이유
1. 처분개요 청구인은 전라남도 여천시 OO동 OOO외 6필지 4,229.5㎡(별지내역 참조, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 88.1.12 취득하여 90.11.23 양도하고, 실지거래가액에 의하여 과세표준확정신고를 하면서 쟁점토지의 취득가액은 28,149,000원, 양도가액은 35,000,000원으로 신고하였다. 처분청은 청구인이 신고한 실지거래가액이 확인되지 아니한다 하여 기준시가로 양도차익을 산정하여 96.1.16 청구인에게 90년 귀속분 양도소득세 22,246,180원 및 동 방위세 5,318,200원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.3.11 이의신청, 96.6.1O 심사청구를 거쳐 96.9.1O 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구 주장 (1) 쟁점토지의 취득 및 양도시 실지거래가액을 확인할 수 있는 매매계약서와 거래사실확인서를 첨부하여 신고하였음에도 처분청에서 사실조사 없이 실지거래가액을 부인하고 기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하고, (2) 설사, 기준시가에 의하여 과세한다 하더라도 쟁점토지중 전라남도 여천시 OO동 O 소재 전 623㎡ 및 동소 산 OOOO 소재 임야 942㎡에 대하여 양도당시 여천시장이 고시한 개별공시지가와는 다른 개별공시지가를 적용함은 부당하므로 여천시장이 고시한 개별공시지가를 적용하여 양도차익을 산정하여야 한다. 나. 국세청장 의견 청구인이 쟁점토지를 취득하여 양도할 당시 우리나라의 지가가 급등하던 시기이고, 청구인이 신고한 양도가액은 35,000,000원임에도 검인계약서상의 양도가액은 64,900,000원으로 상이하며 신고한 양도가액은 개별공시지가의 3O.2%에 불과하므로 청구인이 신고한 취득 및 양도시 실지거래가액이 확인되는 것으로 볼 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 (1) 쟁점토지의 취득 및 양도시 실지거래가액이 확인되는지 여부 (2) 쟁점토지의 양도시 개별공시지가적용의 오류가 있는지 여부 나. 쟁점토지의 취득 및 양도시 실지거래가액이 확인되는지 여부에 대하여 (1) 소득세법(95.12.29 법률 제5031호로 개정된 것) 제96조 제1호 및 제9O조 제1항 제1호에 의하면, 토지·건물의 양도소득금액을 계산함에 있어서 양도가액과 취득가액은 양도·취득당시의 기준시가로 하되 당해자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 “대통령령이 정하는 경우”에는 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제166조 (95.12.30 대통령령 제14860호로 개정된 것, 96.1.1 이후 양도소득금액을 결정하는 것부터 적용) 제4항에는 「법 제96조 제1호 단서 및 법 제9O조 제1항 제1호 가목 단서에서 “당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1.～2.(생략) 3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우」로 규정하고 있으며, 같은조 제5항에는 “제4항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제6항의 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다. 1. (생략) 2. 제4항 제3호의 경우 신고는 실지거래가액이 거래증빙등에 의하여 확인되지 아니하는 경우”라고 규정하고 있다. (2) 쟁점부동산의 취득시 실지거래가액에 대하여 청구인은 쟁점토지를 28,149,000원에 취득하였다고 주장하면서 8O.11.1O자 매매계약서를 제시하고 있으나, 동 매매계약서에는 중개인이 없고, 매매대금 거래사실을 입증할 수 있는 증빙이 없으므로 청구인이 제시한 매매계약서만으로는 쟁점토지의 실지취득가액이 확인된 경우에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이다. (3) 쟁점부동산의 양도시 실지거래가액에 대하여 청구인은 쟁점토지를 35,000,000원에 양도하였다고 주장하면서 90.10.23자 매매계약서와 매수인인 청구외 OOO의 확인서만을 제시하고 있을 뿐 매매대금 수수에 관한 신빙성 있는 증빙의 제시가 없고, 또한 청구인이 취득당시부터 양도할 때까지 우리나라의 지가가 급등하고 있었음에도 취득가액의 약124%, 개별공시지가의 약 45%에 불과한 금액으로 양도하였다는 주장은 사실로 인정되지 아니한다 하겠다. (4) 그렇다면, 청구인이 신고한 취득, 양도시의 실지거래가액이 사실로 확인되지 아니한다 할 것이므로 쟁점토지의 양도차익은 기준시가에 의하여 산정함이 타당한 것으로 판단된다. 다. 쟁점토지의 양도차익 산정시 공시지가 적용에 오류가 있었는지 여부 (1) 구소득세법 제60조 (94.12.22 법률 제4803호로 개정되기 전의 것) 및 같은법시행령 제115조 제1항 제1호에 의하면 기준시가의 결정은 국세청장이 지정하는 지역 이외에 소재하는 토지는 시장·군수·구청장이 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(이하 “개별공시지가”라 한다)로 하되, 개별공시지가가 없는 토지에 있어서는 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 재무부령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 한다고 규정하고 있고, 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조 제1항 제6호 및 같은법시행령 제12조 에 의하면 공공용지의 매수 및 토지의 수용·사용, 과세시가표준액의 조정 등의 목적을 위하여 공시지가를 적용하거나 가감조정할 수 있도록 규정하고 있으며, 같은법 제10조의 2 제1항에는 “시장·군수 또는 구청장은 택지소유상한에관한 법률에 의한 초과소유부담금의 부과, 개발이익환수에관한 법률에 의한 개발부담금의 부과 기타 다른 법령이 정하는 목적을 위한 지가산정에 사용하도록 하기 위하여 제12조의 2의 규정에 의한 시·군·구 토지평가위원회의 심의를 거쳐 매년 공시지가의 공시기준일 현재 관할구역안의 개별토지의 단위면적당 가액을 결정·공시하고, 이를 행정기관등에 제공하여야 한다”라고 규정하고 있다. (2) 처분청은 쟁점토지의 양도차익을 산정함에 있어 쟁점토지중 전라남도 여천시 OO동 OOO 소재 전 623㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다) 및 동소 OOOOO OO 소재 임야 942㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)의 양도시의 기준시가(개별공시지가)를 1㎡당 각각 25,000원으로 양도차익을 산정한 사실이 관련자료에 의하여 확인된다. 이에 반하여 당심판소에서 위 토지에 대한 양도시에 적용할 90년도 개별공시지가의 확인요청에 대한 여천시장이 보내온 회신(지적 58323-335, 96.12.3)에 의하면 쟁점①토지의 1㎡당 개별공시지가는 24,000원이고, 쟁점②토지의 1㎡당 개별공시지가는 9,000원으로 확인되고 있다. (3) 위의 사실로 보아 처분청이 양도당시 쟁점①, ②토지의 개별공시지가를 적용함에 있어서 여천시장이 고시한 개별공시지가를 적용하여야 할 것을 착오로 여천시장이 고시한 개별공시지가와는 다른 개별공시지가를 적용하여 이건 양도차익을 산정한 사실이 확인되고 있는 바, 개별공시지가의 결정은 시·군·구청장이 토지평가위원회의 심의를 거쳐 결정하게 되어 있으므로 처분청이 쟁점토지를 관할하는 여천시장이 고시한 개별공시지가와 다른 공시지가를 적용한 것은 부당하므로 처분청은 여천시장이 고시한 개별공시지가를 적용하여 쟁점①, ②토지의 양도차익을 산정하여야 할 것으로 판단된다. 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.