이유
1. 사실 청구법인은 서울특별시 중구 OOO로 OO OO에 영업소를 두고, 일본국법인인 주식회사 OOO(이하 “일본OOO”라 한다)의 자회사이며 홍콩소재현지법인인 OOO OOOOOO OOO 리미티드(이하 “홍콩본점”이라 한다)의 서울지점으로서 전자제품의 부품인 전자관 및 반도체의 한국지역판매(도매)를 하고 있는 바, 청구법인이 86.4.1-87.3.31 사업년도(이하 “86사업년도”라 한다)와 87.4.1-88.3.31 사업년도(이하 “87사업년도”라 한다)의 법인세등을 신고납부함에 있어 매출총이익율을 86사업년도에는 3.00%, 87사업년도에는 2.63%로 하여 87.7.27 및 88.7.14 신고납부한 후, 다시 89.6.21 반도체품목에 대하여만 매출총이익율을 86사업년도에는 10.58%, 87사업년도에는 7.55%로 수정신고 납부한데 대하여, 처분청은 청구법인이 과세소득을 부당히 감소시키기 위해 이전가격을 조작하여 매출원가를 높게 산정하였다고 하여 홍콩본점의 한국이외지역 판매분 매출총이익율(86사업년도; 12.06%, 87사업년도; 10.26%)을 적용하여 청구법인의 매출원가를 조정한 후 89.7.18자로 86사업년도분 법인세 738,986,874원 및 동방위세 134,398,503원과 87사업년도분 법인세 1,617,702,494원 및 동방위세 330,217,804원을 부과처분하자 청구법인은 이에 불복하여 89.9.12 심사청구를 거쳐 90.1.9 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 청구법인은 홍콩에 주사무소를 둔 홍콩본점의 서울지점이고 홍콩본점은 일본국 법인인 일본OOO가 100%출자하고 있어 특수관계에 있는 바, 처분청은 청구법인이 특수관계에 있는 일본OOO로부터 매입가격을 매출가격에서 약 3%를 공제한 금액으로 계상한 데 대하여 청구법인의 매출총이익율이 일본OOO의 매출총이익율(86사업년도; 22%, 87사업년도; 24.5%)과 홍콩본점의 한국이외지역판매분의 매출총이익율(86사업년도; 12.06%, 87사업년도; 10.26%)에 비하여 낮은 수준이라고 하여, 청구법인이 과세소득의 부당한 감소를 위해 이전가격의 조작에 의하여 매입가격을 부당히 높게 산정하였다고 단정한 후 홍콩본점의 한국이외지역판매분의 매출총이익율을 청구법인의 통상 매출이익율로 간주하여 동 이익율에 의해 청구법인의 매입가격을 조정계산하고 이 건 처분을 하였으나, 청구법인의 매출총이익율이 낮은 이유는 청구법인이 국내의 고정거래처인 OO, OO, OO, OO 등 대기업에만 매출하면서 기타 해외 현지법인보다 저가로 매입하여 저가로 판매하기 때문이고 이는 청구법인과 홍콩본점의 공통판매품목에 의하여 매입가격과 매출가격을 비교한 표에서도 입증되고 있는 바, 처분청이 청구법인의 매입가격을 부당행위계산 부인함에 있어서 일본 주식회사OOO와 특수관계없는 제3자의 매입가격과 비교하지 않고 같은 특수관계법인인 홍콩본점의 매출총이익율을 적용하여 과세하였음은 부당하므로 당초처분을 취소하여야 한다는 주장이다. 3. 국세청장 의견 청구주장의 당부를 구체적으로 살펴보면, 첫째, 청구법인은 품목별 비교표를 제출하면서 특수관계에 있는 일본OOO의 청구법인에 대한 판매단가와 위 회사와 특수관계 없는 제3자에 대한 판매단가를 비교할 때 전자의 판매단가가 후자의 판매단가보다 부당히 높지 아니하므로 결국 청구법인의 매입원가의 조작이 있다는 처분청의 판단은 잘못이라 주장하나 청구법인은 처분청의 당초조사시 수차에 걸친 자료제출요구에 불응하다가 심사청구단계에서 이 건 자료를 제출한 것이고 동 자료상의 품목별 단가는 6개월간의 매출액을 동기간의 판매수량으로 나누어 산정한 것이므로 비교가능 제3자 가격법의 적용전제조건인 “거래조건·거래수량등이 유사한 상황”의 적격여부를 검증할 수 없어 결국 위 판매단가에 의한 계산결과수치는 신뢰할 수 없다고 판단되고, 둘째, 청구법인은 홍콩본점의 매출상품구성비율(한국시장에 대한 판매분 제외)이 청구법인의 매출상품구성비율과 상이하므로 홍콩본점의 매출총이익율을 청구법인의 매출총이익율로 간주함은 부당하다고 주장하면서도 청구법인의 매출총이익율이 홍콩본점의 매출총이익율에 비해 현저히 저조한 이유를 구체적으로 설명하지 못하고 있고, 또한 청구법인은 89.6.21자로 1차 수정신고후 다시 89.6.24 처분청에 대하여 반도체 거래분의 경우 홍콩본점의 매출총이익율(한국시장에 대한 판매분 제외)을 적용하여 매입원가를 조정하고 전자관의 경우 청구법인의 매출액에서 일본국 주식회사 OOO의 제조원가를 차감한 매출총이익의 50%상당액을 청구법인의 귀속소득으로 하여 법인세 과세표준과 세액을 수정신고하겠다고 각서를 제출하였으면서도 처분청의 전시 매출총이익율에 의한 결정을 비난하고 있음은 국세기본법 제15조 가 규정하는 「신의·성실」의 원칙상 이유 없다고 보여지고, 셋째, 처분당시 청구법인의 자료제출이 없는 상황에서 처분청이 매출총이익율에 의하여 부당행위계산 부인하였음은 납득이 되고 청구법인이 제출한 품목별 비교표 역시 전시 이유로 「비교가능 제3자 가격법」에 의한 시가산정에 적절한 자료라고 볼 수 없을 뿐더러 그렇다고 별다른 합리적인 시가산정방법도 확인할 수 없는 이 건의 경우 홍콩본점의 매출총이익율(한국시장에 대한 판매분 제외)을 청구법인의 매출총이익율로 간주하여 과세하였음은 정당하다는 의견이다. 4. 쟁점 이 건의 다툼은 처분청이 청구법인의 매입가격(매출원가)산정을 부당행위계산 부인하고 홍콩본점의 한국지역판매분을 제외한 기타지역판매분의 매출총이익율에 의하여 청구법인의 매입가격을 조정하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다 하겠다. 5. 심리 및 판단 먼저 이 건 부과처분경위와 청구법인의 주장을 보면, 청구법인이 86사업년도분 법인세와 87사업년도분 법인세등을 신고납부함에 있어 86사업년도는 총매출액을 22,102,398,912원으로, 매출원가를 21,466,580,105원(매출총이익율 3.00%)으로 하여 87.7.27 법인세 139,838,455원 및 동방위세 27,967,691원을 신고납부하고, 87사업년도는 총매출액을 71,597,126,511원으로, 매출원가를 69,969,325,993원(매출총이익율 2.63%)으로 하여 88.7.14 법인세 68,251,118원 및 동방위세 13,650,223원을 신고납부하였다가 89년 1월 서울지방국세청에서 청구법인을 조사한 후 89.3.31 홍콩본점의 한국이외지역판매분 매출총이익율(86사업년도 : 12.06%, 87사업년도 : 10.26%)을 적용하여 청구법인의 매출원가를 조정하겠다고 통보한 데 대하여 ,청구법인은 한국지역 판매분을 전자관과 반도체로 구분하여 반도체에 대하여만 홍콩본점의 반도체 매출총이익율(86사업년도 : 10.58%, 87사업년도 : 7.55%)를 적용하여 86사업년도 매출원가는 20,890,453,348원, 87사업년도 매출원가는 68,140,543,273원으로 조정하고, 당초신고시 86사업년도 홍콩본점의 경비중 청구법인의 관련경비 미배부액 697,421,034원을 청구법인에게 배부하여 86사업년도분 법인세 △5,353,232원 및 동방위세 △7,277,657원과 87사업년도분 법인세 808,735,988원 및 동방위세 168,685,512원을 89.6.21 추가로 수정신고 납부한 데 대하여, 처분청은 청구법인의 매출총이익율이 모법인인 일본OOO나 홍콩본점의 매출총이익율보다 낮은 것은 과세소득의 부당한 감소를 위해 이전가격의 조작에 의하여 청구법인이 일본국 소재 주식회사 OOO로부터 매입가격(매출원가)을 부당히 높게 산정하였기 때문이라고 보아 부당행위계산 부인하고, 홍콩본점의 한국이외지역 판매분 매출총이익율(86사업년도 : 12.06%, 87사업년도 : 10.26%)을 적용하여 86사업년도 매출원가를 19,577,045,192원, 87사업년도 매출원가를 64,667,534,832원으로 하여 이 건 부과처분하였고, 이에 대하여 청구법인은 매출원가를 높게하여 매출총이익율을 낮게 조작한 사실이 없는데도 이전가격의 조작을 통하여 매출총이익율을 낮게 신고하였다고 인정하였음은 부당하고, 청구법인의 일본OOO로부터의 매입가격을 조정함에 있어서도 비교가능 제3자 가격법등 합리적인 기준에 의하여 특수관계없는 제3자의 매입가격을 비교하지 않고 일본OOO와 특수관계에 있는 홍콩본점의 한국이외지역 판매분에 대한 매출총이익율을 기준으로 홍콩본점의 한국지역 판매분에 대한 매입가격(청구법인의 매출원가)이 한국이외지역 판매분에 대한 매입가격보다 고가라고 단정하여 이 건 과세처분하였음은 부당하다고 주장하고 있음을 알 수 있다. 살피건대, 내국법인 및 국내사업장이 있는 외국법인이 법인세법 시행령 제46조 제1항 각호에 게기한 특수관계 있는자중 해외특수관계자와의 거래시 특수관계가 없는 독립기업간에 공정한 시장경제원리가 적용되는 상황아래에서 거래가 이루어졌더라면 성립되었을 거래가격보다 높은 대가를 지불하거나 낮은 대가를 받아 당해법인의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인세법 제20조 의 규정에 의하여 그 거래가격, 즉 이전가격을 부인하고 독립기업간의 거래가격으로 거래가 이루어진 것으로 보고 당해법인의 각 사업년도 소득을 계산할 수 있다고 할 것인 바, 청구법인의 거래내용을 보면 서류상은 홍콩본점이 전자관과 반도체를 일본OOO로부터 구입하여 청구법인에 판매하는 형태로 되어 있으나 실물은 일본OOO로부터 국내의 수요자들에게 직접 이동되고 있으며, 홍콩본점의 매입가격은 바로 청구법인의 매입가격임에 대하여는 다툼이 없으므로 이 건의 경우 홍콩본점의 일본OOO로부터의 매입가격을 독립기업간의 거래가격보다 고가라고 인정할 수 있는지가 문제된다고 할 것이다. 처분청은 홍콩본점의 국내지역판매분 매입가격을 비교함에 있어 청구법인의 매출총이익율(홍콩본점의 국내지역 판매분 매출총이익율)과 홍콩본점의 한국이외지역 판매분 매출총이익율을 비교하여 청구법인의 매출총이익율이 홍콩본점의 한국이외지역 판매분 매출총이익율보다 낮은 것으로 보아 청구법인이 매입가격을 높게 조작하였을 것이라고 단정하고 홍콩본점의 한국이외지역판매분 매출총이익율에 맞추어 청구법인의 매입가격을 낮게 조정하였음을 알 수 있는데 홍콩본점은 일본OOO와 특수관계없는 제3자(독립기업)도 아닐뿐더러 국내판매분에 대하여 한국이외지역(중국, 홍콩등)판매분 매출총이익율을 적용한 것은 상호간의 시장성, 거래조건 등이 상이한 거래에 대하여 같은 매출총이익율을 적용한 문제점(예컨대, 청구법인은 국내판매분의 매입가격이 한국이외지역 판매분 매입가격보다 낮고, 판매가격은 한국이외지역 판매분이 높다고 주장하고 있는데도 같은 매출총이익율을 적용)이 있다고 하겠는 바, 청구법인의 주장과 같이 청구법인의 매입가격이 일본OOO와 특수관계없는 독립기업의 매입가격 및 홍콩본점의 한국이외지역 판매분 매입가격과 비교하여 같거나 또는 저가임이 확인된다면 당초처분을 정당하다고 하기는 어려울 것이므로 결국 이 건에 있어서는 청구법인이 주장하는 사실관계의 확인이 관건이라 할 것이다. 따라서 당심에서는 다음과 같은 절차에 의해 청구법인이 제시한 자료들을 직접확인조사 하였다. 첫째, 청구법인이 신고한 86사업년도와 87사업년도의 매출액 및 매출원가(매입가격)산정자료 및 홍콩본점의 한국이외지역 판매분 매입가격 관련자료, 동일품목에 대한 일본OOO와 특수관계 없는 제3자(독립기업)의 매입가격 관련자료등을 제시받았다. 둘째, 청구법인의 매입가격과 홍콩본점의 한국이외지역판매분 매입가격 비교는 87사업년도에 거래된 공통품목전부를 비교하였고, 청구법인의 매입가격과 일본OOO와 특수관계없는 제3자 도매상(독립기업)의 매입가격 비교는 86사업년도에 청구법인의 매입액중 20.19%, 87사업년도에 청구법인의 매입액중 41.48%를 점유한 반도체품목 OOO을 임의 선정하여 비교하였다. 셋째, 매입가격 비교방법은 청구법인이 매입한 가격의 품목별 합계액이, 동일한 품목을 청구법인이 일본OOO가 비교대상자와 거래한 가액으로 매입하였다고 볼 경우의 합계액에 비하여 어느정도 차이를 보이는가를 검토하였는 바, 동일한 품목에 대하여 〔(청구법인의 매입단가 - 비교대상자의 매입단가) × 청구법인의 구입수량〕의 결과치가 (-)인 경우를 청구법인의 매입가격이 저가인 경우로 인정하였고, 동일품목들에 대하여 같은기간(6개월 또는 1년)에 있어서 〔

×100〕의 결과치를 가지고, 청구법인이 매입한 가액이, 동일한 품목을 청구법인이 일본OOO가 비교대상자와 거래한 가액으로 매입하였다고 볼 경우에 비하여 어느정도 차이를 나타내는가의 비교치로 하였다. 넷째, 일본OOO가 보관하고 있는 원시증빙자료를 원본대조확인함에 있어서는 위의 OOO제품중 OOOOOOOO 품목을 임의선정하여 87.4.1-87.9.30동안에 일본OOO로부터 청구법인이 매입한 거래내역, 대금결제내역을 확인하였고, 제3자 도매상중 하나를 임의선정하여 같은기간에 일본OOO와 위 도매상과의 거래내역, 대금결제내역을 직접확인함으로써 청구법인이 제시하는 각종자료의 신빙성을 검증하였다. 위와같은 방법에 의하여 확인한 결과 청구법인이 일본OOO로부터 매입한 가액은 홍콩본점의 한국이외지역 판매분에 대한 매입가액에 비하여 87사업년도의 공통된 거래품목(172개 품목)에 있어서 H.K$ 8,884,066만큼 (-)로 산출되었고, 매입가격의 차이비율은 약 -9%로 (

)로 산출되어, 청구법인이 전체적으로 보아 저가로 구입하였음이 확인되었으며, 또한 OOO 제품에 있어서 청구법인의 매입가액이 제3자 도매상(독립기업)이 일본OOO로부터 매입한 가액보다 86.4.1-86.9.30 동안에 있어서(공통거래품목 2개품목) 1,178,500￥, 86.10.1-87.3.31 동안에 있어서(공통거래품목 26개 품목) 285,702,562￥, 87.4.1-87.9.30 동안에 있어서(공통거래품목 75개품목) 1,191,255,150￥, 87.10.1-88.3.31 동안에 있어서(공통거래품목 65개 품목) 427,769,262￥만큼 (-)로 산출되었고, 그 차이비율은 각각 -13.8%, -38.1%, -51.3%, -27.9%로 산출되어 청구법인이 특수관계없는 제3자(독립기업)보다도 전체적으로 보아 저가로 구입하였음이 확인되었다. 또한 제3자 도매상이 일본OOO로부터 매입할 때의 거래조건과 홍콩본점(청구법인의 본점)이 일본OOO로부터 매입할 때의 거래조건의 차이가 위의 결과에 영향을 미치는 정도를 검토한 바, 가격에 영향을 미치는 거래조건 이라고 볼 수 있는 물품인도조건·대금회수조건(신용기간)·수량등에 있어서, 물품인도조건에 있어서는 홍콩본점은 일본OOO로부터 FOB(본선인도)조건으로 구입하고 있어 일본OOO가 일본국내의 제3자 도매상에게 판매하면서 운반비용등을 부담하는 이 건의 경우에 있어서 인도조건이 가격에 미치는 영향은 무시할 수 있는 것으로 판단되었고, 대금회수조건(신용기간)이 가격에 미치는 영향에 있어서는(신용기간의 차이가 가격에 미치는 영향은 평균신용기간 × 평균금리로 계산할 수 있음), 한국지역판매분의 신용기간은 평균 45일정도이고 제3자 도매상 판매분의 신용기간은 평균 100일 정도로서 86사업년도와 87사업년도에 있어서 일본의 신용기간에 따른 이자율(해외 USANCE 이자 ; 평균 년6.8%, 국내 USANCE이자 ; 평균 년 4.5%)과 비교할 때 신용기간의 차이가 가격에 미치는 영향은 1%미만에 불과하여 이러한 거래조건의 차이등은 위에서 확인된 결과에 영향을 미칠 정도는 아닌 것으로 인정되었다. 한편, 청구법인이 제시한 자료의 신빙성 검증을 위해 87.4.1-87.9.30 기간중 특수관계없는 제3자 도매상인 SHINKO TRADING을 임의선정하여 일본OOO로부터 매입한 OOOOOOOO 품목에 대한 거래사실 및 대금결제내역(수량 113,940, 단가 135.28￥, 합계금액 15,413,803￥)을 일본OOO가 보관하고 있는 원본과 대조확인한 결과 청구법인이 당심에 제시한 자료와 상위없음이 확인되었고, 같은기간에 있어서 청구법인이 일본OOO로부터 매입한 같은 품목에 대한 거래사실 및 대금결제내역(수량 52,400, 단가 111.49￥, 합계금액 5,842,066￥)을 일본OOO가 보관하고 있는 microfilm등 원본과 대조확인한 결과 청구법인이 당심에 제시한 자료와 상위 없음이 확인되어 청구법인이 당심에 제시한 자료는 그 신빙성을 인정할 수 있다고 판단되었다. 사실이 위와 같다면, 처분청에서 청구법인의 매입가격이 홍콩본점의 한국이외지역판매분 매입가격보다 고가라고 단정하여, 일본OOO와 특수관계 없는 제3자(독립기업)와의 거래가격과의 비교도 없이, 청구법인의 매출총이익율을 홍콩본점의 한국이외지역 판매분매출총이익율과 같게하여 매입가격을 조정하고 과세한 처분은 사실관계를 오인한 잘못이 있다고 할 것이어서 취소를 면할 수 없다고 판단된다. 6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.