이유
1. 원처분 개요 청구인과 청구외 OOO, OOO, OOO(이하 “청구인 등”이라 한다)가 서울 OO구 OO동 OOOOO소재 건물 1,186.2㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하기 위하여 92.12.24 청구외 OO산업주식회사와 쟁점건물의 신축에 관한 공사도급계약을 체결하고 이에 대한 공사도급액 515,000,000원중 계약금 50,000,000원은 92.12.29 청구인 등이 위 OO산업주식회사에게 지급함과 동시에 매입세금계산서를 수취한 바 있으며, 공사도급액 중 잔금 465,000,000원(이하 “공사잔금”이라 한다)에 대하여는 쟁점건물의 준공확인 후 20일 내에 지급하기로 약정함에 따라 쟁점건물이 준공된 날인 93.5.24로부터 3일이 경과된 93.5.27 공사잔금에 대한 매입세금계산서를 수취한 데 대하여 처분청은 공사잔금에 대한 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이에 대한 매입세액을 불공제함과 함께 청구인 등이 93.4.21 OOOO주식회사 OO지점으로부터 공급받은 전기공사금액 1,707,000원에 대한 매입세액 170,700원을 불공제하여 93.8.16 청구인에게 93년 제1기분 부가가치세 51,337,700원을 부과하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.9.1 심사청구를 거쳐 93.12.6 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 부가가치세법 시행령 제22조 제2호의 규정에 의하면 완성도 기준지급, 중간지급, 연불 또는 기타 조건부로 용역을 제공하는 경우에는 그 공급시기를 “그 대가의 각 부분을 받기로 한 때”로 규정하고 있고, 또한 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사 후 대가의 지급이 확정되는 때를 공급시기로 보도록 되어 있는 바, 이 건 공사도급계약서 제6조(기성부분급의 시기 및 방법)에서 준공금은 준공확인 후 20일내 지급토록 되어 있으며 이러한 약정에 따라 93.5.24 준공검사를 필한 후 93.5.27 시공건설업체가 청구인등에게 준공검사원을 제출하여 청구인 등이 이를 확인하고 동 일자로 공사대금을 지불하고 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되지 아니한다고 할 것이며(국심 91서514, 91.5.25 같은 뜻임), 이 건 매입세금계산서의 교부에 있어서 전혀 고의성이 없고 또한 준공검사기관의 준공검사일로부터 불과 3일이 경과한 본 건의 경우 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다소 불일치하더라도 다른 기재사항에 의하여 거래사실이 인정되고 세금계산서의 작성일이 속하는 과세기간과 거래시기가 속하는 과세기간이 동일하므로 매입세액공제를 하여야 한다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 국세청 부가 22601-2005(87.6.18)에 의하면 “완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 건설용역을 공급하는 경우 당사자 약정에 의해 준공검사일 이후 잔금을 지급받기로 한 경우의 공급시기는 건설용역의 제공이 완료된 때이다”라고 해석하고 있으며, 쟁점건물에 관한 공사도급계약서에 의하면 시공건설업체인 청구외 OO산업주식회사 준공검사에 합격한 때에는 20일 내에 공사잔금을 지급하기로 되어 있어 중도금 없이 계약금과 잔금만 지급하기로 약정되어 있는 것으로서 이는 중간지급조건부에 의한 용역의 공급에도 해당되지 아니하여 그 공급시기는 쟁점건물의 준공일인 93.5.24이라고 할 것이므로 처분청이 준공검사를 받은 날로부터 3일 후인 93.5.27자로 교부받은 매입세금계산서를 그 내용이 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점건물의 준공검사일(93.5.24)로부터 3일이 경과된 93.5.27 교부받은 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당되는지의 여부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 부가가치세법 제16조 제1항의 규정에 의하면 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 같은 법 제9조 제1항 및 제2항에 규정하는 시기(재화 또는 용역의 공급시기)에 공급가액 및 작성년월일 등을 기재한 세금계산서를 공급을 받는 자에게 교부하도록 규정하고 있고, 같은 법 제17조 제2항 제1호에서는 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되, 다만 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제60조 제2항의 규정에 의하면 당해 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재된 경우에도 당해 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 때에는 사실과 다른 세금계산서에 포함하지 아니한다고 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법 제9조 및 같은 법 시행령 제22조의 규정에 의하면 통상적인 용역의 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때로 규정하고 있으며, 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하는 때에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다고 규정하고 있다. 다. 심리 및 판단 (1) 이 건 쟁점건물의 신축에 관한 공사도급계약서에 의하면 공사도급액은 515,000,000원으로 이중 계약금 50,000,000원은 계약당시에 지불하기로 하고, 나머지 공사대금의 잔액 465,000,000원(공사잔금)에 대하여는 쟁점건물의 준공확인 후 20일 내에 지급하기로 약정되어 있음에 따라 쟁점건물의 공사대금 중 계약금 50,000,000원에 대하여는 청구인 등이 계약당시인 92.12.29 쟁점건물의 공사도급자인 청구외 OO산업주식회사에게 지불하고 세금계산서를 수취하였는 바, 이에 대한 공급시기 및 매입세액공제에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 이 건 쟁점건물의 공사잔금 465,000,000원에 대한 공급시기는 쟁점건물의 준공일인 93.5.24이라고 할 것이며, 청구인은 그 공급시기로부터 3일 후에 공사잔금에 대한 세금계산서를 교부받은 것으로 확인된다. 이에 대하여 처분청에서는 위 공사잔금에 대한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 그 매입세액을 불공제한 것임을 알 수 있으나, 위 관련법령의 규정에서 살펴본 바와 같이 매입세금계산서를 수취한 자가 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제60조의 규정에 의하여 매입세액을 공제받으려면 같은 법 제16조 제1항, 제9조 제1항 및 제2항에서 규정하는 거래시기에 교부받은 세금계산서를 과세관청에 제출하여야 하겠지만 세금계산서는 거래사실 및 부가가치세액 등에 대한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 발행교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로 그 공급시기가 경과한 후에 작성된 세금계산서를 교부받은 것이라고 하더라도 그 공급시기가 속한 달(月)에 작성되어 교부받은 세금계산서로서 거래사실이 확인되면 당해 부가가치세의 매입세액은 공제되어야 타당할 것이다.(국심 90서 2465 ; 91.2.8 및 국심 91서 514 ; 91.5.25 같은 뜻임) 이 건의 경우 청구인이 제출한 쟁점건물의 신축에 관한 공사도급계약서 및 공사대금에 대한 입금표, 쟁점건물에 대한 건축물관리대장, 청구외 OO산업주식회사의 거래사실확인서 등에 의하면 청구인이 92.12.24 청구외 OO산업주식회사와 쟁점건물의 신축에 관한 공사도급계약을 체결하고 92.5.27 쟁점건물의 공사대금 중 계약금을 제외한 잔금 465,000,000원을 지급한 사실이 확인될 뿐만 아니라 청구인이 수취한 세금계산서의 기재사항에 의해서도 그 거래사실이 확인되므로 위 공사잔금에 대한 매입세액을「세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다른 경우의 매입세액」에 해당되는 것으로 보기는 어렵다고 할 것이다. (2) 처분청은 쟁점건물의 공사잔금 465,000,000원에 대한 매입세액을 불공제 처분함에 있어서 청구인이 OOOO주식회사 OO지점으로부터 교부받은 매입세금계산서(공급가액 1,707,000원)에 대한 매입세액 170,700원에 대하여도 별다른 이유나 검토 없이 불공제처분하였는 바, 위 전기공사에 대한 매입세금계산서는 청구인이 쟁점건물의 신축과 관련하여 OOOO주식회사 OO지점으로부터 전기공사의 용역을 공급받고 교부받은 것으로서 세금계산서의 필요적 기재사항 등이 적정할 뿐만 아니라 달리 그 매입세액을 불공제할 사유 등이 발견되지 아니하므로 처분청이 아무런 근거없이 위 전기공사금액 1,707,000원에 대한 매입세액 170,700원을 불공제한 처분은 타당하지 아니하다. (3) 이와 같은 사실들과 관련법령 등을 모아볼 때, 처분청이 쟁점건물의 공사잔금에 대한 매입세액 46,500,000원 및 쟁점건물의 전기공사금액에 대한 매입세액 170,700원을 사실과 다른 세금계산서에 관련된 매입세액으로 보아 이를 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.