이유
1. 사실 청구법인은 조세감면규제법 제20조 규정의 소득공제대상이 되는 기술용역사업을 영위하는 업체로서 86.1-12사업년도의 소득공제액에 상당하는 법인세를 기업합리화 적립금으로 적립함에 있어 29,000,000원의 기업합리화적립금을 적게 적립한 사실이 있는 바, 처분청은 기업합리화 적립금의 과소 적립을 이유로 하여 89.3.21 청구법인에게 89년 수시분(86.1-12사업년도분) 법인세 47,888,620원을 과세하였다. 2. 청구법인 주장 청구법인은 86.1-12사업년도분 법인세 신고시 기술개발준비금 적립에 따른 법인세 감면을 포기함에 따라 소득금액이 증가하게 되어 기술용역 사업소득이 증가하게 되었고, 동 공제소득에 상당하는 금액도 증가되었으나 동 기업합리화 적립금 증액분을 적립하지 아니하였는 바, 이는 기술개발준비금 160,000,000원의 법인세 감면포기에 따른 기술용역사업소득공제액이 증가되어 발생한 것으로서 비록 기업합리화 적립금을 추가설정 하지 아니하였지만 동 적립금의 사용목적은 자본전입 외에는 사용할 수 없는 것으로 임의적립금에서 기업합리화 적립금으로 대체한 후 자본전입 하는 것이나 임의적립금에서 직접 자본전입 하는 것이나 동일한 것이며, 따라서 임의적립금중 86,418,323원과 808,161,665원을 각각 자본전입 한 이 건의 경우 입법취지에 어긋나지 않게 사용하였으므로 처분청이 위와 같은 단순히 회계처리상 임의적립금을 기업합리화 적립금 설정, 자본전입이라는 중간대체계리를 생략하였다 하여 기업합리화 적립금 과소 설정으로 보고 이 건 법인세를 추징하는 것은 부당하다고 주장한다. 3. 국세청장 의견 조세감면규제법 제91조 제1항에 “제20조의 규정에 의거 기술용역사업에 대한 소득공제를 적용 받은 내국법인은 당해 사업년도의 이익금 처분에 있어서 그 공제 받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 그 공제 받은 소득금액에 대한 법인세 상당액)에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하여야 한다” 고 규정하고 있고, 또 제2항에 “제1항의 규정에 의하여 기업합리화 적립금을 적립하여야 할 자가 이를 적립하지 아니한 경우에는 제1항의 세액공제 세액감면 또는 소득공제를 적용하지 아니한다”고 되어 있고, 또 조세감면규제법 기본통칙 제5-1-11...91(감면세액의 추징범위)에 “법 제91조의 규정에 의하여 기업합리화 적립금(령 제65조 제3항의 규정에 의하여 적립할 기업합리화 적립금을 포함한다)을 적립하여야 할 내국법인이 이를 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 경우에 그 적립하지 아니하거나 부족하게 적립한 부분에 대하여는 그 감면 또는 공제 받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제 받은 소득금액에 대한 법인세 상당액)을 지체없이 추징하며 이 경우 법 제92조의 규정에 의한 이자상당액은 추징하지 아니한다(88.1.1 개정)라고 규정하고 있다. 청구법인은 86.1-12사업년도에 처분가능이익이 있음에도 기술용역사업에 대한 소득공제범위액 480,150,723원에 상당하는 세액상당액의 기업합리화 적립금 144,045,217원을 적립하지 아니하고 115,045,217원만을 기업합리화 적립금으로 적립하여 적립부족액 29,000,000원을 추가 설정한 사실이 없다. 그런데도 청구법인은 임의적립금 등 5억원의 금액을 자본전입 한 사실이 있으므로 추가설정하지 않은 기업합리화 적립금을 포함하여 자본전입 한 것으로 볼 수 있고 단지 회계처리상 임의적립금을 기업합리화 적립금 설정·자본전입이라는 중간대체계리를 생략한 것뿐이다라고 주장하고 있으나 청구주장은 법리를 오해하고 있는 것으로서 기술용역사업소득은 조세감면규제법상 소득공제를 받기 위해서는 반드시 기업합리화 적립금을 설정하도록 한 전시 규정에 따라 처분청이 청구법인의 기업합리화 적립금 과소계상분에 대하여 법인세를 추징한 과세처분에 달리 처분이 있어 보이지 아니한다는 의견이다. 4. 쟁점 이 건 심판청구는 소득공제 받은 세액에 상당하는 금액보다 부족하게 기업합리화 적립금을 적립한 경우 부족하게 적립한 부분에 상당하는 법인세를 추징하여야 하는지 여부를 가리는 데 그 쟁점이 있다. 5. 심리 및 판단 관련 법 규정을 살펴보면, 조세감면규제법 제20조 (기술용역사업에 대한 소득공제) 제1항 및 동법 제91조 (기업합리화 적립금의 적립)에서 기술용역사업에 대하여는 그 사업을 개시한 사업년도와 그 다음 사업년도의 개시일로부터 5년 이내에 종료하는 사업년도까지 당해 사업에서 발생한 소득금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 각 사업년도의 소득금액에서 공제하며 이러한 소득공제를 적용 받은 내국법인은 당해 사업년도의 이익금 처분에 있어서 그 공제 받은 소득금액에 대한 법인세 상당액에 상당하는 금액을 기업합리화 적립금으로 적립하여야 하고, 이를 적립하지 아니한 경우에는 소득공제를 적용하지 아니하며, 기업합리화 적립금은 자본에의 전입 등을 제외하고는 이를 계속하여 적립하여야한다고 규정하고 있음을 알 수 있다. 한편, 이 건 사실관계를 살펴보면, 청구법인이 86.1-12사업년도의 법인세 과세표준과 세액을 계산함에 있어 당해 사업년도의 소득금액을 960,301,447원으로 하여 전시 법조의 규정에 의한 기술용역사업에 대한 소득공제액을 480,150,723원으로 계산한 다음, 기업합리화 적립금 적립대상 금액인 그 소득공제액에 대한 법인세를 144,045,217원으로 계산하였음에도 기업합리화 적립금은 115,045,217원만을 적립함으로써 기업합리화 적립금을 29,000,000원만큼 부족하게 적립한 사실을 인정할 수 있고 이에 대하여는 다툼이 없다. 따라서, 청구법인이 부족하게 적립한 기업합리화 적립금 상당액에 대하여는 전시 법조의 규정을 적용하여 그 소득공제를 배제함으로써 그 상당법인세를 과세하는 것은 적법하다 하겠다. 그런데 청구법인은 이익잉여금인 기술개발준비금 252,497,062원중 160,000,000원과 임의적립금 956,418,323원중 86,418,323원을 87.1-12사업년도중에 자본전입 함으로써 결과적으로 기업합리화 적립금의 용도와 동일하게 사용하였으므로 부족하게 적립한 기업합리화 적립금에 대하여 소득공제를 배제하는 것은 위법 부당하다고 주장하나, 기술개발준비금과 임의 적립금 전액이 자본에 전입되지 아니한 상태에서 청구법인이 주장하는 기업합리화 적립금 부족분이 별도로 특정되어 자본전입 되었다고 볼 수 있는 근거도 없으므로 그 주장도 받아들일 수 없다 하겠다. 6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.