이유
1. 사실

청구법인은 인천직할시 중구 OO동 OOOOOOO에서 부동산임대 및 백화점 도·소매업을 영위하는 사업자로서 청구법인이 운영하는 OOOO 지하2층 판매사실(이하 “쟁정부동산”이라 한다)을 임차희망자와 임대차계약을 체결[계약(임차)기간 : 20년)하고 받은 임대료에 대하여 88 제2기중 세금계산서를 발행 교부하고 부가가치세 238,795,410원을 신고납부하였으나, 이는 착오로 잘못 신고된 사실을 사후에 인지하고

국세기본법 제45조

(과세표준 수정신고)의 규정에 의거 89.7.11 수정신고하였으나 처분청은 청구법인이 발행교부한 세금계산서는

부가가치세법 제9조

(거래시기) 제3항에서 규정하는 공급시기에 정당하게 발행교부한 세금계산서라는 이유로 이는 수정신고(환급)대상이 아니라고 거부통지하자 청구법인은 이에 불복하여 89.11.2 심사청구를 거쳐 90.2.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

청구법인은 88년 제2기중 쟁점부동산을 임차희망자와 임대차계약을 체결하고 받은 임대료 238,795,418원에 대하여 세금계산서를 발행, 교부하고 부가가치세를 신고납부하였는 바, 청구법인이 88년 제2기중 신고한 위 임대료로

부가가치세법 제9조

제2항 및

같은법 시행령 제49조의 2

제3항에 의해 각 과세기간별로 계산한 금액을 과세표준으로 하여 세금계산서를 발행교부하고 부가가치세를 신고하여야 함에도 착오로 위 임대료 전액을 88년 제2기로 신고하여 이를 시정코자

국세기본법 제45조

의 규정에 의거 89.7.11 수정신고하였음에도 처분청은 청구법인이 발행, 교부한 세금계산서는

부가가치세법 제9조

제3항에서 규정하는 공급시기에

같은법 제16조

의 규정에 의하여 정당하게 발행 교부한 세금계산서라는 이유로 수정신고 대상이 아니라고 결과통지한 처분은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

청구법인은 청구법인이 88년 제2기중 발행 교부한 세금계산서중 공급시기 미도래분 238,795,418원에 대하여 감액수정세금계산서를 발행, 교부하고 부가가치세 과세표준 수정시고 하였는 바, 청구법인이 88년 제2기 중 수령한 임대료에 대한 용역의 공급시기는 청구법인이

부가기치세법 제16조

의 규정에 의한 세금계산서를 교부하는 때가 되는 것이므로

부가가치세법 시행령 제59조

의 규정에 의한 수정세금계산서를 발행 교부할 수 없는 것이며 청구법인이 수정세금계산서를 발행, 교부하여 부가가치세 과세표준 수정신고한 것은 정당한 수정신고로 보기 어렵다는 의견이다.

4. 쟁점

이 건 심판청구의 다툼은 청구법인의 88년 제2기분 부가가치세에 대한 과세표준 수정신고가 정당한지 여부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

이 건 다툼이 없는 사실관계를 보면,

청구법인은 쟁점부동산을 임대하기로 하고 다수 임차자아 87.12.5～89.8.23 사이에 임대차기간을 20년으로 하는 계약을 체결하면서 20년간분의 임대료를 계약일로부터 6개월이내에 계약금 1,2,3차 중도금, 잔금등의 형식으로 5차례에 걸쳐 나누어 받기로 하고 88.12.31까지의 임대료영수증분에 대하여 수납시점에서 영수금액에 대하여 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고납부(87년 제2기 확정신고시 21건 공급가액 131,398,400원, 부가가치세 13,139,840원, 88년 제1기 예정 및 확정신고시 공급가액 1,192,730,818, 부가가치세 119,273,083원, 88년 제2기 예정 및 확정신고시 276건 공급가액 2,387,954,071원 부가가치세 238,795,407원, 합계 공급가액 3,712,083,289원, 부가가치세 371,208,330원)하였으나, 청구법인은 그중 88년 2기 예정 및 확정신고분 공급가액 2,387,954,071원, 부가가치세 238,795,407원은 공급시기가 도래하기 전에 착오로 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고납부하였다 하여 89.7.11 동액만큼 감액 수정세금계산서를 발행교부하고 수정신고를 하데 대하여 처분청은 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 발행교부한 경우 공급시기는

부가가치세법 제16조

의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하는 때가 되는 것이므로 당초 신고가 정당하며 수정신고는 부당하다하여 수정신고에 대한 거부통지를 한 사실이 있다.

이에 대하여 청구법인은 88년 제2기중 신고한 임대료는

부가가치세법 제9조

제2항 및 동시행령 제49조의 2 제3항에 의하여 각 과세기간별로 계산한 금액을 과세표준으로 하여 세금계산서를 발행 교부하고 부가가치세를 신고하여야 할 것을 착오로 임대료 수납시 전체 임대차기간(20년) 해당분에 대한 세금계산서를 발행 교부하고 신고하였으므로 이에 대한 수정신고는

국세기본법 제45조

의 규정에 의한 적법한 수정신고이므로 처분청의 거부통지는 부당하다는 주장이다.

따라서 이 건 처분의 쟁점은 청구법인의 수정신고를 적법한 수정신고로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다 하겠다.

먼저 관련 법령규정을 보면,

부가가치세법 제9조

제2항은 “용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화, 시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.” 제3항은 “사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 간이세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다”고 규정하고,

동법시행령 제22조

(용역의 공급시기)에서 “법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다.

2. 완성도 기준지급, 중간지급, 연불 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각부분을 받기로 한 때”(80.12.31 개정)

4. 제49조의 2 제1항(전세 또는 임대보증금의 간주임대료 계산) 및 제3항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일(88.6.9 개정)”로 규정하고 있고 88.6.9 개정전의 규정은 “4. 제49조의 2 제1항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일”로 규정하고 있으며, 또한

동법시행령 제49조의 2

제3항은 “사업자가 2과세기간이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해금액을 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로 한다. 이 경우 월수의 계산에 관하여는

소득세법 시행령 제104조

제2항의 규정을 준용한다”라고 규정하고 있으며, 동법시행령 부칙(88.6.9 대통령령 제12459호) 제4조(부동산 임대용역의 과세표준에 관한 적용례)는 “제49조의 2 제3항의 개정규정은 이영 시행후 최초로 체결되는 임대계약분부터 적용한다”라고 규정하고 있어 통상 임대료를 받고 용역을 장기간 계속적으로 공급하는 경우에는 88.6.9 전에 계약체결분은 전시규정과 같이 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때이며 88.6.9이후 계약체결분은 각 에정신고기간 또는 과세기간의 종료일로 볼 수 있으며, 다만 공급시기가 도래하기 전에 미리 세금계산서를 교부한 때에는 전시규정과 같이 그 때를 공급시기로 보도록 되어있으나 이는 사업자가 사업상의 필요에 따라 공급시기가 도래하기 전에 부득이 세금계산서를 발행하여야 할 경우 공급시기를 선택적으로 적용토록 한 규정으로 해석하여야 할 것으로 판단된다.

또한,

국세기본법 제45조

(과세표준 수정신고) 제1항은 “과세표준 신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 그 개재사항에 누락, 오류가 있는 때에는 다음 각호에 게기하는 기한내에 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 법인세 및 부가가치세의 경우에는 법정신고기한 경과후 6월내로 되어 있고

부가가치세법시행령 제59조

(수정세금계산서)는 “세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는

국세기본법 제45조

제1항 제1호에 규정하는 수정신고기한내에 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생하는 경우에는 그 발생하는 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

한편, 청구인이 수정신고한 88년 제2기 예정 및 확정신고분의 내용을 보면,

첫째, 88.6.9 이전 계약체결분으로서 88.2기 과세기간중에 임대료를 받고 세금계산서를 발행한 85건 공급가액 1,061,898,966원은 임대료를 받기로 한 날도 모두 88년 2기 과세기간중에 도래하고 있어 그 당시 시행되던 전시규정(

부가가치세법시행령 제22조

제2호)에 의하여 이 건 공급시기는 88.2기 과세기간중으로 볼 수 밖에 없으므로 당초 발행된 세금계산서는 정당한 공급시기에 발행 교부된 것이므로 이 경우 수정세금계산서를 발행교부하거나 수정신고의 대상이 될 수 없는 것으로 판단된다.

둘째, 88.6.9 이후 계약체결분으로서 88년 2기 과세기간중에 임대료를 받기로 한 날이 도래하여 임대료를 받고 세금계산서를 발행한 191건 공급가액 1,326,055,105원의 임대기간은 89년이후 해당분임이 청구인이 제출한 계약서등 증빙서류에 의하여 확인되므로 그 공급시기는 전시 관계규정(88.6.9 개정

부가가치세법시행령 제22조

제4호)에 의하여 89년이후 그 예정신고 또는 과세기간종료일이 되나 청구법인은 임대료를 받기로 한 날 또는 받은날 세금계산서를 발행한 것은

부가가치세법 제9조

제3항에 의한 공급시기를 적용받기 위한 의도가 아니고 전시규정 개정으로 임대용역의 공급시기가 변동된 것을 모르고 착오에 의하여 발행한 것으로 판단된다.

따라서 이 경우 청구법인이 그 기재사항에 착오가 발생하여

부가가치세법 제59조

의 규정에 의하여 수정세금계산서를 발행교부하고

국세기본법 제45조

제1항 제1호에 규정하는 수정신고기한내에 수정신고를 한 것은 정당한 신고로 판단된다.

6. 결론

이 건 심판청구 심리결과 청구인의 주장은 일부 이유있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.