창고 사용료는 창고업자가 물건을 임치한 대가로 받는 보관료가 아니라 쟁점 부동산을 사용자에게 제공한 대가로서 받는 임대료라고 보는 것이 타당하므로 취득세와 등록세를 부과한 것은 잘못이 없음

1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2005.1.5 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리435-8외 1 필지의 토지 58,284㎡를 취득한 후 2005.11.6 동 지상에 건축물 17,630㎡를 신축한 건축물에 대하여 (이하 동 토지를 포함하여 “이 사건 부동산”이라한다) 구 조세특례제한법 (2005.12.31 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119 조제3항제1호 및 같은법 제120조제3항의 규정에 의한 창업중소기업이 취득하는 사업용 재산으로 보아 이 사건 부동산에 대한 취득세와 등록세를 각각 과세면제 받았으나, 2006.5.23 처분청의 세무조사에서 이 사건 부동산의 건축물 17,630㎡중 15,394㎡ (이하 부속토지를 포함하여 “이 사건 쟁점 부동산” 이라 한다)를 청구외 (주) ○○ 코리아가 장기간(10년) 독점적 으로 사용하도록 하는 계약을 체결한 것을 확인하고 이를 창고업이 아닌 부동산임대업 으로 보아 이 사건 쟁점 부동산의 취득가액 7,811,471,274원에 구 지방세법 (2005.12.31 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 및 같은법 제131조 제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 201,254,730원, 농어촌특별세 17,185,230원 등록세 96,484,910원, 지방교육세 17,788,270원 합계 332,713,140원을 부과고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 물류창고업 등을 목적사업으로 하여 2004. 12. 3. 설립한 창업중소 기업으로서 2005.11.16 이 사건 쟁점 부동산의 건축물을 신축한 후 청구외 (주) ○○ 코리아와 장기 10년 조건의 사용계약을 체결한 다음 매월 사용료를 받고 있으나, 청구인은 청구외 (주) ○○ 코리아와 부동산 임대차계약을 맺은 사실이 없을 뿐만 아니라 이 사건 쟁점부동산을 물품 보관 창고외의 다른 용도로 사용한 사실도 없으므로 이 사건 쟁점 부동산은 청구인이 직접 물류 창고업에 사용하고 있는 것으로 보아야 함에도 처분청에서 이를 임대업에 공여된 것으로 보아 처분청에서 이미 과세 면제한 취득세 등을 부과고지 한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 창고업을 영위하는 창업중소기업이 물류 창고의 일부를 특정 사용인과 장기간 독점 사용하는 계약을 체결한 경우 이를 창고업으로 볼 수 있는지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 조세특례제한법 제119조 및 제120조에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일 부터 2년이내에 취득·등기하는 사업용재산에 대하여는 취·등록세를 면제하도록 하고, 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우 에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 「 화물유통촉진법」제2조 제10호에서 “창고업”이라 함은 타인의 수요에 응하여 유 상 으로 창고에 물건을 보관하는 사업을 말하며 상법 제162조 에서 창고업자는 임치물을 출고할 때가 아니면 보관료 기타의 비용과 체당금의 지급을 청구하지 못한다고 규정 하고 있다 다음으로 청구인의 경우를 보면 청구인은 청구외 (주) ○○ 코리아 와 장기간 (10년) 창고 사용계약을 체결 한 것은 창고업의 특성상 창고에 보관할 임치 물건의 안정적인 확보가 사업의 성패에 중요한 영향을 미치기 때문에 운영상 불가피 한 것이고, 특히 이 사건 쟁점부동산은 사용자의 요구에 따라 특수하게 설계(항온, 항습 등)된 관계로 장기간 사용계약을 체결할 수밖에 없었으므로, 이 사건 쟁점 부동산은 청구인이 직접 물류 창고업에 사용하고 있는 것으로 보아야 한다고 주장하고 있으나 조세특례제한법 제119조 및 제120조에서 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년이내에 취득·등기하는 사업용재산에 대하여는 취·등록세를 면제하도록하고, 취득·등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니 하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 「화물유통촉진법」제2조 제10호에서 “창고업”이라 함은 타인의 수요에 응 하여 유상으로 창고에 물건을 보관하는 사업을 말하며 상법 제162조 에서 창고업자는 임치물을 출고할 때가 아니면 보관료 기타의 비용과 체당금의 지급을 청구하지 못한다고 규정하고 있으므로 청구인의 경우 사용자와 체결한 이 사건 쟁점부동산에 대한 사용 계약의 내용을 보면, 이 사건 쟁점부동산은 사용자의 사업 운영을 위한 물류창고로 사용된다(사용계약 제2조)고 규정되어 있고, 청구인의 권리는 이 사건 쟁점부동산을 건축하고 이를 사용자에게 제공하는 것에 한정 하며, 이 사건 쟁점부동산을 사용하고 사업을 영위하는 것은 전적으로 사용자의 책임과 비용으로 한다고 규정(사용계약 제3조의 1,2,3)하고 있음을 볼 때, 이는 화물유통촉진법 제2조 제10호에서 규정한 창고업에 해당하는 것이 아니라 사실상 이 사건 쟁점부동산의 임대차 계약이라 할 것이며, 또한 사용계약서에서 이 사건 쟁점부동산의 사용료 지급시기를 해당 월의 다음달 10일로 규정하고 있음을 볼 때 당해 사용료는 창고업자가 물건을 임치한 대가로 받는 보관료가 아니라 이 사건 쟁점 부동산을 사용자에게 제공한 대가로서 받는 임대료라고 보는 것이 타당하다고 할 것이므로 이 사건 쟁점부동산이 목적사업에 직접 사용되지 않는 것으로 보아 면제된 취득세와 등록세를 부과한 것은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 2. 26. 행 정 자 치 부 장 관