이유
1. 원처분 개요

청구인 OOO외 3인(이하 “청구인들”이라 한다)은 90.8.16 서울특별시 도봉구 O동 OOOOOO 대지 562㎡를 취득한 후 91.9.27 동 지상에 근린생활시설 2,658㎡(지하 2층 지상 6층, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 분양하면서 분양계약서상 분양가액 중 토지 및 건물가액을 토지 취득가액(800,000,000원)과 건물공사도급가액(1,485,000,000원)의 비율(토지가액:건물가액 = 45%:65%)에 따라 안분계산하여 구분하고 계약금 등을 수령할 때 마다 건물공급에 대한 부가가치세를 징수하고 세금계산서를 교부한 후 부가가치세를 신고·납부하였다.

처분청은 쟁점부동산중 OOO협동조합에게 분양가액 850,000,000원에 분양한 1층점포(이하 “쟁점점포”라 한다)를 제외한 점포는 준공후 분양하였으므로 분양가액중 토지·건물가액의 구분이 확인된다고 보아 건물공급분에 대한 부가가치세를 당초 신고내용대로 인정하고, 쟁점점포는 준공전에 분양하였으므로 분양가액중 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당된다고 보고 쟁점점포 분양가액을 지방세법상 토지·건물 과세시가표준액에 따라 안분계산하여 건물공급가액을 산출한 후 이에 대하여 93.9.11 청구인들에게 91년 제2기 과세기간분 부가가치세 24,253,080원을 과세하였다.

청구인들은 이에 불복하여 93.11.3 심사청구를 거쳐 94.2.12 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

청구인들은 쟁점점포 분양가액중 토지·건물가액을 토지취득가액과 건물공사도급액의 비율에 따라 안분계산하여 구분하였으므로 이는 건물 준공전에 분양한 경우의 합리적인 토지 및 건물가액의 산출방법이고 이에 의거 산출된 토지 및 건물가액은 실질적인 실지거래가액이라 할 수 있으며 이에 따라 세금계산서까지 발행교부하고 부가가치세를 신고 납부한 후 비치 기장한 장부에 의하여 종합소득세 실지조사결정을 받은 이 건의 경우는 토지 및 건물의 가액이 구분되어 토지와 건물의 실지거래가액이 확인되는 경우임에도 불구하고 처분청은 단지 건물 준공전에 쟁점점포를 분양하였다는 사실만 가지고 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보고 건물공급가액을 지방세법상 과세시가표준액에 따라 안분계산 하여 과세한 것은 부당하다는 주장이다.

국세청장은 이 건의 경우는 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 건물신축중에 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우이므로

부가가치세법시행령 제48조의2

제4항 제2호 및 제3항 본문을 적용할 수 없는 건물실지거래가액이 불분명한 경우이고, 청구인들이 면세(토지)와 과세(건물) 공급분을 구분한 후 과세분 공급에 대하여 세금계산서를 발행하였다 하더라도 실지거래가액이 불분명한 경우라 할 것이므로 처분청이 준공검사일 이전에 분양한 쟁점점포에 대하여 건물 실지거래가액이 불분명한 경우로 보아 분양가액을 지방세법상 과세시가 표준액으로 안분계산한 건물가액을 건물공급가액으로 보고 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은 쟁점점포 분양가액중 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명하다고 보아 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 건물가액을 안분계산하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

①

부가가치세법시행령 제48조의2

제3항의 규정에서 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 한다고 규정하고 있고

같은조 제4항 제2호(90.12.31 신설된 것)의 규정에서는 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액, 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 안분계산한 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다고 규정하고 있다.

② 위 규정은 건물공급에 대한 부가가치세 과세표준은 원칙적으로 실지거래가액에 의하고, 다만 그 가액의 구분이 불분명한 경우에 한하여 예외적으로 지방세법상 과세시가표준액에 따라 안분계산할 수 있는 것임을 규정한 것이고 이때 실지거래가액이라 함은 납세자가 비치하고 있는 장부나 증빙서류에 의하여 확인될 수 있는 합리적인 가격을 의미하는 것으로 해석되며 이를 분명하게 하기 위하여 90.12.31 같은법 같은조 제4항을 신설하여 입법화한 것으로 보아야 할 것이다(국심 91서2294, 92.2.27 같은뜻임).

다. 위 다툼에 대하여 본다.

첫째, 청구인들이 쟁점점포에 대한 매매계약을 체결하면서 작성한 매매계약서를 보면 매매대금 850,000,000원중 토지·건물가액을 토지취득금액(800,000,000원)과 건물신축예정금액(1,485,000,000원)의 비율(토지:건물=45%:65%)에 따라 안분계산하여 매매대금 850,000,000원(부가가치세 별도)중 토지가액 297,500,000원, 건물가액 552,500,000원으로 구분표시하였음을 알 수 있고 계약금, 잔금 수령시 건물공급가액에 대한 부가가치세를 각각 징수하고 세금계산서를 교부한 후 이를 장부에 기장하고 부가가치세를 신고·납부하였음이 청구인이 제시한 세금계산서와 부가가치세신고서에 의하여 확인되고 있으며 또한 위의 사실에 대하여는 서로 다툼이 없다.

둘째, 토지취득과 동시에 건물신축도급계약을 체결하고 즉시 분양계약을 체결하는 현행 건물분양의 특성과 분양 후 계약금, 중도금 수령시마다 건물가액에 대한 세금계산서를 교부, 신고·납부하여야 하는 부득이한 사정등을 종합하여 볼 때, 청구인들이 쟁점점포 실지분양가액중 토지 및 건물가액의 산출시 토지가액은 분양당시의 취득가액에 의거, 건물가액은 신축예정가액에 의거 안분계산하였으므로, 이는 분양당시로서는 합리적인 토지 및 건물가액의 산출방법이며, 이에 의거 산출된 토지 및 건물가액은 당초 분양시의 분양가액과 마찬가지로 실질적인 실지거래가액으로 볼 수 있으며, 이에 따라 세금계산서까지 교부, 신고·납부한 이 건의 경우는 토지 및 건물가액에 대한 실지거래가액이 구분되는 경우임에도 불구하고 처분청이 단순히 쟁점부동산중 쟁점점포는 준공전에 분양되었으므로 분양계약일 현재 건물에 대한 장부가액이 있다고 보기 어렵다는 이유로 쟁점점포 분양가액중 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보고 지방세법상의 과세시가표준액으로 안분계산하여 산출된 건물가액을 건물공급가액으로 보아 과세한 것은 잘못된 것으로 판단된다(국심 90서2514, 91.4.10 같은뜻임).

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.