이유
1. 처분개요

청구법인은 부산광역시 영도구 OO동 OOOOO에 본점을 두고 윤활유를 제조·판매하는 법인으로서, ’91.3.27, ’91.1.1～’91.12.31사업년도(이하 “91사업년도”라 한다)의 법인세 신고시

조세감면규제법 제55조

(’94.12.22 개정되기 전의 것)의 규정에 따라 증자소득공제액 394,718,088원을 각 사업년도 소득금액에서 공제하여 법인세 과세표준 및 세액을 산출한 다음 이를 신고납부하였는바,

’93.12.17 처분청이 청구법인에 대한 법인세 실지조사 결과에 의하여 법인세 과세표준을 경정하면서 증자소득공제액 585,000,000원을 각 사업년도의 소득금액에서 공제하여 그 과세표준을 경정함에 따라 증자소득공제액 190,281,912원을 추가로 공제받게 되었다.

처분청은 청구법인이 ’93.12.17 처분청의 법인세 경정결정으로 증자소득공제액 190,281,912원을 추가로 공제받았으므로 이에 대한 기업합리화 적립금 64,695,850원을 위 법인세 경정결정일이 속하는 사업년도의 이익잉여금 처분시 추가 적립해야 함에도 청구법인이 ’93사업년도의 이익잉여금 처분시 이에 대한 기업합리화적립금으로 28,664,965원만을 적립함으로써 기업합리화적립금 36,030,885원을 과소적립하였다 하여 ’95.1.16 청구법인에게 과소적립금액에 상당하는 법인세 49,848,730원을 ’93사업년도의 법인세로 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 ’95.3.16 심사청구를 거쳐 ’95.5.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 청구법인이 ’93.12.17 법인세 경정조사시 증자소득공제를 추가로 공제받음에 따라 기업합리화적립금 64,695,850원을 추가적립하여야 함에도 그 경정결정일이 속하는 ’93사업년도의 잉여금 처분시 28,664,965원만 적립했다 하여 과소적립금에 상당한 법인세를 과세하였으나, 청구법인은 ’91사업년도에 적립한 기업합리화적립금중 23,551,414원을 세무신고시 공제액에서 제외하였으므로 이는 이미 기업합리화적립금으로 적립된 것으로 보아야 하고, 또한 ’93사업년도의 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금 77,462,066원을 적립하였기 때문에 증자소득공제의 증액분에 대한 기업합리화적립금을 과소 적립한 것이 아니므로 이 건 과세처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구법인이 ’91사업년도의 잉여금 처분시 기업합리화적립금으로 적립하였다가 법인세 신고시 제외하였다고 주장하는 23,551,414원에 대하여는 기장사실을 확인할 수 없어 기업합리화적립금으로 적립되었는지 여부를 확인할 수 없으나 설령 적립되었다 하더라도 초과적립금에 해당되어 임의적립금으로 보아야 하고, 또한 ’93사업년도에 77,462,066원을 적립하였기에 과소적립이 아니라고 하나 동 금액은 ’91사업년도 이후부터 ’93사업년도까지의 누적된 금액으로서 이 기간동안 적립해야 할 기업합리화적립금 누적액은 113,492,951원이므로 36,030,885원이 과소적립되었음이 확인되는 바, 동 과소적립금액에 대해 법인세를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 법인세 경정결정시 추가로 공제받은 증자소득공제액에 대한 기업합리화적립금을 과소적립하였다 하여 그에 대한 법인세를 부과한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련 법령

조세감면규제법 제91조

(’94.12.22 개정되기전의 것) 제1항에서 「…제55조·제71조·제71조의2·제72조… 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 내국법인은 당해 사업년도의 이익금 처분에 있어서 그 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제받은 소득금액에 대한 법인세 상당액)에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다」고 규정하고 있고, 그 제2항에서 「제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다」고 규정하고 있다.

또한,

같은법 시행령 제65조

제1항에서 「법 제91조 제2항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음의 경우를 말한다.

1. 기업회계상 처분가능이익이 당해년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달함으로서 그 미달하는 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하지 못한 경우

2. 내국법인이 당해과세년도의 결산확정일(

법인세법 제26조

제3항의 결산확정일을 말한다) 이 후 세무조정으로 인하여 당해 과세년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우」라고 규정하고 있고, 그 제3항에서 「제1항의 경우에 있어서는 그 다음 사업년도의 이익금 처분에 있어서 적립하여야 할 기업합리화적립금에 미달한 부분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다」고 규정하고 있다.

다. 사실관계

(1) 청구법인은 ’92.3.27 ’91사업년도분 법인세 신고시 증자소득 공제액 394,718,088원을 각 사업년도 소득에서 공제하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고납부하였으며, 처분청은 ’93.12.17 청구법인에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 실지조사 경정함에 있어 증자소득공제액을 청구법인이 신고시 공제한 394,718,088원에 190,281,912원을 추가하여 585,000,000원으로 확정하고, 이를 각 사업년도의 소득금액에서 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정결정하였음이 확인되는 바, 청구법인의 ’91사업년도분 증자소득공제내역과 이에 따라 적립해야 할 기업합리화적립금은 다음과 같다.

- 다

음 -

(단위: 원)

구 분

신고시 기준 ①

경정시 기준 ②

차 액 (②-①)

증 자 소 득 공 제 액

394,718,088

585,000,000

190,281,912

기업합리화적립대상금액

134,204,150

198,900,000

64,695,850

(2) 청구법인은 ’92.3.21 ’91사업년도의 잉여금을 처분함에 있어 법인세 신고시 공제받을 증자소득 공제액을 추산하여 기업합리화적립금으로 157,755,563원을 적립하였으며, 이익잉여금의 처분후 법인세 신고시 기업합리화 적립금으로 적립해야 할 금액이 134,204,150원으로 확정되었는 바, 법인세 신고시 공제한 증자소득공제금액에 의하면 기업합리화적립금 25,551,413원을 초과적립하게 되었음이 확인된다.

(3) 한편, 청구법인은 위 ’91사업년도분의 법인세 과세표준 경정결정일이 속하는 ’93사업년도의 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금으로 77,462,066원을 적립하였음이 확인되는 바,

처분청은 청구법인이 ’93사업년도의 잉여금 처분시 적립해야 할 기업합리화적립금과 실제 적립한 금액을 청구법인의 신고내용에 의하여 다음과 같이 확정하고, 청구법인이 ’93.12.17 처분청의 법인세 과세표준 및 세액의 경정결정에 의하여 ’91사업년도분 증자소득공제액 190,281,912원을 추가로 공제받음에 따라 그 경정결정일이 속하는 ’93사업년도의 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금 64,695,850원을 추가로 적립해야 함에도, 이 중 28,664,965원만을 적립하여 이 중 36,030,885원을 과소적립했다는 사유로 이 건 법인세를 결정하였음이 확인된다.

- 다

음 -

(단위: 원)

구 분

적립대상금액

실제적립금액

과소적립액

’93사업년도의 세액공제 및 감면분

’91사업년도의 증자소득공제 추가분 (190,281,912원)

48,797,101

64,695,850

48,797,101

28,664,965

0

36,030,885

합 계

113,492,951

77,462,066

36,030,885

라. 판단

(1) 기업합리화적립금제도의 취지는 세액공제 및 감면의 혜택을 받은 법인이 그 감면받은 세액 상당액을 기업내에 유보하여 당해산업의 육성과 자본의 충실을 유지하기 위한 것으로서, 전시 관련법령에서 살펴본 바와 같이 기업합리화적립금은 원칙적으로 세액공제나 소득공제를 받은 당해 사업년도의 이익잉여금 처분에 의하여 적립하도록 하되, 당해 사업년도의 결산확정일 이후 세무조정으로 인하여 당해 사업년도에 적립하여야 할 기업합리화적립금이 증액된 경우에는 그 다음 사업년도에 이익잉여금 처분에 있어서 미달한 부분에 상당하는 기업합리화적립금을 적립하도록 규정하고 있는 바, 당해사업년도의 이익잉여금 처분에 의하여 적립한 기업합리화적립금이 이익잉여금 처분시 당해 사업년도에 공제받을 세액공제 또는 소득공제를 추산하여 적립함에 따라 실제 법인세 신고시 공제받은 세액공제 또는 소득공제액에 의하여 산정한 기업합리과적립금을 초과하게 되는 경우 위 초과적립금액이 사외에 유출되지 아니하고 계속하여 적립되어 있다면 그 후 당해사업년도에 대한 법인세 경정등으로 세액공제 또는 소득공제액이 증액되어 적립해야 할 기업합리화적립금이 증액되는 때에는 이를 적법한 기업합리화적립금으로 보아야 할 것이다.

그런데 청구법인이 ’91사업년도의 잉여금 처분시 초과적립한 기업합리화적립금 23,551,413원은 청구법인이 증자소득공제를 추가로 공제받은 ’91사업년도의 이익잉여금 처분으로 적립된 것이며, 그 후 사외로 유출되지 아니하고 계속하여 적립되어 있음이 확인되므로 처분청의 법인세 경정으로 증자소득 공제액이 증액됨에 따라 적립해야 할 기업합리화적립금을 재계산함에 있어 청구법인이 ’91사업년도에 적립한 기업합리화적립금을 위 초과 적립한 금액 23,551,413원을 포함하여 157,755,563원으로 인정하여야 할 것이다.

한편, 처분청은

조세감면규제법 제91조

의 규정에 의하여 적립해야 할 금액을 초과하여 적립한 기업합리화적립금은 임의적립금으로 본다고 규정한 조세감면규제법 기본통칙(5-1-8…91)의 규정을 들어 청구법인의 주장을 배척하고 있으나, 이는 당해사업년도의 이익잉여금 처분시 초과하여 적립된 기업합리화적립금이 이월되어 그 후 사업년도의 법인세 과세표준 및 세액에서 공제받은 세액공제 또는 소득공제에 대하여 적립하여야 할 기업합리화적립금과 상계하거나 충당할 수 없다는 취지로 해석함이 합리적이고 타당하다고 할 것이므로 이 부분 처분청이 관련법령을 오해한 결과로 판단된다.

그러므로 청구법인이 ’91사업년도의 소득금액에서 공제받은 증자소득공제와 관련하여 추가로 적립해야 할 기업합리화적립금은 다음과 같이 41,144,437원으로 확인된다.

- 다

음 -

(단위: 원)

증자소득공제액

적립대상금액

기적립금액

추가적립금액

585,000,000

198,900,000

157,755,563

41,144,437

(2) 청구법인은 ’93사업년도의 이익잉여금 처분시 기업합리화적립금으로 77,462,066원을 적립함으로써 법인세 경정결정에 의하여 추가로 공제받은 ’91사업년도분의 증자소득공제액에 대한 기업합리화적립금을 전액 적립하였다고 주장하고 있으나,

앞에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 ’93사업년도의 이익잉여금 처분시 적립한 기업합리화적립금은 77,462,066원으로서 그 중 48,797,101원은 ’93사업년도의 세액공제 및 세액감면분에 대한 것이며, 그 나머지 28,664,965원만이 추가로 공제받은 ’91사업년도의 증자소득공제액에 대한 기업합리화적립금으로 확인되는 바, 청구법인이 ’91사업년도의 공제받은 증자소득공제액과 관련하여 적립해야 할 기업합리화적립금중 과소적립한 기업합리화적립금은 추가로 적립해야 할 금액 41,144,437원에서 ’93사업년도의 이익잉여금 처분시 추가적립한 28,664,965원을 차감한 12,479,472원으로 보아야 할 것이다.

그렇다면 처분청이 ’91사업년도의 증자소득공제와 관련하여 기업합리화적립금 36,030,885원을 과소적립한 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 당초 처분은 부당하다고 판단된다.

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있고 나머지 이유없으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.