이유
1. 처분개요

청구인은 2004.6.22. 경기도 파주시 ○○읍 ○○리 1090-2번지 답 959㎡, 동소 ○○리 1092-3번지 전 231㎡, 동소 △△리 6번지 전 1,021㎡(이하 "쟁점 토지"라 한다)를 양도하고 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산한 후 8년 자경농지에 대한 감면을 적용하여 신고하였다.

처분청은 쟁점 토지가 양도일 현재 농지에 해당하지 아니한다고 보아 청구인이 신청한 감면적용을 배제하여 2005.12.5. 청구인에게 2004년 귀속양도소득세 102,478,880원을 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.1.16. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점 토지는 선대로부터 물려받은 상속농지로서 1997년까지 경작하였으나 1998년부터 대리경작자를 찾지 못하여 휴경상태에 있었고 휴경중에 공공사업용지로 수용되었는바, 언제든지 경작이 가능한 휴경상태의 농지를 양도당시 농지가 아닌 것으로 보아 8년 자경농지에 대한 감면적용을 배제하여 고지한 처분은 부당하다.

(2) 8년 자경농지에 대한 감면적용을 인정할 수 없다 하더라도, 청구인은 쟁점 토지가 지정지역 안에 소재하는 것으로 착오하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산하여 양도소득세신고를 하였는바, 쟁점 토지는 지정지역 안의 토지가 아니고, 쟁점 토지는 상속받아 공공용지로 수용되었으므로, 기준시가로 양도차익을 계산하라는 청구주장을 수용하여야 함에도 이를 받아들이지 아니하고 실지거래가액에 의한 양도소득세를 계산하여 고지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점 토지는 청구인의 부 황○성이 1968.10.17. 쟁점 토지소재지에 전입하여 자경한 것으로 보이나, 양도당시 농지인지 여부에 대하여 현지확인한 결과, 쟁점 토지는 잡초만 무성하고 쓰레기가 방치되어 버려진 땅으로 보이고, 주민들의 탐문에 의하면 10여년간 경작되지 않은 것으로 확인되므로 일시적인 휴경농지이어서 양도소득세 감면대상이라는 청구주장은 받아들일 수 없다.

(2) 청구인이 스스로 신고유형을 실지거래가액으로 신고하여 확정된 경우 실수, 착오 등의 이유로 기준시가에 의하여 경정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점 토지가 양도소득세 감면대상인 8년 자경농지인지 여부

(2) 실지거래가액에 의하여 양도소득세신고를 한 경우 확정신고기한이 경과된 후에는 기준시가에 의하여 양도소득 차익을 계산하여 결정할 수 없는지 여부

나. 관련법령

조세특례제한법 제69조

(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상(

농지법 제32조

의 규정에 의한 농업진흥지역 내의 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 "농업기반공사"라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상, 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상) 계속하여 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서생략)

같은법시행령 제66조

(자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

소득세법 제96조

(양도가액) ① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지관할세무서장에게 신고하는 경우

7. 기타 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ보유수ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우

같은법시행령 제162조의 2

(양도가액) ④ 법 제96조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 상속에 의하여 취득한 부동산을 취득 후 1년 이내에 양도하는 경우 또는 "공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률" 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다) 등 부득이한 사유로 인하여 취득 후 1년 이내에 양도하는 경우로서 부동산의 취득 또는 양도의 경위와 그 이용실태 등에 비추어 단기매매차익을 목적으로 거래한 것이 아니라고 인정되는 때에는 제176조의 2 제5항의 규정에 의한 자문을 거쳐 기준시가에 의할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점 토지의 양도에 대하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 계산한 후 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세신고를 하였고, 처분청은 쟁점 토지는 양도시 농지가 아닌 것으로 보아 감면적용을 배제하여 이건 고지하였음이 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 이건 고지 전 과세전적부심사결정서에, "쟁점 토지에 대하여 2차에 걸쳐 현지확인한 결과 쟁점 토지는 양도일 현재까지 10년 이상 경작되지 아니한 토지로 보이므로 양도당시 농지가 아닌 것으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하고, 실지거래가액으로 신고하여 확정신고기한이 경과한 후에는 신고유형을 변경하여 경정청구 등을 할 수 없다"라고 되어 있다.

(3) 청구인이 제시한 등기부등본, 토지대장 및 토지이용계획확인원에 쟁점 토지는 양도시 농지로 되어 있고, 1991.6.에 작성된 농지원부에도 쟁점 토지는 현황이 농지인 것으로 되어 있다.

(4) 청구인이 제출하는 쟁점 토지소재지 농지위원의 사실확인서에, 쟁점 토지는 청구인의 부친인 황○성이 1969년부터 1981년까지 고구마, 벼, 고추 등을 재배한 것으로 되어 있다.

(5) 쟁점 토지가

소득세법 제104조의 2

의 규정에 의한 지정지역 안에 소재하지 않고 있음에는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(6) 살피건대, 8년 자경농지에 대한 양도소득세 감면취지는 실지 전업농으로 이용되는 농지에 대하여 감면혜택을 주는 것으로서, 공부상의 농지 여부에 불구하고 실지로 경작에 이용되지 않는 농지는 감면적용을 받을 수 없다 할 것이고, 10여년간 농사를 짓지 않고 방치된 쟁점 토지를 일시적인 휴경농지로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하기는 어려운 것으로 판단된다.

(7) 그러나, 쟁점 토지는 투기지역에 소재하지 않음에도 청구인이 투기지역으로 착오하여 실지거래가액에 의한 양도차익을 신고한 것에 대하여 처분청이 확정신고기한이 경과하였다 하여 기준시가에 의한 결정을 할 수 없다는 주장이나, 이건과 같은 토지의 양도에 대하여는 소득세법상 기준시가에 의한 과세를 원칙으로 하면서 예외적으로 실지거래가액에 의한 과세를 할 수 있도록 규정하고 있는데, 납세자가 실지거래가액을 적용하여 신고하였다고 하여 기준시가를 적용하여 달라는 청구를 거부하는 경우, 신고내용이 사실과 다르고 실지거래가액이 확인되지 않는 경우에는 결과적으로 납세자에게 유리한 기준시가를 적용받을 수 있는 반면에, 신고내용이 사실과 같은 경우에는 기준시가 과세를 적용받을 수 없다면 성실한 납세자가 오히려 불이익을 받는 불합리한 점이 있고, 청구인의 경우 쟁점 토지가 지정지역 안에 소재하는 것으로 착오하여 실지거래가액으로 신고하였으나, 그 후 지정지역 안의 토지가 아닌 것을 알고 청구인에게 유리한 기준시가로 결정하여 줄 것을 요구하였으므로 이를 단지 신고방법의 변경이라는 이유로 청구인의 요구를 받아들이지 않고 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하여 고지한 처분은 잘못이라 하겠다(

국심2004서3760

, 2005.11.9. 합동회의, 같은뜻임).

따라서 쟁점 토지의 양도에 대하여 처분청이 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하여 고지한 이건 처분은 기준시가에 의한 양도차익을 계산하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

4. 결론

이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.