 93,400,000원에 대하여 첫째, 내부시설공사비 666,010,000원은 쟁점건물의 특수목적 및 사용편의를 위한 내부구조의 변경, 가구구입, 인테리어비용으로 청구법인의 필요에 의하여 지출된 비용이며, 건물의 가치를 증가시키는 자본적지출이 아닌 바, 임대차계약 제5조의 4에 의하면, “임차인이 임차기간중에 임차인의 편의를 위하여 설치한 시설은 계약종료시 임차인의 부담으로 철거하여 원상회복하여야 하는것”이므로 이를 자본적지출로 본 것은 부당하다. 둘째, 안전진단기술료 114,296,000원은 쟁점건물신축에 관련된 비용이 아니고 동 건물에 설치될 사출기 2대(200톤, 500톤) 등 특수설비로 인한 안전진단 등에 관련된 엔지니어링서비스료 이므로 이역시 청구외법인이 부담하여야 할 비용일 뿐만 아니라 건물의 가치를 증가시키는 자본적지출이 아니다. 셋째, 4층 공사비 93,400,000원은 청구외법인이 부담할 비용으로 이를 쟁점건물의 자본적지출로 본것은 부당하다. 나. 국세청장 의견 (1) 쟁점건물을 청구법인이 직접 신축하여 청구외법인에게 임대하였는데도 청구외법인이 쟁점건물을 신축하여 청구법인에게 제공한 것으로 보아 동 공사비에 대한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 사업자가 타인소유의 대지위에 자기계산에 의하여 건물을 신축한 후 그 소유권을 토지소유자에게 이전하고 그 대가로 동 건물에 대한 일정기간 동안의 임차권을 취득하는 것은 재화의 공급에 해당하는 것이며(국세청 부가 1265-2760, 81.10.22), 첫째, 처분청의 조사에 의하면 쟁점건물은 특수용도의 건물로 건물외부양식이 OOO(미국투자법인의 약자)의 전세계건축양식과 동일하며, 쟁점건물의 신축도 청구외법인에서 건축에 필요한 기초자료를 준비하고, 청구외법인의 한국내 건설자문회사인 O 건축사무소 OOO가 실질적인 건축지휘를 하였고, 또한 청구외법인은 건물신축에 대한 공사비 지급과 관련하여 위험에 대한 담보조로 건설회사인 청구외 OO기공건설(주)로부터 견질용어음(액면가액 292,195,000원)을 받아 보관한 사실이 있고, 둘째, 쟁점건물에 대한 신축공사비 지급내역을 보면, 청구외법인은 공사기성실적에 따른 공사대금 청구서에 의거 청구법인의 예금계좌에 이를 입금시키고 시공회사가 이를 수령하였고, 셋째, 쟁점건물의 부속토지가 청구법인의 소유가 아닌 개인의 소유임이 확인되며, 청구법인은 기존임대사업자가 아니고 쟁점건물 신축시점에 법인소재지를 이전하여 임대를 시작한 것으로 보아 청구외법인이 외국인투자기업으로서 국내에서 청구외법인 명의로 부동산을 취득하기 어려우므로 청구법인의 명의를 빌려서 필요한 건물을 신축한 것으로 보여지며, 넷째, 쟁점건물 및 부속토지에 대하여 청구외법인이 88.12.22자 및 90.1.9자로 청구법인을 채무자로 하여 10억원의 근저당을 설정하여 쟁점건물 및 그 부속토지를 담보로 확보하고 있는 사실 등을 종합하여 볼 때, 비록 공부상으로는쟁점건물을 청구법인이 신축한 것으로 되어 있고, 청구외법인은 그 건축비에 상당하는 금액을 O급임차료로 지급한 것으로 기장하고 있으나, 실질적으로는 청구외법인의 계산과 책임하에 쟁점건물을 직접 신축하여 청구법인에게 소유권이전하고 그 대가로 청구외법인은 일정기간 동안의 임차권을 취득한 것으로 보여지므로 쟁점건물 신축공사비에 대한 부가가치세 매입세액을 청구법인의 부가가치세 매출세액에서 공제하지 아니한 당초 처분에는 달리 잘못이 없다. (2) 청구법인은 청구외법인이 지출한 내부시설공사비가 내부구조의 변경, 가구구입, 인테리어비용 등이며, 임대차계약 종료후 철거하여 원상회복하는 것이므로 건물의 자본적지출이 아니라고 주장하나, 동 공사비가 가구구입 및 인테리어 비용인지 그 항목별 구분이 확인되지 않을 뿐만 아니라 처분청의 조사에 의하면 추가공사비는 중앙난방장치 등으로 인한 내부구조변경에 따른 비용으로 되어 있고, 그 가액 면에서도 이 건 건물의 신축비용이 1,787,816,000원임에 비추어 내부시설공사비로 666,010,000원이 소요된 것으로 보아 단순한 가구구입이나 실내장식을 위한 비용으로는 볼 수 없고, 또한 청구법인은 안전진단기술료는 청구외법인이 쟁점건물에 설치한 사출기 2대의 안전진단 수수료 등이므로 자본적 지출이 아니라고 주장하고 있으나, 청구외법인이 안전진단기술료를 지급한 청구외 OOO는 건축계약서 작성시부터 건설회사인 청구외 OO기공건설(주)과 계약조건에 관여한 사실이 있음이 처분청의 조사에 의거 확인이 되고, 안전진단기술료가 프라스틱 사출기 등 특수장비의 중량 등으로 인한 안전진단에 관한 비용이라면 건물 전체의 안전에 관련된 것으로 당초 건축설계 및 공사완공시까지에 대한 감리 감독 등의 비용으로 보아야 할 것이므로 이를 건물에 대한 자본적지출로 본 것은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건은 첫째, 쟁점건물을 청구외법인이 직접 신축하여 청구법인에게 소유권이전한 것으로 보아 쟁점건물 신축공사비에 대한 부가가치세 매입세액을 청구법인의 부가가치세 매출세액에서 공제하지 아니한 처분의 당부, 둘째, 청구외법인이 지급한 내부시설공사비 및 안전진단기술료를 쟁점건물의 자본적지출로 보아 청구법인의 임대수입금액 누락으로 본 처분의 당부, 셋째, 청구외법인이 지급한 4층 공사비를 쟁점건물의 자본적지출로 보아 이를 청구법인의 임대수입금액 누락으로 본 처분의 당부를 가리는 데 그 쟁점이 있다. 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 제1호에서는 “제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 있다. 법인세법 제9조 제1항에서는 “내국법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있고, 제2항에서는 “익금이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이법에서 규정하는 것을 제외하고는 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다”고 규정하고 있다. 또한, 법인세법 제17조 제1항에서는 “내국법인의 각 사업년도의 익금과 손금의 귀속사업년도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업년도로 한다”고 규정하고 있다. 다. 쟁점1에 대한 검토 (1) 사실관계 쟁점건물을 신축할 당시에 88.6.17 청구법인과 청구외법인간에 체결된 건축에 관한 기본계약서를 보면, 청구법인은 자기소유의 토지(등기상으로는 주주들 개인의 소유임)에 청구외법인이 필요로 하는 건물을 건설하기로 하고, 청구법인은 청구외법인의 요구대로 쟁점건물을 건설하며, 청구법인은 청구외법인과 관할구청이 승인한 설계도면, 기술적 명세에 따라 건축을 총괄적으로 진행하되, 청구외법인은 청구외법인이 원하는 건물이 건축될 수 있도록 청구법인의 승인을 받아 설계, 입찰, 건축을 감독할 수 있도록 되어 있다. 쟁점건물이 완성되면 처음 5년간은 청구외법인이 동 건물을 독점적으로 사용하기로 하고, 그 이후에는 청구외법인이 임차하여 사용하기로 하며, 처음 5년간의 임차료는 쟁점건물의 건설원가의 합계액으로 하도록 하였다. 청구법인과 청구외법인간에 88.6.22(89.8.2 수정계약) 체결한 임대차계약서의 내용을 보면, 쟁점건물이 완성되어 관계당국으로부터 입주허가를 받은 날로부터 임대기간이 개시되며, 최초 5년간의 임대료는 쟁점건물의 건설공사 총합계액으로 하도록 하고, 그 이후에는 1년단위로 경신계약을 체결하여 그 계약당시의 연간임대료는 시장가격에 의하여 임차하기로 하였으며, 임차인은 임대차수정계약체결일(89.8.2)로부터 3년 이내에 임차인의 비용으로 건물의 4층 공사를 완공하기로하고 4층의 공사비용은 임대료에 추가되는 것으로 계약하였다. 한편, 쟁점건물 건축허가 신청 및 허가서의 내용을 보면, 건축주는 청구법인으로 하여 신청하고 87.12.24 건축허가를 받은 사실을 알 수 있고, 쟁점건물 신축공사 도급계약 내용을 보면, 공사발주자를 청구법인으로 하고, 공사수급자를 청구외 OO기공주식회사로 하여 88.6.1 계약을 체결하였고, 공사대금은 1,787,816,800원(89.4.20 최종합의된 금액임)이 확인된다. 위 공사대금의 지급내역을 보면, 청구외법인은 88.11.7～89.10.6 7회에 걸쳐 청구외법인의 예금계좌를 통하여 쟁점건물 건설시공회사인 청구외 OO기공주식회사에 지급한 사실이 확인된다. 청구외법인은 위 공사대금으로 지급한 1,787,816,800원은 O급임차료로 계상하였다가 89년 5월부터 5년간 안분계산하여 각 과세기간별 임차료로 계상하고 있고, 청구법인은 위 금액을 같은기간 동안에 안분계산하여 임대수입금액으로 계상하고 있으며, 청구법인은 위 공사대금에 대한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하였다. (2) 적용 및 판단 위 사실관계를 보면, 형식적으로는 청구외법인이 청구법인에게 5년간의 O급임차료 명목으로 공사대금을 지급하고 이 자금으로 청구법인이 건축주가 되어 쟁점건물을 신축하여 청구법인에게 5년간 임대하는 것으로 되어 있으나, 첫째, 청구법인과 청구외법인간의 건축기본계약서의 내용을 보면, 쟁점건물은 청구외법인이 요구하는 설계내용대로 건축하기로 되어 있고, 또한 청구외법인은 자기가 원하는 건물이 건축될 수 있도록 설계·입찰, 건축을 감독할 수 있도록 되어 있으며, 둘째, 청구외법인이 쟁점건물의 신축공사대금 전액을 기성고에 따라 청구법인의 예금계좌에 입금시켰다가 곧바로 공사수급자인 청구외 OO기공주식회사에 지급한 사실, 셋째, 5년간의 O급임차료에 해당하는 금액을 임차건물이 완성되기전에 처구외법인이 공사대금으로 지급한 사실은 일반적으로 상관행으로 보아 납득하기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 형식적으로는 청구외법인은 청구법인에게 O급임차료를 지급하고 청구법인은 이 자금으로 건물을 신축한 것처럼 되어 있으나 실질적으로는 청구외법인이 자기가 사용하기 위한 쟁점건물을 자기의 자금으로 신축하여 청구법인에게 소유권이전하여 주고, 그 대신 청구외법인은 쟁점건물을 5년간 무상으로 사용할 수 있는 권리를 취득한 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 처분청이 청구법인이 교부받은 쟁점건물신축 공사대금에 대한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그에 따른 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 정당하다고 판단된다. 라. 쟁점2에 대한 검토 (1) 사실관계 청구외법인은 쟁점건물의 실내장식 및 기타 내부공사를 위하여 공사수급자인 청구외 OO기공주식회사와 89.3.27 공사계약을 체결(89.8.25 변경계약)하였다. 위 계약상의 공사대금은 666,010,000원이고, 구체적인 공사내역을 보면, 쟁점건물을 청구외법인이 임차하여 사용함에 있어서 필요한 칸막이공사, 1층～3층 내부시설 변경에 따른 내장공사, 가구구입, 케이블설치, A/V시스템공사비 등임이 확인된다. 또한, 청구외법인은 쟁점건물에 자기의 필요에 의하여 설치하는 대형플라스틱 사출기 2대를 설치하는 관계로 이러한 특수시설의 안전진단 등을 위한 기술료, 설계감리비조로 청구외 OOO 건축사무소에 안전진단기술료 114,296,000원을 89.5.17～89.8.12에 3회에 걸쳐 지급하였으며, 청구외법인은 위 내부공사비 666,010,000원 및 안전진단기술료 114,296,000원을 그 지급시에 청구외법인의 자산으로 계상하고 감가상각하고 있는 사실이 확인된다. 한편, 청구법인과 청구외법인간에 체결된 임대차계약서(계약체결일: 88.6.22) 제5조의 4의 내용을 보면, “임차법인은 임대기간 만료즉시 목적물을 임대법인에게 평온하게 양도하며 임차인의 비용으로 임대기간중 임차인이 설치한 모든 설치물, 비품, 부속품, 칸막이 및 바닥덮개와 임차인이 행한 변경을 제거하는 일 나아가 임차인은 그러한 제거로 인하여 목적물에 대한 손상을 수O하는 데 동의한다”고 규정하고 있다. (2) 적용 및 판단 처분청은 “내부시설공사비” 및 “안전진단기술료”를 쟁점건물의 자본적지출로 보아, 이 또한 쟁점건물의 신축공사비와 마찬가지로 청구외법인이 청구법인에게 재화를 공급한 것으로 보았으나, 위 내부시설공사비 및 안전진단 기술료는 청구외법인의 필요에 의하여 자기의 비용으로 지출된 것임이 확인되고 있고, “안전진단기술료”는 내부시설공사에 대한 설계비(28,340,000원)와 청구외법인이 플라스틱제품의 연구시설용으로 대형사출기 2대를 건물내부에 설치함으로 인한 건물안전진단 등에 관련된 기술료 및 감리비(85,956,000원)이며, 쟁점건물 신축에 관련된 설계비(35,000,000원) 및 감리비(10,000,000원)은 별도로 청구법인이 직접 부담한 사실이 확인되므로 위 안전진단기술료는 역시 청구외법인이 부담할 비용으로 보는 것이 타당하다고 판단되며, 위에서 본 임대차계약서 제5조의 4의 규정에 의하면 임차인은 임대기간 만료즉시 위의 내부시설 등을 제거하고 원상회복해야 할 의무가 있는 것이므로, 내부시설공사비 및 안전진단기술료를 쟁점건물의 자본적지출로 보아 이를 청구외법인이 청구법인에게 5년간의 임차권의 취득대가로 재화를 공급하였다 하여 청구법인에게 해당 각 과세기간별 임대수입누락으로 보아 부가가치세 및 법인세 등을 과세한 것은 부당하다고 판단된다. 마. 쟁점3에 대한 검토 (1) 사실관계 청구외법인은 93.4월에 쟁점건물 4층에 냉난방설치공사 및 천정공사 등을 하고 그 공사비 93,400,000원을 지급하고 동 금액을 청구외법인의 자산으로 계상하여 감가상각하고 있으며, 위 공사비의 지급내역을 보면, 냉난방공사비 71,000,000원, 천정공사비 10,000,000원, 기타 공사비 12,400,000원인 사실이 확인된다. 또한, 위에서 본 청구법인과 청구외법인간에 체결된 임대차계약서 및 수정계약서(89.8.2)의 내용을 보면, “임차인은 이 수정계약서 체결일로부터 3년 이내에 임차인의 비용으로 쟁점건물의 4층 공사비를 완공하기로 한다. 4층에 설치될 에어컨, 천장패널, 조명장치 등의 설비는 3층에 설치된 것과 동일한 종류와 품질이어야 하며, 공사비용은 임대차계약서 제4조 제1항에 규정하고 있는 최초 5년 기간에 대한 임대료에 포함되는 것으로 간주한다”고 되어 있다. (2) 적용 및 판단 청구외법인이 지급한 4층 공사비는 임대차수정계약서에 의하면 청구외법인이 공사비를 부담하여 공사를 하고, 그 공사비에 상당하는 금액은 최초 5년 기간에 대한 임대료에 포함되는 것으로 간주하도록 되어 있으므로 동 금액에 대하여는 청구법인의 임대수입금액으로 보는 것이 타당하다고 판단되므로, 처분청이 위 금액에 대하여 각 과세기간별 부가가치세 및 법인세를 부과한 것은 정당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 《 고지세액 명세 》 ○부가가치세 ○법인세 및 방위세 (단위 : 원) (단위 : 원)

과세기간

고지세액

89년 1기

89년 2기

90년 1기

90년 2기

91년 1기

91년 2기

92년 1기

92년 2기

93년 1기

93년 2기

94년 1기

83,613,020

107,617,580

10,538,540

10,538,540

10,538,540

10,538,540

10,538,540

10,538,540

12,406,570

14,418,230

6,408,010

합 계

287,694,650

사업년도

법 인 세

방 위 세

89.1～12

90.1～12

91.1～12

92.1～12

93.1～12

42,518,030

74,608,530

73,217,050

61,934,410

77,570,230

5,632,950

10,520,810

합 계

329,848,250

16,153,760