이유
1. 처분개요 청구법인은 88.12.19 취득한 경상북도 달성군 논공면 OO리 OOOOOO 공장용지 13,223㎡(약 4,000평, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구법인이 30%, 미국 OOO사(OOOOO OOOOO COMPANY)가 51%, 일본 OOO사(OOOOO OOOOOOOOO CORP.)가 19%의 지분을 소유하고 있는 OOOOO주식회사(이하“합작투자법인”이라 한다)에 평당 300,000원에 양도하기로 89.6.30 합의한후, 89.12.8 지상공장건물을 포함한 양도가액을 5,115,555,214원으로 하여 양도계약을 체결하고, 91.1.19 공장건물을 완공하여 91.7.27 소유권을 이전하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 특수관계에 있는 합작투자법인에게 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정하여 부당행위계산 부인하고 소유권이전 등기일로 부터 6월 이내인 91.6.26 한국감정원이 평가한 감정가액 1,586,760,000원과 위 양도계약서(89.12.8자)상의 양도가액 1,200,000,000원(평당 300,000원×4,000평)과의 차액 386,760,000원을 ’91.1. 1～’91.12.31 사업년도 소득금액에 익금산입하고(특별부가세 과세표준도 경정) ’93.9.28 청구법인에게 법인세 224,564,950원을 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.11.20 심사청구를 거쳐 94.3.3 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 합작투자법인은 세법상으로 청구법인과 특수관계에 있는 자로 분류되지만 청구법인은 30% 지분만 소유하고 있었고 나머지 70% 지분은 외국회사가 소유하고 있었던 합작회사이므로 청구인이 시가보다 저가로 양도할 이유가 없고, 처분청은 소유권 이전시점의 시가를 기준으로 하여 저가 양도하였다고 인정하였으나 저가양도 여부를 판정함에 있어 그 기준시점은 거래가액에 대한 합의가 이루어지는 계약시점으로 하여야 하는바, 쟁점토지의 경우 매매가액 합의일인 ’89.6.30 및 매매계약일인 89.12.8로 부터 6월 이내인 89.11.22의 한국감정원 감정가액이 평당 23만원이고 쟁점토지의 양도가액은 평당 30만원으로써 시가에 미달하게 양도한 것도 아니므로, 특수관계에 있는 자에게 자산을 저가로 양도함으로써 조세를 부당히 감소시킨 것으로 보아 부당행위 계산 부인한 과세처분은 위법 부당하다. 나. 국세청장 의견 (1) 부동산시세가 상승추세에 있었던 시기에 양도하면서 매매계약일 보다 훨씬 이전에 양해각서라는 형식으로 토지가액만 미리 합의한 사실, 양도대금의 지급조건도 계약금 없이 소유권이전등기일에 일괄 지급한 사실등 통상의 거래관행에 비추어 볼 때 특수관계에 있는 합작투자법인에게 이익을 분여할 의도가 있었던 것으로 인정되며, (2) 검인계약서상 매매계약일인 91.5.1 및 소유권이전등기일인 91.7.27로 부터 6월이내인 91.6.26 한국감정원이 평가한 쟁점토지가액 1,586,760,000원(평당(396,690원)이 시가에 해당하는 바, 양도가액 1,200,000,000원(평당 300,000원)은 시가보다 현저히 낮은 가액이므로, 부당행위계산 부인한 과세처분은 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점토지의 거래가 특수관계에 있는 자에게 자산을 시가에 미달하게 양도함으로써 조세를 부당히 감소시킨 경우에 해당하는지 여부를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 (1) 법인세법 제20조 제1항에서 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다 고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제46조 제1항 제3호에서 출자자 등이 총발행주식 또는 총출자지분의 100분의 30이상을 출자하고 있는 다른 법인 을 특수관계 있는 자로 규정하고 있고, 그 제2항 제4호에서 출자자 등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때 를 조세의 부담이 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 로 규정하고 있다. (2) 위 규정은 법인이 세법에서 규정하는 특수관계 있는 자와의 진실한 거래가 있으나, 그 거래가 세법에서 열거한 제반거래형태를 빙자하여 조세법을 남용함으로써 비정상적이고 합리성을 무시하였다고 인정되거나 또 거래가 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보여질 때, 과세권자의 입장에서 객관적으로 타당하다고 보여지는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피 행위를 방지하고자 하는 데 있으며, 이는 실질과세원칙에 그 근거를 두고 있는 것이다(대법원 87누 925, 88.2.9 참조) 다. 쟁점토지 양도경위 청구법인이 제시하고 있는 자료에 의하면 다음과 같은 과정을 거쳐 청구법인이 특수관계에 있는 합작투자법인에게 쟁점토지를 양도한 것으로 나타나 있고, 이에 대해 처분청 및 국세청도 다투지 아니하고 있다. - 88.12.6 합작투자법인인 OOOOO 주식회사를 설립키로 합의서(MEMORANDUM OF UNDERSTANDING)작성 ○ 지분소유비율 : 미국 OOO 51%, 청구법인 30%, 일본 OO 19% ○ 공장부지 확보 : 청구법인이 합당한 가격으로 확보 - 88.12.19 청구법인이 한국토지개발공사로 부터 쟁점토지를 포함한 6,482평 취득(등기부등본 및 토지개발공사 공문) ○ 취득가액 : 369,472,290원(평당 약 57,000원) - 89.3.4 재무부의 외국인투자 인가(재무부의 외국인투자 인가서) - 89.6.30 청구법인이 합작투자법인의 공장부지 약 4,000평을 평당 300,000원에 양도하기로한 내용이 포함된 추가 양해각서(ADDITIONAL MEMORANDUM OF UNDERSTANDING)작성 - 89.8.12 합작투자법인 OOOOO 주식회사 설립(등기부등본) - 89.12.8 청구법인은 쟁점토지를 포함한 부동산을 양도하기로 계약(AGREEMENT FOR SALE OF REAL PROPERTY AND COOPERATION) ○ 양도가액 : 신축예정 공장건물 포함 5,115,555,214원(설계변경 등에 따라 수정가능) ○ 위약시는 위약금 10억원을 지불하기로 약정 - 89.12.20 쟁점토지상에 공장건물 신축공사 착공(준공검사 필증) - 91.1.19 쟁점토지상에 공장건물 준공(준공검사 필증) - 91.2.13 청구법인 명의로 공장건물 소유권 보존등기(등기부 등본) - 91.4.13 쟁점토지 및 공장건물 양도에 대한 경상북도 도지사의 동의(경상북도 공문) - 91.5.1 검인계약서 작성(쟁점토지 및 공장건물) ○ 양도가액 : 5,370,600,000원 - 91.7.27 쟁점토지 및 지상 공장 건물 소유권 이전등기(등기부등본) 라. 거래가액이 시가에 미달하는지 여부를 판정하는 기준시점이 계약시점인지 아니면 소유권 이전등기 시점인지 (1) 위 법령에서 규정하고 있는 부당행위계산부인 적용기준이 되는 시가 라 함은 거래시의 가격을 말하는 것이고 행위 라 함은 당해 법인이 특수관계자 사이에 행한 행위를 말하는 것이므로 이는 통상 거래당사자간의 합의를 의미한다고 해석된다. (2) 부동산거래는 그 대금을 일시에 청산하지 아니하고 일정한 기간동안 계약금, 중도금, 잔금으로 나누어 수수하는 것이 일반적인 상관례이며, 위와같이 거래대금을 계약금, 중도금, 잔금으로 나누어 수수한 경우, 법인세법시행령 제46조 제2항 제4호에서 “자산을 시가에 미달하게 양도한 때”라 함은 거래당사자 간에 그 거래가액에 대한 합의가 이루어 진 때. 즉, 계약 당시를 말한다고 보아야 할 것이다. 이는 민법 제563조 에서 “매매는 당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다”라고 규정하고 있는 바와 같이 계약시점에서 거래가액이 확정되기 때문이다. (국심 93중513, 93.6.17 같은뜻임) (3) 그러므로 처분청이 이 건 거래가액이 시가에 미달하는지 여부를 판정하면서 그 기준시점을 양도계약시점으로 보지 아니하고 소유권이전등기 일자로 본 것은 위 관련법령규정의 법리를 오해한 잘못이 있다고 판단된다. 마. 쟁점토지 매매계약체결일을 89.12.8로 인정할 수 있는지 (1) 청구법인과 미국 OOO사, 일본 OOO사간의 합작투자 관련 업무에 청구법인측의 변호사로 참여한 청구외 OOO 변호사는 쟁점부동산 매매계약이 89.12.8 미국 OOO측 대리인인 OOO법률사무소에서 체결되었다고 당심판소에 확인서를 제출하였고, OOO법률사무소도 당심판소의 심리자료 요구에 대하여 보관중인 쟁점부동산 매매계약서 사본을 제출하였는 바 계약체결일이 89.12.8로 기재되어 있고 이는 청구법인이 제시하고 있는 이건 매매계약서와 동일하다. (2) 청구법인 주장 매매계약일(89.12.8) 이전인 89.8.7 청구법인측의 변호사인 청구외 OOO변호사가 청구법인등 합작투자자들간에 ’89.7.28 작성된 합작투자법인 사전 운영에 관한 합의서(JOINT VENTURE COMPANY PREORGANIZATION AGREEMENT)의 부록(EXHIBIT)들에 대한 수정의견서를 미국 OOO측 변호사(OOOOO OO OOOOOO)에게 송부하고 같은날 그사본을 미국 OOO측 대리인인 OOO법률사무소에 팩시밀리로 송부한 사실이 확인되는 바(수신된 자료의 상단에 수신일시가 ’89.8.7로 표시되어 있음), 위 합의서 제8조(PLANT ESTABLISHMENT)에 쟁점토지의 가액을 평당 300,000원으로 한다고 기재되어 있고 위 합의서의 부록 E(EXHIBIT E)인 이건 매매계약서 초안 제2조(SALE PRICE)에도 쟁점토지의 가액이 평당 300,000원으로 기재된 사실로 미루어 보아 쟁점토지의 매매가액은 ’89.8.7 이전에 합의되었고 매매계약은 ’89.8.7이후에 체결된 사실을 알 수 있으며, (3) 청구법인 주장 매매계약일 이후인 89.12.12 OOO법률사무소가 일본 OOO사에 보낸 서신 내용을 보면, 쟁점토지 매매계약서를 송부한다고 기재되어 있어 매매계약이 89.12.12 이전에 체결된 사실을 알 수 있는 점으로 미루어 볼 때, 매매계약일이 89.12.8이라는 청구법인의 주장이 신빙성이 있다고 판단된다. 바. 이건 거래가액이 시가에 미달하고 경제적 합리성이 결여된 것인지 여부 (1) 시가라 함은 불특정다수인간에 자유로이 거래가 있는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액을 말하는 것(상속세법 기본통칙 38...9 참조)이고, 법인세법시행규칙 제16조의 2 에서 시가가 불분명한 경우에는 감정평가 법인이 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 기준시가로 보도록 규정하고 있다. (2) 이건의 경우 계약당시(89.12.8)의 매매실례가액이 없어 시가가 불분명한 경우에 해당되므로 계약일로 부터 약10일전인 89.11.22을 가격시점으로 하여 한국감정원에서 평가한 감정가액 평당 약 231,406원(㎡당 70,000원)을 위 법령규정에 의거 시가로 보아야 하는바, 쟁점토지의 양도가액은 평당 300,000원으로서 시가로 보는 위 감정가액의 129% 상당액이므로 이건 거래가액이 시가에 미달된다고 할 수 없다. (3) 매매계약일로 부터 6월전에 매매가액을 미리 합의하였고 매매대금을 매매계약일로 부터 1년 7월 지난 소유권 이전시기에 일괄 수수한 것이 일반 거래관행에 비추어 볼 때 일견 경제적 합리성을 무시하고 특수관계자에게 이익을 분여할 의도가 있었던 것으로 보일 수도 있으나, ① 계약체결일 6월전에 미리 매매가액을 미리 합의한 경위를 보면, 89.3.4 재무부의 외국인투자인가에 의하여 외국인투자금액이 4,586,400,000원(6,745,000불 상당)으로, 외국인 투자비율이 70%로 정하여져 합작투자법인의 자본금이 6,552,000,000원으로 확정되었고 당시 지가가 상승하는 추세에 있는 상황하에서, 외국투자사인 미국 OOO사 및 일본 OOO사로서는 비록 합작투자법인 설립등기가 되지 아니하여 매매계약을 체결할 수 는 없을지라도 매매가액은 조속히 확정해둘 필요성이 있었을 것으로 추정되고, 한편 청구법인으로서는 88.12.16 합작투자법인 설립합의서에서 합작투자법인의 일원으로서 공장부지를 적정한 가격에 확보하는 임무를 맡았고 88.12.19 쟁점토지를 평당 57,000원에 취득한 입장에서 취득후 불과 6월만에 취득가액의 5배, 매매가액 합의시점(89. 6.30)으로부터 약2개월전에 평가한 인근토지의 감정가액(평당 약 165,290원)의 1.8배, 당시 기준시가(평당 158,184원)의 1.9배 상당액인 평당 300,000원으로 쟁점토지 양도가액을 미리 합의하자는 외국투자사들의 제의를 받아들여도 손해가 되지 않았을 것으로 인정되는 점을 감안하면, 매매계약일(89.12.8) 약 6월전인 89.6.30에 미리 매매가액을 합의한 것이 통상의 거래와 상이하기는 하지만 이를 특수관계자에게 이익을 분여할 의도에서의 행위로 보이지는 않는다. ② 계약금은 계약의 이행을 담보하기 위한 수단인바, 청구법인은 합작투자법인과 특수관계에 있고, 청구법인의 대표이사가 합작투자법인의 대표이사를 겸직하고 있는 점, 매매계약서 제13조에서 어느 일방의 귀책사유로 인하여 계약이 해지될 경우 10억원(매매계약액의 약 20%)상당의 금액을 손해배상금으로 상대방에게 지급하기로 약정하고 있는 점을 감안할 때, 매매대금의 지급을 계약금 없이 소유권 이전등기시에 일괄 지급하였다 하더라도 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래라고 할 수는 없다. ③ 매매계약일로부터 소유권 이전등기시까지 1년 8월이나 소요된 경위를 살펴보면, 쟁점토지는 공업단지내의 토지로서 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제39조에 의하면 분양받은 공단용지를 처분하고자 할 때에는 임의로 양도할 수 없고 공단관리기관 및 중소기업진흥공단등 유관기관에 양도하도록 규정하고 있어 관리기관 및 유관기관 이외의 자에게 양도하기 위해서는 지상에 공장설립을 완료하여야 하는 바, 청구법인은 ’89.12.8 쟁점토지 양도계약을 체결하고 ’89.12.20 공장건물 신축공사에 착수하여 ’90.8.1에 완공할 계획이었으나 ’90년 당시 건물신축붐이 일어나 인력 및 자재난으로 공사진행이 지연되어 ’91. 1.19에 준공되었고, 준공후에도 소유권 보존등기(91.2.13), 경상북도 도지사의 양도동의(91.4.13)등 행정절차를 거치는데 상당한 시일이 소요되었기 때문에 ’91.7.27에야 청구외 법인에게 소유권이전 등기를 하게 되었음이 청구법인 제시 자료에 의하여 인정된다. 사. 위 사실 및 관련 법령규정을 종합해 볼 때, 청구법인이 특수관계 있는 합작투자법인에게 양도한 쟁점토지의 거래가액은 시가에 미달한 것이라고 보기도 어렵고 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 만한 사유도 찾을 수 없다 할 것이므로 쟁점토지를 시가에 미달하게 양도함으로써 조세를 부당히 감소시킨 경우에 해당된다고 보아 부당행위 계산부인 규정을 적용한 처분은 부당한 것으로 판단된다. 따라서 이건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.