이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO에서 OOO(이하 “이 건 재개발사업”이라 한다)을 시행하는 법인으로서, 2021.8.13. OOO 토지 지상에 건축물 37,911.6598㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 신축하여 취득한 후, 2021.10.6. 처분청으로부터 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것, 이하 개정「지방세특례제한법」이라 한다) 제74조 제1항(이하 “쟁점규정”이라 한다), 부칙 제17조 제1항 및 제177조의2 제1항 최소납부세제를 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고하고, 2021.10.12. 이를 납부하였다. 나. 청구법인은 2021.10.25. 청구법인의 쟁점건축물 취득에 대하여 이 건 재개발사업 시행인가를 받을 당시(2010.6.1.)의 「인천광역시세 감면 조례」(2011.1.10. 인천광역시조례 제4880호로 개정되기 전의 것, 이하 “종전 조례”라고 한다) 쟁점규정을 적용하여 취득세 등이 면제되어야 한다는 사유로 하여 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2021.12.24. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.3.14. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 2009.2.9. 이 건 사업부지에서 이 건 재개발사업을 시행한 법인으로 2010.6.1. 처분청으로부터 이 건 재개발사업 시행인가를 받고 청구법인은 2021.8.13. 사업시행자가 취득하는 일반분양용 주택인 쟁점건축물을 신축하여 취득하였다. 처분청으로부터 이 건 재개발사업의 시행인가를 받을 당시(2010. 6.1.)에는 종전 조례 쟁점규정에서 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 주택재개발사업시행자가 해당 사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주거용 건축물에 대하여 최소납부세제를 포함하여 취득세가 면제되도록 규정하고 있었고, 2011년 「인천광역시세 부과·징수 및 감면 조례」를 제정·시행하면서 그 조례에서 “종전의 「인천광역시세 감면 조례」에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대해서는 종전의 규정에 따른다”라는 경과규정(이하 “일반적 경과조치 규정”이라 한다)을 두고 있어 주택재개발사업의 시행인가를 받은 경우에는 계속하여 종전 조례 쟁점규정을 적용받아야 할 것이며, 2011년부터 제정·시행된 「지방세특례제한법」(이하 “제정 「지방세특례제한법」이라 한다) 부칙 제3조에서도 “이 법 시행 전에 종전의 「지방세법」의 규정(종전의 「지방세법」 제9조 에 따른 조례를 포함한다)에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”라고 규정하고 있어, 종전 조례를 적용하여 감면이 적용될 수 있도록, 부칙 제3조의2(다른 법률의 개정)에서는 “이 법 시행 당시 종전의 「지방세법」 제9조 에 따라 과세면제·불균일과세 및 일부과세에 대하여 행정안전부장관의 허가를 받아 조례로 정한 경우에는 제4조의 개정규정에도 불구하고 해당 조례의 효력이 종료될 때까지 그 조례에 따라 과세면제·불균일과세 및 일부과세를 적용한다”라는 경과규정을 두고 있었고, 이후 2016년 시행된 「지방세특례제한법」(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것)에서 쟁점규정이 최소납부세제 적용대상으로 변경되었다고 하더라도 그 법 개정당시 부칙에 일반적 경과조치 규정이 있는 것으로 확인되므로 일반적 경과조치 규정을 적용하여 이 건 재개발사업 시행 인가를 받을 당시 시행되었던 종전 조례 쟁점규정의 취득세 감면율을 적용하여야 하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 주장 청구법인이 일반적 경과조치 규정의 적용을 위한 근거로 “조례가 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 종전 조례를 적용하여야 한다”는 1997년도 선고 판례를 제시하였으나, 2001년 선고된 대법원 98두13713 판결에서는 일반적 경과조치의 적용에 의하여 종전의 구법이 적용되기 위하여는 구법에서 “장래 일정한 기간 동안 감면한다는 내용을 명시”하고 있었어야 한다는 것이고 구법의 법문이 그러하지 못했다면 납세자의 유·불리 등은 고려되지 아니한다는 것으로 과거 판례의 판시사항을 새롭게 정리·변경하였고, 이후 모든 관계 판례는 당해 판시를 일관되게 따르고 있다. 따라서 이 건의 쟁점과 관련하여 대법원 98두13713 판례를 적용해보면, 종전 조례 어디에도 “장래 한정된 기간 간의 면제”가 명시된바 없으므로, 이 건에 대하여 일반적 경과조치 규정은 적용될 수 없으며, 청구법인이 종전 조례 시행 당시 사업시행인가를 득한 사실을 소위 “원인행위”라 하며 관련 근거로 대법원 1997.4.25. 선고 97누1396 판결을 비롯한 총 5개의 판결을 들었으나, 해당 판결에서 사업시행인가의 시점을 일반적 경과조치 적용에 있어서의 원인행위라 한 적이 없고 심지어 그 판결 어디에도 “원인행위”라는 단어조차 언급된 사실이 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 개정「지방세특례제한법」등 부칙의 일반적 경과조치 규정에 따라 이 건 재개발사업 시행인가일 당시 종전 조례의 쟁점규정을 적용하여 최소납부세제를 포함한 취득세 등을 면제하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 등 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」과 정관이 정하는 바에 따라 이 건 사업부지 안의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적 향상에 이바지함을 목적으로 하고, OOO를 주사무소로 하여 2009.4.8. 설립되었다. (나) OOO은 2009.2.9. 이 건 사업부지에서 이 건 재개발사업을 시행하기 위하여 아래와 같이 정비계획수립 및 정비구역지정결정과 지형도면고시를 하였다 ○○○ (다) 처분청은 2010.6.1. 이 건 사업부지에 이 건 재개발사업에 대한 사업시행인가를 아래와 같이 하였다. ○○○ (라) 처분청은 2017.3.28. 이 건 사업부지에 이 건 재개발사업에 대하여 「도시 및 주거환경정비법」제49조 제2항 규정에 따라 쟁점건축물(일반분양)을 포함하여 관리처분계획인가를 아래와 같이 하였다. ○○○ (마) 처분청은 청구법인에게 2019.5.1. 이 건 사업부지에 쟁점건축물 신축을 위한 착공신고필증을 발급하였으며, 2021.8.13. 이 건 사업부지에 쟁점건축물 신축에 따른 준공인가를 아래와 같이 하였다. ○○○ (바) 청구법인은 2021.8.13. OOO 토지 지상에 쟁점건축물을 신축하여 취득한 후, 2021.10.6. 처분청으로부터 개정「지방세특례제한법」쟁점규정, 부칙 제5조 제1항 및 제177조의 2 제1항 최소납부세제를 적용하여 산출한 이 건 취득세 등을 신고하고, 2021.10.12. 이를 납부하였다. (사) 쟁점규정에 대한 주요 입법연혁 등은 아래와 같다. ○○○ (자) 최소납부세제규정은 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)에 따라 취득세 또는 재산세가 면제되는 경우 85%로 그 감면율을 제한한다고 신설되었고, 그 법에서 제74조 제1항은 최소납부세제 적용제외 대상이었다가, 「지방세특례제한법」(2015. 12.29. 법률 제13637호로 개정된 것)에서 2016년부터 제74조 제1항이 최소납부세제 적용대상으로 변경되었으며, 그 법 개정당시 부칙에는 일반적 경과조치규정이 있는 것으로 확인된다.| 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것 | 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) |
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제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감율이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율( 「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 「지방세법」에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 가. 취득세: 200만원 이하 나. 재산세: 50만원 이하( 「지방세법」 제122조 에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다) 2. 제7조부터 제9조까지, 제13조제3항, 제14조제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조제1호, 제29조, 제30조제2항, 제35조의2, 제37조, 제38조제3항, 제41조제1항부터 제6항까지, 제43조, 제50조, 제55조, 제57조의2, 제62조, 제63조제1항 단서, 같은 조 제3항, 제65조, 제66조, 제68조제2항, 제73조, 제74조, 제76조제2항, 제77조제2항, 제79조, 제80조, 제81조, 제82조, 제84조제1항, 제85조의2제1항제4호, 제87조, 제88조제1항 및 제92조에 따른 감면
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제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율( 「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 「지방세법」에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 가. 취득세: 200만원 이하 나. 재산세: 50만원 이하( 「지방세법」 제122조 에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다) 2. 제7조부터 제9조까지, 제11조제1항, 제13조제3항, 제14조제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조제1호, 제29조, 제30조제3항, 제33조제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2제2항, 제57조의3제1항, 제62조, 제63조제1항 단서, 같은 조 제3항, 제66조, 제73조, 제76조제2항, 제77조제2항, 제82조, 제84조제1항, 제85조의2제1항제4호, 제87조 및 제92조에 따른 감면
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| 부칙 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. |