산업단지에 대한 취득세 면제조항은 1997년에 신설되어 2015년 감면율 인하 등이 될 때까지 약 17년간 계속되었으므로 청구법인이 쟁점건축물 신축공사를 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 쟁점건축물의 취득에 대하여 종전 「지방세특례제한법」의 쟁점규정을 적용하여야 한다는 청구주장에는 합리적인 이유가 있어 보인다고 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점건축물에 대하여 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 2016.6.28. OOO도 OOO시 OOO구 OOO동 OOO-OOO 토지 지상에 주거용 건축물 OOO㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)를 신축하여 취득한 후 2016.8.1. 처분청으로부터 쟁점건축물이 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “개정「지방세특례제한법」”이라 한다) 제47조의2 제2항에 따른 에너지절약형 친환경주택에 해당하는 것으로 하여 취득세 100분의 10을 감면받고, 나머지 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다. 나. 청구법인은 쟁점건축물이 산업단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산이므로 2014.12.31. 개정「지방세특례제한법」 시행 당시 쟁점건축물을 취득하였다고 하더라도 개정「지방세특례제한법」시행전에 쟁점건축물의 신축을 위하여 공사에 착공(2013.11.21.) 하였으므로 착공 당시의 「지방세특례제한법」(2014.12. 31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것, 이하 “종전「지방세특례제한법」”이라 한다) 제78조 제2항(이하 “쟁점규정”이라 한다) 및 개정「지방세특례제한법」부칙 제14조(이하 “쟁점부칙” 이라 한다)를 적용하여 이 건 취득세 등이 환급되어야 한다는 사유로 하여 2021.8.10. 경정청구를 하였으나, 처분청은 2021.10.8. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.12.16. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점건축물의 취득에 대하여 대하여 종전「지방세특례제한법」 쟁점규정을 적용할 수 있는지 여부에 관하여 ① 일반적 경과조치 규정은 종전규정이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지는 아니하였으나 납세자가 종전규정을 신뢰하고 원인행위를 한 경우 이를 보호하고자 하는데 그 취지가 있는 점, ② 청구법인은 종전「지방세특례제한법」쟁점규정에 따라 쟁점건축물의 취득세가 면제될 것임을 신뢰하고 개정「지방세특례제한법」시행 전인 2013.11.21. 착공하였으므로 납세의무와 밀접한 원인행위를 함으로써 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 점, ③ 쟁점규정은 1997.8.30. 「지방세법」제276조 제4항에 신설된 후 2014.12.31. 감면율이 축소될 때까지 약 17년 4개월간 계속되어 온 점, ④ 종전「지방세특례제한법」쟁점규정에 따르면 쟁점건축물 또한 감면 대상에 해당하는 점, ⑤ 특히 이 사건은 여느 사례들과 달리 종전「지방세특례제한법」쟁점규정의 일몰기한이 연장되지 아니하고 감면 종료되었다거나, 쟁점규정의 개정에 따라 단지 감면율이 감소한 것이 아니라 감면 대상 자체가 변경되어 납세자의 신뢰를 보호해줄 실익이 매우 큰 점을 고려할 경우 비록 쟁점건축물의 취득 시점에는 쟁점규정이 개정되어 감면 대상을 산업용 건축물 등에 한정하도록 개정되었다고 하더라도, 개정「지방세특례제한법」쟁점부칙에 따라 쟁점건축물에 대하여는 종전「지방세특례제한법」쟁점규정을 적용하여 쟁점건축물의 취득세는 면제되어야 하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 지방세법령의 적용은 납세의무의 성립시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 할 것이다(대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조). 종전「지방세특례제한법」쟁점규정에서 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 “부동산”에 대해서는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있다가 개정「지방세특례제한법」쟁점규정에서 사업시행자가 취득하는 “산업용 건축물 등”에 대해서만 취득세 및 재산세의 100분의 35를 감면한다는 것으로 개정된 점, 종전「지방세특례제한법」쟁점규정은 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있었던 것으로 볼 때 한시적 경감규정으로 볼 수 있는 점, 청구법인이 쟁점건축물을 취득할 당시에서 개정「지방세특례제한법」을 적용하여야 하므로 산업용 건축물 등이 아닌 쟁점건축물은 감면대상이 아니고, 감면율도 축소(100%→35%)된 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점건축물의 취득에 대하여 종전「지방세특례제한법」쟁점규정을 적용하여 취득세 등이 면제되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 1999.6.15. 「신탁법」에 의한 부동산신탁업무와 관련부수업무를 주요업무로 하고, OOO시 OOO구 OOO로 OOO, OOO층을 주사업장으로 하여 설립되었다. (나) OOO 주식회사(이하 “위탁법인”이라 한다)는 2008.6.17. 주택건설사업 및 토목공사업 등을 목적으로 하여 설립되었다. (다) 처분청은 2012.4.3. 위탁법인에게 OOO도 OOO시 OOO구 OOO동 OOO번지 일원을 OOO산업단지 개발사업(이하 “이 건 조성사업”이라 한다) 사업시행자로 하는 개발계획 등을 아래와 같이 승인하였다.

OOO시 고시 제2012-31호 OOO산업단지 지정(개발계획) 및 지형도면 승인고시 산업입지 및 개발에 관한법률 제7조의2 , 제7조의4, 같은 법 시행령 제9조 규정에 의거 OOO사업단지 지정(개발계획 포함)을 고시하고, 동법 제16조 규정에 의거 산업단지개발사업 시행자지정 및 토지이용규제법 제8조 , 같은 법 시행령 제7조 규정에 의거 지형도면을 고시합니다. 2012.4.3. OOO시장 1. 2. 1. 산업단지의 명칭·위치 및 면적 3. 가. 명칭 :OOO산업단지 4. 나. 위치 : OOO도 OOO시 OOO구 OOO동 OOO 일원 5. 다. 면적 : OOO㎡ 6. 2. 단지의 지정목적 7. ○ 노후화된 공업지역의 재생을 통한 도시경쟁력 강화 8. ○ 수도권 지식기반산업클러스터 육성을 통한 산업경쟁력 강화 9. ○ 지식기반사업의 중심지로서 연구, 업무도시로 육성 10. ○ 첨단지식기반사업의 전략적 육성을 통한 신성장동력 확충 및 글로벌경쟁력 제고 11. 3. 산업단지개발사업의 시행자 : OOO 12. 6. 토지이용과 주요기반시설계획 13. 나. 토지이용계획 OOO

(라) 위탁법인은 2013.9.12. 주식회사 OOO과 이 건 조성사업내 주거용지에 「건축물의 분양에 관한 법률」제4조 요건 충족과 쟁점건축물 신축을 위하여 신탁계약을 체결하였다. (마) 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)은 2013. 11.12. 처분청으로부터 쟁점건축물 신축을 위하여 아래와 같이 주택건설사업계획의 변경 승인을 받았다. OOO (바) OOO은 쟁점건축물 신축과 관련하여 2013.11.20. 아래와 같이 착공신고서를 처분청에 제출하여 2013.11.21. 수리통지를 받았고, 2016.6.28. 처분청으로부터 사용승인을 받은 것으로 확인된다. OOO (사) OOO은 2013.12.5. 회사명을 청구법인으로 변경하였다. (아) 쟁점건축물 신축공사의 시공사인 주식회사 OOO이 2014. 12.24. 청구법인에게 요청한 기성금 신청을 보면 쟁점물 신축공사의 공정률이 54.74%로 추정된다. (자) 청구법인은 2016.6.28. 쟁점건축물을 신축하여 취득한 후 2016. 8.1. 처분청으로부터 쟁점건축물이 「지방세특례제한법」제47조의2 제2항에 따른 에너지절약형 친한경주택에 해당하는 것으로 하여 취득세 100분의 10을 감면받고, 나머지 이 건 취득세 등을 처분청에 신고·납부하였으며, 2016.8.11. 소관 등기관서에 쟁점건축물의 소유권 보존등기 신청을 접수시킨 것으로 확인된다. (차) 행정안전부는 종전 「지방세특례제한법」쟁점규정을 2014.12. 31. 개정하면서 아래와 같이 감면대상 등을 산업단지 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 면제하던 것을 산업단지를 개발·조성한 후 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 산업용 건축물 등에 대하여만 취득세를 감면(35%)하는 것으로 개정하였다.

종전「지방세특례제한법」쟁점규정	개정「지방세특례제한법」쟁점규정
제78조(산업단지 등에 대한 감면) ② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 한국산업단지공단의 경우에는 같은 법 제45조의13제1항제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.	제78조(산업단지 등에 대한 감면) ② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발·조성한 후 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 산업용 건축물 등 대통령령으로 정하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 재산세에 대해서는 100분의 60)를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다.

(카) 쟁점규정은 1997.8.30. 「지방세법」제276조 제4항에 신설되었다가 2014.12.31. 개정「지방세특례제한법」개정시까지 감면율이 약 17년 이상 취득세를 면제하였던 것으로 확인되고, 개정「지방세특례제한법」으로 법령개정 당시 부칙 제14조에서 “이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다”는 일반적 경과조치 규정을 두고 있는 것으로 확인된다. (타) 쟁점규정의 주요 개정 연혁은 아래와 같다.

규정	조항	취득세 감면율	개정일자	시행일자	일몰기한	비고
「지방세법」	제276조 제4항 (산업단지에 대한 감면)	100%	1997.8.30.	1997.10.1.	2000.12.31
	제276조 제3항(산업단지 등에 대한 감면)	100%	2000.12.29.	2001.1.1.	2010.12.31
「지방세특례제한법」	제78조 제2항(산업단지 등에 대한 감면)	100%	2010.3.31.	2011.1.1.	2012.12.31.	개발계획인가(2012.4.3.)
	제78조 제2항(산업단지 등에 대한 감면)	100%	2013.1.1.	2013.1.1.	2014.12.31.	건축허가 (2013.11.12.) 착공(2013.11.21.)
	제78조 제2항(산업단지 등에 대한 감면)	35%	2014.12.31.	2015.1.1.	2016.12.31.	준공(2016.6.28.)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 종전 「지방세특례제한법」제78조 제2항에서 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 개정 「지방세특례제한법」제78조 제2항에서 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성한 후 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 산업용 건축물 등 대통령령으로 정하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 재산세에 대해서는 100분의 60)를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. (나) 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 개정된 법령이 ‘이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과 또는 감면하여야 할 …세에 대하여는 종전의 규정에 따른다’는 경과규정을 두고 있고, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 등의 내용을 명시적으로 규정한 것으로 볼 수 있다면, 이러한 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에는 예외적으로 납세의무 성립 당시의 법령이 아니라 그 원인행위가 이루어진 당시의 법령인 종전 규정이 적용된다고 할 것이나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로, 원칙으로 돌아가 종전 규정이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다고 할 것(대법원 2015. 9.24. 선고 2015두42152 판결 참조)이다. (다) 처분청은 쟁점건축물의 취득에 대하여 개정「지방세특례제한법」의 쟁점규정을 적용하여 한다는 의견이나, 청구법인은 종전 「지방세특례제한법」의 쟁점규정에 따라 쟁점건축물 신축에 따른 따른 취득세가 면제될 것임을 신뢰하고 쟁점건축물의 착공 등 신축 공사를 추진한 점, 쟁점건축물 신축 공사가 2016.6.28.에 준공되었으나, 2012년 개발계획을 수립한 이후 준공시까지 개발계획의 취소됨이 없이 동일한 사업으로 진행되었고, 2013.11.21. 착공수리 통지를 받아 2014년 12월말에 이미 54.74%의 공정이 진행된 점, 산업단지에 대한 취득세 면제조항은 1997년에 신설되어 2015년 감면율 인하 등이 될 때까지 약 17년간 계속되었으므로 청구법인이 쟁점건축물 신축공사를 완료할 때까지 동 면제조항이 유지될 것이라고 기대하는 것이 무리가 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 쟁점건축물의 취득에 대하여 종전 「지방세특례제한법」의 쟁점규정을 적용하여야 한다는 청구주장에는 합리적인 이유가 있어 보인다고 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점건축물에 대하여 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 (1) 지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정된 것) 제276조 (산업단지에 대한 감면) ④ 산업입지및개발에관한법률 제16조 의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자 및 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지 또는 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(工業配置및工場設立에 관한法律 第41條의 規定에 의한 還買權의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(工業配置및工場設立에관한法律의 規定에 의하여 設立된 韓國産業團地公團의 경우는 工業配置및工場設立에관한法律 第45條의7 第3項 第4號 및 同項 第6號의 事業用不動産을 포함한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 3년이내에 정당한 사유없이 산업단지 또는 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 추징한다. (2) 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것) 제276조 (산업단지 등에 대한 감면) ③ 산업입지및개발에관한법률 제16조 의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자, 산업기술단지지원에관한특례법에 의한 사업시행자 및 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지ㆍ산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득( 공업배치및공장설립에관한법률 제41조 의 규정에 의한 환매권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(공업배치및공장설립에관한법률의 규정에 의한 한국산업단지공단의 경우에는 공업배치및공장설립에관한법률 제45조의7 제1항 제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업단지ㆍ산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소된 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세ㆍ등록세ㆍ재산세 및 종합토지세를 추징한다. (3) 지방세특례제한법(2010.3.31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 한국산업단지공단의 경우에는 같은 법 제45조의7 제1항 제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2012년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 개발·조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. (4) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 한국산업단지공단의 경우에는 같은 법 제45조의13 제1항 제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2014년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 한국산업단지공단이 같은 법 제45조의13 제1항 제3호 및 제5호의 사업에 사용하지 않는 경우를 포함한다)에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. (5) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성한 후 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 산업용 건축물 등 대통령령으로 정하는 부동산에 대해서는 취득세 및 재산세의 100분의 35(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 재산세에 대해서는 100분의 60)를 2016년 12월 31일까지 각각 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다. 부 칙 제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제126조 제2항부터 제4항까지 및 제7항, 제127조 제2항부터 제4항까지, 제128조 제1항 및 제173조의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하고, 제67조 제2항의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물( 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.