이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.12.7. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지에 종합유통시설용 건축물 82.344.45㎡(이하 이 사건 건축물 이라 한다)를 신축한 데 대하여 구 지방세법(1999.12.28. 법률 제5615호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제266조 제3항 내지 제4항과 ㅇㅇ시세조례 제18조 및 제25조의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 감면(구판사업시설은 75%, 회원공동이용시설사업 및 신용사업시설은 50% 감면)하였으나, 청구인이 2000.10.31. 이 사건 건축물을 ㅇㅇ자동차주식회사에 매각한 다음, 이미 감면 받은 취득세 1,512,904,410원, 농어촌특별세 151,290,430원, 등록세 605,161,760원, 교육세 121,032,350원, 합계 2,390,388,950원을 신고납부하자, 처분청에서는 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당초 목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 2000.11.30. 이를 수납하여 징수 결정하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로, 청구인은 ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 특별법인으로서 이 사건 건축물을 구판사업 등에 직접 사용하기 위하여 취득하였으나, 정부의 공공부문 구조조정계획에 따라 3개 ㅇㅇ조합중앙회(ㅇㅇ조합중앙회·ㅇㅇ조합중앙회·ㅇㅇ조합중앙회)가 1999.9.7. 제정 공포된 ㅇㅇ조합법에 의하여 ㅇㅇ조합중앙회로 통합되면서 기존 조직의 감축 및 보유자산 중 기능이 중복되는 자산을 정리하는 구조조정계획에 의하여 이 사건 건축물을 매각하였으므로 정당한 사유가 있다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 구판사업 등 목적사업에 사용하기 위하여 신축 취득한 이 사건 건축물을 취득일부터 1년 이내에 매각한 정당한 사유가 있는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법 제266조 제3항, ㅇㅇ 시세조례 제18조 및 제25조에서 ㅇㅇ조합중앙회가 구판사업(구매·판매·보관·가공·무역·생산·검사·농어민교육시설용, 이하 구판사업 이라 한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 75을 경감하지만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 구판사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있고, 구 지방세법 제266조 제4항에서 ㅇㅇ조합중앙회가 회원의 지도·지원사업 및 공동이용시설사업과 신용사업(이하 신용사업사업 이라 한다)에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세의 100분의 50을 경감하지만, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 신용사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 경감된 취득세 및 등록세를 추징하도록 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 1999.12.7. 종합유통시설인 이 사건 건축물을 신축한 데 대하여 구 지방세법 제266조 제3항 내지 제4항과 ㅇㅇ시세조례 제18조 및 제25조의 규정에 의하여 취득세 및 등록세를 감면하였으나, 청구인이 2000.10.31. 이 사건 건축물을 ㅇㅇ자동차주식회사에 매각한 다음, 감면 받은 취득세 등을 신고납부하자, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 구판사업 및 신용사업 등에 사용하지 아니한 것으로 보아 2000.11.30. 이를 수납하여 징수 결정한 사실을 제출된 관계자료에서 확인할 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 건축물을 구판사업 및 신용사업 등에 직접 사용하기 위하여 신축 취득하였으나, 정부의 공공부문 구조조정계획에 따라 3개 협동조합중앙회(ㅇㅇ조합중앙회·ㅇㅇ조합중앙회·ㅇㅇ조합중앙회)가 1999.9.7. 제정 공포된 ㅇㅇ조합법에 의하여 ㅇㅇ조합중앙회로 통합되면서 기존 조직의 감축 및 보유자산 중 기능이 중복되는 자산을 정리하는 구조조정계획에 의하여 이 사건 건축물을 매각하였으므로 정당한 사유가 있다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 현재의 ㅇㅇ조합법은 ㅇㅇ부에서 1998.4.13. ㅇㅇ단체대표와 전문가 20명으로 구성·운영한 「협동조합개혁위원회」에서 3개월에 걸친 토론 끝에 중앙회 통합 등 구조조정방안을 정부에 건의함에 따라 ㅇㅇ부에서는 ㅇ·ㅇ·ㅇ·ㅇ협 4개 협동조합 중앙회장에게 공동개혁안을 마련토록 요청하였으나, 4개 협동조합중앙회장은 조직체제에 대한 단일 공동개혁안을 마련하지 못하고, 1999.2.23. 협의 결렬을 공식 선언함에 따라 정부에서는 1999.3.8. 협동조합에 대한 정부개혁시안을 발표한 다음,「협동조합개혁추진위원회」를 설치하여 각계각층의 의견 수렴을 거쳐 ㅇㅇ조합법안을 입법예고(1999.4.19.부터 5.8.까지)하고, 1999.6.8. 정부안을 확정하여 국회에 제출하였고, 1999.8.13. 국회에서 의결되어 1997.9.7. 법률 제6018호로 공포되었으며, 위 법률에 의하여「ㅇㅇ조합중앙회설립위원회」가 설치되어 폐지된 3개 중앙회(ㅇㅇ조합중앙회·ㅇㅇ조합중앙회·ㅇㅇ조합중앙회)의 해산과 중앙회의 설립에 관한 사무를 처리하였으며, 청구인은 2000.4.17. ㅇㅇ부장관의 인가로 설립되어「ㅇㅇ조합중앙회설립위원회」로부터 모든 업무를 인수받았음을 알 수 있다. 한편, 2000.7.10. ㅇㅇ부에서 청와대에 보고한「농정현안보고」에 의하면, 이 사건 건축물은 청구인이「ㅇㅇ조합중앙회설립위원회」로부터 모든 업무를 인수받기 전부터「ㅇㅇ조합중앙회설립위원회」에서 조기에 매각하는 것으로 결정되어 있었고, ㅇㅇ부에서도 청구인의 조직과 기능을 지속적으로 슬림화 하기 위해 잉여인력 1,000명을 감축하고 사료공장 및 우유가공공장 등은 최단기간내에 일선조합으로 이관하면서 물류센터·판매장 등은 농축산물을 공동판매 하는 전국권 유통망으로 통합 정비하고, 도시계획법상 유통시설로 한정되어 매각에 어려움을 겪고 있는 이 사건 건축물을 ㅇㅇ시와 완화방안을 협의하여 조기 매각하고 그 매각대금을 일선조합의 활성화 자금으로 활용하도록 하였으며, 2000.10.9. ㅇㅇ부에서 발표된「제2단계협동조합개혁추진계획」에서도 이 사건 건축물을 조기에 매각하여 그 매각대금으로 일선조합의 경영 정상화 지원 및 조합원의 실익사업 확대 지원자금으로 활용하기 위하여 매각 전담 부서를 두고 외국부동산회사와 매각을 협의하고 한국감정원과 유휴 부동산 처분 관리업무 협약 체결을 추진하도록 계획되어 있는 등 정부에서 협동조합 구조조정계획의 일환으로 이 사건 건축물의 매각을 지속적으로 추진하였음을 알 수 있다. 청구인은 위와 같은 사정에 의하여 구 ㅇㅇ조합중앙회가 ㅇㅇ물유통구조를 개선하여 농민의 소득을 증대시키기 위한 사업의 일환으로 1988년부터 지난 10년간 심혈을 기울여 신축한 종합유통시설인 이 사건 건축물을 ㅇㅇ중앙회노동조합 등의 적극적인 반대에도 불구하고 어쩔 수 없이 청구 외 ㅇㅇ자동차주식회사에 매각한 사실을 확인할 수 있으며, 또한 구 지방세법 제266조 제3항 내지 제4항 규정의 입법 취지가 청구인과 같이 ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 특별법인이 ㅇ물유통시설 등을 취득하는 데 대하여 세제상 감면혜택을 줌으로서 ㅇㅇ업의 경쟁력을 강화하여 ㅇㅇ업인의 경제적·사회적 지위의 보호 및 향상에 있다 할 것이고, 처분청에서도 이 사건 건축물을 정부의 공공법인 구조조정계획에 따라 3개의 협동조합중앙회(ㅇㅇ조합중앙회·ㅇㅇ조합중앙회·ㅇㅇ조합중앙회)가 새로이 제정된 ㅇㅇ조합법에 의하여 청구인으로 통합되면서 기존 조직의 감축 및 보유자산 중 기능이 중복되는 자산 정리를 위하여 이 사건 건축물을 매각한 사실을 인정하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인의 경우 이 사건 건축물을 정부의 공공부문 구조조정계획에 의하여 매각한 정당한 사유가 있다 할 것인데도(같은 취지의 행정자치부 유권해석 세정13407-1340호, 2000.11.22.), 처분청에서 청구인이 신고납부한 취득세 등을 수납하여 징수 결정한 것은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2001. 7. 30. 행 정 자 치 부 장 관