이유
1. 원처분 개요

청구인은 등기부등본상 경기도 양평군 OO리 OOOOO 대지 192㎡, 건물 74.6㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 65.3.9 취득하여 92.3.16 양도하고 쟁점부동산의 양도로 인하여 발생한 소득이 1세대1주택의 비과세요건에 해당된다고 보고 자산양도차익예정신고 또는 과세표준 확정신고를 이행하지 아니하였다.

처분청은 쟁점건물 멸실일(92.1.24)부터 소유권이전일(92.3.16)까지 기간이 2개월 정도되므로 쟁점부동산의 양도를 나대지의 양도로 보아 93.10.16 청구인에게 92년도 귀속분 양도소득세 28,677,670원을 결정고지 하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.11.18 심사청구를 거쳐 94.3.12 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 청구인은 쟁점부동산을 91.11.10 청구외 OOO등 2인에게 80,000,000원에 양도하기로 매매계약을 체결하고 91.12.30 잔금청산이 이루어진 후 매수인이 92.1.24 쟁점건물을 멸실신고와 동시에 건축허가를 받아 건물을 개축하고 준공검사일(92.3.19)로부터 3일 이전인 92.3.16 쟁점토지의 소유권을 이전한 것이며, 또한 쟁점건물의 경우 총면적 74.6㎡ 중 주택부분의 면적은 55.64㎡이고, 점포 부분의 면적은 18.9㎡로서 주택의 면적이 점포의 면적보다 크므로 쟁점부동산의 양도로 인하여 발생한 소득은 1세대1주택의 비과세요건에 해당된다.

(2) 처분청은 쟁점토지의 양도를 나대지의 양도로 보아 장기보유특별공제를 하지 아니 하였는 바, 쟁점토지의 경우는 취득후 지상건축물이 철거된 날로부터 1년이 지나지 아니하였기 때문에

소득세법 시행령 제49조의3

의 단서규정과

토지초과이득세법 제8조

의 규정에 의하여 장기보유특별공제 대상에 해당되므로 동 특별공제액을 공제하지 아니하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구인이 쟁점부동산을 양도함에 있어 91.11.10 계약을 체결하여 91.12.30 잔금을 청산하였다고 주장하고 있으나, 이를 입증할 수 있는 증빙이 매매계약서 이외에 신빙성 있는 자료가 없고, 등기부상 쟁점부동산의 소유권이전일이 92.3.16인 점 등을 미루어 볼 때 처분청이 쟁점부동산의 양도를 나대지의 양도로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점부동산의 양도로 인하여 발생한 소득이 1세대1주택의 비과세 요건에 해당하는지 여부.

(2) 쟁점토지의 양도가 장기보유특별공제 적용대상에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 사실관계

(1) 청구인은 65.3.9 공유지분으로 취득한 쟁점토지(91.5.27 공유물 분할되었음) 192㎡(58평)를 92.3.16 청구외 OOO과 OOO에게 양도하였음이 토지등기부등본에 의해 확인이 된다.

(2) 92.1.24 멸실된 쟁점토지상의 건물은 미등기 건물이나 건축물 대장에 의하면 57년도 및 65년도에 각 건축된 점포 용도의 건물로 등재되어 있고, 지방세 세목별 과세사실 증명원(93.10.28자 OO면장 발행)에 의하면 91년도귀속분 건물재산세 과세시 점포 49.6㎡(15평) 건물 25㎡(7.5평)로 구분하고 있음이 각 확인된다.

다. 쟁점(1)에 대하여 본다.

(1) 관련법령

㉮

소득세법 제5조

제6호 (자)목에 의하면 대통령령이 정하는 1세대 1주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고,

같은법 시행령 제15조

제1항에서는 법 제5조 제6호 (자)목에서 “1세대1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다고 규정하고 있으며,

㉯

같은법 시행령 제53조

제1항 본문 및 제1호의 규정에서 자산의 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로하되, 대금을 청산한 날이 불분명한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로 하고, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있다.

(2) 쟁점부동산의 양도시기가 언제인지

청구인은 매매계약서와 거래상대방의 사실확인서만 제출하면서 쟁점부동산의 양도대금 청산일이 91.12.30이라고 주장하나 객관적으로 입증할 수 있는 금융자료 등은 제출하지 못하고 있어 청구주장 잔금청산일이 확인된다고 볼 수 없으므로 위 법령에 따라 등기접수일인 92.3.16을 양도일로 봄이 타당하다.

(3) 양도자산에 멸실된 건물이 포함된 것인지 여부

첫째, 청구인이 제출한 쟁점부동산의 양도시 작성된 일반매매계약서에 의하면, 청구인은 91.11.10 쟁점부동산을 80,000,000원에 청구외 OOO에게 양도하기로 매매계약을 체결하고 같은날에 계약금 8,000,000원, 같은달 30일에 중도금 40,000,000원, 91.12.30 잔금 32,000,000원을 수령하기로 약정하고 있는 한편, 처분청이 제출한 검인계약서에 의하면 92.3.13 매매계약을 체결하면서 같은날에 양도대금 19,000,000원을 일시불로 수령하는 것으로 약정되어 있는 바, 위 검인계약서상 매매계약일이 등기부상 소유권이전 3일 이전인 92.3.13이면서도 일시에 양도대금을 수령하는 것으로 약정되어 있는점, 위 검인계약서상 양도가액은 ㎡당 100,000원으로서 양도당시 ㎡당 개별공시지가 342,000(총가액 65,664,000원)에 비해 현저히 저가인 점등을 미루어 볼 때 위 검인계약서는 단순히 양수인 명의로 소유권이전등기를 하기 위하여 작성된 것으로 밖에 볼 수 없어 검인계약서 보다는 오히려 청구인이 제시하고 있는 매매계약서가 더 신빙성이 있는 것으로 보인다.

둘째, 쟁점건물의 건축물대장 및 동 건축물을 개축하기 위해 신청한 건축허가신청서에 의하면, 양수인 OOO은 92.1.21 구건물인 쟁점건물을 개축하기 위하여 OO면장에게 건축허가를 신청(연면적 :49.45㎡, 구조: 경량철골)하였고 92.1.24 쟁점건물을 멸실한 사실이 각 확인되고 있어 통상적인 상관행에 비추어 볼 때 이 건 양도계약은 최소한 양수인의 개축공사허가신청일 (92.1.21) 이전에 이루어 졌고, 특별한 경우를 제외하고는 매매대금이 청산되었거나 또는 매매대금이 거의 지급된 시점에서 양수인 명의로 개축공사허가 신청과 건물멸실신고가 이루어졌다고 봄이 타당하고 사회통념에도 어긋나지 않는다 할 것이므로 이 건 양도자산은 멸실된 건물과 쟁점토지인것으로 인정되며 청구인이 굳이 멸실하고 나지상태로 양도해야 할 사유 및 자료를 발견할 수 없다.

(4) 멸실된 건물에 주택부분이 있는 것으로 인정할 수 있는지 여부

청구인은 쟁점부동산 소재지에서 세대원전원이 40년간 거주하였으며 91년도 건물재산세 과세증명원에 주택부분이 25㎡(약7.5평)로 되어 있으나 이 면적에 청구인 세대원 6명이 거주한다는 것은 현실상 어렵다는 것을 알 수 있는 바와 같이 실제로는 주택부분은 55.7㎡(16.8평)이고 점포부분은 18.90㎡(5.7평)로서 주택부분이 점포부분보다 크므로 멸실된 건물전부를 주택으로 보아야 한다고 주장하고 있으나,

첫째, 청구인의 주민등록표상 청구인세대의 주소가 쟁점부동산 소재지 주소로 되어 있고 68.11.1부터 92.9.9까지 거주한 것으로 되어 있으며 이건 양도당시 청구인이 다른 주택을 소유하고 있지 않음이 확인되고 있어 청구인 세대는 멸실된 건물에서 거주한 것으로 인정된다.

둘째, 청구인이 주장하고 있는 주택부분 면적은 객관성 있는 자료에 의해 뒷받침 되지 않고 현재 건물도 멸실된 상태이어서 청구인 세대가 주거용으로 사용한 부분면적을 확인하기 어렵다.

셋째, 멸실된 건물은 미등기 건물이고 건축물 대장에 의하면 건물전부가 점포용도로 되어 있어 주택부분을 알수 없으나 91년도 재산세 과세사실 증명원에 등재된 주택면적이 25㎡로서 점포면적49.54㎡보다 작은 사실이 확인되고 있어 위 면적 25㎡만 주택부분으로 볼수 밖에 없다.

위 내용을 종합해 볼때 멸실된 건물중 25㎡만 주택부분으로 인정이 되나 이 주택부분 면적이 점포면적보다 작으므로 멸실된 건물 전부를 주택으로는 인정할 수 없다.

(5) 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택에 해당되는지 여부

첫째, 앞에서 본바와 같이 주택부분 건물면적은 25㎡이고 주택에 부수되는 토지는

소득세법 시행령 제15조

제3항 규정에 의거 안분계산하면 64.3㎡가 된다.

둘째, 청구인 세대는 이건 양도일 현재 1개의 주택만을 소유하고 있고 3년이상 거주하였으므로 비과세되는 1세대1주택 요건을 충족하고 있다.

그렇다면 멸실된 건물중 주택부분 25㎡와 이에 부수되는 토지 64.3㎡에 대해서는 1세대 1주택으로 비과세함이 적법하다고 판단된다.

라. 쟁점(2)에 대해 본다.

(1)

소득세법 제23조

제2항 제2호의 규정에 의하면 토지 또는 건물로서 대통령령이 정하는 토지를 제외하고는 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고,

같은법 시행령 제46조의 3

의 규정을 보면 법 제23조 제2항 제2호에서 대통령령이 정하는 토지라함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물(재무부령이 정하는 무허가 건물은 제외한다)이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율(도시계획구역 안의 토지 5배, 도시계획구역 밖의 토지 10배)을 곱하여 산출한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다고 규정하고 있다.

(2) 청구인은 65.3.9 취득등기한 쟁점토지를 5년이상 보유하였고 멸실된 건물중 점포 부분의 부수되는 토지 127.7㎡(192㎡-주택부수토지 64.3㎡)는 점포부분 바닥면적 49.6㎡에 배율 10배를 곱하여 산출한 면적 496㎡이내이므로 위 법령 규정에 따라 토지는 장기보유 특별공제를 적용하여야 하나 멸실된 건물은 미등기자산이므로 점포부분 건물은 장기보유특별 공제를 적용할 수 없다고 판단된다.

따라서, 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.