이유
1. 처분 개요

청구법인은 철강재를 생산하는 법인으로서 새로운 공장부지의 조성을 위해 충청남도 당진군 송악면 OO리에 공유수면매립허가를 받아 동 매립을 위한 도급계약을 청구외 (주)OO와 체결하고 기성고에 따라 지급한 공사대금에 대한 세금계산서를 수취하여 동 세금계산서상의 부가가치세 매입세액 93년 2기 확정분 1,314,180,000원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 매출세액에서 불공제하여 법소정의 신고기한내에 신고하였다가, 94.7.25 동 매입세액을 다시 공제하는 것으로 하여 동 기간의 부가가치세 수정신고를 하였다.

처분청은 청구법인이 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하고 동 세액을 환급세액으로 수정신고한데 대하여 동 세액은 토지조성 등을 위한 자본적지불에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제할 수 없고 따라서 환급불가하다는 뜻을 94.9.30 청구법인에게 통지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.10.10 심사청구를 거쳐 94.12.22 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

토지조성을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액은 조성된 토지의 용도가 과세사업인지 면세사업인지에 관계없이 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정한

부가가치세법 시행령 제60조

제6항은 면세사업에 관련된 매입세액에 한하여 불공제하도록 규정한

동법 제17조

제2항 제4호의 위임의 한계를 벗어난 위법한 규정이므로 과세사업인 철근제조업을 영위하기 위한 공장부지조성공사와 관련된 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견

부가가치세가 면제되는 재화인 토지와 관련한 지출에 대해서는 매입세액을 공제하지 아니하고 이를 취득원가로 계상하여야 한다는 뜻을 명확히 하기 위해 위

부가가치세법 제60조

제6항을 개정한 입법취지에 비추어 볼 때 공장부지조성과 관련된 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 이 건 과세처분에는 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 공장부지조성을 위한 공유수면매립공사와 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 93.12.31 개정되기 전

부가가치세법 제17조

제2항 제4호에서 “제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고 같은날 개정되기 전의

동법 시행령 제60조

제6항에서는 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성등을 위한 자본적지출도 포함한다”고 규정하고 있다.

다. 청구법인은 철강재 생산공장부지의 조성을 위하여 공유수면을 매립하고 있으며 동 매립공사에 관련된 쟁점매입세액이 “토지의 조성등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액”임에는 다툼이 없고, 다만 위

부가가치세법 시행령 제60조

제6항의 규정이 면세사업에 관련된 매입세액만을 매출세액에서 공제하지 않도록 한

동법 제17조

제2항 제4호의 규정의 위임범위를 벗어난 위법한 규정이므로 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다는 것이 청구법인의 주장이나,

1) 전시 구

부가가치세법 제17조

제2항 제4호에서 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정한 것은 부가가치세법 상 사업자가 부가가치세 과세대상인 재화 또는 용역을 공급하는 경우에만 부가가치세가 부과될 뿐 이러한 사업자가 과세재화가 아닌

동법 제12조

에서 열거된 면세재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 동 면세재화 또는 용역의 공급에 대해 부가가치세가 부과되지 아니하므로 이에 대응되는 매입세액 또한 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이 과세재화 또는 용역과 면세재화 또는 용역을 구분한 부가가치세법의 체계와 합치되기 때문이라 하겠다.

2) 위와 같이 부가가치세법 체계상 면세재화 또는 용역에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다는 점에 비추어 볼 때 구

부가가치세법 시행령 제60조

제6항이 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 포함한다”라고 규정한 것은 토지의 조성등을 위한 자본적지출은 면세재화인 토지의 원가를 구성하고 이의 매입세액은 면세재화와 관련된 매입세액이 되므로 이는 매출세액에서 공제되지 아니한다는 점을 밝히기 위한 규정이라고 해석되고, 이를 더욱 명백히 한 것이 93.12.31 개정된

부가가치세법 제17조

제1항 제4호라 하겠다.

3) 그러하다면 청구법인이 철강재 공장부지를 조성하기 위하여 지출한 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이 타당하다고 판단된다.