이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1998.12.31. 금융산업구조개선에관한법률에 따라 구ㅇㅇ은행을 흡수합병함에 따라 구ㅇㅇ은행 ㅇㅇ지점인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대지 766.2㎡와 그 지상건축물 933.18㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여 취득세 등을 비과세하였으나, 청구인이 이건 부동산을 1999.6.8. (주)ㅇㅇ은행에 매각한 후 이건 부동산중 토지부분을 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아 그 취득가액(1,464,917,000원)에 지방세법 제112조 제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 146,491,700원, 농어촌특별세 14,649,170원, 합계 161,140,870원을 1999.7.7. 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이건 신고납부한 취득세 등의 환부를 구하면서 그 이유로, 1997년말부터 시작된 IMF사태로 인한 국내 금융시장이 혼란에 빠진 상태에서 정부에서 은행의 경쟁력 강화를 위해 은행간의 합병을 유도함에 따라 구ㅇㅇ은행과 구ㅇㅇ은행이 1998.8.24. 합병계약을 체결(합병기일 : 1998.12.31.)하였고, 이에 따라 1999.1.6. 합병등기를 하였으며, 그후 금융구조개선에관한법률에 따라 예금보험공사는 청구인에게 3조 2,642억원을 출자하여 주는 조건으로 그에 상응하는 구조조정(인원감축, 중복자산 등의 매각 등)을 요구하였으며, 이러한 요구에 따라 청구인과 예금보험공사, 금융감독위원회 3자간에 구조조정 이행약정을 체결하게 되었고, 이러한 약정의 이행을 위해 ㅇㅇ시에 소재하던 구ㅇㅇ은행의 지점과 구ㅇㅇ은행의 지점ㅇㅇ은행 지점으로 사용하던 이건 부동산을 매각하게 되었는 바, 조세특례제한법에서는 청구인과 같은 금융기관이 공적자금 투입조건을 준수하기 위하여 중복자산을 매각하는 경우 특별부가세를 50% 감면하고 있는 점과 합병당시 청구인의 이월결손금이 3조 3,973억원에 달해 재무구조가 극도로 취약한 상태에 공적자금 투입에 따른 정부의 구조조정 요구와 경쟁력 강화를 위해 피합병법인이 23년간 업무용으로 사용하였던 중복자산을 매각한 데에는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 금융기관이 합병후 구조조정을 위해 중복자산을 매각한 경우 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는지 여부에 관한 다툼이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제112조 제2항 본문 및 제6호, 같은법시행령 제84조의4 제1항제2호에서 법인이 토지를 취득한 후 목적사업에 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하지 아니하는 토지로서 취득일부터 5년내에 정당한 사유없이 매각(매매계약이 체결된 경우를 말함)한 토지는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1998.8.24. 합병계약을 체결하면서 금융산업의구조개선에관한법률 및 금융기관의 합병등에대한 인가기준 및 지원사항에 따라 예금보험공사의 지원을 받기위해 정부지원조건 이행각서를 제출하였고, 1998.9.30. 다시 3조2,642억원을 출자받는 조건으로 경영정상화계획서를 제출하였으며, 1999.1.22. 금융감독위원회, 예금보험공사 및 청구인간에 경영정상화계획 이행약정을 체결하였고, 이러한 약정과 1998.12.31. 합병인가를 받을 당시 부대조건으로 제시된 내용의 이행을 위하여 1999.5.9. 이건 부동산을 포함한 업무용 자산 120건 비업무용 자산 16건의 매각하는 자구계획을 승인받고, 같은해 5.24. 이건 부동산에 대해 (주)ㅇㅇ은행과 매매계약을 체결하고 양도한 사실이 제출된 관계 증빙자료에서 입증된다. 이에 대하여 청구인은 이건 부동산을 금융기관의 구조조정을 위하여 매각한 것으로 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 주장하고 있으며, 법인이 토지를 취득한 후 5년 이내에 정당한 사유없이 토지를 매각하는 경우 취득세를 중과하도록 규정한 것은 법인이 고유목적 이외의 토지를 취득·보유함으로 인한 비생산적인 투기의 조장을 방지하고 토지의 효율적인 이용을 꾀하려는데 그 목적이 있다고 할 것으로서, 청구인은 기존에 ㅇㅇ시내에 지점이 있던 상태에서 금융산업구조개선을 위해 청구인이 구ㅇㅇ은행을 흡수합병함에 따라 피합병법인이 1975.6.26.부터 지점으로 사용하고 있었던 이건 부동산을 취득함으로써 지점이 중복되었으며, 청구인이 경영개선을 위한 정부의 공적자금 투입조건과 합병인가를 받을 당시 그 부대조건을 이행하기 위하여 이렇게 불필요하게 된 중복 자산을 매각한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이므로, 청구인이 이건 부동산중 토지부분을 비업무용 토지로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고납부하자 처분청이 이를 수납하여 징수결정한 것은 잘못이 있다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1999. 12. 22. 행 정 자 치 부 장 관