이유
1. 사실

청구인은 서울특별시 성동구 OO동 OOO O에 주소를 둔 사람으로, 같은시 강동구 O동 OOOO OO등 18필지 소재 대지 또는 전 6,153평방미터(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1977.10.13과 1982.5.7 및 1982.6.3 3회에 걸쳐 취득하여 이중 같은동 OOOO OO 등 15필지 소재 대지 또는 전 5,585평방미터에 대해서는 1983년중에 양도하고, 나머지인 같은동 OOOO OOO 등 3필지 소재 대지 568평방미터에 대해서는 1984년중에 양도한 후, 1983년 양도분중 같은동 OOOO OOO 등 3필지 소재 대지 537평방미터에 대해서는 1984.5.31에 소득세 확정신고를 함과 동시에

조세감면규제법 제63조

제3항 및

동법시행령 제51조

제5항 단서의 규정에 의해 건축용 토지세액 환급신청을 하여 청구인이 신고한 자진납부할 세액(15,188,138원)에서 당해 환급세액상당액(7,594,069원)을 공제하고 잔액(7,594,069원)을 자진납부하였고, 1984년 양도분 전부에 대해 1985.5.31에 소득세 확정신고를 하면서 그중 같은동 OOOO OOO 등 2필지 소재 대지 369평방미터에 대해서는 건축용토지세액 환급신청을 하여 청구인이 신고한 자진납부할 세액(18,284,018원)에서 당해 환급세액상당액(5,939,086원)을 공제하고 잔액(12,344,932원)을 자진납부하였는 바,

이에 대하여 처분청은 1983년 양도분중 비건축용 토지에 대해서는 1983년 12월 취득 및 양도가액을 기준시가에 의해 결정하여 과세미달로 예정결정하였고, 1983년 양도분중 건축용 토지와 1984년 양도분에 대해서는 예정 및 확정결정을 하지 아니한 상태로 미루어 오다가 1988.11.1에 이르러 재산제세조사사무처리규정(국세청 훈령 제888호, 1982.10.4) 제72조 제3항 제5호에 의거 청구인의 쟁점토지 양도를 투기거래로 보아 조사 확인한 실지거래가액에 의해 이 건 양도소득세를 경정 또는 결정하면서 건축용 토지세액환급분을 공제하지 아니하고 1983년도분 양도소득세 72,541,970원 및 동방위세 14,508,390원, 1984년도분 양도소득세 116,588,310원 및 동방위세 19,257,720원을 결정고지함에 따라 이에 불복하여 심사청구를 거쳐 1989.4.18 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

청구인은 처분청에서는 청구인의 1983년 및 1984년분 쟁점토지 양도에 대해 당초 투기거래가 아닌 것으로 보아 기준시가에 의해 취득 및 양도가액을 결정하였다가 1988년에 이르러 이를 투기거래로 간주하여 실지거래가액 또는 환산가액에 의해 결정하였는바, 이는

국세기본법 제18조

의 과세형평 및 세법적용의 일관성을 상실한 위법·부당한 처분이므로

소득세법 제23조

4항 및 제45조 제1항 제1호의 규정에 의해 취득 및 양도가액을 기준시가에 의해 결정하여야 하고(이하 “청구1”이라 한다), 쟁점토지중 건축용토지 세액 환급신청분에 대해서는 당해토지 양도소득세중 50퍼센트는 감면되어야 한다(이하 “청구2”라 한다)는 주장이다.

3. 국세청장 의견

이에 대하여 국세청장은, 청구“1”의 경우 서울지방국세청의 부동산 거래특별조사시

소득세법 시행령 제170조

제4항 제2호 및 재산제세조사사무처리규정(국세청 훈령 제888호, 82.10.4) 제72조 제3항 제5호의 규정에 의해 청구인의 쟁점토지 양도에 대해 이를 투기거래로 보고, 취득가액·양도가액을

소득세법 시행령 제170조

제1항의 규정에 의해 실지거래가액 또는 환산가액으로 결정한 당초처분은 정당하고,

청구“2”의 경우 이 건 건축용 토지에 대한 양도소득세 감면은 사후 환급에 의해 감면되는 것이므로 쟁점토지 양도소득세 결정시 건축용토지에 대한 세액감면을 배제한 당초처분 역시 정당하다는 의견이다.

4. 쟁 점

따라서 이 건 심판청OO 쟁점은 청구“1”의 경우 기준시가에 의해 양도소득세를 결정하였던 자산양도에 대해 그후에 이를 투기거래로 보아 조사확인한 실지거래가액에 의해 경정할 수 있는지의 여부를,

청구“2”에 있어서는 건축용 토지 양도일이 속하는 과세연도분의 소득세 확정신고기한 전에 당해 토지 취득자가 그 토지위에 건물을 준공하고, 당해 토지 양도인이 양도소득세 확정신고를 함과 동시에 건축용 토지 신청을 하여 자진납부할 당해 토지 양도소득세를 결정하는 경우, 당해 토지 양도소득세중 50퍼센트를 건축용 토지에 대한 환급세액으로서 감면세액으로 보아 이를 공제하고 결정할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

가. 청구 “1”에 대하여

청구인은, 처분청에서 청구인의 쟁점토지 양도에 대해 당초 투기거래가 아닌 것으로 보아 양도소득세를 기준시가에 의해 결정하였다가 몇 년이 지난 후에 이를 투기거래로 보아 실지거래가액에 의해 경정함은 부당하다고 주장하고 있는 바, 이에 대해 살펴보면,

소득세법 제127조

(과세표준과 세액의 경정결정)를 보면 「과세표준신고결정과 실지조사결정, 서면조사결정 및 추계조사결정방법에 의해 과세표준과 세액을 결정할 수 없거나 결정 후 그 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때등의 경우에는 정부는 즉시 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정 또는 경정한다」고 규정되어 있고,

동법 시행령 제170조

제4항 제2호 및 양도당시 시행된 재산제세조사사무처리규정(국세청 훈령 제888호, 1982.10.4) 제72조 제3항 제5를 보면, 「국세청장, 지방국세청장 및 세무서장의 부동산거래특별조사나 관계기관의 조사로 투기거래로 판명된 거래로서 실지거래가액이 확인된 경우」에는 실지거래가액에 의해 양도소득세를 결정하도록 규정되어 있는 바, 서울지방국세청의 부동산거래 특별조사에 의해 투기거래로 판명된 이 건의 경우 위 법규에 근거하여 조사·확인한 실지거래가액에 의해 양도소득세를 부과한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

나. 청구 “2”에 대하여

청구인은 쟁점토지중 건축용 토지세액환급신청분에 대해서는 당해 토지 양도소득세중 50퍼센트는 감면되어야 한다고 주장하고 있는 바, 먼저 이 건 사실관계를 살피건대, 처분청에서 제출한 청구인의 1983년 및 1984년 소득세 확정신고서 및 건축용 토지세액환급신청서(건축물 관리대장 포함)를 보면, 1983.11.2에 양도한 서울특별시 강동구 O동 OOOO OOO 소재 대지의 경우 1984.1.7에, 1983.11.25에 양도한 같은동 OOOO OOO 소재 대지의 경우 1983.12.24에, 1983.11.25에 양도한 같은동 OOOO OOO 소재 대지의 경우 1983.12.23에, 1984.1.7 양도한 같은동 OOOO OOO 소재 대지의 경우 1983.12.26(청구인은 토지양도일 이전에 건물이 준공된 것은 잔금수령전에 대지사용승락을 해주었기 때문이라고 진술하고 있음)에, 그리고 1984.1.11 양도한 같은동 OOOO OOO 소재 대지의 경우 1984.2.16에 토지취득자가 각각 당해 토지위에 건물을 준공한 것으로 되어 있고, 청구인은 1983년 양도분중 건축용 토지와 1984년 양도분에 대해 각각 소득세 확정신고를 함과 동시에 건축용 토지세액환급신청(1984년 양도분의 경우 양도토지 3필지중 2필지에 대해서만 환급신청하였음)을 하여 청구인이 신고한 자진납부할 세액에서 당해 환급세액상당액을 공제하고 잔액을 자진납부한 것으로 되어 있다.

다음으로 이 건 법률관계를 살펴보면, 쟁점토지의 양도당시 시행되던

구조세감면규제법 제63조

제1항 및

동법시행령 제51조

제3항에 「내국인이 건축물의 건축용지로 토지를 양도하는 경우에 이를 취득한 자가 3년내에 그 건축물을 건축한 때에는 당해 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 금액을 그 토지를 양도한 자에게 환급한다」고 규정되어 있고,

동법 제63조

제3항 및

동법시행령 제51조

제5항에 「건축용 토지에 대한 양도소득세 면제는 양도자가 건물이 준공된 날로부터 3월이내에 신청하는 경우에 한하여 이를 적용하되, 양도일이 속하는 과세년도분의 과세표준신고기한전에 준공된 경우에는 당해 과세표준신고기한내에 환급신청서를 제출할 수 있다」고 규정되어 있는 바,

조세감면규제법 시행령 제51조

제5항에 규정하는 건축용 토지세액환급에 있어서 양도소득세에 대한 소득세액결정전에 동 환급신청이 있는 경우에는 환급금상당세액을 공제하고 그 차액만을 결정고지함이 타당하다(동지 대법원 83누346, 1984.1.24 및 소득세기본통칙 4-2-30...78의 3)고 판단되므로 1983년 및 1984년 양도분중 건축용 토지에 대해 처분청에서 양도소득세를 결정하기 전에 소득세 확정신고를 함과 동시에 건축용 토지세액 환급신청을 한 이 건의 경우 당해 환급금 상당세액을 공제하지 아니하고 양도소득세를 결정고지한 이 건 처분은 위법 부당하다 할 것이고, 건축용 토지세액환급금 상당세액은 세율별로 당해 연도의 양도소득세 결정세액에 건축용토지양도소득금액이 당해 연도 양도소득금액 합계액에서 차지하는 비율을 곱한 금액의 100분의 50으로 계산함이 타당하다(동지 소득세기본통칙 4-2-29...78의 3)할 것이다.

6. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유 있다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.