이유
1. 원처분 개요 청구인이 서울시 동대문구 OO동 OOOOOO소재 대지 577㎡, 건물 239.1㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 97.9.18 소유권이전등기로 양도하고 취득일을 91.12.2로 하여 기준시가로 양도소득세 36,072,900원을 신고·납부한데 대하여, 처분청은 취득일을 등기부상 소유권이전등기일인 91.6.26로 보고, 취득시 기준시가는 91년도 개별공시지가가 쟁점부동산을 취득한 후인 91.6.29 고시되었다 하여 90년도 기준시가를 적용하여 98.6.26 양도소득세 34,091,529원을 청구인에게 결정 고지하였고 자진 납부세액 중 1,981,360원을 환급결정 통지하였다. 청구인들은 이에 불복하여 98.7.28 심사청구를 거쳐 98.11.10 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 청구인은 쟁점부동산을 청구외 OOO로부터 매수하면서 자금이 부족하여 91.6.26 청구인 명의로 소유권이전등기하고 91.12.2 잔금 353,000,000원을 청산하였으므로 91.12.2을 취득시기로 하여야 하며 (2) 91년 개별공시지가가 91.6.29 고시되었으므로, 쟁점부동산의 취득시기를 91.6.26로 보더라도 취득당시의 기준시가 산정시 91년도 개별공시지가를 적용하여야 한다. 나. 국세청장 의견 (1) 관련법령에 의하면 부동산 매매대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일이 취득 및 양도시기라고 규정하고 있으므로 설령, 청구인의 주장과 같이 91.12.2 대금이 청산된 것이 사실이라고 하더라도 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에 해당되므로 등기접수일을 취득시기로 보아 양도소득세를 과세한 당초 처분은 적법하다. (2) 관련규정에 의하면, 기준시가로 양도차익을 계산함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 및 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다고 규정하고 있으므로, 쟁점부동산이 91.6.26 청구인 명의로 소유권이전등기 되었고 91년도 공시지가가 91.6.29 고시되어 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시에는 91년도 공시지가가 고시되지 아니하였으므로 직전의 개별공시지가인 90년도 개별공시지가를 산정하여 처분한 당초처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건 다툼은 (1) 쟁점부동산의 취득시기를 소유권이전등기 접수일로 하여 과세한 처분의 당부와 (2) 쟁점부동산의 취득일이 91년도 고시되기 전이었기 때문에 직전년도 공시지가를 적용한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 소득세법(법률제4803호) 제98조【양도 또는 취득의 시기】에는「자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다」라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】제1항에는 「법 제27조에 규정하는 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해자산의 대금을 청산한 날로 한다. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매예약계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매예약계약서에 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다. 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일. 3.～5. (생 략)」이라고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제99조 【기준시가의 산정】제1항에서는 「제96조와 제97조 제1항 제1호 및 제100조에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다. 1. 제94조 제1호의 자산 가. 토지 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다. 나. 건물 (이하 생략)」이라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제164조 【토지·건물의 기준시가 산정】 제9항에서는 「법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다」라고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청의 과세자료 등에 의하면, 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 91.6.26 취득하여 97.9.18 양도한 것으로 보아 기준시가에 의하되 취득시 기준시가는 쟁점부동산의 취득일이 91년도 개별공시지가가 고시(91.6.29 고시)되기 전이기 때문에 직전 년도의 개별공시지가를 적용하여 양도소득세 34,091,539원을 결정 고지하였음을 알 수 있다. (2) 청구인은 쟁점부동산의 취득시 잔금을 청산한 것은 91.12.2이므로 잔금청산일인 91.12.1을 취득시기로 하여야 하고, 가사, 취득일을 91.6.26로 보더라도 쟁점부동산의 기준시가를 91년도 개별공시지가를 적용하여야 한다고 주장한다. (3) 살펴보건대, 쟁점부동산의 등기부등본에 의하면, 쟁점부동산은 취득시 91.6.17 매매를 원인으로 91.6.26 청구외 OOO로부터 청구인에게 소유권이전등기 되었고 양도시 97.8.8매매를 원인으로 하여 97.9.18 청구인으로부터 청구외 의료법인 OOO 의료재단으로 소유권이전등기 되었음이 확인된다. 위 전시한 소득세법 제 98조【양도 또는 취득의 시기】 및 같은법 시행령 제162조 제1항 제2호의 규정에 의하면, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일을 취득 및 양도시기로 하도록 하고 있는 바, 가사 청구인의 주장대로 쟁점부동산의 취득시 잔금 청산일이 91.12.2이라고 하더라도 위 관련법령에 의하여 소유권이전등기접수일인 91.6.26을 취득일로 하여 과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다. 한편, 쟁점부동산에 대한 91년도 개별공시지가 고시일은 91.6.29이라는 것에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없고, 위 전시한 소득세법 시행령 제164조 제9항의 규정에 의하면, 기준시가를 적용함에 있어 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용하도록 하고 있는 바, 쟁점부동산의 취득일은 91년도 개별공시지가가 고시되기 전인 91.6.26이기 때문에 직전년도 기준시가를 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.