이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2011.12.29. 자본금 증자등기(자본금 OOO, 증자액 : OOO, 이하 “이 사건 증자등기”라 한다)를 하면서 그 증자액을 과세표준으로 「지방세법」제28조 제1항 제6호 가목의 세율을 적용하여 산출한 등록면허세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 신고납부하였다. 나. 이후, 청구법인은 2012.2.23. 이 사건 증자등기는 청구법인이 위임한 대리인의 착오로 등기되었고 이를 말소하고 종전대로 회복등기를 하였으므로 과다납부한 등록면허세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 반환하여야 한다며 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 2012.3.8. 이 사건 증자등기가 적법하게 이행된 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.4.27. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인이 자본금 변경등기를 위임한 대리인이 2011.12.29. 청구법인의 이사회 의사록을 잘못 이해하여 자본금 증가(OOO, 1,200,000주, 우선주식 480,000주+후배주식 720,000주)로 착오 등기 신청하였으나, 이는 「상업등기법」제27조 에 의거 각하되어야 할 등기에 해당하고 등기의 근거나 원인이 부재한 것을 확인한 후 2012.1.3. 본래의 주식수를 회복하며 이사회 의사록에 맞게 변경을 하였는바, 이 사건 증자등기는 경정 환부되어야 한다. 나. 처분청 의견 「지방세법」제23조 제1호에서 등록이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정.변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 그 등기 또는 등록의 유·무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 것이므로 등기 또는 등록명의자와 실질적인 권리귀속 주체가 다르다거나 일단 공부에 등재되었던 등기 또는 등록이 뒤에 원인무효로 말소되었다 하더라도 위와 같은 사유는 그 등기 또는 등록에 따른 등록세부과처분의 효력에 아무런 영향이 없다할 것이므로 경정거부 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 법인이 자본금 증자등기 후 신청착오를 원인으로 이를 말소하고 종전대로 회복등기한 경우 등록면허세를 환부할 수 있는지 여부 나. 관련법령 (1) 지방세법(2011.12.31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “등록”이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정.변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다. 가. 광업권 및 어업권의 취득에 따른 등록 나. 제15조제2항제4호에 따른 외국인 소유의 취득세 과세대상 물건(차량, 기계장비, 항공기 및 선박만 해당한다)의 연부취득에 따른 등기 또는 등록 제24조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다. 1. 등록을 하는 자 제27조(과세표준) ① 부동산, 선박, 항공기, 자동차 및 건설기계의 등록에 대한 등록면허세(이하 이 절에서 “등록면허세”라 한다)의 과세표준은 등록 당시의 가액으로 한다. ② 제1항에 따른 과세표준은 조례로 정하는 바에 따라 등록자의 신고에 따른다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제4조에 따른 시가표준액보다 적은 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다. ③ 제10조제5항 및 제6항에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 제10조제5항에 따른 사실상의 취득가격 및 같은 조 제6항에 따라 계산한 취득가격을 과세표준으로 한다. 다만, 등록 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다. ④ 채권금액으로 과세액을 정하는 경우에 일정한 채권금액이 없을 때에는 채권의 목적이 된 것의 가액 또는 처분의 제한의 목적이 된 금액을 그 채권금액으로 본다. ⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 과세표준이 되는 가액의 범위 및 그 적용에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 6. 법인 등기 가. 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인 1) 설립과 불입 : 불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4(세액이 7만5천원 미만인 때에는 7만5천원으로 한다. 이하 이 목부터 다 목까지에서 같다) 2) 자본증가 또는 출자증가 : 불입한 금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4 나. 사실관계 정리 (1) 청구인들의 항변서 및 처분청의 심리자료에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인의 신주식 및 전환사채 발행 관련한 2011.12.6. 이사회 의사록에는 다음과 같은 사실이 나타난다. ○ 일시 : 2011.12.16. 오전 10시 ○ 장소 : 당사 회의실 ○ 출석이사 : 총 5명중 4명 참석 ○ 출석감사 : 총 1명중 1명 참석 ○ 의안 : 제1호의 안 : 신주 발행의 건 제2호의 안 : 전환사채 발행의 건 - 제1호의 안 : 신주식 발행의 건 .신주식의 종류와 수 : 우선주식 38,400주 .신주식의 액면가액 : 금OOO .신주식의 발행가액 : 1주당 금OOO(총발행가액 : 금OOO) .신주식의 배정기준일 : 2011.12.28. - 제2호의 안 : 전환사채 발행의 건 .사채의 명칭 : OOO 제1회 전환사채 .사채의 종류 : 기명식 사모전환사채 .전환사채의 총액 : OOO .사채의 만기 상환일 : 2015.12.28. (나) 청구법인은 2011.12.29. 주식회사 변경등기를 아래와 같이 신청하였다. ○ 등기번호 : 2617호 ○ 등기의 목적 : 주식회사 변경등기 ○ 등기의 사유 : 2011.12.28. 이사회의 결의로 신주식 1,200,000주를 발행하기로 하여 주주를 모집하고, 2011.12.28. 그 납입이 완료되어 발행주식의 총수와 그 종류 및 각각의 수, 자본의 총액, 전환사채를 다음과 같이 변경하였으므로 등기를 구함 ○ 등기할 사항 - 발생주식의 총수 : 1,584,002주, 보통주식 : 384,002주, 우선주식 : 480,000주, 후배주식 720,000주 자본의 총액 : OOO (2011년 12월 29일 변경) (다) 청구법인은 2011.12.29. 이 사건 증자등기를 하면서 그 증자액을 과세표준으로 「지방세법」제28조 제1항 제6호 가목의 세율을 적용하여 산출한 등록면허세 등 OOO을 신고납부하였다. (라) 청구법인은 2012.1.3. 주식회사 경정등기를 아래와 같이 신청하였다. ○ 등기번호 : 2617호 ○ 등기의 목적 : 주식회사 경정등기 ○ 등기의 사유 : 2011.12.16. 이사회의 결의로 우선주식 38,400주를 발행하고 등기하였으나 신청착오로 인해 등기가 잘못되어 다음 사항의 경정등기를 구함 ○ 등기할 사항 - 발생주식의 총수 : 384,002주, 보통주식 : 384,002주 자본의 총액 : OOO (2012년 1월 3일 회복등기) - 발행주식의 총수 : 422,402주, 보통주식 384,002주, 우선주식 38,400주 자본의 총액 : OOO (2011년 12월 29일 변경, 2012년 1월 3일 신청착오 경정) (마) 청구법인은 2012.1.10. OOO에서 등록면허세 미사용 증명을 신청하여 발급받았다. (바) OOO이 OOO에게 회신한 내용(등록면허세 미사용증명 발급사항 조회 회신)은 다음과 같다. ○ 등록면허세 미사용증명서 발급여부 - 별첨된 등록세 미사용증명서는 대리인 법무사가 신청하여 발급을 하였지만 발급 이후 법무사에서 바로 취소하여 취소처리된 미사용증명서임 ○ 등록면허세 미사용증명서 발급 이유 - 공부에 등기가 되었었지만 곧이어 경정신청이 들어 왔으며 실체적으로는 자본이 증가한게 아니라 신청상의 착오가 확인되어 실질적으로 미사용되었다고 판단하여 발급함 (사) 청구법인의 법인등기부등본(등기사항전부증명서의 발생주식의 총수와 그 종류 및 각각의 수, 자본의 총액)은 다음과 같이 기재되어 있다. OOO (아) 청구법인은 2012.2.23. 이 사건 증자등기는 청구법인이 위임한 대리인의 착오로 신청하였고 이후 변경등기 되었으므로, 과다 납부한 등록면허세 등을 반환하여야 한다며 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 2012.3.8. 이 사건 증자등기가 이행되었으므로 적법한 신고납부에 해당된다며 청구법인의 경정청구를 거부하였다. (2) 청구법인은 자본금 변경등기를 위임한 대리인이 2011.12.29. 청구법인의 이사회 의사록을 잘못 이해하여 착오로 자본금 증가금액을 과대하게 산정하여 등기 신청하였으나, 2012.1.3. 착오등기임을 확인한 후 이사회 의사록에 맞게 정당한 자본금 증가금액으로 회복 등기를 하였고, 이 사건 등기관청인 OOO에서도 이 사건 등기신청이 착오가 있음을 확인한 후, 착오등기와 관련한 등록면허세를 사용하지 않았으므로, 결국 실질과세원칙에 따라 이 사건 증자등기는 근거 없는 등기이므로 등록면허세는 경정 환부되어야 한다는 입장이다. (3) 살피건대, 등록면허세는 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서, 그 등기 또는 등록의 유.무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 것이므로 등기 또는 등록명의자와 실질적인 권리귀속주체가 다르다거나 일단 공부에 등재되었던 등기 또는 등록이 뒤에 원인무효로 말소되었다 하더라도 위와 같은 사유는 그 등기 또는 등록에 따른 등록면허세 부과처분의 효력에 아무런 영향이 없다할 것OOO인바, 청구법인의 경우 2011.12.29. 자본금 변경등기 당시의 자본금 증가금액이 OOO인 사실이 청구법인의 등기부등본에서 확인되고, 청구법인이 자본금 변경 등기시에 동 금액을 과세표준액으로 하여 산출한 등록면허세를 처분청에 신고납부 한 사실이 나타나는 이상, 청구법인이 2012.1.3. 자본금 증가금액을 OOO으로 경정하고 이에 대한 경정등기를 하였다 하더라도 한 번 등기된 자본금 증자등기에 대하여 이미 성립한 등록면허세의 납세의무에 영향을 줄 수 없다는 것으로 판단되므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.