이유
1. 원처분 개요 청구인은 인천직할시 서구 OO동 OOOOO 소재 대지 192㎡와 같은동 OOOOOO 소재 대지 217㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 82.2.18 취득하여 88.2.10 청구외 OO건설주식회사에 국민주택건설용지로 양도하였다. 처분청은 기준시가에 의하여 자산양도차익을 산정하고 93.8.16 청구인에게 88년 귀속 양도소득세 6,441,880원 및 동 방위세 1,288,370원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복, 93.10.11 심사청구를 거쳐 94.1.31 이 건 심판청구를 하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 청구인은 양도소득세는 정부결정세목으로서 조세감면규제법 시행령 제50조 제10항에 의한 감면신청기간이 지난 신청이라 하더라도 같은법 제62조 제3항 단서의 면제신청의무는 납세자의 협력의무에 지나지 않고, 환급신청의 양식으로서 준공검사필증만 첨부하였다 하여 환급청구를 거부할 수 없으며, 특히 이 건과 같이 건물이 신축된 경우 같은법시행령 제50조 제2항에 의하여 당연히 면제하도록 되어 있고 매도자로서도 정부의 협력의무를 다하였으므로 이 건 양도소득세는 면제결정하던지 부과결정과 동시에 환급결정을 하여야 한다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 국세청장은 청구인이 쟁점토지를 양도한 날이 88.2.10 이고, 이에 대한 과세표준확정신고 기한인 89.5.31까지 예정신고나 확정신고를 한 사실이 없을 뿐만 아니라 이 기간을 경과하여 89.8.11에서야 이 건 양도소득세의 감면신청서와 그 부속서류를 제출하였으므로 감면배제하고 과세한 당초 처분에 잘못이 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 이 건 다툼은 감면신청이 늦게 되었다는 이유로 감면배제한 당초 처분의 당부를 가리는 데 있다. 나. 조세감면규제법 제62조 제1항 및 제3항에서 국민주택 건설용지에 대한 양도소득세 등의 면제는 토지를 매입한 자가 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세년도의 과세표준확정신고 기한내에 조세감면신청을 하여야 감면하도록 규정하고 있다. 다. 이 건의 경우, 청구인은 쟁점토지를 88.2.10 청구외 OO건설주식회사에 양도하고 동 감면신청서를 이 건 과세표준확정신고기한(89.5.31)을 경과한 후인 89.8.11 제출하였으므로 전시 조세감면규제법에 의하여 부적법한 감면신청(동지, 국심 89중2353, 90.3.16 결정)이라 할 것이므로 이 건 감면배제한 당초 처분에 잘못이 없는 것으로 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.