이유
1. 원처분 개요 청구법인은 경기도 이천군 부발읍 OO리 OOOOO에 본점을 둔 법인으로서, 위 소재지에 인쇄물 제조공장 설립을 위하여 공장부지 정지공사를 하고 위 공사에 관련된 부가가치세 매입세액중 28,000,000원은 ’93.1기 부가가치세 확정신고시 매출세액에서 공제받는 매입세액으로 신고하여 환급받고, 11,000,000원은 ’93.2기 부가가치세 예정신고시 환급신청 하였다. 처분청은 청구법인의 위 공장부지 정지공사 관련 매입세액은 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당된다하여 이를 매출세액에서 불공제하는 경정결정을 한다음 ’93.12.1 청구법인에게 ’93.1기 부가가치세 30,800,000원을 고지하고, 같은날 ’93.2기예정 부가가치세 1,100,000원(초과환급 신고세액에 대한 가산세)를 고지하면서 환급신청 부가가치세 11,000,000원을 환급 거부하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 이건 부가가치세 매입세액은 과세사업에 사용할 공장신축 공사에 관련된 매입세액이므로 당연히 공제되어야 하며, 또한 처분청에서 이건 매입세액을 공제 부인하는 근거로 들고 있는 부가가치세법시행령 제60조 제6항(’93.12.31 개정되기전의 것)의 규정은 모법에서 위임이 없는 무효의 규정이므로 이건 매입세액을 매출세액에서 공제 부인함은 부당하다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 청구법인의 공장부지 정지공사비는 토지의 유용성을 증진시키기 위한 토지의 조성을 위한 자본적 지출에 해당되므로 이와 관련된 매입세액을 매출세액에서 불공제한 당초 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 이건 심판청구는 과세사업에 사용할 공장부지 정지공사에 관련된 부가가치세 매입세액이 매출세액에서 공제되는 매입세액인지 여부를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 부가가치세법 제12조 제1항에서 “다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”고 규정하고 그 제12호에서 “토지”를 열거하고 있다. 같은법 제17조 제1항에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위한 사용되었거나 사용할 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 한편, 같은법 제17조 제2항 제4호 (’93.12.31 개정되기전의 것)에서는 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고, 같은법시행령 제60조 제6항에서 “법 제17조 제2항 제4호에서 규정하는 매입세액에는 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하고 있다. 다. 이건 공장부지 정지공사에 관련된 매입세액이 매출세액에서 공제되는 매입세액인지에 대하여 (1) 부가가치세는 사업자가 거래단계에서 창출한 부가가치를 과세객체로 하는 조세이며 우리나라의 현행 부가가치세제는 소위 “전단계 세액공제 방식”을 택하고 있으므로 토지와 같은 생산요소에 대하여 과세하는 경우 거래단계에서 창출된 부가가치에 대하여 완전하게 과세하지 못하고 오히려 생산요소 구입에 대한 최종 소비자의 부담만을 증가시키게 된다. 그러므로 토지와 같은 생산요소는 이와 같은 부가가치세의 기본원리상 면세로 하는 것이며 부가가치세법 제12조 제1항 제12호에서는 위와 같은 취지를 명문으로 규정하고 있는 것이다. 따라서 사업자가 토지를 바탕으로 창출한 부가가치세 면세재화 또는 용역에 관련된 것이든 과세재화 또는 용역에 관련된 것이든 관계없이 토지자체의 공급은 면세이므로 과세사업자가 토지 조성후 당해토지를 양도할 경우에도 부가가치세의 과세대상이 되지 아니하는 것이다. 기업회계기준 제76조에 의하면 고정자산의 내용년수를 연장시키거나 그 가치를 실질적으로 증가시키는 자본적 지출은 당해 고정자산 가액에 가산하도록 규정하고 있는 바, 토지의 조성에 관련된 비용은 토지의 가치를 증가시키는 자본적 지출에 해당되므로 토지가액에 가산하여야 하고 당해토지를 양도하는 때에 취득가액으로 인정하여야 하는 것이다. 만약 부가가치세 과세사업자가 지출한 토지조성비라고 하여 이를 매입세액에서 공제한다면, 당해토지를 양도하는 경우에는 부가가치세법 제12조 제1항 제12호의 규정에 의하여 부가가치세 면제사업자인지 여부에 관계없이 동 토지의 공급은 면세가 되므로 결과적으로 볼 때 부가가치세법상의 영세율을 적용하는 결과가 되어 토지를 면세재화로 규정한 취지에도 모순되는 결과를 초래하게 된다. 그러므로 사업자가 부가가치세 과세대상인 건설용역 등을 제공받아 면세재화인 토지를 조성한 경우에도 동 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하여야 면세제도의 기본원리에 부합되게 되는 것이다. (2) 그런데 이건 공장부지 정지공사는 건물신축에 따른 토지굴착 정도의 기초공사가 아니라 구릉지 형태의 토지를 공장부지로 조성하기 위한 토지의 성토, 절토, 정지공사와 이에 부수된 옹벽구축, 조경공사로서 그 공사비는 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적 지출로 인정되는 바, 처분청이 위 공사비와 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 이건 과세처분은 정당하다고 판단된다. 따라서 이건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.