이유
1. 사 실 청구인은 서울특별시 송파구 OO동 OO OOOOOOOOOOO OOOOOOOO에 거주하는 자로서, 경기도 의왕시 OOO동 OOO번지 OOOOOO OOO OOOO 대지 100.16평방미터, 연립주택 59.49평방미터(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 84.12.31(소유권보존등기 접수일) 취득하여 89.2.28(등기접수일) 양도한 사실이 있는데 처분청에서는 88.8.25 개정 소득세법시행령 시행일 당시 쟁점주택에서의 청구인 거주 기간이 주민등록표에 의하면 88.1.6부터 88.10.5까지 9개월에 불과하고 88.8.25 개정된 소득세법시행령(대통령령 제12509호) 부칙 제3항(1세대1주택에 관한 경과조치) 시행당시 1세대 2주택이었으며, 동법시행령 시행일로부터 6월이내인 89.2.25까지 양도하지 못하고 89.2.26 양도하였으므로 양도소득세 비과세대상이 아닌 것으로 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 91.2.16 양도소득세 2,951,320원 및 동 방위세 295,130원을 부과하였고, 청구인은 이에 불복하여 91.4.18 심사청구를 거쳐 91.6.27 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 청구인은 쟁점주택에서 85.9.2부터 86.8.24까지 11월21일간 실지거주하였고, 또한 87.10.21부터 88.8.25까지 10월4일간 실지거주하여 통산 실지거주기간이 개정소득세법시행령 시행일인 88.8.25 현재 1년9월이고 또한 동법시행령 시행일인 88.8.25로부터 6월내인 89.2.25 쟁점주택을 양도하였으므로 88.8.25 개정소득세법시행령 부칙 제3항(동 규정에는 89.2.25까지 소유권이전등기를 마치도록 규정되어 있으나 청구인으로서는 매수인에게 등기를 강제할 수는 없으므로 이는 불합리한 규정임)에 의하여 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택의 양도에 해당되는 바, 따라서 청구인에 대한 양도소득세 과세는 부당하므로 취소되어야 한다는 주장이다. 3. 국세청장 의견 청구인이 소득세법 제5조 제6호 자목과 88.8.25 개정된 동법시행령 제15조 제1항 및 동법시행령 부칙 제3항의 규정에 의한 1세대1주택으로서 양도소득세 비과세를 적용받기 위해서는 먼저 개정전의 규정(1년이상 거주)에 의한 법소정의 1세대1주택의 요건에 해당되어야 하고, 다음으로 동 주택을 동법시행령 시행일(88.8.25)로부터 6월이내인 89.2.25까지 양도하고 소유권이전등기를 경료한 경우에 한하여 1세대1주택의 양도로서 비과세하도록 규정하고 있는 바, 이 건의 경우를 보면, 청구인은 88.8.25 현재 1세대2주택일 뿐만 아니라 주민등록표에 의하면 쟁점주택에서 1년미만 거주하였고, 또 쟁점주택을 양도한 후 89.2.25까지 소유권이전등기를 했어야 하는데 89.2.28에야 소유권이전등기를 경료하였으므로 어느모로보나 1세대1주택으로서 비과세의 규정을 적용 받을 수는 없는 것으로 판단된다는 의견이다. 4. 쟁 점 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점주택의 양도에 대하여 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택에 해당되지 않는 것으로 본 과세처분의 당부를 가리는 데 있다. 5. 심리 및 판단 이 건 처분경위 및 청구주장을 보면, 청구인은 쟁점주택을 84.12.31 취득하여 89.2.28(등기접수일) 양도하였는데, 처분청에서는 88.8.25 개정 소득세법시행령 부칙 제3항의 규정에 의거하여 볼 때 청구인은 그 당시 쟁점주택에서 거주한 기간이 주민등록표상 9개월에 불과하고 또한 1세대2주택이었을 뿐만 아니라 88.8.25로 부터 6월이 되는 89.2.25이 하루 지난 89.2.26 쟁점주택을 양도하였으므로 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택이 아니라고 하여 양도소득세를 부과하였는 바, 살피건대, 먼저 관련규정인 소득세법시행령(대통령령 제12509호, 88.8.25 개정 시행) 제15조 제1항의 규정을 보면, 1세대1주택의 거주기간요건이 1년에서 3년으로 개정되었고, 동 시행령 부칙 제3항의 규정에 의하면 「이 령 시행당시 종전의 제15조 제1항 본문 및 동조 동항 제2호의 규정에 의한 1세대1주택을 가진 세대가 이 령 시행일(당해주택이 주택건설촉진법 시행령 제30조 제1항 단서의 규정에 의한 국민주택규모의 주택으로서 주택건설촉진법 제38조의 3 및 주택 건설촉진법 시행령 제37조 제1항의 규정에 의하여 당해주택의 전매가 제한되는 경우에는 그 전매가 제한되는 기간이 종료된 날)로부터 6월이내에 당해주택을 양도하고 소유권이전등기를 마친 경우 그 양도는 법 제5조 제6호(자)의 규정에 의한 양도로 본다」고 규정되어 있어 88.8.25 현재 1세대1주택에 해당되는 경우에는 그 후 6월이 되는 89.2.25까지 양도하면 양도소득세가 비과세되는 것으로 되어있다. 이 건의 경우를 보면, 청구인은 거주사실확인서(OOOOOO 관리사무소장 확인)를 제시하여 85.9.2부터 86.8.24까지, 그리고 87.10.21부터 88.8.25까지 1년 9월간 실지거주하였다는 주장이나, 동 거주사실주장의 진위여부를 가리기에 앞서 88.8.25 현재 1주택이었는지를 보면, 청구인은 당시 쟁점주택외에도 서울특별시 OO구 OO동 OOOOOO OO아파트 OOOOOOOOO를 소유하고 있었음이 관련 등기부등본에 의하여 확인되고 있어 88.8.25 현재 쟁점주택에서 1년이상 실지거주하였다 하더라도 1세대1주택에 해당되지 아니하며, 또한 청구인은 쟁점주택 양도일이 88.8.25로부터 6월이내인 89.2.25 이라고 주장하면서 쟁점주택 매수인인 청구외 OOO의 부동산거래사실확인서, 인감증명발급대장사본, OOOOOOOO아파트 관리사무소장이 확인한 입주확인서등을 제시하고 있으나, 청구인으로부터는 89.2.25 잔금청산사실을 입증하는 객관적인 증거자료가 제시되지 못하였고, 청구인은 매매계약서를 분실하였으므로 제시할 수 없다고 하였으나 쟁점주택 매수인이 자산양도차익예정신고시 관할세무서에 제출한 매매계약서를 당심에서 제출받아 확인하여 본 바, 잔금지급약정일이 89.2.26 로 되어 있었으며, 또한 89.2.26이 일요일인데 직장생활을 하는 사람은 근무에 지장이 있는 토요일보다 일요일에 이사하는 경향이 있음을 고려하여 볼 때에도 89.2.26 양도한 것으로 보인다. 뿐만 아니라 88.8.25 개정 소득세법시행령 부칙 제3항에 의하면, 주택건설촉진법의 규정에 의거 그 전매가 금지되는 경우를 제외하고는 89.2.25까지 소유권이전등기를 마칠것을 비과세적용의 요건으로 규정하고 있는데, 쟁점주택의 경우 89.2.28 소유권이전등기가 접수되었다. 이상의 내용을 모아 볼 때 쟁점주택의 양도는 양도소득세가 비과세되는 1세대1주택의 양도에 해당되지 않는 것으로 보인다. 따라서 1세대1주택으로서 양도소득세가 비과세되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵고 이에 대해 1세대1주택의 적용을 배제하여 양도소득세를 부과한 과세처분이 타당한 것으로 보인다. 6. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.