이유
1. 원처분 개요 청구인은 89.12.1부터 서울특별시 중구 OOO로 OO OOOOOO에서 OO국수라는 상호로 음식·분식업을 영위하는 사업자(등록번호OOOOOOOOOOOO)이다. 처분청은 중구청장의 통보(중구청 위생 31150-13358, 91.4월)에 의하여 청구인이 무허가사업자로 확인됨에 따라 서울지방국세청의 「무허가 미등록 사업자에 대한 세적관리 요령」에 의거하여 91.7월경 청구인의 사업자등록을 직권말소하고 사업자등록증을 회수하였으며, 청구인이 신고한 91년 제2기 부가가치세 매입세액공제를 배제하여, 92.4.1 청구인에게 부가가치세 2,242,220원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복, 92.4.17 심사청구를 거쳐 92.6.18 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구인은 ① 사업자등록이 과세관청으로 하여금 부가가치세 납세의무자를 파악하고 과세자료를 확보하게 하기 위한 것으로서 이미 교부된 사업자등록을 무허가사업자라고 하여 직권말소한 처분은 부당하며 ② 사업자등록을 필하고 사업을 계속하고 있는 청구인을 미등록사업자라고 하여 매입세액을 공제하지 아니한 이 건 처분은 부당하다는 주장이다. 나. 국세청장은 ① 사업자등록의 직권말소 사실을 안 날이 91.7월인 것으로 확인되는 바 사업자등록 말소에 대한 불복은 청구기간이 경과되었으며 ② 91.7월 사업자등록 말소 이후 청구인이 사업자등록을 한 사실이 없으므로 91년 제2기 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 당초처분에 잘못이 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 이 사건의 다툼은 ① 청구인의 사업자등록을 직권말소한 처분의 당부 ② 91년 제2기 부가가치세 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 먼저, 청구인의 사업자등록을 직권말소한 처분의 당부를 가리기에 앞서 이 처분에 대한 불복이 적합한 전심절차를 거쳤는지 살펴본다. (1) 국세기본법 제61조 제1항의 규정에 의하면 “심사청구는 당해처분이 있은것을 안날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은날)로 부터 60일내에 하여야 한다”라고 규정되어 있다. (2) 이 건의 경우 처분청의 사업자등록의 말소 및 사업자등록증의 회수시기가 91.7월경이고 청구인도 이 사실을 부인하지 아니하고 있는 바, 청구인은 늦어도 91.7월말까지는 당해처분을 알았다고 보여지므로 이때로 부터 60일내인 91.9.29까지는 심사청구를 하였어야 함에도 92.4.17 제기한 심사청구는 적법한 청구가 아니며, 적법한 전심절차를 거치지 아니한 이 건 심판청구 또한 적법한 청구가 아니므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 다. 다음으로 91년 제2기 매입세액공제를 배제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 살펴본다. (1) 부가가치세법 제5조 제1항 본문 및 제17조 제2항 제5호의 규정에 의하면 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일내에 정부에 등록을 하여야 하며, 등록을 하기전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. (2) 청구인의 사업자등록은 91년 7월중에 처분청에 의하여 직권말소 되었으므로 청구인은 91년 제2기에는 미등록사업자에 해당된다. 따라서 처분청이 청구인의 91년 제2기 매입세액을 앞에서 본 규정에 의하여 등록전 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (3) 따라서 청구주장은 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.