이유
1. 처분개요 가. 청구인은 제조업을 영위하는 복식부기의무자로 2013년 귀속 종합소득 과세표준 확정신고시 기준경비율로 소득금액을 추계하여 과세표준을 신고하면서 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)에 따른 OOO원의 세액감면을 신청하였다. 나. 처분청은 청구인이 「소득세법」 제70조 제4항의 ‘복식부기의무자가 같은 항 제3호의 서류를 제출하지 아니한 경우’에 해당하여 종합소득 과세표준 확정신고를 하지 아니한 것으로 보아 위 세액감면의 적용을 배제하여 2016.12.20. 청구인에게 2013년 귀속 종합소득세 OOO원을 결정·고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2017.2.28. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 처분청은 「소득세법」 제80조 제2항에 따라 과세표준과 세액을 경정한 것으로 조특법 제128조 제3항에 따라 과소신고금액에 대하여 제7조를 적용하지 아니하나, 과소신고금액이 존재하지 않으므로 청구인에게는 해당하지 않는다. 납세지 관할 세무서장은 과세표준 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액에 대한 결정을 과세표준 확정신고 기일부터 1년내에 완료하여 하나, 처분청은 이러한 사실이 없고, 처분청은 과세예고 통지를 하면서 ‘세액감면에 대하여 경정한다’고 하였다. 또한, 이 건은 추계를 하는 경우에 해당함에도 조특법 제7조 의 적용을 배제한 것은 부당하다. OOO국세청장은 OOO세무서장에 대한 감사시 제조업을 영위하는 납세자의 추계신고 내용을 지적하여 경정하면서 중소기업 특별세액감면의 적용을 배제하지 않고 감면율을 조정하였는바, 이는 복식부기의무자의 추계신고를 무신고로 보지 않고 중소기업 특별세액감면의 적용을 인정한 것이므로 청구인에게도 중소기업 특별세액감면이 적용되어야 한다. 처분청은 국세청 예규OOO를 과세근거로 제시하고 있으나, 「국세기본법」 제18조 에 따르면 세법해석을 공평히 적용하지 않아서 발생하는 세부담은 부당한바, 처분청은 업종, 귀속년도, 복식부기의무자의 추계신고 등 사실관계가 동일함에도 불구하고 일부 납세자에게만 과세하였고, 납세자의 업종, 규모 부담능력, 납세자의 성실자 등을 감안하지 않았다. 또한, 처분청은 서비스차원의 신고서 작성 창구를 운영하면서 일부 복식부기의무자가 추계신고시 처분청 스스로 중소기업 특별세액감면을 적용한 사례가 존재한다. 또한,「국세기본법 통칙」에 따르면 부득이 종전과 해석이 상이한 경우 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는바, 추계신고를 한 복식부기의무자에 대한 중소기업 특별세액감면 적용배제는 2016.7.13. 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용되어야 한다. 창업중소기업 등에 대한 세액감면 관련 기존 예규OOO도 유사사례이므로 청구인에 대한 이 건 처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 「소득세법」 제70조 제4항에 따르면 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 확정신고시 추계신고를 하는 경우 무신고로 간주되고, 이는 같은 법 제80조 제1항에 따라 과세표준과 세액의 결정 대상에 해당하는바, 「조세특례제한법」 제128조 제2항에 따라 중소기업 특별세액감면 적용 배제대상에 해당한다. 청구인은 기존의 세법해석 및 납세관행과는 다른 국세청 예규에 근거하여 중소기업 특별세액감면을 적용 배제한 것은 소급과세 금지원칙 등에 위반된다고 주장하나, 중소기업 특별세액감면에 대한 국세청 예규는 「조세특례제한법」이 개정된 1998.12.28. 이후 17년여 기간 동안 아무런 논란 없이 적용되었던 것이므로 기존의 해석이나 관행에 반하는 새로운 해석으로 볼 수 없다. 청구인은 「소득세법 시행령」 제142조 제2항에 따라 과세표준과 세액의 결정은 과세표준 확정신고 기일부터 1년내에 완료하여야 하고, 당초 소득세 신고에 대한 아무런 결정 또는 경정을 받은 사실이 없어 조특법 제128조 를 적용할 수 없다고 주장하나, 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제2호에 따르면 과세관청은 무신고자에 대하여 7년 이내에 결정을 할 수 있고, 같은 법 제3조에 따르면 「국세기본법」 제26조의2 가 개별 세법에 우선하므로 중소기업 특별세액감면 적용을 배제한 것은 타당하다. 또한 조특법 제128조 제1항에 따른 중소기업 특별세액감면의 적용은 추계신고가 무신고에 해당하지 않는 간편장부대상자에 한하여 적용이 가능한 것으로, 복식부기의무자가 추계신고시 조특법 제128조 제2항에 따라 중소기업 특별세액감면의 적용 배제 대상에 해당한다. 감사원 심사결정례OOO에 따르면 성실신고확인대상 사업자가 종합소득세를 추계로 신고하면서 성실신고 확인서를 제출하지 않아 중소기업 특별세액감면의 적용을 배제하고 종합소득세를 징수하였고, 조세심판원의 유사한 선결정례OOO에 따르면 과세관청은 납세의무자가 외부조정으로 과세표준 확정신고 후 추계신고로 변경한 경우, 이를 과세표준과 세액의 경정·결정 대상으로 보아 수정신고의 효력을 부인하고 중소기업 특별세액감면을 배제한 처분에 대하여 심판청구를 기각하였다. 위 사례들은 2006.12.30.자 「소득세법」 개정 이후의 사례로 국세청 예규OOO가 기존의 해석 사례나 납세관행과는 다른 새로운 해석이라는 청구주장을 반박할 수 있는 사례이다. 또한, 국세청 인터넷 상담사례에서는 지속적으로 복식부기의무자가 추계신고한 경우 중소기업 특별세액감면의 적용을 배제하는 것을 안내하고 있으므로 이 건 처분은 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 복식부기의무자인 청구인이 종합소득 과세표준을 추계신고하여 법정 서류를 제출하지 아니한 것을 종합소득 과세표준 확정신고를 하지 아니한 것으로 보아 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 「소득세법」 제70조 제4항 및 제81조가 2006.12.30. 아래 <표1>과 같이 개정되었는바, 같은 법 제81조 제3항의 규정이 같은 법 제70조[종합소득 과세표준확정신고]로 이동하면서 가산세에 한하여 무신고로 간주하는 내용이 삭제되었다. <표1> 2006.12.30. 「소득세법」 개정내용| 구 소득세법 (법률 제7837호, 2005.12.31.) | 개정된 소득세법 (법률 제8144호,? 2006.12.30.) |
| 제70조[종합소득 과세표준확정신고] ④ 종합소득과세표준확정신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <후문 신설>
3. 부동산임대소득금액 또는 사업소득 금액을 제160조 및 제161조의 규정에 의하여 비치·기장된 장부와 증빙 서류에 의하여 계산한 경우에는 기업 회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표·손익계산서와 그 부속서류 및 합계잔액시산표와 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 조정계산서 . 다만, 제160조 제2항의 규정에 의하여 기장을 한 사업자의 경우에는 대통령 령이 정하는 간편장부소득금액계산서
제81조[가산세]
① 거주자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 결정세액에 가산한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용 하지 아니한다.
③ 복식부기의무자가 제70조 제4항 제3호의 대차대조표·손익계산서·합계잔액시산표와 조정계산서를 과세표준 확정신고서에 첨부하지 아니한 때에는 제1항의 적용에 있어서 과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다. | 제70조[종합소득 과세표준확정신고] ④ 종합소득과세표준확정신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제160조제3항의 규정에 따른 복식부기의무자(이하 "복식 부기의무자"라 한다)가 제3호의 규정에 따른 서류를 제출하지 아니한 경우에는 종합소득과세표준확정신고를 하지 아니한 것으로 본다 .
<좌동>
제81조[가산세]
※ 「국세기본법」 제47조의2 및 제47조의3으로 이동
※ 「소득세법」 제70조 제4항 후단으로 이동 |
| 생산 | 문서 | 내용 | 비고 |
| 1993.3.4. | 국세청 소득46011-526 | 중소제조업을 영위하는 거주자가 추계조사결정을 받는 경우 에는 「조세감면규제법」 제15조의3(중소 제조업에 대한 임시특별별세액 감면)의 조세특례를 적용받을 수 있는 것 임 | 조특법 제128조 제2항 신설 전 유권해석 |
| 1997.4.25. | 국세청 | 중소제조업을 영위하는 거주자가 당해 연도의 소득세 과세표준을 추계로 확정신고하는 때 에도 당해 제조업소득에 대하여는 「조세감면규제법」 제7조 의 중소제조업특별세액감면을 적용받을 수 있는 것임 | |
| 1998.12.28. | 「조세특례제한법」 제정 | 「조세감면규제법」폐지와 「조세특례 제한법」 제정하는 과정에서 무신고시 중소기업특별세액 감면 등을 배제하는 조문 신설 |
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| 2002.9.2. | 국세청 | 창업중소기업등에 대한 세액감면 은 당해 거주자의 소득금액을 추계조사 결정·경정하는 때에도 적용 받을 수 있음 |
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| 2006.11.24. | 국세청 | 「조세특례제한법」 제128조 에 의거 「소득세법」 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계를 하는 경우 같은 법 제102조의 산림개발소득에 대한 세액감면규정을 적용 할 수 있는 것입니다. |
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| 생산 | 문서 | 내용 | 비고 |
| 2010.12.14. | 국세청 「소득세법」 집행기준 70-130-1 | ① 복식부기의무자가 재무제표 등 신고 부속 서류 대신에 간편장부 소득금액계산서를 첨부 하여 과세표준확정신고를 하는 때에는 적법한 신고를 하지 않은 것 으로 본다 . |
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| 2016.7.13. | 국세청 2016- 법령해석 소득-139 | 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계하여 신고한 경우 「소득세법」 제70조 제4항에 의해 종합소득 과세표준 확정 신고를 하지 아니한 것으로 간주 되므로 같은 법 제80조 제1항에 따라 종합소득 과세표준 및 세액을 결정하여야 하고 조특법 제128조 제2항에 의하여 조특법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액 감면의 적용은 배제 되는 것임 | 과세기준 |
| 2017.3.27. | 기획재정부 | 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계하여 신고한 경우 에는 「조세특례제한법」 제128조 제2항에 따라 중소기업특별세액감면을 적용하지 않는 것 입니다. 다만, 복식부기의무자가 종합소득 과세표준 및 세액을 추계로 신고하면서 중소기업특별세액감면을 적용한 납세자(‘16.7.13 전 신고한 자에 한한다)에 대해서 「소득세법」 제 80조에 따라 결정·경정 하는 경우에는 「국세 기본법」 제47조의4 제1항에 따른 납부불성실가산세를 부과하지 아니하는 것 입니다. | 2017.3.17. 기획재정부 국세예규 심사 위원회 결정 |