이유
1. 처분 개요 가. 처분청은 청구법인이 2009.5.6. OOOOO OO OO 15-8 대지 411.9㎡, 동 소 15-9 대지 103.1㎡, 동 소 15-10 대지 632.3㎡, 동 소 15-29 대지 29.9㎡, 동 소 15-8 위 지상 세멘브럭조 스레트지붕 단층 사무실 59.93㎡, 동 소 15-10, 15-29 위 양 지상 세멘벽돌조 슬래브지 붕 2층 근린생활시설 지하 대피소 20.19㎡, 1층 소매점 213.19㎡, 2층 사무실 128.01㎡ 합계 대지 3필지 1,177.2㎡, 건물 422.04㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 25억원에 승계취득한 후 , 같은 날 취득세 등의 비과세를 신청함에 따라「지방세법」제107 조 및 제127조의 규정에 의한 종교단체가 그 사업에 사용하기 위하 여 취득한 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 하였다. 나. 하지만, 2010.4.16. 처분청의 현지 확인 결과, 이 건 부동산을 취 득일부터 3년 이내에 종교용으로 직접 사용하지 아니하고 임대 한 사실을 확인하고, 이 건 부동산 중 임대면적을 안분 적용하여 산출한 2,369,685,757원을 과세표준으로 하여 취득세 61,706,600원, 농어촌특별 세 6,170,650원, 등록세 62,118,930원, 지방교육세 11,475,900 원, 합계 141,472,080원(가산세 포함)을 2010.7.1. 부과고지 하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.9.15. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 교회신축이라는 고유목적으로 “이 건 부동산”을 매입하였으나 청구인의 의지와는 상관없이 이 건 부동산의 기존 임차인(O OOO OOOO)이 실내 인테리어 비용 등 4억원에 대한 보상 없이 는 토지 인도 및 건물을 명도할 수 없다고 요구함에 따라 기존 임차인의 편의를 고려하여 임대계약을 18개월(2009.5.1 - 2010.10.31.)간 연장한 것 에 불과하므로, 처분청이 청구법인이 임대료 수익을 목적으로 임차인과 임대차 계약을 한 것으로 간주하여 “이 건 부동산”에 고지한 취득세 등의 부과처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 청구법인은 이 건 부동산을 매입시에 임차인 OOO, OOO( 이하 “임차인들”이라 한다)이 2005.3.4.부터 OOOO이라는 상호로 이 건 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하여 음식업을 계속 운영하고 있는 사실을 인지하였고, 청구법인이 이 건 부동산에 대한 매매계약 체결 후 임차인들과 기존의 임대차계약 내 용과는 다르게 임대기간을 24개월에서 18개월로 변경하고, 부동산 임대료도 매월 9백만원에서 매월8백5십만원으로 변경하는 등 2009.5.1.부터 새로운 계약을 체결하여 임대사업을 개시하였으므로 이 건 부동산에 대한 취득세 등의 부과처분은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 종교단체 소유 부동산을 수익사업에 사용 하였는지 여부 나. 관련 법령 (1) 지방세법 제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다. 1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다. 1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 (2) 지방세법 시행령 제78조의2 (수익사업의 범위) ①법 제107조 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 「법인세법」제3조 제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다. ②제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 사업은 수익사업으로 보지 아니한다. 1. 「고등교육법」제4조 의 규정에 의하여 설립된 의과대학등의 부속병원이 경영하는 의료업 2.「 사회복지사업법」에 의하여 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업 제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다. 1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체 (3) 법인세법 제3조 (과세소득의 범위) ③비영리내국법인의 각 사업연도의 소 득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에 서 생기는 소득으로 한다. 1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청의 과세기록과 청구인이 제시한 심리자료 등에 의하면 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 이 건 부동산을 OOO 및 OOO로부터 25억원에 매매계약하여 2008.11.4. 계약일에 계약금 2억원을 지급하고, 2008.12.17. 중도금 4억원을 지급하고, 2009.5.6. 잔금 19억을 지급하여 취득하고,같은 날에 「지방세법」제107조 제1호, 동법 제127조 제1항 제1호에 의한 종교용 부동산으로 취득세 및 등록세를 비과세 받았다. (나) 이 건 부동산의 매도인인 OOO은 2007.4.29. 임차인들과 임대 물건을 이 건 부동산인 건물 120평 및 대지 356평으로 하고, 임대료 는 보증금 2억원에 월세 9백만원을 매월 말일자 지급하는 것으로 하고, 임대기간은 부동산 명도일(2007.4.30.)부터 2009.4.30.(24개월)까지로 하 는 부동산임대차계약을 체결하였고, 청구법인은 2009.5.1. 이 건 부동산의 기존 임차인들과 임대물건을 이 건 부동산의 4개필지 및 건물 전부로 하고, 임대료는 보증금 2억원에 월세 8백5십만원을 매월 말일자 지급하는 것으로 하고, 이 건 부동산의 임대기간은 부동산 명도일(2009.5.1.)부터 2010.10.31.(18개월)까지로 하는 부동산임대차계약서를 체결한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2010.8.10. 임차인들에게 2010.10.31. 임차종료일까지 이 건 부동산의 원상복구 및 명도를 통고하는 동시에, 법무법인 OOO에 이 건 부동산 명도와 관련한 소송위임 계약을 체결하는 등 노력끝에 2010.12.1. 임차인들로부터 이 건 부동산을 명도받은 것으 로 확인된다. (2) 관련 규정을 살펴보면, 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에 의하면 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)의 취득·등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하 고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있다. (3) 또한, 「지방세법」제107조 및 제127조 제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영 리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 “대 통령령이 정하는 수익사업”에 사용하는 경우에는 그 해당부분에 대하 여 정당한 사유 및 일정기간 취득세 등을 부과하지 않는다는 유예기간도 규정하고 있지 않고, "대통령령이 정하는 수익사업"에 「법인세법」제3조 제3항 제1호에서 부동산 임대 등 수익이 발생하는 사업을 비영리내국법인의 과세소득의 범위에 포함하고 있으므로 청구법인이 이 건 부동산에 대한 매매계약 체결 후 잔금지급전인 2009.5.1. 임차인들과 기존의 임대차계약 내용과는 다르게 임대기간을 24개월에서 18개월로 변경하고, 부동산 임대료도 매월 9백만원에서 매월8백5십만 원으로 변경하는 등 2009.5.1.부터 새로운 계약을 체결하여 임대사업 을 개시하였으므로 이 건 부동산 취득 후 수익사업에 사용하지 않았다는 청구인의 주장은 설득력이 없다. (4) 한편, 청구법인은 이 건 부동산의 기존 임차인(OOOO OOOO)이 실내 인테리어 비용 등 4억원에 대한 보상 없이는 토지 인도 및 건물을 명도할 수 없다고 요구함에 따라 기존 임차인의 편의를 고려하여 임대계약을 18개월(2009.5.1 - 2010.10.31.)간 연장한 것에 불과하므로이 건 부동산을 종교용에 사용치 못한 “정당한 사유”가 있다고 주장하나, 부동산 취득시 이미 유예기간 내에 고유업무에 사용할 수 없는 사실상의 장애 사유가 있음을 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고, 실제 그 해소를 위해 노력하여 이를 해소하였는데도 예측치 못한 전혀 다른 사유로 고유업무에 사용치 못하였다 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 외부적 사유는 당해 부동산을 고유업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없는 것(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOOO OO)이므로 이 건 부동산에 대한 청구법인의 정당한 사유도 인정하기 어렵다고 판단된다. 그러므로, 이 건 부동산에 대하여 「지방세법」제107조 및 제127조 제1항의 부과사유에 해당되지 아니한다는 청구법인의 주장은 법리를 오해한 것으로서 이를 받아들이기 어렵다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세 법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.