이유
1. 원처분 개요 청구법인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO에 본점을 두고 전라남도 동OO시 OO동 OOOOOO OOOO공업단지내에서 운수업을 영위하는 지점법인으로서 94.5.20 위 사업장 소재지 창고증축공사(이하 “쟁점공사”라 한다) 도급계약을 경기도 OO시 OO동 OOOOO에 사업장을 둔 OO종합건설주식회사(변경전의 법인명 : OOO종합건설주식회사, 이하 “청구외법인”이라 한다)와 690,000,000원(부가가치세 별도)에 체결하고, 94.6.30 95,500,000원 및 45,000,000원, 94.7.31 204,000,000원, 94.8.31 201,000,000원, 94.10.10 75,500,000원, 94.11.29 69,000,000원, 합계 690,000,000원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 청구외 법인으로부터 수취하여 매입세액 공제신고를 하였다. 처분청은 위 청구외법인의 건설업면허 대여를 이유로 94.12.23 건설업면허가 취소되었다하여 청구법인이 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 인정하고 동 매입세액을 불공제한 후 95.9.30 청구법인에게 94년 1기분 부가가치세 15,455,000원 및 94년 2기분 부가가치세 60,445,000원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 95.11.14 심사청구를 거쳐 96.3.2 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구법인은 청구외법인의 종합건설면허 및 사업자등록증 등에 의하여 정상적인 사업자인 사실을 확인하고 공사계약을 하여 위 창고증축공사를 준공하였으므로 청구법인에게는 귀책사유가 없음에도 처분청이 당해 건축공사와 관련된 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다. 나. 국세청장 의견 1) 청구외법인은 94.12.23 건설교통부로부터 면허대여로 인하여 건설업면허가 취소되었고, 동 법인의 대표자 OOO는 건설업법 위반 등으로 수배중에 있으며, 동 법인은 실제 시공사실 없이 전문적으로 면허만을 대여하고 수수료를 받은 것으로 경찰조사결과 확인되었음이 관련기록에 나타나 있고, 2) 청구외법인은 청구법인 소재지와 청구법인의 본점소재지와는 원거리인 경기도 OO시에 소재하고 청구법인과 특별한 연고가 없어 보임에도 이건 공사계약을 하게된 경위 및 거래동기가 분명하지 아니하며, 3) 이건 공사계약서를 작성한 시점이 94.5월이고 동 계약서에 공사기간이 94.5.20～94.9.30로 되어 있음에도 청구법인은 그 계약 및 착공시점 이전인 94.4.30자로 발행된 공급가액 45,000,000원의 세금계산서를 수취하였으며, 94.8.9 청구외법인의 상호가 OOO건설주식회사에서 OO종합건설주식회사로 변경되었음에도 그 변경일 이후일 94.8.31과 94.10.10에 그 변경전의 상호를 그대로 사용하여 발생한 공급가액 201,000,000원과 75,500,000원의 세금계산서를 수취하여 이를 제출한 사실 등으로 미루어 청구법인이 이건 거래를 함에 있어 주의의무를 다한 선의의 거래자로 보기는 어렵다 할 것이고, 4) 청구법인이 쟁점공사대금을 지급하였다면 그 공사대금 지급사실에 관한 금융자료등 실지거래사실을 입증할만한 증빙이 있을 것이나 이에 관한 거증을 하고 있지 아니하는등의 제반 사실들에 비추어 볼 때, 청구법인이 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제2항 제1호, 동법 시행령 제60조 제2항에 의하면, 교부받은 세금계산서에 있어 그 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되어 있지 아니하거나 그 내용이 사실과 다른 경우에는 당해 매입세액은 불공제하되, 다만, 필요적 기재사항중 일부가 착오로 기재되었다 하더라도 그 거래사실이 확인되는 때에는 그 내용이 사실과 다른 세금계산서에 해당되지 않는다고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 1) 청구법인은 청구외법인과 94.5.20 쟁점공사 도급계약을 체결하였고, 청구외법인은 쟁점공사를 마친 후인 94.12.23에 건설업면허대여를 하였다는 이유로 건설업면허가 취소되었으며 이로부터 1개월 후인 95.2.3 청구외법인은 영업부진을 이유로 폐업한 사실이 있다. 2) 청구법인은 쟁점공사를 청구외법인이 수행하였고 청구법인은 선의의 거래당사자라는 입증자료로 ①청구외법인에게 쟁점공사대금으로 지급한 청구법인의 약속어음증서, 지급일만기의 약속어음에 OO 금액을 결제하였다는 청구법인의 어음기입장부, 청구법인으로부터 수령한 약속어음을 쟁점공사에 소요되는 자재구입에 사용하였다는 청구외법인이 배서한 약속어음 ②청구외법인이 쟁점공사의 하자담보를 위하여 OO보증보험(주)가 발행한 보험계약의 이행(하자) 보증보험증권 ③쟁점외법인이 쟁점공사를 위하여 94.6월 지방노동사무소에 제출한 산업재해보상보험료보고서 ④94.5.20 쟁점공사 도급계약체결당시 청구외법인으로부터 징구한 사업자등록증, 법인등기부등본, 건설업면허증, 납세완납증명서, 쟁점공사 내역서등을 제시하고 있는 바, 이에 OO 내역을 살펴보면, 청구법인은 약속어음을 발행한 사실이 있는 바, 94.6.30 어음번호 OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO의 액면가액 98,246,600원과 동일자에 어음번호 OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO의 액면가액 49,500,000원, 94.7.31 어음번호 OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO의 액면가액 224,400,000원, 94.8.31 어음번호 OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO의 액면가액 221,100,000원, 94.10.10 어음번호 OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO의 액면가액 83,050,000원, 94.11.29 어음번호 OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO의 액면가액 75,900,000원 등 총 30매의 액면가액 749,996,600원(부가가치세 포함)의 약속어음을 청구외법인에게 쟁점공사대금으로 발행하고, 이 약속어음을 수령한 청구외법인의 배서사실이 약속어음 이면에 명시되어 있으며, 청구외법인이 발행한 세금계산서상에도 OOOOOO은행 OO지점이 시설자금임을 확인·날인한 점을 보아 청구법인이 쟁점공사대금을 시설자금으로 대출받아 사용하였음을 알 수 있고, 또한 청구외법인은 쟁점공사의 소요자재를 청구외 OO종합철강주식회사외 5개업체들로부터 구입한 후 소요자재대금을 청구법인으로부터 수령한 위 약속어음증서로 지급하였음이 위 약속어음 이면배서(배서인 : OO종합철강주식회사 등)내용에 의하여 확인되고 있다. 3) 청구외법인이 쟁점공사에 따른 하자담보를 위하여 OO보증보험(주)와 보험계약을 체결하고 동 OO보증보험(주)로부터 94.11.26 교부받은 이행(하자)보증보험증권에 의하면, 쟁점공사의 하자가 발생할 경우 75,900,000원의 보험금을 피보험자인 청구법인에게 지급하게 되어 있고, 보험계약기간은 94.10.30부터 96.10.29까지 24개월로 하고 있는 바, 공사를 직접 수행하지 아니한 공급자가 이러한 보험계약을 체결하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. 더우이 이 건 쟁점공사의 도급계약은 청구외법인이 건설업면허대여를 이유로 건설업면허가 취소된 94.12.23로부터 7개월전이고, 영업부진을 이유로 폐업한 95.2.3로부터는 9개월전인 94.5.20 체결되었으며, 쟁점공사는 청구외법인의 건설업면허 취소일로부터 3개월전인 94.9.30 완료되었고, 청구법인이 계약체결 당시 전시 사업자등록증, 법인등기부동본, 건설업면허증, 납세완납증명서 등 거래상대방을 확인할 수 있는 자료를 징구한 것이 인정되는 점으로 보아 청구인은 이 건 거래시 일반적으로 요구되는 주의의무를 다한 선의의 거래당사자에 해당된다고 할 것이다. 4) 처분청은 청구법인이 쟁점공사계약이전에 청구외법인이 발급한 세금계산서를 수취하고 변경전의 상호를 그대로 사용한 청구외법인의 세금계산서에 대하여 청구법인을 주의의무를 다한 선의의 거래자로 보기 어렵다고 보았으며, 청구외법인이 청구법인 소재지와 원거리에 소재하고 청구법인과 특별한 연고가 없어 보임에도 쟁점공사계약을 하게된 경위가 분명하기 아니하다고 보았으나, 청구법인이 제출한 증빙자료에 의하면, 94.6.30 쟁점공사와 관련하여 청구외법인이 발행한 세금계산서 45,000,000원(공급가액)을 수취하였고, 청구법인이 제시한 어음기입장부에 94.7.12 이 대금을 어음으로 결제한 사실이 있을 뿐만 아니라, 사업자등록 정정사유가 발생했음에도 불구하고 이를 정정하지 아니한 사업자로부터 재화를 구입하고 세금계산서를 교부받은 경우에 당해 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되면 당해 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이므로 청구법인을 선의의 거래자로 볼 수 있다 하겠으며, 청구법인과 건축사사무소 “OO”(부산광역시 동래구 OO동 OOOOO 소재)은 평소 알고 지내던 사이이고, 동 “OO”의 소개로 청구외법인은 쟁점공사의 도급계약을 체결하게 되었다고 주장하는 사실을 미루어 보아 비록 청구외법인이 청구법인 소재와 원거리에 있다 하나 쟁점공사를 수행하게 된 사유는 명확하다 할 것이다. 5) 처분청은 청구외법인의 건설업면허가 취소되었음을 이유로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 불공제하였으나, 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부하거나 교부받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 또는 조세범처벌법등에 의한 불이익한 처분을 받지 않아야 한다고 할 것인 바,(국심 94경1541, ’94.10.22등 다수, 같은 뜻임) 위의 사실내용들을 종합하여 볼때, 청구법인은 선의의 거래당사자로 사실과 부합하는 세금계산서를 교부받은 것으로 보이므로 청구외법인의 건설업면허가 취소되었다는 등의 이유로 쟁점세금계산서를 그 내용이 사실과 다른 세금계산서라도 보아 동 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.