이유
1. 원처분의 요지 처분청은 비영리사업자인 청구인이 2001년도 종합토지세 과세기준일(6.1) 현재 소유하고 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지외 4필지 토지 5,110㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 아파트 부지로 제공하였으므로 비과세 대상에 해당되지 않는다고 보아, 이 사건 토지의 시가표준액(1,086,989,750원)에 지방세법 제234조의16 제3항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 종합토지세 3,260,960원, 도시계획세 1,886,130원, 지방교육세 652,190원, 합계 5,799,280원을 2001.10.12. 부과고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 사회사업을 목적으로 설립된 법인으로서 이 사건 토지를 매각하여 그 매각대금으로 인근에 보육원 건축물을 신축하고자 1982.1.19.에 이 사건 토지중 130-2번지외 3필지 토지(이하 “이 사건 쟁점토지”라 한다)에 대하여 청구외 (주)○○주택건설과 매매계약을 체결하고, 보육원 건축물에 대하여는 (주)○○주택건설과 공사 도급계약을 체결하였으나, (주)○○주택건설은 청구인이 교부한 인감증명서를 악용하여 이 사건 쟁점토지에 대한 매매대금을 지급하지 않은 채 지상권을 설정하고 아파트를 건축하여 분양하였고, 건축도중 부도가 발생하자 보육원 건축물의 건축공사를 중단하고 행방불명이 됨에 따라 청구인은 매매계약과 공사도급계약을 해제하고, 이 사건 쟁점토지상에 설정된 지상권 설정등기 말소의 소를 제기하여 승소판결을 받고, 현재 이 사건 쟁점토지상에 건축된 아파트를 철거하여 대지를 반환하라는 소를 다시 제기하여 소송이 진행중이기 때문에 이 사건 쟁점토지를 고유업무에 사용하지 못하고 있는 것으로서, 처분청이 이 사건 쟁점토지에 대하여 종합토지세를 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 사회복지법인이 소유하고 있는 토지가 아파트 부속토지로 사용되고 있는 경우 종합토지세 비과세 대상에 해당되지 않는다고 보아 종합토지세를 부과고지한 처분이 적법한 지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제234조의12 본문 및 제2호에서 제사, 종교, 자선, 학술, 기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니하지만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 토지가 유료로 사용되는 경우의 그 토지 및 당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 토지에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인은 이 사건 쟁점토지를 매수하기로 한 청구외 (주)○○주택건설이 부당하게 매매대금도 지급하지 않은 채 지상권을 설정하고, 아파트를 신축한 사유로 고유업무에 사용하지 못한 것이므로 종합토지세를 부과고지한 처분이 부당하다고 주장하지만, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법령은 엄격하게 해석하여야 하는 것으로서, 지방세법 제246조의12 에서 비영리사업자가 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여 종합토지세를 비과세하도록 규정하고 있고, 종합토지세는 매년 그 현황에 따라 부과하는 지방세로서, 이 사건 쟁점토지가 2001년도 종합토지세 과세기준일 현재 청구인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 있는 사실이 명백한 이상, 비록 이 사건 쟁점토지를 매수하기로 한 자가 매수대금도 지급하지 않은 채 청구인이 교부한 인감증명서를 악용하여 지상권을 설정하고 아파트를 건축하는 바람에 고유업무에 사용하지 못한 것이라 하여도, 그러한 사유가 있다고 하여 이 사건 쟁점토지를 종합토지세 비과세 대상이 되는 토지로 볼 수는 없는 것이라 하겠으므로, 처분청이 이 사건 쟁점토지에 대하여 종합토지세를 부과고지한 처분은 아무런 잘못이 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2002. 3. 25. 행 정 자 치 부 장 관