이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 1999년에 설립되어 통합보안관리솔루션 및 보안관제서비스를 영위하는 법인으로, 2013사업연도에 매출액이 OOO원으로 중소기업의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게(이하 “중소기업 졸업사유”라 한다) 되었으나,「조세특례제한법 시행령」(이하 “조특령”이라 한다) ‘제2조 제2항의 중소기업 졸업사유가 발생한 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다(이하 “유예기간”이라 한다)’는 규정에 따라 2013사업연도부터 2014사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용하여 법인세를 신고하였다. 나. 2014.4.14. 「중소기업법 시행령」(이하 “중기령”이라 한다)이 개정되어 중소기업의 기준이 매출액 OOO원 이하 또는 상시근로자수 300명 미만에서 매출액 OOO원 이하로 완화되었고, 이에 따라 조특령의 중소기업 기준도 동일하게 개정되었는데, 청구법인은 조특령 제2조 제1항을 적용하여 중소기업으로 2015∼2019사업연도 법인세를 신고하였다(<표1>참조). <표1> 청구법인의 중소기업 기준 검토내용 및 신고내역 다. 이후, 청구법인은 2020ㆍ2021사업연도에 매출액이 각 OOO원으로, 중소기업 요건을 충족하지 못하였으나, 유예기간을 재차 적용하여 중소기업으로 법인세를 신고하였다. 라. 처분청은 청구법인이 중소기업 유예기간을 2013ㆍ2014사업연도에 이미 적용받은 바 있음에도 2020ㆍ2021사업연도에 유예기간을 재차 적용한 것으로 보아, 청구법인에게 2022.9.29. 2020ㆍ2021사업연도 법인세 OOO원 및 OOO원을 각 경정·고지하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.11.25. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다)상 중소기업에 관련된 규정들은 중소기업에 관한 기본법인 「중소기업기본법」(이하 “중기법”이라 한다)과 통일적으로 해석하여야 한다. 조특법은 과거부터 현재까지 중소기업의 범위에 관하여 중기법과의 일관성을 유지해왔고, 중기령의 개정취지는 중소기업의 성장여부 등을 파악하여 발전을 장려하는 것이며, 이 취지를 반영하여 조세정책적 혜택을 제공하려는 조특령의 개정취지 등을 고려하면, 조특법과 중기법을 통일적으로 해석하여야 한다. (2) 중소기업 유예기간을 적용받았던 법인도 2015.1.1. 이후에 다시 중소기업에 해당된다면 유예기간을 적용받을 수 있다. 조특령 부칙 제4조의 ‘최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다’란 법의 취지를 고려하여 객관적·문리적으로 해석하면, 2014.12.31. 이전에 중소기업에 해당하지 않게 된 경우가 있는지 여부는 고려하지 아니하고, 2015.1.1. 이후 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우에 한하여 중소기업 유예기간의 규정을 적용하겠다는 것이다. (3) 조특령 부칙 제4조는 조특령 제2조 제2항의 ‘개정된 부분’에만 한정하는 것이 아니고 규정 전체에 대하여 적용하는 것이다. 중소기업의 범위를 대폭 상향조정함으로써 기준이 완전히 달라졌기 때문에 이전에 중소기업 유예기간 규정을 적용받았는지 여부를 묻지 않고 유예기간을 부여하겠다는 중기령의 개정취지, 중기법의 개정취지를 반영한 조특령의 개정취지 등 법률규정은 원칙적으로 문언대로 해석하여야 하는 것인바, 조특령 부칙 제4조의 ‘개정규정’이란 조특령 제2조 제2항의 규정 전체를 의미하는 것으로 보아야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 및 유예 여부는 중기법에 따르는 것이 아니고, 조특법과 그 시행령에 따라 판단하여야 한다. (가) 조특법은 조세정책적 목적에서 중소기업 해당 여부나 유예 여부에 대해 중기법과 달리 그 요건과 범위를 별도로 정하고 있다. (나) 대법원은 중소기업 해당 여부나 그 유예 여부에 대해서는 각각의 법률에 따라 판단(대법원 2015.4.23. 선고 2013두10458 판결)하여야 하고, 중기법의 소관 부처인 중소벤처기업부에서 발간한 책자(알기 쉽게 풀어 쓴 중소기업 범위해설)에서도 그 문답사례를 통해 ‘중기법상 중소기업이더라도 조특법상으로는 중소기업에 해당하지 않을 수 있다’고 기재되어 있다. (2) 중기법에서는 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우, 과거에는 횟수에 제한을 두지 않고 유예기간을 적용해 오던 것을 2014.4.14. 중기령 개정을 통해 2015.1.1. 이후부터는 최초 1회에 한해서만 유예기간을 적용하는 것으로 규제를 강화하기 위해 개정되었고, 조특법에서는 중기령이 개정되기 이전부터 중소기업 유예기간을 최초 1회만 부여해왔다. (가) 중기법 개정 전에는 중소기업이 규모 확대 등으로 범위기준을 벗어날 경우 3년간 중소기업으로 간주(유예기간)하고, 이러한 유예기간은 조특법과는 달리 반복적으로 적용받을 수 있었으나, 유예제도를 반복적으로 향유할 경우 영세기업에 상대적 불이익이 우려되어 제도 취지에 어긋난다는 점을 이유로, 중소기업 유예는 1회로 한정하도록 규제를 강화한 것이지 유예기간 적용을 확대한 것이 아니다. (나) 또한, 대통령령 제26070호로 조특령을 개정한 취지는 중소기업 규모기준 및 관계기업 판정기준을 종전 상시종업원수, 자본금 또는 매출액 기준 등에서 매출액 기준으로 통일하고, 관계기업이 중소기업 졸업기준 등에 해당하는 경우 일반 중소기업과 동일하게 당해 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보도록 개정한 것이다. 위 조특령의 개정취지를 제2조 제2항에 한정하여 보면, 종전에는 관계기업의 경우 실질적인 독립성을 충족하지 못하는 것으로 보아 유예기간을 적용하지 않던 것을 관계기업의 경우에도 비관계기업과 동일하게 유예기간을 적용하도록 개정한 것이고, 관계기업의 경우에도 새로이 유예기간을 적용하도록 개정한 것과 관련하여 개정된 조특령 부칙 제4조를 두어 그 적용시기를 명확하게 한 것이다. (다) 조특법상 중소기업 유예기간 제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우, 조세정책적 고려에서 일정기간 세제혜택을 부여하고자 하는 것(대법원 2016.8.29. 선고 2016두33902 판결)인바, 조특령 제2조 제2항의 유예기간 적용과는 별도로, 중기령의 개정으로 중소기업이 비중소기업으로 변경되는 경우에는 같은 시행령 제2조 제5항 후단에서 유예기간을 적용받을 수 있도록 하고 있으나, 청구법인은 2015년 중기령의 개정으로 인해 중소기업에서 비중소기업으로 변경된 것도 아니므로 <표2>와 같이 조특령 제2조 제5항 후단규정을 적용할 여지도 없다. <표2> 조세특례제한법 시행령 부칙(대통령령 제26070호, 2015.2.3.)| 제4조(중소기업 유예기간 적용에 관한 적용례) 제2조 제2항의 개정규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 경우부터 적용한다. 제25조(중소기업 유예기간 적용에 관한 경과조치) 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 전에 종전의 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 해당하거나 종전의 제2조 제1항 제1호의 기준을 초과한 기업에 대해서는 제2조 제2항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. |
| 구분 | ||
| 업 종 | ?모든 업종 | ?소비성서비스업을 제외한 모든 업종 |
| 주업종 | ?평균매출액이 큰 업종 | ?사업별 사업수입금액이 큰 업종 |
| 규 모 기 준 | ?「중소기업기본법 시행령」 별표1의 업종별 규모기준에 따른 평균매출액 ?자산총액 OOO원 | ?「중소기업기본법 시행령」 별표1의 업종별 규모기준에 따른 매출액 ?자산총액 OOO원 |
| 독립성 기 준 | ?공시대상기업제한기업집단 제외 | ?「중소기업기본법」과 같음 ( 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 제3호) |
| ?자산총액 OOO원 이상인 회사가 30% 이상의 지분을 직ㆍ간접적으로 소유하면서 최다출자자인 회사 제외 | ||
| ?관계기업간에 합산한 평균매출액이 업종별 규모기준을 초과하면 제외 | ?관계기업간에 합산한 매출액이 업종별 규모기준을 초과하면 제외 | |
| 유 예 기 간 | ?사유발생 연도의 다음 연도부터 3년간 중소기업으로 봄(최초 1회에 한함) | ?사유발생 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 봄(최초 1회에 한함) |
| ?유예기간 제외사유 - 중소기업 이외의 기업과의 합병 - 공시대상기업집단 편입 - 이미 유예를 적용받은 적 있는 경우
| ?유예기간 제외사유 - 중소기업 이외의 기업과의 합병 - 유예기간 중인 기업과의 합병 - 독립성 기준 미충족(관계기업은 허용) - 창업일이 속하는 과세연도 종료 후 2년 이내 규모기준 초과 |
| 개정 전 「조세특례제한법 시행령」 | 개정 후 「조세특례제한법 시행령」 |
| 제2조(중소기업의 범위) ① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 (중략) 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. | 제2조(중소기업의 범위) ① 「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 (중략) 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. |
| 1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것 2. 삭제 3. (생략) | 1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것 2. 삭제 3. (생략) |
| ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. (이하 생략) | ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 추가또는 제3호( 「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)*의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. (이하 생략)
*관계기업이 속하는 기업의 경우에는 제7조의4관계기업의 평균매출액등의 산정에 따라 산정한 평균매출액등이 별표1의 기준에 맞지 아니하는 기업 |
| Q 중소기업 범위기준은 모든 법령에서 동일하게 적용하나요?
중소기업기본법에 따른 중소기업 범위는 대부분의 타 법령에서 준용하여 사용하고 있으나, 일부 법령에서는 그 법에 맞게 중소기업 범위를 별도로 규정하는 경우도 있습니다. 대표적인 사례가 조세특례제한법과 중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률이며, 중소기업기본법 상 중소기업이더라도 조세특례제한법 상으로는 중소기업에 해당하지 않아서 세제혜택을 받지 못하는 경우가 있으며, ((후략)) |
| Q 한번 유예기간을 부여받았던 기업이 중소기업이 되었다가 다시 규모가 확대되어 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 다시 유예기간을 받을 수 있나요?
☞ 현행 규정은 대기업이 규모의 축소로 중소기업으로 된 후 다시 중소기업 범위를 벗어나면 또다시 3년의 유예기간이 주어집니다.((후략))
[Tip] 조세특례제한법에서는 유예기간을 최초 1회만 부여하고 있습니다. 따라서 이미 유예기간을 1회 받았던 기업이 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 중소기업기본법상 유예기간 중이라도 세법상에서는 유예기간이 적용되지 않습니다. |
| 해당업종 | 분류기호 | 규모 기준 |
| 출판, 영상, 방송통신 및 정보서비스업 | J | 상시 근로자 수 300명 미만 또는 매출액 300억원 이하 |
| 해당 기업의 주된 업종 | 분류기호 | 규모 기준 |
| 출판, 영상, 방송통신 및 정보서비스업 | J | 평균매출액등 800억원 이하 |