이유
1. 사실 청구법인은 전북 군산시 OO동 OOO에 본점을 두고 제지 및 합판제조업을 영위하고 있는 법인으로 청구법인(합병전 OOOO주식회사)이 출자하고 있던 OOOO공업주식회사를 85.8.31 흡수합병하면서 1,184,913주의 자기주식을 취득하였다가 87.2-12월중 1,165,130주를 매각한 후 매각차익 5,606,027,347원과 자기주식분 무상주 평가이익 1,069,519,802원을 익금불산입한 데 대하여, 처분청은 자기주식처분이익 5,606,027,347원을 익금산입함과 함께 자기주식(1,184,913주)분 무상주평가이익 1,087,682,169원중 87.2-87.12월중 매각한 자기주식(1,165,130주)해당분 1,069,519,802원(1,087,682,169원 ×

) 을 익금산입하여, 90.1.15 자로 청구법인의 87.1.1-87.12.31 사업년도분 법인세 3,243,267,370원 및 동방위세 600,799,240원을 부과처분 하였는 바, 청구법인은 이에 불복하여 90.3.2 심사청구를 거쳐 90.5.15 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 청구1) 국세청예규(법인 1264.21-9611, 84.4.4)는 “흡수합병으로 인하여 취득한 자기주식의 매각손익은 각사업년도 소득금액계산상 익금 또는 손금에 산입할 수 없으며 자본준비금이나 기타 자본잉여금의 증감사항으로 계상하는 것”이라고 해석하였고, 다른 예규(법인 1264.21-2125, 84.6.27)에서도 “회사의 권리를 실행함에 있어 그 목적을 달성하기 위하여 취득한 자기주식의 매각손익은 익금 또는 손금에 산입할 수 없다”고 해석하였으며, 기업회계 기준 제57조 제4호에서는 자기주식의 처분이익은 자본잉여금의 증가사항으로 규정하여 손익거래가 아닌 자본거래로 취급하고 있고, 합병회계준칙 제11조에서도 자기주식의 처분이익을 합병차익으로 처리하도록 규정하고 있어 자기주식처분이익은 합병차익임이 분명하므로, 법인세법 제15조 제1항 제3호의 규정에 의거 익금불산입항목이며, 청구2) 84.4.4 자 국세청예규(법인 1264.21-9611)에서 “흡수합병에 따른 자기주식의 매각이익은 각 사업년도 소득금액계산상 익금에 산입할 수 없다”고 해석하여 비과세 관행을 유지하여 오다가 88.3.1 신설한 법인세법 기본통칙 2-2-14...9에서 이를 익금산입사항으로 전환하였으므로, 88.3.1 이전 매각분은 소급하여 과세할 수 없다는 주장이다. 3. 국세청장 의견 청구1) 법인세법 제15조 제1항은 “다음 각호에 게기하는 익금은 내국법인의 각사업년도의 소득금액계산상 당해 사업년도의 익금에 산입하지 아니한다. 1-2호 생략 3. 합병차익, 다만 자산의 평가증으로 인하여 생기는 것을 제외한다. 4-10호 생략”이라고 규정하고 있는 바, 합병차익은 회사합병의 경우에 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그회사의 주주에게 지급한 금액과 합병후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과한 때에는 그 초과금액을 말하므로(기업회계 기준 제57조 제3호), 이 건의 경우와 같은 자기주식처분이익은 합병차익이라 할 수 없고, 또한 90.3.29 개정전의 기업회계기준 제20조에서 자기주식은 기타 유동자산에 자기주식의 과목으로 구분하여 표시하고 그 취득경위등을 주식으로 기재하되 다만 주식소각을 전제로 취득한 경우에는 자본에서 차감한 형식으로 기재하도록 하고 있는 바, 자기주식을 취득하여 소각함으로써 생긴 손익은 각사업년도 소득계산상 익금 또는 손금에 산입하지 아니하는 것이나, 매각함으로써 생긴 매각차손금은 익금 또는 손금에 산입하여야 한다는 의견이다. 청구2) 국세청예규인 국세청법인 1264.21-9611(84.4.4)은 “흡수합병으로 인하여 취득한 자기주식의 매각손익 및 소각으로 인한 손익은 각 사업년도 소득금액계산상 익금 또는 손금에 산입할 수 없으며, 자본준비금이나 기타 자본잉여금의 증감사항으로 계상한다”고 해석하였다가, 국세청법인 22601-2454(87.9.10)은 “ 상법 제341조 제4호 규정에 따라 취득한 자기주식의 처분으로 인하여 발생된 손익은 법인의 각사업년도 소득금액계산시 익금 또는 손금으로 한다”는 새로운 해석을 하였으며, 국세청법인 22601-3002(87.11.10)도 “법인이 자기주식을 취득하여 정상적인 시가로 매각함으로써 발생한 매각차손익은 당해법인의 각 사업년도 소득금액계산상 익금 또는 손금으로 한다”고 해석하고 있음을 알 수 있는 바, 청구법인은 이 건 자기주식을 87.1.1-12.31 사업년도중에 매각하여, 자기주식 매각이익에 대한 납세의무성립시기는 동 과세기간이 종료하는 때인 87.12.31이 되므로, 납세의무성립시기 이전의 새로운 해석인 위 국세청법인 22601-2454(87.9.10) 및 같은법인 22601-3002(87.11.10)에 의거 과세한 당초처분을 소급과세라고 할 수는 없다는 의견이다. 4. 쟁점 이 건의 다툼은 1) 흡수합병으로 인하여 취득한 자기주식처분이익이 법인의 각 사업년도 소득금액계산상 익금산입사항인지 여부 및 2) 이 건 부과처분이 소급과세인지 여부를 가리는 데 있다 하겠다. 5. 심리 및 판단 먼저 이 건 부과처분 경위를 보면, OOOO주식회사가 출자하고 있던 OOOO공업주식회사를 85.8.31 흡수합병하면서 법인명을 청구법인의 이름으로 변경하고, 1,184,913주의 자기주식을 취득하여 보유하다가 자기주식(포함주식)중 1,165,130주를 87.2.26-87.12.29 중에 처분하여 5,606,027,347원의 처분이익이 발생하였으나(장부가액 5,825,650,000원, 처분가액 11,565,572,350원 처분비용 133,895,003원), 청구법인은 위 처분이익을 합병차익으로 보고 법인세법 제15조 제1항 제3호의 규정에 의하여 청구법인의 소득금액계산상 익금에 산입하지 않은데 대하여, 처분청은 위 처분이익을 익금산입함과 함께 청구법인이 익금불산입하였던 84.6.30 자 자기주식분 무상주평가이익 851,690,000원과 86.1.4 자 자기주식분 무상주 평가이익 235,992,169원 합계 1,087,682,169원중 87.2.26-87.12.29 중에 처분한 자기주식 해당분 1,069,519,802원을 익금산입하여 청구법인에게 87.1.1-87.12.31 사업년도분 이 건 법인세와 방위세를 부과처분하였는 바, 청구법인은 이에 불복하고 있으므로 쟁점별로 청구법인 주장의 당부를 본다. 먼저 쟁점1에 대하여 청구법인은 흡수합병으로 인하여 취득한 자기주식의 처분이익은 법인세법 제15조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 합병차익이라고 주장하는바, 합병차익에 관하여 세법상 특별히 그 뜻을 규정한 바는 없으나 상법 제459조 제3호 및 기업회계기준 제57조 제3호를 보면, 회사합병의 경우에 소멸된 회사로부터 승계한 재산의 가액이 그 회사로부터 승계한 채무액, 그회사의 주주에게 지급한 금액과 합병후 존속하는 회사의 자본증가액 또는 합병으로 인하여 설립된 회사의 자본액을 초과하는 금액을 합병차익으로 규정하고 있으므로 이 건의 경우에서의 자기주식 처분이익을 위의 합병차익으로 볼 수는 없다 하겠고, 법인이 취득한 자기주식도 다른 유가증권과 마찬가지로 양도성 있는 자산임이 분명하므로 그 처분도 다른 유동자산의 처분에 있어서와 같이 그 취득과 양도를 일개의 거래로 간주하여 그 취득가액과 양도가액의 차액을 유가증권매각손익으로 처리하는 것이 상당하다고 보여지며 자기주식을 처분할 때 생기는 주식의 액면가액과 양도가액의 차액은 상법 제459조 가 규정한 합병잉여금과는 그 성질이 달라 자본준비금으로 적립하여야 하는 것도 아니므로 청구법인의 자기주식처분을 자본거래로 볼 수는 없어 과세대상이 되는 손익거래로 봄이 타당하다고 할 것이어서(동지, 대법원 79누370, 80.12.23), 청구법인이 87.2.26-87.12.31 중에 자기주식을 정상적인 시가로 처분함으로써 발생한 처분이익은 청구법인의 87.1.1-87.12.31 사업년도 소득계산상 익금에 산입하여야 할 것이므로 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단되며(동지, 법인세법 기본통칙 2-2-14...9), 다음으로 쟁점 2에 대하여 청구법인은 자기주식처분이익을 익금에 산입하여야 한다는 법인세법 기본통칙(2-2-14...9)이 88.3.1 신설되었으므로 87사업년도중에 매각한 자기주식처분이익에 대하여 과세함은 소급과세라고 주장하나, 국세청예규 법인 1264.21-9611(84.4.4)은 이 건의 경우에서와 같은 자기주식처분이익은 익금에 산입할 수 없다고 해석하였다가 같은 국세청 예규법인 22601-2454(87.9.10), 법인 22601-3002(87.11.10), 법인 22601-3070(87.11.18)등에 의하여 자기주식처분이익은 익금에 산입하여야 하는 것으로 새로이 해석하였는 바, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용함이 타당하다고 할 것이므로(동지, 국세기본법 기본통칙 2-2-02...18), 87.1.1-87.12.31 사업년도중에 매각한 자기주식처분이익에 대한 납세의무성립시기는 과세기간이 종료하는 87.12.31 로서, 납세의무성립일전의 국세청예규의 새로운 해석에 의하여 자기주식처분이익을 익금에 산입하여 과세한 처분은 정당하여 이부분 청구주장도 받아들일 수 없다고 판단된다. 6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.