이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO 에서 발전설비 및 산업플랜트 자동화시스템의 설계, 제작, 설치 및 시운전 등의 사업을 영위하는 법인으로 2014사업연도 법인세 신고시 대표이사 OOO에게 지급한 퇴직금 중간정산금액 OOO원(이하 “쟁점 금액”이라 한다)을 손금산입하였다. 나 . 처분청은 2016.4.7.～2016.5.2. 기간 동안 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 쟁점금액이 현실적으로 퇴직하지 아니한 임원에게 지급한 업무무관가지급금에 해당하는 것으로 보아 손금 불산입 하고 관련 인정이자 OOO 및 지급이자 OOO원(2014년) 을 익금 산입 및 손금 불산입하여 2016.6.28. 청구 법인에게 법인세 2014사업연도분 OOO원을 각 경정·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.7.18. 심판 청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인의 대표이사에게 2014.6.30. 이루어진 퇴직금 중간정산(이하 “쟁점중간정산”이라 한다)은 청구법인의 정관에서 위임한 임원 퇴직지급규정(2011.12.1.제정 및 발효) 및 「상법」등 관계법령 에서 정하고 있는 절차 에 따라 적법·유효하게 이루어졌고, 대표이사의 급여체계를 퇴직금 중간 정산일 이후의 퇴직금을 지급하지 아니하는 조건으로 연봉제로 전환 한 것이므로 쟁점금액은 「법인세법 시행령」( 2015.2.3. 대통령령 제26068호로 개정 되기 전의 것) 제44조 제2항 제4호(이하 “쟁점조항”이라 한다)에 따라 손금산입되어야 한다. (2) 임금체계를 호봉제로 채택하고 있는 회사의 경우에도 직원에 대한 호봉표는 구비하고 있지만 임원에 대한 보수는 주주 총회에서 한도 액만을 규정하고 구체적인 보수액수는 이사회결의를 통하여 결정 되기 때문에 임원에 대한 호봉표는 구비하고 있지 않는 경우가 일반적이고, 2014.1.10. 개최된 청구법인의 이사회의사록에서도 2014.7.1.청구법인의 대표이사의 급여체계가 연봉제로 전환된 사실이 확인됨에도 처분청이 대표이사의 호봉표 및 연봉계약서가 구비되어 있지 않다는 사실만으로 쟁점중간정산 이전에 이미 연봉제가 시행되고 있다고 보는 것은 부당하다. (3) 「근로기준법」제93조 에서 10인 이상의 근로자를 사용하는 사용 자가 작성하여 고용노동부장관에게 신고하도록 규정하고 있는 취업 규칙은 같은 법상의 근로자에게 적용되고 임원에게는 적용되지 아니 하는 것으로 청구법인의 취업규칙 제4조에서도 동 규칙이 임원에 게는 적용되지 않음을 명시적으로 규정하고 있고, 2008년부터 사원에 대하여는 연봉제를 실시하였으나 쟁점중간정산 이전까지 대표 이사에 대하여는 연봉제를 실시하지 아니하였고, 쟁점중간정산시에 실제로 퇴직금을 지급하였으므로 쟁점중간정산은 쟁점조항에 따른 현실적인 퇴직에 해당한다. (4) 따라서, 쟁점중간정산은 청구법인의 대표이사의 급여체계를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급 여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 중간 정산한 것으로 쟁점조항에 따른 현실적인 퇴직에 해당됨에도 처분청이 쟁점금액을 업무무관가지급 금으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하다. (5) 청구법인 대표이사는 처분청의 조사기간 동안 제2확인서에 한 번 서명을 하였을 뿐이고, 세무조사가 개시된 첫째 날에 제1확인서에 서명을 하지는 아니하였으며, 만일 처분청이 보다 강한 증거력으로 채택될 수 있는 내용을 포함 하고 있는 제1확인서를 제출받았다면 굳이 제2확인서를 받을 필요성이 없었을 것이라는 점, 제2확인서와는 달리 제1확인서에는 “개업시부터 현재까지” “임원을 포함한 모든 직원이 연봉제 임을 확인”한다는 문구가 기재되어 있어(제2확인서에는 “개업시부터 현재 까지”와 “임원” 이라는 문구가 빠진 채 “모든 직원이 연봉제 임을 확인”이라고 되어 있음) 향후 논란이 제기될 수도 있는 제1 확인서 내용에 대해 세무조사 개시 첫 날인 2016.4.7. 대표이사가 서명을 했을 개연성이 떨어지는 점, 처분청이 제출한 제1확인서 및 제2확인서를 비교해보면 명판과 인감 대신 서명과 주민등록번호 등 그 형태가 다른 점 등을 종합적으로 고려할 때 제1확인서 진위여부에 대한 확인이 필요하므로 제1확인서가 증거자료로 제출된 경위에 대한 처분청의 소명이 필요하다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인이 2012.1.1.부터 최초 시행한 “임원상여금지급규정” 제6조에서 연봉계약서에 정하여진 연봉을 기준급여로 한다고 규정 되어 있고, 쟁점중간정산 이전에 대표이사에 대한 연봉제가 시행되지 아니하였다는 증빙자료인 호봉 제규정, 본봉표, 호봉표 및 대표자 급여 계산식 등을 소명하거나 제출 한 사실도 없으며, 처분청 조사기간 중 호봉제 규정이 없다는 확인 서 및 문답서를 총 4차례에 걸쳐 제출 하였다. (2) 청구법인의 대표자의 급여대장을 보면, 상여금을 지급한 달을 제외하고 2011년 2015년 기간 동안 매월 일정한 금액 OOO을 지급하였는데 이는 연봉제를 실시하였기 때문이고, 특히 쟁점중간정 산일인 2014.6.30일 이전과 이후를 살펴보아도 기본급이 OOO원 으로 동일하여 호봉제에서 연봉제로 전환한 사실을 발견할 수 없다. (3) 쟁점조항에서 임원의 퇴직금 중간정산을 제한하는 사유는 임원이 편의에 따라 법인 의 자금이 유출되어 건전한 재무상태가 곤란하게 됨을 방지하고, 그 귀속시기를 엄격히 제한하여 법인이 임의로 퇴직금 귀속시기를 조절하여 법인세 납부세액을 감소시키는 행위를 방지 하 기 위한 것으로 대표자 및 임원에 대하여는 근로자와는 달리 원칙 적으로 퇴직금 지급의무가 없으며, 이익잉여금이 많이 설정되면 배당을 통하여 분배하면 됨에도 불구하고 청구법인은 개업 일부터 십여 년간 규정에도 없던 임원퇴직금규정을 신설하여 고액의 퇴직금인 쟁점 금액을 지급한 것은 법인의 재무 건전성에 부합한다고 볼 수 없다. (4) 따라서 청구법인은 대표자가 이미 쟁점중간정산 이전부터 대표자의 급여 지급기준으로 연봉제를 적용하고 있었으 므로 퇴직금 중간 정산 대상이 아님에 불구하고 쟁점금액을 비용 으로 계상한 행위는 부당하므로 동 금액을 업무무관가지급금으로 보아 손금불산입하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다. (5) 처분청 조사담당자는 2016.4.7. 청구법인을 방문하였고, 청구법인의 회의실에서 제1확인서를 날인 받을 때 청구법인의 OOO 이사 및 OOO 차장이 동석을 하였으며, OOO 이사가 확인서에 법인인감을 날인하려면 대표이사의 승인을 받아야한다고 확인서를 대표이사에게 보고하면서 대표이사의 서명날인을 받고 법인명판과 인감을 날인하여 스스로 조사담당자에게 제출한 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인의 대표이사에게 지급한 퇴직금 중간정산금을 업무무관가지급금으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 : <별지1> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 2011.12.1. 임시주주총회를 개최하여 같은 날 제정· 시행한 임원퇴직금지급규정의 주요내용은 아래와 같다. (나) 청구법인이 2011.12.24. 임시총회에서 위 임원퇴직금지급규정을 개정(시행 2012.1.1.)하여 〔별표1〕의 단서로 대표이사의 2012.1.1. 이후 발생하는 퇴직금은 3.0개월분의 지급율을 적용한다는 내용을 추가하였고, 같은 날 제정(시행 2012.1.1.)한 임원상여금지급 규정은 아래와 같다. (다) 청구법인이 제출한 이사회의사록(2014.1.10.)에 따르면, 아래와 같이 대표이사 OOO의 급여 책정의 건을 결의하였고, 2014.3.31. 정기주주 총회 의사록에 따르면, 이사 보수 한도액을 OOO원으로 하는 의안에 대하여 승인·가결한 것으로 나타난다. (라) 청구법인의 취업규칙(2012.7.26. 5차개정)의 관련 주요내용은 아래와 같다 . (마) 처분청이 제출한 제1확인서(2016.4.7.)는 <별지2>와 같고, 처분 청은 동 확인서 작성시 대표이사 OOO, 이사 OOO 및 차장 OOO 이 배석하였고, 청구법인은 대표이사 급여가 “취업규칙 제31조 임금의 계산 및 지급방법”에 의하여 대표이사의 퇴직금 중간정산 이전인 개업일 부터 현재까지 대표이사 및 임원이 “연봉제”라는 확인 서를 명판, 인감 및 대표자 본인이 서명 날인하여 조사공무원에게 제출하였다고 하고, 청구법인은 제1확인서에 청구법인의 대표이사가 서명한 사실이 없으 므로 동 확인서가 제출된 경위에 대한 처분청의 소명이 필요하다고 주장하고 있다. (바) 처분청이 2016.4.7. 청구법인의 OOO 과장으로부터 받은 문답서 (지장·서명 및 주민등록증사본 첨부)의 관련 주요내용은 아래와 같다. (사) 처분청이 2016.4.8. 청구법인의 OOO 이사로부터 받은 문답서 (지장·서명 및 주민등록증사본 첨부)의 관련 주요내용은 아래와 같다. (아) 처분청이 제출한 청구법인의 제2확인서(2016.4.11.)는 <별지3>과 같다.( OOO 대표이사, OOO 이사 및 OOO 회계사가 배석) (자) 청구법인의 대표이사에게 지급한 급여대장은 아래 <표>와 같다. <표> 대표이사 급여대장 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법 인은 쟁점금액이 대표이사의 급여체계를 호봉제에서 연봉제로 전환 함에 따른 퇴직금 중간정산금이라 주장하나, 청구법인이 2012.1.1. 제정·시행한 임원상여금지급 규정 제6조에서 지급일 현재 효력이 발생 중인 연봉계약서에 정하여진 연봉을 기준급여로 한다고 규정하고 있는 점, 제1확인서의 증거 력 인정 여부는 별론으로 하더라도 직원 들의 문답서에 쟁점중간정산 이전부터 임원에 대하여도 연봉제가 시행된 것으로 조사되어 있는 점, 쟁점중간정산 이전에 대표이사에 대한 호봉표 등이 구비되어 있 지 아니한 점, 쟁점중간정산 이후 에도 보수지급방식이 변경 되지 아니한 점, 청구법인이 제출한 이사회회의록(2014.1.10.) 및 정기 주주총회 의사록(2014.3.31.)만으로는 청구 주장을 객관적으로 입증하였다고 보기 에는 부족한 점 등에 비추어 처분 청이 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단 된다 . 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세 기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 관련 법령 등 (1) 법인세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26068호로 개정되기 전의 것) 제44조(퇴직급여의 손금불산입) ① 법인이 임원 또는 사용인에게 지급하는 퇴직급여( 「근로자퇴직급여 보장법」 제2조 제5호의 규정에 따른 급여를 말한다. 이하 같다)는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 "현실 적인 퇴직"이라 한다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입 한다. ② 현실적인 퇴직은 법인이 퇴직급여를 실제로 지급한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함하는 것으로 한다. 4. 법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때 (2) 법인세법 시행규칙(2015.3.13. 기획재정부령 제480호로 개정되기 전의 것) 제22조(현실적인 퇴직의 범위등) ① 영 제44조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 현실적으로 퇴직하지 아니한 임원 또는 사용인에게 지급한 퇴직급여는 당해 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직할 때까지 이를 영 제53조 제1항의 규정에 해당하는 것으로 본다. (3) 근로기준법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "근로자"란 직업의 종류와 관계없이 임금을 목적으로 사업이나 사업 장에 근로를 제공하는 자를 말한다. 제93조(취업규칙의 작성·신고) 상시 10명 이상의 근로자를 사용하는 사용 자는 다음 각 호의 사항에 관한 취업규칙을 작성하여 고용노동부장관에게 신고 하여야 한다. 이를 변경하는 경우에도 또한 같다. 1. 업무의 시작과 종료 시각, 휴게시간, 휴일, 휴가 및 교대 근로에 관한 사항 2. 임금의 결정·계산·지급 방법, 임금의 산정기간·지급시기 및 승급(昇給)에 관한 사항 3. 가족수당의 계산·지급 방법에 관한 사항 4. 퇴직에 관한 사항 5. 「근로자퇴직급여 보장법」 제4조 에 따라 설정된 퇴직급여, 상여 및 최저임금에 관한 사항 6. 근로자의 식비, 작업 용품 등의 부담에 관한 사항 7. 근로자를 위한 교육시설에 관한 사항 8. 출산전후휴가·육아휴직 등 근로자의 모성 보호 및 일·가정 양립 지원에 관한 사항 9. 안전과 보건에 관한 사항 9의2. 근로자의 성별·연령 또는 신체적 조건 등의 특성에 따른 사업장 환경의 개선에 관한 사항 10. 업무상과 업무 외의 재해부조(災害扶助)에 관한 사항 11. 표창과 제재에 관한 사항 12. 그 밖에 해당 사업 또는 사업장의 근로자 전체에 적용될 사항 (4) 상법 제388조(이사의 보수) 이사의 보수는 정관에 그 액을 정하지 아니 한 때에는 주주총회의 결의로 이를 정한다. <별지2> 제1확인서 <별지3> 제2확인서