이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1996.10.31. ㅇㅇ시 ㅇㅇ 구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 27,875.6㎡중 82.7㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 ㅇㅇ지구종합유통단지내 입주시설용으로 취득한데 대하여 취득세와 등록세를 면제하였으나, 2년이상 고유업무에 직접 사용하지 않고 5년내인 2000.5.30. 매각하였으므로 면제한 취득세와 등록세를 추징하면서 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아, 그 취득가액(40,534,590원)에 지방세법 제112조 제2항 및 제131조제제1항제3호2목의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,864,140원, 농어촌특별세 445,870원, 등록세 1,459,230원, 교육세 267,520원, 합계 7,036,760원(가산세 포함)을 2000.8.10. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1996.10.31. 이건 토지를 취득한 후, 전자관 건립을 위해 설립된 ㅇㅇ종합유통단지전자관사업협동조합(이하 “조합”이라 한다)의 조합원으로 참여하여 청구인의 지분에 해당하는 건축비를 청구인의 대표이사인 ㅇㅇㅇ이 별도로 1구좌를 참여한 관계로 조합비의 부담을 줄이기 위해 ㅇㅇㅇ 명의로 청구인의 지분을 합하여 2구좌분을 완납하였고, 조합은 전체토지상에 1999.12.22. 입주시설용 건축물을 건립하여 2000.4.3. 조합원 각자의 지분으로 소유권보존등기를 하였으며, 청구인이 2000.5.30.에 이건 토지를 매각한 것은 1993.7.22. ㅇㅇ시와 체결한 종합유통단지입주계약 제11조에서 입주시설의 건립이 완공된 이후에는 ㅇㅇ시장의 승인을 받아 양도할 수 있다는 규정에 따른 것으로서, 이는 이건 토지를 매각한 데에 정당한 사유에 해당된다 할 것임에도, 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다. 3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 ㅇㅇ유통단지내 입주시설용 토지를 취득한 후, 5년내 매각한 정당한 사유가 있는지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, ㅇㅇ시세감면조례 제23조제1항제1호에서 ㅇㅇ시가 조성한 ㅇㅇ지구종합유통단지내에 입주하는 입주자가 입주시설을 건립하기 위하여 최초로 취득·등기하는 입주시설용 토지에 대하여는 취득세·등록세를 면제하나, 부동산을 취득한 날부터 3년이내에 정당한 사유없이 입주시설용으로 사용하지 아니하거나 매각하는 경우와 지방세법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지가 된 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 지방세법 제112조 제2항 및 같은법시행령 제84조의4 제1항제2호에서 법인이 토지를 취득한 후 목적사업에 직접 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하지 아니한 토지로서, 취득일부터 5년내에 정당한 사유없이 매각한 토지를 법인의 비업무용 토지로 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우을 보면, 청구인은 1993.7.22. ㅇㅇ시와 ㅇㅇ지구종합유통단지 입주계약을 체결하여 1996.10.31. 이건 토지를 취득한 후, 전자관 건립을 위하여 설립된 조합에 소유지분에 대한 건축비를 ㅇㅇㅇ 명의로 납부하였고, 조합이 전체토지상에 1999.12.22. 입주시설용 건축물의 사용승인을 받아 2000.4.3. 조합원(309명) 연명으로 소유권보존등기(지분등기)를 하였으나, 청구인은 대표이사인 ㅇㅇㅇ 개인명의로 지분등기하였을 뿐만 아니라 2000.5.30. 청구외 ㅇㅇㅇ에게 이건 토지를 매각하였으므로, 처분청은 이건 토지를 법인의 비업무용 토지로 보아 이건 취득세 등을 부과 고지하였음을 관계자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이건 토지를 매각한 것은 ㅇㅇ지구종합유통단지입주계약 제11조에서 입주시설의 건립이 완공된 후에는 ㅇㅇ시장의 승인을 받아 양도할 수 있다는 규정에 따른 것으로 정당한 사유에 해당된다고 주장하고 있으나, 지방세법시행령 제84조의4 제1항제2호에서 법인이 토지를 취득한 후, 목적사업에 2년이상 직접 사용하지 아니하고 정당한 사유없이 취득일부터 5년내에 매각하는 토지는 법인의 비업무용 토지로 보도록 규정하고 있고, 여기서 「정당한 사유」라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유를 말한다(같은 취지의 대법원 판결, 1993.2.26. 92누 8750)할 것이므로, 청구인은 이건 토지를 취득한 후 조합에 납부하여야 할 입주시설 건축비를 청구인의 대표이사인 ㅇㅇㅇ 개인 명의로 납부하였을 뿐만 아니라, 소유권보존등기도 ㅇㅇㅇ으로 등기하였으며, 이건 토지를 ㅇㅇㅇ에게 매각한 점 등을 종합해 보면, 청구인이 이건 토지를 입주시설용으로 직접 사용하지 않은 사실을 분명히 알 수 있고, ㅇㅇ지구종합유통단지입주계약 제11조에서 “분양 받은 토지의 일부나 전부를 목적 이외의 용도로 사용하거나 타인에게 양도 또는 임대할 수 없다. 다만, 입주시설의 건립이 완공된 이후에는 단지관리자로 지정한 자의 승인을 받아 용지를 양도 또는 임대할 수 있다”고 규정하고 있는 것은 입주시설이 완공되기 전에는 처분 또는 임대하는 것을 제한함으로써, 종합유통단지 조성에 원활을 기하고자 함에 그 취지가 있는 것이고, 완공된 후에 단지관리자로 지정한 자의 승인을 받아 양도할 수 있다고 규정한 것은 양수도를 자유롭게 할 수 있도록 규정한데 불과할 뿐 그에 따라 매각하였다 하여 다른 법령에서 규정한 과세면제 요건의 불비나 비업무용 토지 판정에 영향을 미치는 것이 아니므로, 청구인이 입주시설이 완공된 후에 이건 토지를 매각하였다 하여 법인의 비업무용 토지에서 제외되는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수는 없다 하겠으므로, 이건 토지를 매각한 데에 정당한 사유가 있다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2000. 11. 28. 행 정 자 치 부 장 관